ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54690

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.041 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C3' A 0, 0.021, 0.051, 0.082, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.051 std_dev=0.030
O3' A 0, 0.034, 0.074, 0.113, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.074 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.023, 0.063, 0.103, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.063 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.027, 0.073, 0.119, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.073 std_dev=0.046
C5' A 0, 0.041, 0.114, 0.187, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.114 std_dev=0.073
O5' A 0, 0.034, 0.130, 0.227, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.130 std_dev=0.097
OP2 B 0, 0.088, 0.188, 0.289, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.188 std_dev=0.101
N4 B 0, 0.072, 0.173, 0.274, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.173 std_dev=0.101
C5 B 0, 0.061, 0.167, 0.274, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.167 std_dev=0.106
C4 B 0, 0.064, 0.173, 0.282, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.173 std_dev=0.109
C6 B 0, 0.073, 0.196, 0.318, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.196 std_dev=0.122
P B 0, 0.093, 0.221, 0.348, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.221 std_dev=0.127
N3 B 0, 0.081, 0.212, 0.344, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.212 std_dev=0.132
O5' B 0, 0.105, 0.249, 0.393, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.249 std_dev=0.144
N1 B 0, 0.069, 0.214, 0.359, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.214 std_dev=0.145
C5' B 0, 0.101, 0.249, 0.396, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.249 std_dev=0.148
P A 0, 0.039, 0.191, 0.343, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.191 std_dev=0.152
C2 B 0, 0.072, 0.225, 0.378, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.225 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.094, 0.250, 0.405, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.250 std_dev=0.156
C3' B 0, 0.068, 0.225, 0.382, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.225 std_dev=0.157
O4' B 0, 0.100, 0.257, 0.415, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.257 std_dev=0.158
C1' B 0, 0.085, 0.249, 0.413, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.249 std_dev=0.164
OP1 B 0, 0.115, 0.280, 0.445, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.280 std_dev=0.165
OP2 A 0, 0.043, 0.211, 0.379, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.211 std_dev=0.168
C2' B 0, 0.071, 0.240, 0.410, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.240 std_dev=0.170
O3' B 0, 0.062, 0.238, 0.414, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.238 std_dev=0.176
O2 B 0, 0.087, 0.267, 0.448, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.267 std_dev=0.180
OP1 A 0, 0.054, 0.245, 0.437, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.245 std_dev=0.192
O2' B 0, 0.086, 0.284, 0.483, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.284 std_dev=0.198

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.09 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.04 0.08 0.05
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.06 0.09 0.05
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.03 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.08 0.06
C2 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.09 0.09 0.08
C2' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06
C3' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06
C4 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.10 0.10 0.09
C4' 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.08 0.07
C5 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08
C5' 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08
C6 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07
N1 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.08 0.08 0.07
N3 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.10 0.10 0.09
N4 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.10 0.12 0.11 0.11
O2 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08
O2' 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06
O3' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06
O4' 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.08 0.07
O5' 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.10 0.09
OP1 0.08 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08
OP2 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08
P 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03
N4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00