ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54696

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.012, 0.044, 0.076, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.044 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.029, 0.110, 0.191, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.110 std_dev=0.081
C2' A 0, 0.032, 0.120, 0.209, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.120 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.073, 0.264, 0.454, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.264 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.178, 0.390, 0.602, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.390 std_dev=0.212
C4' A 0, 0.041, 0.307, 0.573, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.307 std_dev=0.266
P B 0, 0.127, 0.409, 0.691, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.409 std_dev=0.282
O3' A 0, 0.050, 0.358, 0.666, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.358 std_dev=0.308
O5' B 0, 0.155, 0.482, 0.809, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.482 std_dev=0.327
C3' B 0, 0.081, 0.434, 0.786, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.434 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.085, 0.461, 0.836, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.461 std_dev=0.375
C5' A 0, 0.074, 0.457, 0.839, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.457 std_dev=0.383
O5' A 0, 0.038, 0.424, 0.811, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.424 std_dev=0.387
C5' B 0, 0.051, 0.466, 0.882, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.466 std_dev=0.416
O3' B 0, 0.008, 0.522, 1.037, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.522 std_dev=0.514
OP2 B 0, 0.107, 0.633, 1.159, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.633 std_dev=0.526
O2' B 0, 0.154, 0.686, 1.218, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.686 std_dev=0.532
P A 0, 0.008, 0.552, 1.097, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.552 std_dev=0.544
OP1 B 0, 0.071, 0.641, 1.212, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.641 std_dev=0.570
C4' B 0, -0.020, 0.602, 1.225, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.602 std_dev=0.623
OP2 A 0, 0.089, 0.714, 1.339, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.714 std_dev=0.625
OP1 A 0, 0.102, 0.803, 1.504, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.803 std_dev=0.701
C1' B 0, -0.187, 0.675, 1.537, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.675 std_dev=0.862
O4' B 0, -0.242, 0.770, 1.782, 2.773 max_d=2.773 avg_d=0.770 std_dev=1.012
C6 B 0, -0.113, 1.060, 2.233, 3.176 max_d=3.176 avg_d=1.060 std_dev=1.173
N1 B 0, -0.342, 0.982, 2.305, 3.592 max_d=3.592 avg_d=0.982 std_dev=1.324
C5 B 0, -0.228, 1.482, 3.191, 4.614 max_d=4.614 avg_d=1.482 std_dev=1.709
C2 B 0, -0.703, 1.356, 3.415, 5.460 max_d=5.460 avg_d=1.356 std_dev=2.059
O2 B 0, -0.645, 1.508, 3.661, 5.781 max_d=5.781 avg_d=1.508 std_dev=2.153
C4 B 0, -0.606, 1.824, 4.255, 6.568 max_d=6.568 avg_d=1.824 std_dev=2.431
N3 B 0, -0.859, 1.753, 4.366, 6.951 max_d=6.951 avg_d=1.753 std_dev=2.613
N4 B 0, -0.737, 2.281, 5.300, 8.151 max_d=8.151 avg_d=2.281 std_dev=3.018

