ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54688

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.022, 0.034, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.034 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.023, 0.036, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.036 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.029, 0.050, 0.071, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.050 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.034, 0.061, 0.088, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.061 std_dev=0.027
OP2 B 0, 0.184, 0.495, 0.806, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.495 std_dev=0.311
P B 0, 0.250, 0.629, 1.008, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.629 std_dev=0.379
O4' A 0, 0.032, 0.421, 0.810, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.421 std_dev=0.389
C2' A 0, -0.044, 0.418, 0.880, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.418 std_dev=0.462
OP1 B 0, 0.581, 1.114, 1.647, 1.820 max_d=1.820 avg_d=1.114 std_dev=0.533
C3' A 0, 0.075, 0.665, 1.254, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.665 std_dev=0.589
C4' A 0, 0.059, 0.653, 1.246, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.653 std_dev=0.593
O5' B 0, 0.385, 1.017, 1.649, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.017 std_dev=0.632
C4 B 0, 0.782, 1.483, 2.183, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.483 std_dev=0.701
C5' B 0, 0.685, 1.392, 2.099, 3.076 max_d=3.076 avg_d=1.392 std_dev=0.707
C5 B 0, 0.485, 1.194, 1.903, 2.825 max_d=2.825 avg_d=1.194 std_dev=0.709
N4 B 0, 1.065, 1.808, 2.551, 2.957 max_d=2.957 avg_d=1.808 std_dev=0.743
O2' A 0, -0.112, 0.633, 1.378, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.633 std_dev=0.745
N3 B 0, 0.816, 1.577, 2.339, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.577 std_dev=0.761
C3' B 0, 0.598, 1.360, 2.122, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.360 std_dev=0.762
OP2 A 0, 0.846, 1.635, 2.424, 3.266 max_d=3.266 avg_d=1.635 std_dev=0.789
C2 B 0, 0.696, 1.490, 2.284, 3.107 max_d=3.107 avg_d=1.490 std_dev=0.794
O3' A 0, 0.108, 0.908, 1.708, 2.456 max_d=2.456 avg_d=0.908 std_dev=0.800
N1 B 0, 0.455, 1.256, 2.058, 3.178 max_d=3.178 avg_d=1.256 std_dev=0.801
C6 B 0, 0.212, 1.018, 1.825, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.018 std_dev=0.807
C2' B 0, 0.685, 1.510, 2.335, 3.525 max_d=3.525 avg_d=1.510 std_dev=0.825
O5' A 0, 0.269, 1.095, 1.921, 3.366 max_d=3.366 avg_d=1.095 std_dev=0.826
C4' B 0, 0.713, 1.551, 2.389, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.551 std_dev=0.838
C1' B 0, 0.647, 1.514, 2.381, 3.640 max_d=3.640 avg_d=1.514 std_dev=0.867
C5' A 0, 0.174, 1.041, 1.908, 3.479 max_d=3.479 avg_d=1.041 std_dev=0.867
O2 B 0, 0.902, 1.774, 2.645, 3.281 max_d=3.281 avg_d=1.774 std_dev=0.872
O4' B 0, 0.630, 1.513, 2.397, 3.714 max_d=3.714 avg_d=1.513 std_dev=0.883
O3' B 0, 0.746, 1.666, 2.585, 3.948 max_d=3.948 avg_d=1.666 std_dev=0.920
P A 0, 0.590, 1.534, 2.478, 3.943 max_d=3.943 avg_d=1.534 std_dev=0.944
