ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54687

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 3, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.017, 0.031, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.023, 0.051, 0.080, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.051 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.025, 0.060, 0.095, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.060 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.011, 0.184, 0.358, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.184 std_dev=0.173
C2' A 0, 0.071, 0.263, 0.455, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.263 std_dev=0.192
P B 0, 0.282, 0.501, 0.719, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.501 std_dev=0.218
C4' A 0, 0.116, 0.363, 0.610, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.363 std_dev=0.247
O2' A 0, 0.162, 0.416, 0.669, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.416 std_dev=0.253
OP1 B 0, 0.401, 0.723, 1.044, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.723 std_dev=0.322
C3' A 0, 0.111, 0.436, 0.762, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.436 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.598, 1.017, 1.435, 1.513 max_d=1.513 avg_d=1.017 std_dev=0.418
OP2 B 0, 0.217, 0.650, 1.083, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.650 std_dev=0.433
C5' A 0, 0.157, 0.593, 1.030, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.593 std_dev=0.437
C4 B 0, 0.670, 1.119, 1.568, 1.741 max_d=1.741 avg_d=1.119 std_dev=0.449
O5' B 0, 0.291, 0.740, 1.190, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.740 std_dev=0.449
C6 B 0, 0.396, 0.857, 1.318, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.857 std_dev=0.461
N4 B 0, 0.848, 1.331, 1.815, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.331 std_dev=0.484
C5' B 0, 0.390, 0.888, 1.385, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.888 std_dev=0.497
O3' A 0, 0.162, 0.680, 1.198, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.680 std_dev=0.518
N3 B 0, 0.600, 1.119, 1.637, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.119 std_dev=0.518
N1 B 0, 0.323, 0.869, 1.416, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.869 std_dev=0.546
C2 B 0, 0.471, 1.040, 1.609, 1.972 max_d=1.972 avg_d=1.040 std_dev=0.569
C3' B 0, 0.281, 0.869, 1.457, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.869 std_dev=0.588
C4' B 0, 0.256, 0.868, 1.481, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.868 std_dev=0.612
O4' B 0, 0.265, 0.896, 1.527, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.896 std_dev=0.631
C2' B 0, 0.288, 0.937, 1.587, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.937 std_dev=0.649
OP2 A 0, 0.424, 1.089, 1.753, 2.155 max_d=2.155 avg_d=1.089 std_dev=0.664
O2 B 0, 0.519, 1.208, 1.897, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.208 std_dev=0.689
C1' B 0, 0.171, 0.862, 1.554, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.862 std_dev=0.692
O5' A 0, 0.197, 0.917, 1.636, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.917 std_dev=0.720
O3' B 0, 0.264, 0.997, 1.731, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.997 std_dev=0.734
P A 0, 0.210, 0.964, 1.718, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.964 std_dev=0.754
O2' B 0, 0.327, 1.179, 2.030, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.179 std_dev=0.851
OP1 A 0, 0.252, 1.181, 2.111, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.181 std_dev=0.930

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.12 0.15 0.42 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04 0.35 0.24 0.29 0.18
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.14 0.04 0.08 0.09 0.17 0.00 0.01 0.01 0.24 0.35 0.41 0.21
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.21 0.00 0.26 0.02 0.24 0.12 0.17 0.23 0.15 0.02 0.01 0.01 0.33 0.46 0.38 0.30
C4 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.25 0.02 0.52 0.31 0.29 0.30
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.13 0.06 0.08 0.13 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.21 0.38 0.09
C5 0.01 0.02 0.13 0.26 0.00 0.14 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.31 0.03 0.55 0.30 0.28 0.31
C5' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.20 0.00 0.22 0.00 0.18 0.11 0.15 0.22 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.18 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.24 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.27 0.05 0.46 0.24 0.28 0.21
N1 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.32 0.20 0.31 0.14
N3 0.02 0.00 0.08 0.17 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.03 0.44 0.28 0.28 0.25
N4 0.01 0.01 0.09 0.23 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.29 0.02 0.56 0.36 0.35 0.36
O2 0.03 0.01 0.17 0.15 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.19 0.08 0.27 0.22 0.31 0.16