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.11 0.14 0.21 0.16
C2 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03 0.14 0.14 0.26 0.18
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.09 0.14 0.10
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.13 0.01 0.14 0.03 0.12 0.09 0.11 0.14 0.07 0.08 0.01 0.01 0.08 0.07 0.12 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.14 0.06 0.25 0.27 0.41 0.29
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.14 0.00 0.17 0.00 0.16 0.09 0.10 0.15 0.03 0.09 0.02 0.00 0.05 0.12 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.05 0.14 0.00 0.17 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.07 0.27 0.28 0.42 0.30
C5' 0.02 0.13 0.02 0.03 0.24 0.00 0.27 0.00 0.23 0.14 0.18 0.26 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.13 0.03 0.03
C6 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.07 0.20 0.19 0.32 0.23
N1 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04 0.12 0.13 0.25 0.17
N3 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.11 0.04 0.20 0.21 0.34 0.23
N4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.15 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.15 0.06 0.28 0.33 0.47 0.32
O2 0.03 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.03 0.11 0.10 0.22 0.15
O2' 0.04 0.04 0.01 0.08 0.04 0.09 0.04 0.10 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.00 0.14 0.04 0.16 0.17 0.16 0.14
O3' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.14 0.02 0.15 0.04 0.13 0.08 0.11 0.15 0.03 0.14 0.00 0.01 0.04 0.11 0.19 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.11 0.19 0.18 0.16
O5' 0.11 0.14 0.11 0.08 0.25 0.05 0.27 0.01 0.20 0.12 0.20 0.28 0.11 0.16 0.04 0.11 0.00 0.05 0.04 0.00
OP1 0.14 0.14 0.09 0.07 0.27 0.12 0.28 0.13 0.19 0.13 0.21 0.33 0.10 0.17 0.11 0.19 0.05 0.00 0.04 0.00
OP2 0.21 0.26 0.14 0.12 0.41 0.06 0.42 0.03 0.32 0.25 0.34 0.47 0.22 0.16 0.19 0.18 0.04 0.04 0.00 0.00
P 0.16 0.18 0.10 0.06 0.29 0.04 0.30 0.03 0.23 0.17 0.23 0.32 0.15 0.14 0.09 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 1.57 0.22 0.23 1.58 0.25 1.01 0.25 0.69 0.92 1.87 1.78 1.76 0.50 0.27 0.39 0.22 0.46 0.23 0.26
C2 0.58 1.70 0.14 0.22 1.93 0.27 1.32 0.23 0.90 1.10 2.09 2.20 1.75 0.53 0.22 0.56 0.16 0.51 0.16 0.21
C2' 0.38 1.49 0.23 0.16 1.58 0.19 1.02 0.23 0.67 0.86 1.82 1.83 1.66 0.51 0.19 0.30 0.18 0.44 0.17 0.22
C3' 0.30 1.23 0.28 0.09 1.31 0.14 0.87 0.17 0.60 0.71 1.50 1.52 1.39 0.51 0.10 0.19 0.09 0.32 0.17 0.14
C4 0.55 1.39 0.11 0.19 1.65 0.27 1.28 0.20 0.92 1.00 1.67 1.82 1.36 0.52 0.21 0.61 0.14 0.52 0.16 0.17
C4' 0.34 1.17 0.38 0.17 1.15 0.15 0.79 0.19 0.60 0.69 1.37 1.29 1.38 0.46 0.13 0.24 0.08 0.26 0.17 0.12
C5 0.48 1.21 0.13 0.20 1.31 0.26 0.99 0.22 0.74 0.88 1.39 1.38 1.21 0.52 0.22 0.53 0.15 0.48 0.18 0.22
C5' 0.30 0.86 0.43 0.21 0.86 0.14 0.66 0.24 0.54 0.54 1.00 0.96 1.00 0.46 0.11 0.18 0.11 0.26 0.18 0.15
C6 0.46 1.32 0.13 0.22 1.33 0.26 0.92 0.24 0.66 0.88 1.51 1.42 1.39 0.55 0.23 0.45 0.19 0.45 0.22 0.24
N1 0.51 1.57 0.16 0.23 1.65 0.26 1.10 0.24 0.76 0.99 1.87 1.83 1.67 0.54 0.24 0.47 0.19 0.48 0.20 0.24
N3 0.60 1.61 0.11 0.20 1.93 0.28 1.41 0.21 0.97 1.11 1.99 2.21 1.61 0.53 0.20 0.62 0.14 0.53 0.15 0.18
