ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54695

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.013, 0.042, 0.072, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.066, 0.143, 0.220, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.143 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.046, 0.133, 0.219, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.133 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.063, 0.189, 0.316, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.189 std_dev=0.127
C3' A 0, 0.090, 0.246, 0.402, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.246 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.080, 0.242, 0.404, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.242 std_dev=0.162
O3' B 0, 0.169, 0.341, 0.512, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.341 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.113, 0.296, 0.479, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.296 std_dev=0.183
P A 0, 0.081, 0.282, 0.482, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.282 std_dev=0.200
OP1 A 0, 0.109, 0.320, 0.530, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.320 std_dev=0.210
OP2 B 0, 0.255, 0.473, 0.691, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.473 std_dev=0.218
O3' A 0, 0.139, 0.369, 0.599, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.369 std_dev=0.230
C5' A 0, 0.114, 0.363, 0.612, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.363 std_dev=0.249
C3' B 0, 0.217, 0.466, 0.715, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.466 std_dev=0.249
OP2 A 0, 0.094, 0.349, 0.603, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.349 std_dev=0.255
P B 0, 0.131, 0.404, 0.676, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.404 std_dev=0.273
O5' B 0, 0.301, 0.615, 0.928, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.615 std_dev=0.314
C4' B 0, 0.216, 0.545, 0.874, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.545 std_dev=0.329
C1' B 0, 0.333, 0.676, 1.019, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.676 std_dev=0.343
C5' B 0, 0.143, 0.487, 0.831, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.487 std_dev=0.344
C2' B 0, 0.299, 0.645, 0.991, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.645 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.248, 0.659, 1.071, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.659 std_dev=0.411
N1 B 0, 0.344, 0.818, 1.291, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.818 std_dev=0.473
OP1 B 0, -0.004, 0.528, 1.061, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.528 std_dev=0.532
O2' B 0, 0.227, 0.821, 1.414, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.821 std_dev=0.594
C6 B 0, 0.138, 0.796, 1.453, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.796 std_dev=0.657
C2 B 0, 0.526, 1.255, 1.984, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.255 std_dev=0.729
C5 B 0, 0.228, 1.038, 1.847, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.038 std_dev=0.810
C4 B 0, 0.509, 1.398, 2.286, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.398 std_dev=0.888
N3 B 0, 0.610, 1.544, 2.477, 2.500 max_d=2.500 avg_d=1.544 std_dev=0.934
O2 B 0, 0.517, 1.455, 2.394, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.455 std_dev=0.938
N4 B 0, 0.581, 1.722, 2.863, 3.298 max_d=3.298 avg_d=1.722 std_dev=1.141

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.03 0.14 0.16 0.13 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.08 0.07 0.11 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.10 0.03
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.09 0.07 0.13 0.14 0.11 0.04 0.01 0.00 0.08 0.16 0.15 0.10
C4 0.02 0.00 0.07 0.13 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.04 0.22 0.24 0.23 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.06 0.07 0.11 0.03 0.08 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.04 0.23 0.24 0.22 0.24
C5' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.15 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.11 0.16 0.05 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.05 0.18 0.19 0.12 0.19
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.12 0.14 0.09 0.15
N3 0.02 0.00 0.08 0.13 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.03 0.18 0.20 0.19 0.22
N4 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.05 0.24 0.27 0.28 0.27
O2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.04 0.11 0.13 0.10 0.15
O2' 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.08 0.04 0.08 0.04 0.01 0.05 0.05 0.09 0.00 0.04 0.05 0.08 0.08 0.11 0.07
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.15 0.01 0.13 0.03 0.10 0.08 0.15 0.18 0.13 0.04 0.00 0.00 0.12 0.26 0.20 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.00 0.00 0.05 0.13 0.05 0.11
