ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54685

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 2, 1, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.033 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.034, 0.104, 0.173, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.104 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.027, 0.097, 0.167, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.097 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.042, 0.118, 0.194, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.118 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.047, 0.133, 0.219, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.133 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.045, 0.143, 0.242, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.143 std_dev=0.098
O5' A 0, 0.084, 0.222, 0.359, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.222 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.065, 0.204, 0.342, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.204 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.066, 0.206, 0.345, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.206 std_dev=0.139
P A 0, 0.088, 0.241, 0.394, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.241 std_dev=0.153
OP2 A 0, 0.087, 0.244, 0.401, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.244 std_dev=0.157
OP1 A 0, 0.096, 0.255, 0.414, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.255 std_dev=0.159
C3' B 0, 0.086, 0.250, 0.414, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.250 std_dev=0.164
O4' B 0, 0.096, 0.265, 0.433, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.265 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.115, 0.284, 0.452, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.284 std_dev=0.169
O3' B 0, 0.086, 0.255, 0.425, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.255 std_dev=0.169
C2' B 0, 0.092, 0.265, 0.439, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.265 std_dev=0.173
P B 0, 0.088, 0.266, 0.443, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.266 std_dev=0.177
C2 B 0, 0.156, 0.334, 0.511, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.334 std_dev=0.178
C4' B 0, 0.088, 0.266, 0.443, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.266 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.097, 0.275, 0.454, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.275 std_dev=0.178
O2' B 0, 0.101, 0.285, 0.469, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.285 std_dev=0.184
C4 B 0, 0.165, 0.352, 0.540, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.352 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.176, 0.366, 0.556, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.366 std_dev=0.190
C5' B 0, 0.090, 0.282, 0.473, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.282 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.103, 0.310, 0.518, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.310 std_dev=0.208
O2 B 0, 0.170, 0.385, 0.600, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.385 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.090, 0.306, 0.523, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.306 std_dev=0.216
N4 B 0, 0.177, 0.400, 0.622, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.400 std_dev=0.222
C5 B 0, 0.101, 0.332, 0.563, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.332 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.059, 0.325, 0.592, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.325 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.032, 0.334, 0.636, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.334 std_dev=0.302

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.09 0.07 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.09 0.06 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.06
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.09 0.07 0.07
O2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.13 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.06 0.09 0.04 0.06
O5' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.03 0.03 0.08 0.03 0.09 0.03 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.03 0.07 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.08 0.08 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.06 0.08 0.06 0.13 0.14 0.15 0.09 0.06 0.08 0.14 0.19 0.18 0.09
C2 0.07 0.12 0.09 0.08 0.14 0.07 0.11 0.08 0.07 0.07 0.15 0.18 0.15 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.25 0.09
C2' 0.03 0.09 0.04 0.04 0.12 0.05 0.12 0.07 0.10 0.05 0.11 0.14 0.12 0.05 0.05 0.06 0.15 0.23 0.19 0.12
C3' 0.05 0.09 0.04 0.04 0.13 0.06 0.15 0.08 0.13 0.07 0.11 0.15 0.10 0.05 0.06 0.07 0.18 0.27 0.16 0.12
C4 0.08 0.13 0.10 0.09 0.16 0.08 0.12 0.09 0.07 0.09 0.16 0.19 0.15 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.29 0.10
C4' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.12 0.03 0.15 0.05 0.13 0.05 0.10 0.14 0.12 0.05 0.02 0.06 0.17 0.25 0.13 0.11
C5 0.09 0.13 0.11 0.10 0.14 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.15 0.17 0.15 0.10 0.09 0.10 0.08 0.06 0.26 0.10
C5' 0.04 0.08 0.02 0.03 0.15 0.03 0.19 0.05 0.17 0.08 0.11 0.17 0.11 0.05 0.01 0.06 0.16 0.27 0.12 0.11
C6 0.09 0.13 0.11 0.09 0.13 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.14 0.15 0.15 0.10 0.09 0.10 0.10 0.14 0.21 0.09
N1 0.07 0.12 0.09 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.14 0.16 0.15 0.09 0.08 0.09 0.11 0.14 0.22 0.09
N3 0.07 0.13 0.09 0.08 0.15 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.16 0.19 0.15 0.09 0.08 0.08 0.08 0.05 0.28 0.10
N4 0.09 0.14 0.10 0.09 0.18 0.08 0.14 0.10 0.09 0.10 0.17 0.21 0.15 0.09 0.09 0.09 0.08 0.13 0.32 0.11
O2 0.06 0.13 0.08 0.07 0.14 0.07 0.12 0.07 0.07 0.06 0.15 0.19 0.16 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.25 0.09
O2' 0.03 0.08 0.03 0.03 0.10 0.05 0.12 0.07 0.10 0.04 0.10 0.13 0.12 0.04 0.05 0.06 0.15 0.23 0.20 0.12
O3' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.14 0.09 0.17 0.10 0.16 0.10 0.12 0.16 0.11 0.09 0.09 0.09 0.18 0.28 0.15 0.13
O4' 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.07 0.09 0.06 0.12 0.14 0.16 0.11 0.08 0.10 0.15 0.19 0.13 0.08
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.13 0.03 0.16 0.04 0.14 0.07 0.10 0.15 0.09 0.04 0.01 0.05 0.15 0.27 0.10 0.10
OP1 0.03 0.08 0.03 0.01 0.10 0.02 0.12 0.01 0.10 0.05 0.09 0.11 0.13 0.07 0.01 0.02 0.08 0.23 0.11 0.06
OP2 0.02 0.07 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.04 0.10 0.05 0.08 0.10 0.11 0.05 0.01 0.01 0.15 0.29 0.11 0.09
P 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.11 0.05 0.08 0.11 0.10 0.05 0.00 0.01 0.12 0.26 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.24 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.14 0.12 0.17 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.15 0.19 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.15 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.21 0.15 0.12 0.13
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.13 0.21 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.23 0.14 0.13 0.15
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.11 0.06 0.07 0.11 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.20 0.12 0.13 0.11
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.14 0.11 0.17 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.17 0.14 0.13 0.10
N4 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.22 0.15 0.13 0.15
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.02 0.10 0.11 0.20 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.01 0.02 0.05 0.17 0.22 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.10 0.25 0.13 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.28 0.07
O5' 0.07 0.14 0.03 0.05 0.21 0.01 0.23 0.01 0.20 0.14 0.17 0.22 0.10 0.05 0.10 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.12 0.15 0.18 0.15 0.13 0.14 0.14 0.12 0.11 0.14 0.15 0.11 0.17 0.25 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.17 0.19 0.15 0.12 0.21 0.13 0.16 0.13 0.17 0.13 0.13 0.20 0.22 0.13 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.04 0.05 0.13 0.03 0.15 0.01 0.11 0.06 0.10 0.15 0.05 0.05 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00