ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54691

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.014, 0.053, 0.091, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.053 std_dev=0.038
N4 A 0, 0.021, 0.073, 0.124, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.073 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.149, 0.273, 0.397, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.273 std_dev=0.124
O4' A 0, 0.087, 0.221, 0.356, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.221 std_dev=0.135
OP1 A 0, 0.515, 0.855, 1.195, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.855 std_dev=0.340
P A 0, 0.455, 0.808, 1.162, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.808 std_dev=0.353
P B 0, 0.400, 0.756, 1.111, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.756 std_dev=0.355
OP2 B 0, 0.494, 0.860, 1.225, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.860 std_dev=0.366
C5' A 0, 0.341, 0.710, 1.079, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.710 std_dev=0.369
C4' A 0, 0.251, 0.621, 0.990, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.621 std_dev=0.370
OP1 B 0, 0.434, 0.842, 1.249, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.842 std_dev=0.407
C5' B 0, 0.529, 0.949, 1.370, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.949 std_dev=0.420
O5' B 0, 0.498, 0.936, 1.374, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.936 std_dev=0.438
O2' A 0, 0.131, 0.582, 1.033, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.582 std_dev=0.451
C4' B 0, 0.502, 0.954, 1.406, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.954 std_dev=0.452
O3' B 0, 0.413, 0.865, 1.317, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.865 std_dev=0.452
C3' B 0, 0.413, 0.889, 1.366, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.889 std_dev=0.477
O5' A 0, 0.289, 0.769, 1.248, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.769 std_dev=0.479
O4' B 0, 0.558, 1.063, 1.567, 1.654 max_d=1.654 avg_d=1.063 std_dev=0.505
C1' B 0, 0.490, 1.010, 1.530, 1.599 max_d=1.599 avg_d=1.010 std_dev=0.520
N1 B 0, 0.495, 1.072, 1.649, 2.000 max_d=2.000 avg_d=1.072 std_dev=0.577
C2' B 0, 0.395, 0.978, 1.562, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.978 std_dev=0.583
C3' A 0, 0.268, 0.871, 1.473, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.871 std_dev=0.602
O2' B 0, 0.397, 1.005, 1.613, 1.629 max_d=1.629 avg_d=1.005 std_dev=0.608
C6 B 0, 0.437, 1.054, 1.671, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.054 std_dev=0.617
C2 B 0, 0.618, 1.287, 1.957, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.287 std_dev=0.670
OP2 A 0, 0.339, 1.048, 1.757, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.048 std_dev=0.709
C5 B 0, 0.503, 1.227, 1.950, 2.720 max_d=2.720 avg_d=1.227 std_dev=0.724
O2 B 0, 0.632, 1.359, 2.087, 2.873 max_d=2.873 avg_d=1.359 std_dev=0.728
N3 B 0, 0.685, 1.489, 2.293, 3.174 max_d=3.174 avg_d=1.489 std_dev=0.804
C4 B 0, 0.644, 1.457, 2.270, 3.203 max_d=3.203 avg_d=1.457 std_dev=0.813
N4 B 0, 0.704, 1.699, 2.694, 3.820 max_d=3.820 avg_d=1.699 std_dev=0.995
O3' A 0, 0.396, 1.553, 2.710, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.553 std_dev=1.157

