ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54683

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 2, 3, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.014, 0.019, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.019 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.027, 0.040, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.020, 0.036, 0.052, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.024, 0.042, 0.061, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.042 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.039, 0.059, 0.080, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.059 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.039, 0.062, 0.086, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.062 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.025, 0.061, 0.097, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.061 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.114, 0.172, 0.231, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.172 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.202, 0.419, 0.636, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.419 std_dev=0.217
C2' A 0, 0.256, 0.489, 0.722, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.489 std_dev=0.233
O2' A 0, 0.192, 0.487, 0.782, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.487 std_dev=0.295
OP2 B 0, 0.353, 0.672, 0.991, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.672 std_dev=0.319
C4' A 0, 0.380, 0.714, 1.047, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.714 std_dev=0.333
C3' A 0, 0.408, 0.770, 1.132, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.770 std_dev=0.362
O5' B 0, 0.415, 0.786, 1.158, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.786 std_dev=0.371
P B 0, 0.351, 0.740, 1.128, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.740 std_dev=0.388
OP2 A 0, 0.419, 0.888, 1.357, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.888 std_dev=0.469
C3' B 0, 0.403, 0.900, 1.396, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.900 std_dev=0.497
C5' B 0, 0.191, 0.695, 1.198, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.695 std_dev=0.504
P A 0, 0.430, 0.960, 1.490, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.960 std_dev=0.530
O5' A 0, 0.458, 0.997, 1.536, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.997 std_dev=0.539
C4' B 0, 0.322, 0.863, 1.404, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.863 std_dev=0.541
O3' B 0, 0.522, 1.066, 1.609, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.066 std_dev=0.543
C2' B 0, 0.513, 1.062, 1.611, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.062 std_dev=0.549
C5' A 0, 0.572, 1.130, 1.688, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.130 std_dev=0.558
O3' A 0, 0.562, 1.129, 1.696, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.129 std_dev=0.567
C6 B 0, 0.152, 0.731, 1.309, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.731 std_dev=0.579
OP1 B 0, 0.306, 0.889, 1.472, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.889 std_dev=0.583
C5 B 0, 0.221, 0.806, 1.392, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.806 std_dev=0.586
N1 B 0, 0.294, 0.886, 1.477, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.886 std_dev=0.591
C1' B 0, 0.373, 0.969, 1.565, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.969 std_dev=0.596
O4' B 0, 0.273, 0.874, 1.475, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.874 std_dev=0.601
C4 B 0, 0.373, 0.980, 1.588, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.980 std_dev=0.607
O2' B 0, 0.640, 1.253, 1.866, 2.109 max_d=2.109 avg_d=1.253 std_dev=0.613
N4 B 0, 0.469, 1.092, 1.716, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.092 std_dev=0.623
C2 B 0, 0.496, 1.126, 1.757, 2.191 max_d=2.191 avg_d=1.126 std_dev=0.630
N3 B 0, 0.514, 1.150, 1.786, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.150 std_dev=0.636
O2 B 0, 0.660, 1.359, 2.058, 2.445 max_d=2.445 avg_d=1.359 std_dev=0.699
OP1 A 0, 0.495, 1.197, 1.899, 2.083 max_d=2.083 avg_d=1.197 std_dev=0.702

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.26 0.32 0.51 0.37
C2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.12 0.05 0.35 0.41 0.60 0.44
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.03 0.10 0.04 0.10 0.09 0.18 0.00 0.04 0.01 0.15 0.21 0.36 0.22
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.17 0.00 0.22 0.02 0.21 0.10 0.13 0.19 0.14 0.02 0.01 0.02 0.07 0.23 0.19 0.10
C4 0.02 0.01 0.08 0.17 0.00 0.13 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.20 0.03 0.41 0.48 0.60 0.47
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.00 0.15 0.08 0.09 0.14 0.07 0.07 0.03 0.00 0.02 0.17 0.25 0.11
C5 0.01 0.01 0.09 0.22 0.00 0.16 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.24 0.03 0.42 0.49 0.59 0.47
C5' 0.06 0.19 0.03 0.02 0.32 0.00 0.35 0.00 0.31 0.19 0.25 0.35 0.13 0.07 0.06 0.02 0.01 0.29 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.21 0.01 0.15 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.22 0.03 0.39 0.45 0.60 0.46
