ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54697

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.016, 0.049, 0.081, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.049 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.028, 0.063, 0.098, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.063 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.103, 0.221, 0.338, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.221 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.119, 0.245, 0.372, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.245 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.135, 0.287, 0.440, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.287 std_dev=0.153
C4' A 0, 0.166, 0.341, 0.517, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.341 std_dev=0.176
C3' A 0, 0.181, 0.379, 0.577, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.379 std_dev=0.198
O3' A 0, 0.268, 0.554, 0.841, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.554 std_dev=0.287
C5' A 0, 0.269, 0.575, 0.882, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.575 std_dev=0.307
P B 0, 0.330, 0.665, 1.000, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.665 std_dev=0.335
OP2 B 0, 0.244, 0.609, 0.975, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.609 std_dev=0.366
P A 0, 0.351, 0.735, 1.119, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.735 std_dev=0.384
O5' A 0, 0.349, 0.754, 1.159, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.754 std_dev=0.405
C2' B 0, 0.460, 0.921, 1.382, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.921 std_dev=0.461
O5' B 0, 0.467, 0.938, 1.409, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.938 std_dev=0.471
O2' B 0, 0.475, 0.950, 1.426, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.950 std_dev=0.475
C3' B 0, 0.484, 0.970, 1.456, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.970 std_dev=0.486
N4 B 0, 0.473, 0.960, 1.446, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.960 std_dev=0.486
C5 B 0, 0.483, 0.976, 1.469, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.976 std_dev=0.493
OP1 B 0, 0.491, 0.987, 1.484, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.987 std_dev=0.496
C4 B 0, 0.490, 0.990, 1.491, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.990 std_dev=0.501
C6 B 0, 0.502, 1.011, 1.521, 1.367 max_d=1.367 avg_d=1.011 std_dev=0.509
OP1 A 0, 0.491, 1.014, 1.537, 1.510 max_d=1.510 avg_d=1.014 std_dev=0.523
O3' B 0, 0.522, 1.047, 1.571, 1.370 max_d=1.370 avg_d=1.047 std_dev=0.525
N3 B 0, 0.522, 1.054, 1.586, 1.450 max_d=1.450 avg_d=1.054 std_dev=0.532
N1 B 0, 0.530, 1.067, 1.604, 1.444 max_d=1.444 avg_d=1.067 std_dev=0.537
C2 B 0, 0.538, 1.084, 1.630, 1.477 max_d=1.477 avg_d=1.084 std_dev=0.546
C5' B 0, 0.547, 1.108, 1.669, 1.537 max_d=1.537 avg_d=1.108 std_dev=0.561
C1' B 0, 0.561, 1.128, 1.696, 1.520 max_d=1.520 avg_d=1.128 std_dev=0.567
C4' B 0, 0.559, 1.127, 1.695, 1.535 max_d=1.535 avg_d=1.127 std_dev=0.568
O2 B 0, 0.573, 1.152, 1.732, 1.558 max_d=1.558 avg_d=1.152 std_dev=0.579
OP2 A 0, 0.565, 1.149, 1.732, 1.620 max_d=1.620 avg_d=1.149 std_dev=0.583
O4' B 0, 0.595, 1.202, 1.809, 1.651 max_d=1.651 avg_d=1.202 std_dev=0.607

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.22 0.07
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09 0.04 0.23 0.09
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.19 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.15 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.11 0.08 0.21 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.12 0.08 0.21 0.09
C5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.11 0.06 0.23 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.04 0.23 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.06 0.22 0.08
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.12 0.09 0.19 0.08
O2 0.05 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.09 0.04 0.23 0.09
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.17 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.11 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.21 0.08
O5' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.09 0.10 0.12 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.08 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.23 0.19 0.15 0.21 0.14 0.21 0.06 0.23 0.23 0.22 0.19 0.23 0.17 0.11 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.09 0.05 0.04 0.08 0.04 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.04 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.12 0.10 0.12 0.09 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08 0.06 0.07 0.12 0.26 0.10
C2 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.16 0.12 0.16 0.12 0.09 0.11 0.08 0.12 0.09 0.09 0.11 0.10 0.21 0.10
C2' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.10 0.25 0.09
C3' 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.09 0.26 0.08
C4 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.11 0.12 0.08 0.08 0.10 0.06 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.21 0.11
C4' 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.14 0.29 0.11
C5 0.07 0.09 0.07 0.05 0.11 0.05 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.13 0.08 0.09 0.06 0.03 0.07 0.10 0.26 0.10
C5' 0.08 0.09 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.05 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.15 0.29 0.12
C6 0.07 0.08 0.07 0.06 0.10 0.05 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.12 0.08 0.10 0.07 0.04 0.07 0.11 0.26 0.09
N1 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.13 0.10 0.12 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.06 0.08 0.10 0.24 0.09
N3 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.15 0.13 0.16 0.12 0.07 0.08 0.07 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.19 0.11
N4 0.07 0.05 0.09 0.08 0.06 0.09 0.06 0.12 0.10 0.07 0.08 0.09 0.05 0.10 0.08 0.06 0.12 0.11 0.17 0.12
O2 0.14 0.13 0.12 0.11 0.15 0.12 0.19 0.13 0.18 0.15 0.13 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12 0.11 0.10 0.21 0.10
O2' 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.11 0.26 0.10
O3' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.11 0.08 0.25 0.07
O4' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.14 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.05 0.16 0.30 0.13
O5' 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.19 0.29 0.16
OP1 0.11 0.10 0.12 0.13 0.10 0.14 0.11 0.16 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.13 0.13 0.10 0.12 0.15 0.25 0.13
OP2 0.09 0.13 0.12 0.10 0.15 0.08 0.15 0.08 0.13 0.12 0.14 0.15 0.12 0.14 0.09 0.06 0.11 0.09 0.22 0.06
P 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.04 0.08 0.11 0.23 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.14 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.04 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.22 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.07 0.24 0.12
C5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.22 0.12
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.18 0.10
N4 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.24 0.12
O2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.04 0.04 0.01 0.03 0.10 0.08
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.09 0.05 0.05 0.08
O3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.09 0.08
O5' 0.01 0.03 0.07 0.07 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.09 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.04 0.03 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.04 0.05 0.22 0.04 0.24 0.05 0.22 0.15 0.18 0.24 0.10 0.05 0.05 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.07 0.03 0.11 0.03 0.12 0.01 0.12 0.10 0.10 0.12 0.08 0.08 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00