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.29 0.01 0.17 0.18 0.71 0.30
C2 0.02 0.00 0.11 0.18 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.33 0.31 0.02 0.26 0.18 0.59 0.22
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.14 0.07 0.03 0.09 0.05 0.17 0.00 0.04 0.02 0.29 0.34 0.72 0.38
C3' 0.03 0.18 0.01 0.00 0.30 0.01 0.34 0.03 0.30 0.19 0.24 0.33 0.18 0.03 0.01 0.02 0.09 0.18 0.43 0.16
C4 0.02 0.01 0.04 0.30 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.34 0.20 0.02 0.43 0.28 0.45 0.24
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.16 0.08 0.08 0.13 0.08 0.25 0.03 0.01 0.02 0.12 0.48 0.18
C5 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.17 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.22 0.04 0.48 0.31 0.43 0.25
C5' 0.05 0.11 0.14 0.03 0.23 0.01 0.29 0.00 0.25 0.13 0.16 0.26 0.07 0.16 0.19 0.02 0.01 0.25 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.30 0.01 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.18 0.04 0.40 0.24 0.54 0.21
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.19 0.01 0.26 0.18 0.63 0.23
N3 0.02 0.00 0.09 0.24 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.36 0.26 0.02 0.34 0.22 0.51 0.21
N4 0.02 0.02 0.05 0.33 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.36 0.22 0.03 0.48 0.33 0.41 0.28
O2 0.03 0.01 0.17 0.18 0.02 0.08 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.36 0.48 0.03 0.18 0.18 0.64 0.25
O2' 0.01 0.33 0.00 0.03 0.34 0.25 0.27 0.16 0.21 0.21 0.36 0.36 0.36 0.00 0.05 0.16 0.21 0.25 0.71 0.29
O3' 0.29 0.31 0.04 0.01 0.20 0.03 0.22 0.19 0.18 0.19 0.26 0.22 0.48 0.05 0.00 0.17 0.27 0.48 0.46 0.33
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.16 0.17 0.00 0.08 0.18 0.74 0.35
O5' 0.17 0.26 0.29 0.09 0.43 0.02 0.48 0.01 0.40 0.26 0.34 0.48 0.18 0.21 0.27 0.08 0.00 0.02 0.04 0.00
OP1 0.18 0.18 0.34 0.18 0.28 0.12 0.31 0.25 0.24 0.18 0.22 0.33 0.18 0.25 0.48 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.71 0.59 0.72 0.43 0.45 0.48 0.43 0.17 0.54 0.63 0.51 0.41 0.64 0.71 0.46 0.74 0.04 0.02 0.00 0.03
P 0.30 0.22 0.38 0.16 0.24 0.18 0.25 0.01 0.21 0.23 0.21 0.28 0.25 0.29 0.33 0.35 0.00 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.54 0.32 0.32 0.60 0.32 0.64 0.38 0.53 0.42 0.59 0.63 0.69 0.37 0.31 0.35 0.48 0.30 0.29 0.31
C2 0.39 0.64 0.38 0.29 0.64 0.32 0.69 0.35 0.57 0.46 0.69 0.68 0.83 0.41 0.26 0.39 0.44 0.28 0.29 0.31
C2' 0.23 0.48 0.19 0.27 0.59 0.29 0.59 0.42 0.47 0.34 0.59 0.67 0.61 0.23 0.28 0.27 0.53 0.46 0.37 0.39
C3' 0.19 0.32 0.19 0.15 0.41 0.15 0.41 0.17 0.33 0.25 0.39 0.47 0.38 0.28 0.19 0.19 0.27 0.39 0.42 0.27
C4 0.35 0.69 0.38 0.30 0.54 0.30 0.43 0.34 0.40 0.41 0.77 0.57 0.84 0.40 0.28 0.36 0.40 0.24 0.28 0.31
C4' 0.18 0.27 0.18 0.20 0.44 0.18 0.46 0.21 0.37 0.25 0.36 0.48 0.27 0.27 0.23 0.19 0.31 0.26 0.27 0.15
C5 0.32 0.66 0.37 0.28 0.48 0.28 0.34 0.34 0.33 0.39 0.70 0.48 0.80 0.39 0.28 0.32 0.43 0.23 0.29 0.31
C5' 0.14 0.19 0.13 0.08 0.28 0.05 0.30 0.13 0.26 0.18 0.24 0.31 0.17 0.25 0.10 0.10 0.28 0.42 0.47 0.32
C6 0.32 0.60 0.35 0.26 0.42 0.30 0.43 0.37 0.40 0.38 0.59 0.40 0.77 0.38 0.24 0.33 0.47 0.26 0.29 0.31
N1 0.35 0.59 0.34 0.29 0.55 0.31 0.60 0.37 0.52 0.42 0.61 0.55 0.78 0.38 0.26 0.36 0.47 0.29 0.30 0.32