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.02 0.34 0.40 0.59 0.44
N3 0.02 0.01 0.10 0.13 0.00 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.15 0.05 0.38 0.45 0.61 0.46
N4 0.02 0.01 0.09 0.19 0.00 0.14 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.22 0.04 0.42 0.51 0.58 0.48
O2 0.05 0.01 0.18 0.14 0.02 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.26 0.18 0.07 0.33 0.38 0.60 0.43
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.08 0.07 0.03 0.07 0.04 0.05 0.15 0.09 0.26 0.00 0.06 0.06 0.06 0.17 0.33 0.14
O3' 0.01 0.12 0.04 0.01 0.20 0.03 0.24 0.06 0.22 0.10 0.15 0.22 0.18 0.06 0.00 0.01 0.14 0.31 0.22 0.14
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.25 0.35 0.48 0.38
O5' 0.26 0.35 0.15 0.07 0.41 0.02 0.42 0.01 0.39 0.34 0.38 0.42 0.33 0.06 0.14 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.32 0.41 0.21 0.23 0.48 0.17 0.49 0.29 0.45 0.40 0.45 0.51 0.38 0.17 0.31 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.60 0.36 0.19 0.60 0.25 0.59 0.27 0.60 0.59 0.61 0.58 0.60 0.33 0.22 0.48 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.44 0.22 0.10 0.47 0.11 0.47 0.01 0.46 0.44 0.46 0.48 0.43 0.14 0.14 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.36 0.54 0.44 0.64 0.40 0.64 0.39 0.48 0.35 0.49 0.81 0.46 0.68 0.48 0.38 0.48 0.25 0.28 0.30
C2 0.49 0.47 0.63 0.48 0.26 0.38 0.33 0.31 0.29 0.38 0.36 0.47 0.67 0.75 0.50 0.37 0.35 0.25 0.27 0.26
C2' 0.32 0.35 0.41 0.30 0.58 0.28 0.58 0.29 0.43 0.30 0.47 0.74 0.43 0.59 0.33 0.29 0.45 0.29 0.33 0.29
C3' 0.16 0.31 0.23 0.14 0.60 0.16 0.61 0.25 0.45 0.25 0.48 0.73 0.33 0.45 0.19 0.17 0.48 0.38 0.47 0.37
C4 0.56 0.65 0.68 0.52 0.39 0.39 0.19 0.28 0.34 0.53 0.61 0.33 0.76 0.72 0.52 0.40 0.29 0.28 0.27 0.25
C4' 0.26 0.44 0.24 0.26 0.75 0.28 0.77 0.36 0.62 0.42 0.62 0.85 0.36 0.45 0.28 0.30 0.56 0.28 0.42 0.37
C5 0.47 0.49 0.62 0.50 0.24 0.36 0.10 0.29 0.19 0.39 0.43 0.30 0.62 0.65 0.50 0.34 0.35 0.28 0.28 0.28
C5' 0.31 0.54 0.17 0.28 0.82 0.30 0.88 0.44 0.77 0.55 0.69 0.88 0.44 0.26 0.13 0.36 0.70 0.42 0.62 0.55
C6 0.39 0.35 0.56 0.47 0.34 0.36 0.39 0.34 0.25 0.26 0.32 0.48 0.51 0.64 0.50 0.32 0.43 0.26 0.28 0.29
N1 0.42 0.35 0.59 0.46 0.43 0.38 0.47 0.34 0.33 0.30 0.34 0.61 0.54 0.70 0.50 0.35 0.42 0.25 0.28 0.28
N3 0.56 0.63 0.68 0.51 0.28 0.39 0.20 0.29 0.32 0.49 0.56 0.26 0.78 0.76 0.51 0.40 0.30 0.27 0.27 0.25
N4 0.63 0.77 0.71 0.55 0.66 0.42 0.47 0.29 0.51 0.65 0.78 0.62 0.84 0.73 0.52 0.46 0.28 0.28 0.26 0.24
O2 0.48 0.44 0.62 0.46 0.32 0.38 0.39 0.31 0.31 0.36 0.33 0.57 0.65 0.76 0.50 0.37 0.34 0.24 0.27 0.26
O2' 0.44 0.48 0.46 0.33 0.68 0.35 0.66 0.33 0.54 0.45 0.58 0.82 0.53 0.62 0.31 0.40 0.47 0.26 0.29 0.27
O3' 0.24 0.35 0.24 0.18 0.61 0.21 0.61 0.28 0.48 0.32 0.50 0.73 0.34 0.44 0.16 0.23 0.50 0.45 0.51 0.41
O4' 0.30 0.40 0.44 0.42 0.77 0.39 0.76 0.41 0.58 0.37 0.62 0.89 0.36 0.61 0.50 0.34 0.53 0.24 0.31 0.33
O5' 0.22 0.44 0.20 0.16 0.53 0.14 0.46 0.22 0.37 0.34 0.52 0.58 0.44 0.23 0.01 0.20 0.45 0.42 0.48 0.39
OP1 0.05 0.24 0.10 0.04 0.24 0.13 0.18 0.24 0.15 0.11 0.28 0.28 0.31 0.15 0.01 0.08 0.31 0.50 0.40 0.35
OP2 0.12 0.15 0.14 0.08 0.19 0.14 0.22 0.25 0.21 0.14 0.17 0.21 0.17 0.11 0.02 0.12 0.29 0.39 0.35 0.23
P 0.04 0.19 0.08 0.01 0.21 0.05 0.18 0.12 0.14 0.09 0.23 0.25 0.23 0.11 0.00 0.03 0.27 0.38 0.35 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.17 0.19 0.09
C2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.09 0.17 0.21 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.05 0.12 0.00 0.02 0.01 0.06 0.29 0.31 0.16
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.02 0.08 0.05 0.11 0.11 0.13 0.01 0.01 0.01 0.11 0.32 0.31 0.20
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.13 0.15 0.18 0.15
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.16 0.13 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.13 0.14 0.15 0.14
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.08 0.12 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.04 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.12 0.13 0.14 0.12
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.15 0.17 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.02 0.12 0.16 0.20 0.13
N4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.15 0.02 0.15 0.17 0.19 0.16
O2 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.15 0.04 0.08 0.20 0.24 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.00 0.04 0.04 0.05 0.27 0.29 0.13
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.11 0.02 0.09 0.05 0.14 0.15 0.15 0.04 0.00 0.02 0.18 0.40 0.34 0.25
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.10 0.14 0.12 0.10
O5' 0.06 0.09 0.06 0.11 0.13 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.12 0.15 0.08 0.05 0.18 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.17 0.29 0.32 0.15 0.16 0.14 0.10 0.13 0.15 0.16 0.17 0.20 0.27 0.40 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.21 0.31 0.31 0.18 0.13 0.15 0.04 0.14 0.17 0.20 0.19 0.24 0.29 0.34 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.11 0.16 0.20 0.15 0.05 0.14 0.02 0.12 0.10 0.13 0.16 0.11 0.13 0.25 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00