O2' B 0, 0.960, 1.996, 3.032, 4.519 max_d=4.519 avg_d=1.996 std_dev=1.036
OP1 A 0, 0.618, 1.912, 3.205, 5.264 max_d=5.264 avg_d=1.912 std_dev=1.294

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.25 0.00 0.11 0.15 0.39 0.23
C2 0.02 0.00 0.20 0.25 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.16 0.18 0.16 0.36 0.18
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.04 0.02 0.15 0.13 0.20 0.02 0.15 0.04 0.36 0.00 0.03 0.02 0.29 0.32 0.55 0.38
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.31 0.00 0.30 0.02 0.25 0.20 0.30 0.34 0.23 0.01 0.00 0.02 0.06 0.19 0.08 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.16 0.03 0.25 0.22 0.38 0.19
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.19 0.08 0.08 0.13 0.13 0.24 0.02 0.00 0.01 0.10 0.16 0.08
C5 0.02 0.01 0.15 0.30 0.00 0.19 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.41 0.19 0.11 0.27 0.25 0.39 0.24
C5' 0.04 0.14 0.13 0.02 0.18 0.01 0.23 0.00 0.22 0.10 0.15 0.20 0.19 0.11 0.17 0.01 0.01 0.12 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.20 0.25 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.40 0.15 0.16 0.21 0.19 0.38 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.02 0.13 0.13 0.37 0.18
N3 0.02 0.00 0.15 0.30 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.13 0.12 0.22 0.18 0.36 0.18
N4 0.02 0.01 0.04 0.34 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.20 0.03 0.28 0.25 0.40 0.21
O2 0.03 0.01 0.36 0.23 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.31 0.25 0.26 0.19 0.19 0.35 0.21
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.27 0.24 0.41 0.11 0.40 0.17 0.16 0.30 0.31 0.00 0.04 0.17 0.21 0.26 0.61 0.32
O3' 0.25 0.14 0.03 0.00 0.16 0.02 0.19 0.17 0.15 0.09 0.13 0.20 0.25 0.04 0.00 0.17 0.23 0.45 0.15 0.25
O4' 0.00 0.16 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.12 0.03 0.26 0.17 0.17 0.00 0.05 0.12 0.37 0.24
O5' 0.11 0.18 0.29 0.06 0.25 0.01 0.27 0.01 0.21 0.13 0.22 0.28 0.19 0.21 0.23 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.15 0.16 0.32 0.19 0.22 0.10 0.25 0.12 0.19 0.13 0.18 0.25 0.19 0.26 0.45 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.36 0.55 0.08 0.38 0.16 0.39 0.04 0.38 0.37 0.36 0.40 0.35 0.61 0.15 0.37 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.18 0.38 0.04 0.19 0.08 0.24 0.01 0.21 0.18 0.18 0.21 0.21 0.32 0.25 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.49 0.24 0.26 0.74 0.24 0.63 0.23 0.47 0.39 0.68 0.84 0.38 0.28 0.31 0.25 0.18 0.30 0.06 0.09
C2 0.36 0.34 0.42 0.32 0.26 0.29 0.23 0.24 0.19 0.29 0.28 0.40 0.46 0.49 0.29 0.30 0.17 0.23 0.08 0.11
C2' 0.14 0.45 0.17 0.26 0.68 0.23 0.52 0.28 0.33 0.28 0.65 0.83 0.40 0.25 0.36 0.13 0.20 0.63 0.31 0.32
C3' 0.25 0.48 0.18 0.15 0.72 0.16 0.66 0.13 0.52 0.42 0.64 0.81 0.38 0.20 0.15 0.22 0.20 0.41 0.27 0.19
C4 0.35 0.40 0.34 0.22 0.34 0.23 0.26 0.20 0.25 0.34 0.39 0.37 0.45 0.35 0.17 0.29 0.17 0.20 0.10 0.13
C4' 0.28 0.48 0.22 0.21 0.65 0.22 0.59 0.20 0.49 0.42 0.60 0.70 0.40 0.23 0.25 0.25 0.20 0.33 0.16 0.12
C5 0.08 0.16 0.11 0.16 0.33 0.18 0.34 0.20 0.21 0.10 0.25 0.40 0.17 0.13 0.19 0.14 0.19 0.22 0.08 0.10