N3 0.39 0.66 0.39 0.30 0.58 0.32 0.61 0.35 0.52 0.45 0.73 0.62 0.86 0.42 0.26 0.40 0.41 0.26 0.29 0.31
N4 0.34 0.70 0.39 0.32 0.63 0.31 0.35 0.34 0.33 0.41 0.85 0.73 0.83 0.40 0.31 0.35 0.38 0.24 0.26 0.32
O2 0.42 0.64 0.38 0.29 0.75 0.32 0.77 0.35 0.62 0.50 0.73 0.84 0.82 0.42 0.27 0.41 0.43 0.30 0.29 0.30
O2' 0.34 0.65 0.32 0.22 0.74 0.24 0.71 0.41 0.54 0.45 0.76 0.85 0.83 0.44 0.21 0.27 0.59 0.64 0.57 0.55
O3' 0.15 0.30 0.17 0.15 0.54 0.13 0.50 0.16 0.36 0.24 0.46 0.64 0.25 0.32 0.28 0.13 0.25 0.55 0.43 0.32
O4' 0.26 0.36 0.28 0.34 0.49 0.32 0.55 0.37 0.46 0.32 0.41 0.52 0.48 0.35 0.37 0.30 0.44 0.19 0.21 0.23
O5' 0.28 0.34 0.27 0.21 0.36 0.18 0.38 0.23 0.38 0.34 0.35 0.36 0.34 0.27 0.03 0.25 0.42 0.55 0.70 0.52
OP1 0.07 0.11 0.15 0.04 0.09 0.16 0.10 0.31 0.10 0.05 0.12 0.11 0.18 0.26 0.01 0.09 0.24 0.45 0.41 0.29
OP2 0.18 0.39 0.17 0.13 0.45 0.17 0.36 0.28 0.29 0.30 0.45 0.50 0.37 0.13 0.03 0.18 0.29 0.62 0.52 0.42
P 0.04 0.15 0.09 0.01 0.15 0.06 0.10 0.14 0.08 0.08 0.17 0.18 0.17 0.16 0.00 0.04 0.18 0.43 0.46 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.08 0.18 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.14 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.02 0.25 0.39 0.55 0.38
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.07 0.05 0.14 0.00 0.02 0.01 0.06 0.29 0.33 0.19
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.03 0.07 0.07 0.14 0.11 0.17 0.02 0.01 0.01 0.07 0.32 0.35 0.22
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.06 0.32 0.45 0.63 0.46
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.08 0.12 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.16 0.14 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.07 0.29 0.34 0.48 0.36
C5' 0.03 0.14 0.03 0.03 0.21 0.01 0.21 0.00 0.16 0.11 0.19 0.24 0.11 0.06 0.04 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.07 0.02 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.06 0.21 0.24 0.34 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.19 0.28 0.39 0.27
N3 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.08 0.01 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.31 0.47 0.65 0.46
N4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.12 0.01 0.24 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.13 0.07 0.35 0.50 0.69 0.51
O2 0.06 0.00 0.14 0.17 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.17 0.04 0.22 0.38 0.55 0.36
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.10 0.08 0.16 0.00 0.05 0.08 0.07 0.30 0.33 0.19
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.11 0.02 0.08 0.04 0.07 0.06 0.14 0.13 0.17 0.05 0.00 0.02 0.10 0.40 0.43 0.28
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.04 0.08 0.02 0.00 0.05 0.10 0.11 0.07
O5' 0.08 0.25 0.06 0.07 0.32 0.02 0.29 0.01 0.21 0.19 0.31 0.35 0.22 0.07 0.10 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.18 0.39 0.29 0.32 0.45 0.16 0.34 0.10 0.24 0.28 0.47 0.50 0.38 0.30 0.40 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.55 0.33 0.35 0.63 0.14 0.48 0.05 0.34 0.39 0.65 0.69 0.55 0.33 0.43 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.38 0.19 0.22 0.46 0.07 0.36 0.01 0.25 0.27 0.46 0.51 0.36 0.19 0.28 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00