O5' 0.04 0.14 0.04 0.08 0.22 0.02 0.23 0.01 0.18 0.12 0.18 0.24 0.11 0.08 0.12 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.16 0.09 0.16 0.24 0.05 0.24 0.04 0.19 0.14 0.20 0.27 0.13 0.08 0.26 0.13 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.13 0.10 0.15 0.23 0.04 0.22 0.01 0.12 0.09 0.19 0.28 0.10 0.11 0.20 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.18 0.03 0.10 0.25 0.01 0.24 0.02 0.19 0.15 0.22 0.27 0.15 0.07 0.17 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 0.64 0.49 0.34 0.47 0.38 0.45 0.28 0.43 0.49 0.60 0.47 0.84 0.89 0.24 0.48 0.21 0.18 0.06 0.15
C2 0.61 0.78 0.57 0.42 0.55 0.50 0.51 0.41 0.56 0.63 0.77 0.50 0.92 0.89 0.31 0.65 0.32 0.17 0.03 0.23
C2' 0.43 0.65 0.40 0.24 0.58 0.28 0.51 0.21 0.44 0.47 0.68 0.62 0.82 0.84 0.13 0.41 0.20 0.18 0.10 0.16
C3' 0.26 0.44 0.26 0.12 0.41 0.13 0.36 0.15 0.28 0.27 0.48 0.47 0.61 0.75 0.06 0.23 0.19 0.25 0.18 0.19
C4 0.53 0.62 0.60 0.40 0.48 0.49 0.18 0.43 0.31 0.48 0.65 0.54 0.72 0.83 0.32 0.60 0.37 0.18 0.02 0.27
C4' 0.17 0.26 0.15 0.13 0.28 0.12 0.30 0.16 0.23 0.13 0.28 0.34 0.44 0.66 0.07 0.14 0.19 0.30 0.17 0.20
C5 0.46 0.50 0.60 0.39 0.35 0.44 0.11 0.37 0.14 0.36 0.50 0.42 0.63 0.83 0.31 0.50 0.33 0.15 0.02 0.21
C5' 0.15 0.12 0.08 0.13 0.27 0.11 0.33 0.20 0.28 0.13 0.18 0.31 0.22 0.51 0.09 0.07 0.23 0.38 0.25 0.25
C6 0.47 0.50 0.58 0.39 0.26 0.41 0.15 0.31 0.21 0.36 0.45 0.31 0.67 0.90 0.30 0.48 0.25 0.17 0.04 0.16
N1 0.54 0.65 0.56 0.39 0.39 0.44 0.36 0.34 0.42 0.51 0.59 0.38 0.83 0.93 0.29 0.55 0.26 0.16 0.04 0.17
N3 0.59 0.74 0.59 0.42 0.55 0.52 0.39 0.45 0.51 0.59 0.77 0.55 0.84 0.86 0.32 0.66 0.36 0.20 0.02 0.27
N4 0.49 0.60 0.58 0.38 0.58 0.48 0.29 0.45 0.30 0.46 0.67 0.68 0.67 0.76 0.32 0.58 0.40 0.24 0.06 0.32
O2 0.63 0.85 0.55 0.42 0.73 0.51 0.70 0.42 0.67 0.69 0.89 0.69 0.99 0.87 0.30 0.66 0.31 0.18 0.03 0.23
O2' 0.46 0.69 0.41 0.26 0.66 0.30 0.58 0.23 0.49 0.51 0.74 0.72 0.85 0.81 0.17 0.43 0.20 0.17 0.08 0.16
O3' 0.21 0.42 0.18 0.06 0.45 0.07 0.38 0.15 0.28 0.25 0.49 0.53 0.56 0.65 0.10 0.17 0.19 0.28 0.22 0.20
O4' 0.31 0.35 0.35 0.27 0.27 0.27 0.30 0.21 0.24 0.23 0.30 0.33 0.58 0.82 0.22 0.30 0.17 0.23 0.11 0.15
O5' 0.09 0.19 0.09 0.06 0.29 0.09 0.32 0.21 0.25 0.10 0.25 0.34 0.29 0.54 0.02 0.05 0.27 0.42 0.31 0.31
OP1 0.12 0.07 0.04 0.01 0.20 0.05 0.25 0.19 0.21 0.06 0.12 0.24 0.16 0.12 0.02 0.05 0.25 0.55 0.37 0.36
OP2 0.10 0.21 0.20 0.09 0.33 0.08 0.35 0.26 0.26 0.14 0.28 0.38 0.25 0.35 0.02 0.08 0.33 0.56 0.43 0.43
P 0.11 0.13 0.07 0.01 0.23 0.06 0.28 0.22 0.22 0.08 0.18 0.28 0.20 0.28 0.00 0.02 0.27 0.50 0.34 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.13 0.00 0.16 0.19 0.21 0.21
C2 0.02 0.00 0.13 0.18 0.01 0.04 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.05 0.06 0.33 0.40 0.45 0.46
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.06 0.02 0.17 0.10 0.20 0.03 0.07 0.07 0.29 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.38 0.28
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.20 0.00 0.20 0.03 0.18 0.13 0.20 0.22 0.20 0.02 0.01 0.03 0.04 0.12 0.07 0.03
C4 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.12 0.01 0.26 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.12 0.06 0.47 0.68 0.69 0.70
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.08 0.14 0.03 0.19 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
C5 0.03 0.01 0.17 0.20 0.01 0.16 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.18 0.12 0.48 0.72 0.69 0.71
C5' 0.05 0.14 0.10 0.03 0.26 0.01 0.29 0.00 0.24 0.14 0.20 0.29 0.09 0.11 0.14 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01
C6 0.03 0.02 0.20 0.18 0.02 0.14 0.01 0.24 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.30 0.16 0.12 0.41 0.57 0.53 0.56
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.06 0.02 0.30 0.38 0.38 0.41
N3 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.08 0.01 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.07 0.04 0.42 0.54 0.59 0.60
N4 0.01 0.00 0.07 0.22 0.00 0.14 0.01 0.29 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.14 0.07 0.52 0.78 0.78 0.78
O2 0.03 0.01 0.29 0.20 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.13 0.11 0.28 0.29 0.38 0.37
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.30 0.19 0.34 0.11 0.30 0.17 0.21 0.33 0.19 0.00 0.03 0.12 0.15 0.09 0.37 0.17
O3' 0.13 0.05 0.01 0.01 0.12 0.03 0.18 0.14 0.16 0.06 0.07 0.14 0.13 0.03 0.00 0.06 0.16 0.35 0.17 0.21
O4' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.06 0.01 0.12 0.04 0.12 0.02 0.04 0.07 0.11 0.12 0.06 0.00 0.11 0.23 0.11 0.17
O5' 0.16 0.33 0.26 0.04 0.47 0.02 0.48 0.01 0.41 0.30 0.42 0.52 0.28 0.15 0.16 0.11 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.19 0.40 0.19 0.12 0.68 0.04 0.72 0.05 0.57 0.38 0.54 0.78 0.29 0.09 0.35 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.45 0.38 0.07 0.69 0.04 0.69 0.04 0.53 0.38 0.59 0.78 0.38 0.37 0.17 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.46 0.28 0.03 0.70 0.03 0.71 0.01 0.56 0.41 0.60 0.78 0.37 0.17 0.21 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00