ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54684

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 5, 1, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.026 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.016, 0.055, 0.093, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.055 std_dev=0.039
N4 A 0, 0.025, 0.064, 0.103, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.064 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.039, 0.141, 0.243, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.141 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.048, 0.159, 0.269, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.159 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.092, 0.238, 0.383, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.238 std_dev=0.145
C4' A 0, 0.083, 0.233, 0.384, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.233 std_dev=0.151
C3' A 0, 0.070, 0.243, 0.416, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.243 std_dev=0.173
P B 0, 0.242, 0.443, 0.644, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.443 std_dev=0.201
O5' A 0, 0.204, 0.433, 0.662, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.433 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.234, 0.463, 0.692, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.463 std_dev=0.229
O3' A 0, 0.144, 0.381, 0.618, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.381 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.154, 0.399, 0.644, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.399 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.241, 0.490, 0.739, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.490 std_dev=0.249
O5' B 0, 0.230, 0.497, 0.764, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.497 std_dev=0.267
C5' B 0, 0.218, 0.553, 0.887, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.553 std_dev=0.335
OP2 A 0, 0.386, 0.728, 1.070, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.728 std_dev=0.342
P A 0, 0.213, 0.557, 0.900, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.557 std_dev=0.344
C3' B 0, 0.271, 0.630, 0.989, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.630 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.356, 0.721, 1.086, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.721 std_dev=0.365
OP1 A 0, 0.279, 0.725, 1.170, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.725 std_dev=0.445
O2' B 0, 0.334, 0.836, 1.338, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.836 std_dev=0.502
C4' B 0, 0.149, 0.699, 1.249, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.699 std_dev=0.550
C2' B 0, 0.179, 0.753, 1.326, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.753 std_dev=0.574
O4' B 0, -0.133, 0.829, 1.791, 3.867 max_d=3.867 avg_d=0.829 std_dev=0.962
C1' B 0, -0.192, 0.913, 2.018, 4.480 max_d=4.480 avg_d=0.913 std_dev=1.105
C6 B 0, -0.532, 0.944, 2.420, 5.960 max_d=5.960 avg_d=0.944 std_dev=1.476
N1 B 0, -0.515, 1.004, 2.523, 6.103 max_d=6.103 avg_d=1.004 std_dev=1.519
C5 B 0, -0.883, 1.138, 3.158, 8.102 max_d=8.102 avg_d=1.138 std_dev=2.020
C2 B 0, -0.841, 1.300, 3.440, 8.552 max_d=8.552 avg_d=1.300 std_dev=2.141
O2 B 0, -0.856, 1.475, 3.806, 9.367 max_d=9.367 avg_d=1.475 std_dev=2.331
C4 B 0, -1.155, 1.393, 3.941, 10.142 max_d=10.142 avg_d=1.393 std_dev=2.548
N3 B 0, -1.126, 1.477, 4.080, 10.355 max_d=10.355 avg_d=1.477 std_dev=2.603
N4 B 0, -1.425, 1.668, 4.762, 12.334 max_d=12.334 avg_d=1.668 std_dev=3.094

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.07 0.13 0.19 0.09
C2 0.04 0.00 0.08 0.09 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.10 0.04 0.12 0.18 0.26 0.16
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05 0.15 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.24 0.11
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.10 0.05 0.08 0.08 0.14 0.02 0.01 0.02 0.08 0.20 0.24 0.13
C4 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.10 0.03 0.18 0.24 0.30 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.12 0.13 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.13 0.04 0.20 0.23 0.27 0.22
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.09 0.15 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.04 0.16 0.18 0.21 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.11 0.15 0.22 0.13
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.15 0.21 0.29 0.19
N4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.12 0.03 0.20 0.28 0.34 0.26
O2 0.06 0.00 0.15 0.14 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.17 0.06 0.11 0.18 0.27 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.08 0.06 0.15 0.00 0.04 0.04 0.06 0.18 0.23 0.11
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.10 0.02 0.13 0.04 0.12 0.06 0.11 0.12 0.17 0.04 0.00 0.02 0.11 0.25 0.28 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.10 0.10 0.16 0.09
