ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54694

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C4' A 0, 0.097, 0.357, 0.617, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.357 std_dev=0.260
O4' A 0, 0.057, 0.318, 0.579, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.318 std_dev=0.261
C2' A 0, 0.060, 0.324, 0.588, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.324 std_dev=0.264
OP1 B 0, 0.224, 0.598, 0.971, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.598 std_dev=0.373
P B 0, 0.176, 0.579, 0.983, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.579 std_dev=0.403
OP2 B 0, 0.310, 0.728, 1.147, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.728 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.215, 0.696, 1.177, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.696 std_dev=0.481
O5' A 0, 0.284, 0.815, 1.346, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.815 std_dev=0.531
C6 B 0, 0.209, 0.821, 1.433, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.821 std_dev=0.612
C4 B 0, 0.138, 0.789, 1.440, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.789 std_dev=0.651
N4 B 0, 0.120, 0.807, 1.495, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.807 std_dev=0.688
C5' B 0, 0.185, 0.889, 1.593, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.889 std_dev=0.704
OP1 A 0, 0.263, 0.975, 1.687, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.975 std_dev=0.712
O2' A 0, 0.013, 0.725, 1.438, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.725 std_dev=0.712
O5' B 0, 0.124, 0.901, 1.678, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.901 std_dev=0.777
C3' A 0, -0.090, 0.697, 1.484, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.697 std_dev=0.787
C5' A 0, 0.096, 0.969, 1.843, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.969 std_dev=0.873
N3 B 0, 0.224, 1.107, 1.990, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.107 std_dev=0.883
N1 B 0, 0.139, 1.157, 2.174, 2.581 max_d=2.581 avg_d=1.157 std_dev=1.018
C2 B 0, 0.234, 1.337, 2.440, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.337 std_dev=1.103
P A 0, 0.055, 1.226, 2.398, 2.980 max_d=2.980 avg_d=1.226 std_dev=1.172
O4' B 0, 0.030, 1.231, 2.431, 3.076 max_d=3.076 avg_d=1.231 std_dev=1.200
C4' B 0, 0.022, 1.261, 2.501, 3.070 max_d=3.070 avg_d=1.261 std_dev=1.239
C1' B 0, -0.013, 1.419, 2.850, 3.481 max_d=3.481 avg_d=1.419 std_dev=1.432
O2 B 0, 0.292, 1.745, 3.198, 3.898 max_d=3.898 avg_d=1.745 std_dev=1.453
C3' B 0, -0.017, 1.518, 3.053, 3.724 max_d=3.724 avg_d=1.518 std_dev=1.535
O3' A 0, -0.377, 1.177, 2.731, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.177 std_dev=1.554
C2' B 0, -0.119, 1.682, 3.484, 4.265 max_d=4.265 avg_d=1.682 std_dev=1.802
O3' B 0, -0.133, 1.974, 4.082, 5.062 max_d=5.062 avg_d=1.974 std_dev=2.107
O2' B 0, -0.346, 2.053, 4.452, 5.533 max_d=5.533 avg_d=2.053 std_dev=2.399
OP2 A 0, -0.346, 2.084, 4.514, 5.706 max_d=5.706 avg_d=2.084 std_dev=2.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.25 0.00 0.10 0.46 0.14 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.00 0.02 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.44 0.12 0.02 0.21 0.30 0.57 0.35