N4 0.53 1.23 0.13 0.17 1.54 0.27 1.28 0.18 0.92 0.93 1.49 1.71 1.18 0.49 0.21 0.63 0.15 0.52 0.21 0.13
O2 0.60 1.80 0.17 0.23 2.05 0.28 1.36 0.23 0.91 1.13 2.24 2.40 1.90 0.51 0.23 0.57 0.17 0.52 0.16 0.21
O2' 0.42 1.57 0.28 0.19 1.64 0.21 1.04 0.23 0.70 0.89 1.92 1.92 1.79 0.43 0.21 0.32 0.18 0.44 0.19 0.22
O3' 0.30 1.18 0.34 0.09 1.29 0.09 0.87 0.14 0.60 0.68 1.46 1.51 1.33 0.49 0.03 0.15 0.05 0.31 0.20 0.14
O4' 0.39 1.36 0.30 0.22 1.26 0.22 0.83 0.21 0.61 0.78 1.55 1.39 1.61 0.47 0.26 0.32 0.18 0.35 0.23 0.21
O5' 0.26 0.72 0.33 0.12 0.78 0.08 0.57 0.17 0.43 0.45 0.87 0.88 0.79 0.53 0.04 0.13 0.08 0.26 0.19 0.15
OP1 0.37 0.19 0.10 0.03 0.21 0.19 0.15 0.31 0.15 0.18 0.23 0.27 0.25 0.20 0.03 0.33 0.23 0.46 0.24 0.28
OP2 0.22 0.41 0.07 0.13 0.58 0.37 0.49 0.40 0.35 0.30 0.54 0.67 0.37 0.21 0.03 0.33 0.39 0.42 0.45 0.38
P 0.21 0.29 0.09 0.03 0.37 0.19 0.24 0.27 0.11 0.13 0.40 0.45 0.32 0.25 0.01 0.21 0.21 0.33 0.21 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.30 0.01 0.12 0.10 0.23 0.17
C2 0.04 0.00 0.30 0.29 0.01 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.13 0.20 0.11 0.16 0.33 0.26
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.09 0.02 0.27 0.17 0.35 0.06 0.22 0.09 0.57 0.00 0.05 0.01 0.45 0.46 0.62 0.50
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.24 0.01 0.16 0.02 0.13 0.16 0.30 0.26 0.36 0.04 0.01 0.03 0.17 0.22 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.09 0.24 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.13 0.03 0.22 0.38 0.56 0.47
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.20 0.06 0.03 0.08 0.15 0.27 0.04 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.27 0.16 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.54 0.12 0.16 0.38 0.51 0.71 0.61
C5' 0.07 0.17 0.17 0.02 0.20 0.01 0.30 0.00 0.32 0.14 0.18 0.21 0.26 0.11 0.18 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.35 0.13 0.01 0.20 0.01 0.32 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.55 0.16 0.23 0.40 0.43 0.61 0.56
N1 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.15 0.02 0.18 0.20 0.38 0.32
N3 0.03 0.00 0.22 0.30 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.15 0.16 0.13 0.24 0.41 0.34
N4 0.02 0.01 0.09 0.26 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.04 0.23 0.44 0.59 0.50
O2 0.08 0.00 0.57 0.36 0.00 0.15 0.01 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.58 0.16 0.34 0.15 0.16 0.25 0.21
O2' 0.03 0.21 0.00 0.04 0.29 0.27 0.54 0.11 0.55 0.18 0.15 0.31 0.58 0.00 0.09 0.18 0.33 0.38 0.64 0.39
O3' 0.30 0.13 0.05 0.01 0.13 0.04 0.12 0.18 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.09 0.00 0.21 0.10 0.23 0.07 0.06
O4' 0.01 0.20 0.01 0.03 0.03 0.01 0.16 0.03 0.23 0.02 0.16 0.04 0.34 0.18 0.21 0.00 0.15 0.12 0.21 0.19
O5' 0.12 0.11 0.45 0.17 0.22 0.04 0.38 0.01 0.40 0.18 0.13 0.23 0.15 0.33 0.10 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.10 0.16 0.46 0.22 0.38 0.06 0.51 0.06 0.43 0.20 0.24 0.44 0.16 0.38 0.23 0.12 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.33 0.62 0.20 0.56 0.06 0.71 0.03 0.61 0.38 0.41 0.59 0.25 0.64 0.07 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.26 0.50 0.16 0.47 0.04 0.61 0.02 0.56 0.32 0.34 0.50 0.21 0.39 0.06 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00