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.03 0.07 0.08 0.06 0.09 0.03 0.09 0.03 0.23 0.00 0.04 0.06 0.13 0.35 0.42 0.18
O3' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.25 0.02 0.31 0.02 0.27 0.11 0.18 0.29 0.19 0.04 0.00 0.02 0.32 0.62 0.46 0.41
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.08 0.06 0.02 0.00 0.13 0.14 0.53 0.25
O5' 0.12 0.35 0.24 0.33 0.52 0.01 0.55 0.01 0.46 0.32 0.44 0.56 0.27 0.13 0.32 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.15 0.24 0.35 0.46 0.31 0.21 0.30 0.18 0.24 0.20 0.28 0.36 0.22 0.35 0.62 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.29 0.41 0.38 0.29 0.38 0.28 0.34 0.28 0.31 0.28 0.35 0.31 0.42 0.46 0.53 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.18 0.21 0.30 0.30 0.09 0.31 0.01 0.21 0.14 0.25 0.36 0.16 0.18 0.41 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.48 0.30 0.29 0.42 0.35 0.47 0.55 0.36 0.29 0.45 0.49 0.73 0.44 0.22 0.33 0.50 0.29 0.24 0.27
C2 0.32 0.47 0.33 0.23 0.38 0.34 0.48 0.51 0.38 0.32 0.44 0.41 0.65 0.41 0.18 0.38 0.53 0.31 0.18 0.27
C2' 0.21 0.44 0.27 0.14 0.37 0.20 0.42 0.46 0.29 0.21 0.42 0.46 0.70 0.47 0.15 0.19 0.54 0.40 0.22 0.31
C3' 0.28 0.35 0.38 0.19 0.31 0.17 0.42 0.37 0.36 0.23 0.31 0.37 0.60 0.59 0.27 0.16 0.63 0.51 0.27 0.42
C4 0.27 0.44 0.33 0.18 0.29 0.26 0.29 0.44 0.25 0.28 0.43 0.29 0.56 0.36 0.21 0.34 0.50 0.31 0.16 0.25
C4' 0.27 0.36 0.32 0.20 0.37 0.19 0.44 0.39 0.36 0.26 0.34 0.43 0.58 0.55 0.20 0.17 0.51 0.35 0.17 0.29
C5 0.24 0.46 0.37 0.17 0.24 0.21 0.18 0.47 0.09 0.26 0.42 0.25 0.59 0.40 0.22 0.25 0.50 0.30 0.21 0.25
C5' 0.47 0.42 0.53 0.29 0.43 0.25 0.50 0.29 0.50 0.44 0.39 0.44 0.53 0.75 0.32 0.32 0.54 0.39 0.15 0.34
C6 0.27 0.49 0.37 0.15 0.24 0.26 0.28 0.52 0.20 0.27 0.41 0.25 0.68 0.45 0.16 0.27 0.50 0.30 0.23 0.25
N1 0.26 0.45 0.31 0.22 0.29 0.32 0.40 0.54 0.29 0.24 0.39 0.34 0.68 0.42 0.17 0.32 0.51 0.30 0.22 0.27
N3 0.34 0.48 0.34 0.21 0.40 0.32 0.46 0.48 0.39 0.35 0.48 0.40 0.61 0.39 0.19 0.40 0.52 0.31 0.16 0.25
N4 0.30 0.47 0.34 0.21 0.44 0.24 0.38 0.38 0.31 0.34 0.51 0.47 0.54 0.34 0.26 0.35 0.46 0.31 0.15 0.23
O2 0.37 0.53 0.35 0.28 0.51 0.37 0.57 0.52 0.45 0.39 0.53 0.58 0.69 0.43 0.21 0.42 0.53 0.31 0.18 0.27
O2' 0.27 0.54 0.27 0.21 0.52 0.25 0.49 0.47 0.36 0.31 0.57 0.62 0.79 0.45 0.17 0.27 0.53 0.38 0.23 0.30
O3' 0.28 0.32 0.37 0.22 0.28 0.20 0.40 0.34 0.35 0.20 0.30 0.37 0.59 0.60 0.34 0.17 0.70 0.67 0.37 0.54
O4' 0.28 0.42 0.30 0.36 0.43 0.37 0.48 0.56 0.38 0.29 0.40 0.48 0.66 0.47 0.33 0.30 0.47 0.29 0.28 0.28
O5' 0.35 0.33 0.41 0.14 0.39 0.14 0.53 0.29 0.51 0.36 0.30 0.40 0.46 0.51 0.01 0.22 0.62 0.60 0.33 0.51
OP1 0.15 0.15 0.22 0.03 0.22 0.11 0.33 0.28 0.31 0.17 0.15 0.25 0.28 0.34 0.01 0.07 0.48 0.58 0.36 0.48
OP2 0.11 0.21 0.14 0.11 0.24 0.31 0.33 0.53 0.30 0.15 0.22 0.27 0.34 0.15 0.02 0.26 0.68 0.64 0.43 0.59
P 0.11 0.14 0.19 0.01 0.20 0.12 0.33 0.29 0.31 0.15 0.13 0.23 0.29 0.27 0.00 0.05 0.52 0.53 0.28 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.16 0.24 0.40 0.20
C2 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.09 0.06 0.37 0.43 0.56 0.39
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.03 0.14 0.03 0.07 0.05 0.22 0.00 0.01 0.01 0.28 0.34 0.32 0.25
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.12 0.00 0.21 0.03 0.22 0.07 0.08 0.13 0.18 0.02 0.01 0.01 0.39 0.40 0.24 0.30
C4 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.03 0.54 0.60 0.70 0.57
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.06 0.12 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.13 0.31 0.05
C5 0.01 0.01 0.12 0.21 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.24 0.03 0.57 0.60 0.67 0.58
C5' 0.04 0.14 0.03 0.03 0.24 0.01 0.26 0.00 0.22 0.14 0.19 0.27 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.13 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.24 0.04 0.49 0.49 0.55 0.46
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.35 0.39 0.50 0.35
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.05 0.46 0.52 0.65 0.49
N4 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.58 0.66 0.75 0.62
O2 0.03 0.00 0.22 0.18 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.23 0.08 0.28 0.37 0.53 0.33
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05 0.09 0.03 0.11 0.06 0.25 0.00 0.03 0.05 0.15 0.24 0.28 0.14
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.14 0.01 0.24 0.03 0.24 0.07 0.08 0.16 0.23 0.03 0.00 0.01 0.37 0.43 0.22 0.33
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.08 0.05 0.01 0.00 0.15 0.17 0.43 0.19
O5' 0.16 0.37 0.28 0.39 0.54 0.02 0.57 0.01 0.49 0.35 0.46 0.58 0.28 0.15 0.37 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.43 0.34 0.40 0.60 0.13 0.60 0.13 0.49 0.39 0.52 0.66 0.37 0.24 0.43 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.56 0.32 0.24 0.70 0.31 0.67 0.36 0.55 0.50 0.65 0.75 0.53 0.28 0.22 0.43 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.39 0.25 0.30 0.57 0.05 0.58 0.02 0.46 0.35 0.49 0.62 0.33 0.14 0.33 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00