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.19 0.07 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.14 0.30 0.31 0.08
C3' 0.03 0.12 0.00 0.00 0.37 0.00 0.48 0.01 0.45 0.23 0.22 0.40 0.10 0.01 0.01 0.05 0.38 0.13 0.41 0.08
C4 0.02 0.00 0.01 0.37 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.24 0.05 0.33 0.18 1.28 0.68
C4' 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.06 0.05 0.35 0.02 0.00 0.02 0.39 0.70 0.28
C5 0.02 0.00 0.06 0.48 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.37 0.07 0.36 0.19 1.41 0.75
C5' 0.10 0.19 0.19 0.01 0.16 0.01 0.12 0.00 0.10 0.13 0.19 0.17 0.21 0.16 0.23 0.02 0.00 0.23 0.46 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.45 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.29 0.08 0.32 0.18 1.03 0.58
N1 0.02 0.00 0.01 0.23 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.03 0.04 0.22 0.29 0.54 0.34
N3 0.02 0.00 0.06 0.22 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.45 0.07 0.03 0.27 0.21 0.92 0.52
N4 0.02 0.00 0.01 0.40 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.30 0.05 0.35 0.21 1.50 0.78
O2 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.59 0.37 0.01 0.15 0.40 0.27 0.20
O2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.34 0.35 0.18 0.16 0.09 0.20 0.45 0.37 0.59 0.00 0.05 0.22 0.33 0.16 0.31 0.14
O3' 0.25 0.12 0.01 0.01 0.24 0.02 0.37 0.23 0.29 0.03 0.07 0.30 0.37 0.05 0.00 0.19 0.46 0.19 0.63 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.07 0.02 0.08 0.04 0.03 0.05 0.01 0.22 0.19 0.00 0.03 0.51 0.22 0.10
O5' 0.10 0.21 0.14 0.38 0.33 0.02 0.36 0.00 0.32 0.22 0.27 0.35 0.15 0.33 0.46 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.46 0.30 0.30 0.13 0.18 0.39 0.19 0.23 0.18 0.29 0.21 0.21 0.40 0.16 0.19 0.51 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.57 0.31 0.41 1.28 0.70 1.41 0.46 1.03 0.54 0.92 1.50 0.27 0.31 0.63 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.35 0.08 0.08 0.68 0.28 0.75 0.01 0.58 0.34 0.52 0.78 0.20 0.14 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.40 0.46 0.44 0.43 0.44 0.45 0.45 0.43 0.42 0.41 0.44 0.37 0.52 0.48 0.44 0.15 0.14 0.27 0.11
C2 0.36 0.37 0.49 0.55 0.43 0.40 0.44 0.42 0.40 0.37 0.40 0.46 0.33 0.49 0.67 0.31 0.11 0.07 0.22 0.09
C2' 0.52 0.52 0.49 0.47 0.59 0.50 0.61 0.55 0.57 0.53 0.55 0.61 0.47 0.51 0.43 0.54 0.22 0.08 0.14 0.09
C3' 1.03 1.03 0.90 0.85 1.10 0.98 1.11 1.06 1.08 1.04 1.06 1.12 0.97 0.90 0.70 1.09 0.74 0.50 0.43 0.62
C4 0.31 0.35 0.50 0.59 0.43 0.35 0.43 0.38 0.37 0.34 0.39 0.46 0.31 0.46 0.74 0.22 0.12 0.12 0.23 0.11
C4' 0.57 0.52 0.49 0.42 0.53 0.54 0.55 0.57 0.55 0.54 0.52 0.54 0.49 0.56 0.33 0.62 0.29 0.19 0.24 0.17
C5 0.35 0.37 0.48 0.55 0.43 0.38 0.44 0.40 0.40 0.37 0.40 0.46 0.33 0.47 0.67 0.29 0.13 0.07 0.23 0.08
C5' 0.58 0.53 0.52 0.43 0.53 0.55 0.53 0.57 0.54 0.55 0.53 0.52 0.52 0.59 0.34 0.62 0.29 0.28 0.31 0.21
C6 0.40 0.39 0.48 0.50 0.44 0.42 0.45 0.44 0.43 0.40 0.41 0.45 0.35 0.49 0.58 0.37 0.15 0.10 0.24 0.09
N1 0.40 0.39 0.48 0.50 0.44 0.42 0.45 0.44 0.42 0.40 0.41 0.45 0.35 0.50 0.58 0.37 0.14 0.09 0.24 0.09