C5' 0.27 0.46 0.23 0.16 0.59 0.15 0.56 0.14 0.48 0.42 0.55 0.63 0.40 0.12 0.14 0.21 0.19 0.35 0.22 0.15
C6 0.22 0.35 0.17 0.23 0.56 0.24 0.56 0.24 0.44 0.33 0.46 0.61 0.27 0.16 0.24 0.25 0.22 0.27 0.07 0.10
N1 0.14 0.22 0.22 0.24 0.52 0.21 0.47 0.21 0.30 0.18 0.39 0.63 0.18 0.27 0.26 0.17 0.16 0.26 0.05 0.09
N3 0.48 0.56 0.48 0.32 0.40 0.33 0.30 0.25 0.34 0.47 0.52 0.40 0.63 0.52 0.25 0.40 0.20 0.21 0.10 0.14
N4 0.46 0.57 0.40 0.24 0.56 0.27 0.48 0.22 0.45 0.50 0.59 0.57 0.59 0.40 0.15 0.40 0.21 0.22 0.15 0.17
O2 0.46 0.45 0.52 0.38 0.26 0.35 0.24 0.27 0.25 0.38 0.35 0.39 0.61 0.62 0.35 0.38 0.19 0.23 0.09 0.12
O2' 0.30 0.65 0.21 0.18 0.73 0.17 0.51 0.27 0.37 0.43 0.81 0.85 0.69 0.23 0.23 0.19 0.27 0.76 0.49 0.45
O3' 0.24 0.32 0.23 0.21 0.46 0.22 0.45 0.19 0.37 0.30 0.40 0.53 0.29 0.28 0.24 0.22 0.21 0.46 0.29 0.23
O4' 0.31 0.51 0.26 0.32 0.68 0.32 0.62 0.31 0.52 0.45 0.64 0.72 0.40 0.27 0.37 0.32 0.27 0.28 0.14 0.19
O5' 0.25 0.42 0.22 0.15 0.56 0.11 0.55 0.08 0.47 0.39 0.50 0.61 0.37 0.17 0.02 0.19 0.19 0.44 0.28 0.21
OP1 0.05 0.20 0.12 0.03 0.31 0.16 0.31 0.30 0.23 0.14 0.27 0.37 0.24 0.19 0.02 0.10 0.27 0.72 0.40 0.43
OP2 0.13 0.19 0.08 0.10 0.38 0.15 0.43 0.21 0.36 0.22 0.28 0.43 0.10 0.08 0.02 0.17 0.28 0.63 0.43 0.41
P 0.04 0.18 0.07 0.02 0.33 0.07 0.35 0.15 0.27 0.16 0.26 0.38 0.15 0.12 0.01 0.04 0.17 0.53 0.28 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.07 0.15 0.15
C2 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.02 0.11 0.15 0.24 0.21
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.07 0.17 0.10 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.15 0.09 0.12 0.16 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.24 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.19 0.02 0.15 0.24 0.32 0.26
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.09 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06
C5 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.21 0.02 0.15 0.26 0.34 0.27
C5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.02 0.13 0.20 0.27 0.24
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.13 0.22 0.20
N3 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02 0.13 0.19 0.28 0.23
N4 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.21 0.02 0.16 0.28 0.35 0.28
O2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.04 0.10 0.13 0.22 0.19
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.06 0.05 0.05 0.12 0.09 0.09
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.19 0.02 0.21 0.03 0.17 0.09 0.14 0.21 0.06 0.06 0.00 0.02 0.06 0.33 0.14 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.06 0.11 0.15 0.18
O5' 0.08 0.11 0.07 0.04 0.15 0.02 0.15 0.01 0.13 0.10 0.13 0.16 0.10 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.15 0.17 0.24 0.24 0.07 0.26 0.06 0.20 0.13 0.19 0.28 0.13 0.12 0.33 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.24 0.10 0.09 0.32 0.04 0.34 0.02 0.27 0.22 0.28 0.35 0.22 0.09 0.14 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.21 0.07 0.06 0.26 0.06 0.27 0.01 0.24 0.20 0.23 0.28 0.19 0.09 0.11 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00