ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54686

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 0, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.016, 0.045, 0.074, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.045 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.018, 0.049, 0.079, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.049 std_dev=0.031
P B 0, 0.176, 0.422, 0.667, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.422 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.151, 0.446, 0.742, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.446 std_dev=0.296
O4' A 0, -0.094, 0.247, 0.588, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.247 std_dev=0.341
C2' A 0, -0.110, 0.255, 0.619, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.255 std_dev=0.365
OP2 B 0, 0.148, 0.568, 0.989, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.568 std_dev=0.421
C4' A 0, -0.114, 0.411, 0.937, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.411 std_dev=0.526
O2' A 0, -0.122, 0.456, 1.035, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.456 std_dev=0.578
C3' A 0, -0.104, 0.494, 1.091, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.494 std_dev=0.598
O5' B 0, -0.005, 0.651, 1.308, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.651 std_dev=0.657
C5' A 0, -0.163, 0.657, 1.478, 2.456 max_d=2.456 avg_d=0.657 std_dev=0.820
O5' A 0, -0.191, 0.698, 1.586, 2.703 max_d=2.703 avg_d=0.698 std_dev=0.888
C5 B 0, -0.229, 0.668, 1.565, 3.097 max_d=3.097 avg_d=0.668 std_dev=0.897
O3' A 0, -0.166, 0.760, 1.686, 2.725 max_d=2.725 avg_d=0.760 std_dev=0.926
C6 B 0, -0.265, 0.672, 1.609, 3.205 max_d=3.205 avg_d=0.672 std_dev=0.937
C5' B 0, -0.147, 0.802, 1.751, 3.163 max_d=3.163 avg_d=0.802 std_dev=0.949
C4 B 0, -0.230, 0.737, 1.705, 3.464 max_d=3.464 avg_d=0.737 std_dev=0.968
C3' B 0, -0.280, 0.689, 1.659, 3.379 max_d=3.379 avg_d=0.689 std_dev=0.970
OP2 A 0, -0.230, 0.743, 1.716, 3.351 max_d=3.351 avg_d=0.743 std_dev=0.973
N4 B 0, -0.198, 0.818, 1.834, 3.724 max_d=3.724 avg_d=0.818 std_dev=1.016
N1 B 0, -0.318, 0.716, 1.751, 3.603 max_d=3.603 avg_d=0.716 std_dev=1.035
N3 B 0, -0.247, 0.800, 1.847, 3.731 max_d=3.731 avg_d=0.800 std_dev=1.047
C2 B 0, -0.278, 0.792, 1.862, 3.781 max_d=3.781 avg_d=0.792 std_dev=1.070
P A 0, -0.324, 0.761, 1.847, 3.657 max_d=3.657 avg_d=0.761 std_dev=1.085
C4' B 0, -0.292, 0.794, 1.880, 3.765 max_d=3.765 avg_d=0.794 std_dev=1.086
C2' B 0, -0.383, 0.728, 1.839, 3.856 max_d=3.856 avg_d=0.728 std_dev=1.111
O4' B 0, -0.322, 0.831, 1.984, 3.971 max_d=3.971 avg_d=0.831 std_dev=1.153
O3' B 0, -0.317, 0.836, 1.989, 3.957 max_d=3.957 avg_d=0.836 std_dev=1.153
C1' B 0, -0.391, 0.773, 1.938, 4.046 max_d=4.046 avg_d=0.773 std_dev=1.165
O2 B 0, -0.279, 0.898, 2.074, 4.134 max_d=4.134 avg_d=0.898 std_dev=1.176
O2' B 0, -0.472, 0.909, 2.291, 4.812 max_d=4.812 avg_d=0.909 std_dev=1.382
OP1 A 0, -0.488, 0.948, 2.383, 4.686 max_d=4.686 avg_d=0.948 std_dev=1.436

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.14 0.00 0.10 0.10 0.39 0.19