N3 0.32 0.35 0.50 0.58 0.43 0.37 0.43 0.39 0.38 0.35 0.39 0.46 0.31 0.47 0.74 0.24 0.11 0.10 0.22 0.11
N4 0.27 0.32 0.50 0.62 0.42 0.32 0.41 0.35 0.35 0.31 0.38 0.47 0.29 0.43 0.80 0.16 0.13 0.19 0.26 0.15
O2 0.37 0.37 0.50 0.54 0.43 0.40 0.44 0.42 0.40 0.38 0.40 0.46 0.33 0.50 0.66 0.32 0.11 0.07 0.22 0.09
O2' 0.56 0.52 0.57 0.53 0.52 0.55 0.52 0.56 0.52 0.52 0.52 0.52 0.51 0.63 0.54 0.56 0.19 0.15 0.26 0.09
O3' 1.27 1.26 1.06 0.94 1.29 1.17 1.29 1.22 1.28 1.27 1.28 1.30 1.23 1.10 0.72 1.36 0.95 0.60 0.51 0.77
O4' 0.41 0.35 0.42 0.37 0.37 0.41 0.38 0.39 0.38 0.37 0.35 0.37 0.33 0.51 0.39 0.43 0.16 0.26 0.38 0.20
O5' 0.70 0.65 0.55 0.45 0.70 0.66 0.72 0.74 0.72 0.69 0.67 0.70 0.60 0.58 0.27 0.79 0.50 0.31 0.28 0.38
OP1 1.54 1.36 1.32 1.07 1.20 1.44 1.18 1.30 1.27 1.38 1.27 1.13 1.39 1.53 0.82 1.63 1.04 0.55 0.52 0.73
OP2 2.53 2.48 2.28 2.26 2.62 2.56 2.68 2.75 2.68 2.58 2.53 2.62 2.33 2.13 1.89 2.68 2.47 2.11 2.14 2.32
P 1.48 1.37 1.29 1.20 1.40 1.47 1.44 1.53 1.46 1.44 1.37 1.38 1.30 1.31 0.95 1.59 1.26 0.95 0.90 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.14 0.18 0.33 0.17
C2 0.04 0.00 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.17 0.04 0.34 0.33 0.38 0.35
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.27 0.00 0.02 0.01 0.22 0.29 0.45 0.27
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.13 0.02 0.14 0.04 0.12 0.08 0.25 0.02 0.01 0.02 0.29 0.37 0.47 0.34
C4 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.05 0.52 0.52 0.54 0.53
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.07 0.09 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.11 0.30 0.07
C5 0.03 0.01 0.08 0.13 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.08 0.54 0.54 0.53 0.54
C5' 0.03 0.13 0.01 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.23 0.14 0.17 0.24 0.11 0.04 0.05 0.02 0.00 0.13 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.09 0.46 0.42 0.40 0.42
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.33 0.31 0.35 0.31
N3 0.04 0.00 0.11 0.12 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.03 0.44 0.43 0.47 0.45
N4 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.05 0.55 0.58 0.62 0.59
O2 0.05 0.00 0.27 0.25 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.32 0.06 0.25 0.25 0.35 0.27
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.12 0.08 0.24 0.00 0.06 0.05 0.10 0.19 0.40 0.17
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.08 0.01 0.16 0.05 0.17 0.04 0.14 0.10 0.32 0.06 0.00 0.01 0.24 0.41 0.50 0.35
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.02 0.09 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.07 0.07 0.33 0.10
O5' 0.14 0.34 0.22 0.29 0.52 0.01 0.54 0.00 0.46 0.33 0.44 0.55 0.25 0.10 0.24 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.33 0.29 0.37 0.52 0.11 0.54 0.13 0.42 0.31 0.43 0.58 0.25 0.19 0.41 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.38 0.45 0.47 0.54 0.30 0.53 0.31 0.40 0.35 0.47 0.62 0.35 0.40 0.50 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.35 0.27 0.34 0.53 0.07 0.54 0.01 0.42 0.31 0.45 0.59 0.27 0.17 0.35 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00