O5' 0.07 0.12 0.06 0.08 0.18 0.03 0.20 0.01 0.16 0.11 0.15 0.20 0.11 0.06 0.11 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.18 0.18 0.20 0.24 0.12 0.23 0.08 0.18 0.15 0.21 0.28 0.18 0.18 0.25 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.26 0.24 0.24 0.30 0.13 0.27 0.06 0.21 0.22 0.29 0.34 0.27 0.23 0.28 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.11 0.13 0.22 0.05 0.22 0.02 0.16 0.13 0.19 0.26 0.16 0.11 0.16 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 1.28 0.45 0.20 1.53 0.25 1.23 0.26 0.93 0.94 1.56 1.73 1.26 0.33 0.14 0.37 0.25 0.17 0.16 0.18
C2 0.68 1.51 0.49 0.21 1.99 0.23 1.68 0.21 1.26 1.17 1.90 2.29 1.39 0.36 0.14 0.44 0.20 0.15 0.15 0.13
C2' 0.46 1.13 0.41 0.18 1.42 0.22 1.17 0.20 0.88 0.83 1.41 1.64 1.09 0.28 0.10 0.30 0.24 0.21 0.20 0.19
C3' 0.35 0.86 0.36 0.16 1.11 0.19 0.95 0.16 0.71 0.64 1.08 1.28 0.83 0.23 0.10 0.24 0.24 0.21 0.21 0.19
C4 0.64 1.36 0.43 0.22 1.94 0.19 1.78 0.17 1.35 1.14 1.73 2.22 1.16 0.32 0.19 0.42 0.16 0.15 0.14 0.11
C4' 0.37 0.86 0.38 0.19 0.98 0.21 0.78 0.20 0.60 0.61 1.03 1.11 0.89 0.27 0.16 0.27 0.22 0.16 0.16 0.15
C5 0.55 1.17 0.39 0.21 1.63 0.18 1.54 0.18 1.21 1.01 1.46 1.81 0.99 0.29 0.19 0.35 0.19 0.14 0.16 0.14
C5' 0.26 0.59 0.32 0.19 0.66 0.19 0.54 0.18 0.41 0.42 0.69 0.74 0.62 0.22 0.17 0.21 0.21 0.17 0.17 0.15
C6 0.54 1.17 0.41 0.19 1.52 0.20 1.36 0.22 1.07 0.96 1.44 1.68 1.04 0.29 0.14 0.34 0.23 0.15 0.17 0.17
N1 0.60 1.35 0.46 0.19 1.71 0.23 1.45 0.23 1.11 1.04 1.66 1.93 1.25 0.33 0.13 0.39 0.23 0.15 0.16 0.16
N3 0.69 1.51 0.48 0.22 2.10 0.21 1.83 0.18 1.37 1.21 1.93 2.44 1.34 0.36 0.15 0.45 0.17 0.15 0.14 0.12
N4 0.63 1.31 0.41 0.24 1.96 0.18 1.85 0.15 1.39 1.13 1.69 2.27 1.09 0.32 0.22 0.42 0.14 0.18 0.13 0.11
O2 0.70 1.57 0.51 0.22 2.04 0.25 1.67 0.23 1.24 1.18 1.99 2.38 1.49 0.39 0.14 0.46 0.20 0.15 0.15 0.14
O2' 0.48 1.17 0.42 0.19 1.42 0.23 1.12 0.22 0.82 0.83 1.45 1.65 1.17 0.31 0.13 0.32 0.25 0.20 0.19 0.19
O3' 0.29 0.73 0.33 0.16 0.97 0.18 0.83 0.16 0.61 0.53 0.94 1.14 0.72 0.23 0.13 0.22 0.25 0.24 0.24 0.21
O4' 0.50 1.11 0.43 0.23 1.24 0.27 0.97 0.30 0.75 0.80 1.31 1.37 1.14 0.33 0.20 0.35 0.28 0.18 0.16 0.20
O5' 0.20 0.47 0.29 0.09 0.66 0.11 0.62 0.09 0.49 0.39 0.60 0.75 0.40 0.22 0.02 0.12 0.18 0.18 0.17 0.13
OP1 0.28 0.23 0.11 0.02 0.11 0.11 0.20 0.21 0.17 0.14 0.15 0.16 0.40 0.14 0.01 0.26 0.18 0.23 0.20 0.17
OP2 0.20 0.15 0.06 0.07 0.39 0.27 0.51 0.26 0.40 0.16 0.22 0.48 0.29 0.05 0.02 0.30 0.28 0.25 0.23 0.22
P 0.17 0.10 0.11 0.02 0.28 0.13 0.35 0.16 0.27 0.09 0.17 0.35 0.22 0.10 0.01 0.20 0.18 0.19 0.18 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.21 0.01 0.21 0.21 0.32 0.11
C2 0.03 0.00 0.15 0.14 0.01 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.14 0.14 0.34 0.25 0.60 0.24
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.05 0.02 0.13 0.17 0.18 0.02 0.12 0.06 0.28 0.00 0.01 0.02 0.04 0.17 0.18 0.04
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.20 0.00 0.21 0.01 0.19 0.12 0.18 0.22 0.15 0.02 0.01 0.01 0.10 0.13 0.18 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.09 0.03 0.58 0.27 1.06 0.58
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.15 0.05 0.04 0.09 0.14 0.16 0.01 0.00 0.02 0.26 0.05 0.11
C5 0.01 0.02 0.13 0.21 0.00 0.14 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.14 0.10 0.69 0.45 1.20 0.74
C5' 0.07 0.14 0.17 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.12 0.07 0.12 0.11 0.20 0.05 0.14 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03
C6 0.02 0.01 0.18 0.19 0.01 0.15 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.13 0.14 0.63 0.35 0.98 0.62
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.09 0.01 0.41 0.13 0.65 0.33
N3 0.02 0.01 0.12 0.18 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.10 0.11 0.44 0.19 0.81 0.37
N4 0.02 0.02 0.06 0.22 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.25 0.11 0.03 0.63 0.34 1.19 0.66
O2 0.07 0.01 0.28 0.15 0.02 0.14 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.26 0.25 0.24 0.21 0.47 0.38 0.16
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.24 0.16 0.36 0.05 0.36 0.14 0.12 0.25 0.26 0.00 0.02 0.12 0.09 0.13 0.18 0.08
O3' 0.21 0.14 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.14 0.13 0.09 0.10 0.11 0.25 0.02 0.00 0.15 0.13 0.18 0.20 0.12
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.11 0.03 0.24 0.12 0.15 0.00 0.20 0.29 0.20 0.07
O5' 0.21 0.34 0.04 0.10 0.58 0.02 0.69 0.02 0.63 0.41 0.44 0.63 0.21 0.09 0.13 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.21 0.25 0.17 0.13 0.27 0.26 0.45 0.07 0.35 0.13 0.19 0.34 0.47 0.13 0.18 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.60 0.18 0.18 1.06 0.05 1.20 0.03 0.98 0.65 0.81 1.19 0.38 0.18 0.20 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.24 0.04 0.08 0.58 0.11 0.74 0.03 0.62 0.33 0.37 0.66 0.16 0.08 0.12 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00