C2 0.02 0.00 0.16 0.21 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.23 0.08 0.20 0.11 0.33 0.12
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.03 0.03 0.12 0.08 0.15 0.02 0.12 0.03 0.30 0.00 0.05 0.02 0.21 0.23 0.51 0.31
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.26 0.01 0.29 0.02 0.28 0.16 0.24 0.28 0.26 0.02 0.01 0.02 0.07 0.24 0.13 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.26 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.21 0.02 0.31 0.11 0.27 0.10
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.15 0.06 0.07 0.11 0.11 0.24 0.04 0.00 0.01 0.14 0.22 0.10
C5 0.01 0.01 0.12 0.29 0.00 0.14 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.26 0.06 0.35 0.13 0.24 0.13
C5' 0.04 0.12 0.08 0.02 0.19 0.00 0.23 0.00 0.21 0.11 0.15 0.21 0.12 0.16 0.10 0.02 0.01 0.17 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.28 0.00 0.15 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.24 0.08 0.30 0.12 0.29 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.11 0.01 0.18 0.06 0.34 0.12
N3 0.01 0.00 0.12 0.24 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.23 0.06 0.26 0.12 0.31 0.10
N4 0.02 0.01 0.03 0.28 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.24 0.02 0.34 0.14 0.27 0.13
O2 0.03 0.01 0.30 0.26 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.38 0.13 0.18 0.16 0.37 0.17
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.30 0.24 0.30 0.16 0.25 0.17 0.28 0.33 0.31 0.00 0.06 0.16 0.13 0.19 0.50 0.21
O3' 0.14 0.23 0.05 0.01 0.21 0.04 0.26 0.10 0.24 0.11 0.23 0.24 0.38 0.06 0.00 0.08 0.18 0.46 0.17 0.20
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.13 0.16 0.08 0.00 0.03 0.09 0.41 0.23
O5' 0.10 0.20 0.21 0.07 0.31 0.01 0.35 0.01 0.30 0.18 0.26 0.34 0.18 0.13 0.18 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.10 0.11 0.23 0.24 0.11 0.14 0.13 0.17 0.12 0.06 0.12 0.14 0.16 0.19 0.46 0.09 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.33 0.51 0.13 0.27 0.22 0.24 0.07 0.29 0.34 0.31 0.27 0.37 0.50 0.17 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.12 0.31 0.07 0.10 0.10 0.13 0.01 0.12 0.12 0.10 0.13 0.17 0.21 0.20 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.53 0.11 0.25 0.63 0.27 0.55 0.40 0.45 0.39 0.65 0.69 0.55 0.10 0.33 0.24 0.32 0.12 0.16 0.14
C2 0.19 0.35 0.24 0.20 0.29 0.20 0.19 0.29 0.13 0.18 0.40 0.39 0.46 0.32 0.23 0.17 0.26 0.09 0.12 0.13
C2' 0.20 0.49 0.13 0.27 0.57 0.30 0.45 0.48 0.36 0.32 0.61 0.65 0.55 0.15 0.35 0.22 0.32 0.37 0.25 0.20
C3' 0.29 0.55 0.22 0.10 0.62 0.11 0.52 0.19 0.42 0.42 0.64 0.68 0.57 0.22 0.14 0.19 0.35 0.55 0.44 0.38
C4 0.38 0.46 0.39 0.25 0.34 0.27 0.22 0.27 0.29 0.37 0.46 0.33 0.51 0.42 0.18 0.33 0.27 0.11 0.12 0.15
C4' 0.34 0.55 0.26 0.23 0.59 0.25 0.53 0.33 0.47 0.46 0.61 0.63 0.56 0.21 0.28 0.28 0.34 0.39 0.27 0.24
C5 0.23 0.25 0.30 0.21 0.18 0.22 0.15 0.28 0.13 0.17 0.25 0.28 0.33 0.33 0.18 0.22 0.24 0.09 0.11 0.13
C5' 0.35 0.52 0.34 0.19 0.53 0.17 0.48 0.21 0.43 0.44 0.56 0.56 0.53 0.33 0.16 0.24 0.35 0.52 0.36 0.33
C6 0.07 0.27 0.15 0.17 0.42 0.20 0.43 0.34 0.31 0.16 0.38 0.49 0.31 0.22 0.20 0.15 0.28 0.10 0.14 0.13
N1 0.06 0.33 0.12 0.19 0.44 0.20 0.39 0.34 0.27 0.17 0.44 0.53 0.40 0.21 0.25 0.12 0.28 0.10 0.14 0.13
N3 0.35 0.47 0.36 0.23 0.36 0.24 0.21 0.27 0.25 0.35 0.50 0.39 0.55 0.41 0.19 0.29 0.26 0.10 0.12 0.14
N4 0.51 0.60 0.47 0.31 0.57 0.34 0.49 0.29 0.49 0.54 0.62 0.55 0.62 0.49 0.19 0.45 0.32 0.16 0.16 0.19
O2 0.18 0.36 0.21 0.21 0.31 0.19 0.21 0.30 0.14 0.18 0.42 0.42 0.48 0.30 0.26 0.15 0.26 0.09 0.13 0.13
O2' 0.35 0.63 0.26 0.25 0.63 0.29 0.53 0.48 0.45 0.45 0.71 0.69 0.75 0.31 0.25 0.29 0.39 0.42 0.38 0.30
O3' 0.29 0.48 0.23 0.14 0.55 0.13 0.48 0.15 0.40 0.39 0.56 0.61 0.49 0.23 0.12 0.21 0.39 0.73 0.53 0.49
O4' 0.32 0.55 0.20 0.33 0.62 0.34 0.59 0.45 0.52 0.47 0.62 0.64 0.55 0.13 0.39 0.32 0.39 0.21 0.25 0.24
O5' 0.34 0.52 0.38 0.19 0.53 0.07 0.46 0.10 0.40 0.42 0.56 0.56 0.54 0.38 0.02 0.19 0.35 0.61 0.49 0.43
OP1 0.09 0.13 0.13 0.06 0.21 0.28 0.21 0.44 0.17 0.07 0.18 0.25 0.18 0.23 0.02 0.22 0.29 0.71 0.48 0.43
OP2 0.14 0.24 0.05 0.10 0.34 0.21 0.36 0.35 0.30 0.23 0.30 0.37 0.21 0.07 0.02 0.21 0.34 0.75 0.54 0.52
P 0.04 0.18 0.12 0.01 0.25 0.13 0.24 0.26 0.18 0.12 0.23 0.29 0.20 0.18 0.01 0.08 0.22 0.66 0.45 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.14 0.25 0.12
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.17 0.11 0.22 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.09 0.01 0.03 0.01 0.14 0.35 0.23 0.16
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.02 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10 0.02 0.01 0.00 0.21 0.44 0.26 0.25
C4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.23 0.20 0.31 0.24
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.08 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.19 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.04 0.22 0.22 0.38 0.27
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.10 0.13 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.08 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.04 0.17 0.15 0.34 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.13 0.09 0.26 0.16
N3 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.21 0.14 0.25 0.20
N4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.03 0.25 0.25 0.34 0.27
O2 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.03 0.15 0.15 0.19 0.13
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.08 0.07 0.12 0.00 0.06 0.04 0.08 0.37 0.23 0.14
O3' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.13 0.03 0.13 0.03 0.11 0.06 0.12 0.15 0.12 0.06 0.00 0.03 0.22 0.60 0.35 0.35
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.10 0.12 0.32 0.20
O5' 0.06 0.17 0.14 0.21 0.23 0.01 0.22 0.01 0.17 0.13 0.21 0.25 0.15 0.08 0.22 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.11 0.35 0.44 0.20 0.19 0.22 0.08 0.15 0.09 0.14 0.25 0.15 0.37 0.60 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.22 0.23 0.26 0.31 0.19 0.38 0.18 0.34 0.26 0.25 0.34 0.19 0.23 0.35 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.16 0.16 0.25 0.24 0.05 0.27 0.02 0.23 0.16 0.20 0.27 0.13 0.14 0.35 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00