ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54699

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.024, 0.062, 0.100, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.062 std_dev=0.038
N4 A 0, 0.005, 0.044, 0.083, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.044 std_dev=0.039
C1' A 0, 0.021, 0.061, 0.101, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.061 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.020, 0.269, 0.518, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.269 std_dev=0.249
O4' A 0, 0.003, 0.263, 0.523, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.263 std_dev=0.260
OP2 B 0, 0.113, 0.407, 0.701, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.407 std_dev=0.294
P B 0, 0.172, 0.519, 0.866, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.519 std_dev=0.347
C4' A 0, 0.041, 0.474, 0.906, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.474 std_dev=0.433
O5' B 0, 0.196, 0.758, 1.321, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.758 std_dev=0.563
OP2 A 0, 0.253, 0.816, 1.379, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.816 std_dev=0.563
OP1 B 0, 0.264, 0.832, 1.400, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.832 std_dev=0.568
O2' A 0, 0.053, 0.637, 1.220, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.637 std_dev=0.584
C3' A 0, 0.086, 0.679, 1.272, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.679 std_dev=0.593
N1 B 0, 0.263, 0.891, 1.520, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.891 std_dev=0.629
C2 B 0, 0.314, 0.958, 1.601, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.958 std_dev=0.643
O2 B 0, 0.420, 1.073, 1.725, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.073 std_dev=0.653
C6 B 0, 0.189, 0.862, 1.535, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.862 std_dev=0.673
C2' B 0, 0.278, 0.954, 1.629, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.954 std_dev=0.675
C3' B 0, 0.216, 0.902, 1.587, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.902 std_dev=0.685
C1' B 0, 0.283, 0.971, 1.658, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.971 std_dev=0.688
C5' A 0, -0.094, 0.600, 1.294, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.600 std_dev=0.694
P A 0, 0.137, 0.858, 1.578, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.858 std_dev=0.721
O3' B 0, 0.209, 0.948, 1.687, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.948 std_dev=0.739
C5' B 0, 0.198, 0.953, 1.708, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.953 std_dev=0.755
O4' B 0, 0.244, 0.999, 1.754, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.999 std_dev=0.755
C4' B 0, 0.212, 0.975, 1.738, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.975 std_dev=0.763
N3 B 0, 0.170, 0.947, 1.723, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.947 std_dev=0.777
O5' A 0, -0.070, 0.722, 1.514, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.722 std_dev=0.792
C5 B 0, 0.113, 0.912, 1.710, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.912 std_dev=0.799
O2' B 0, 0.260, 1.070, 1.881, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.070 std_dev=0.811
C4 B 0, 0.082, 0.942, 1.802, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.942 std_dev=0.860
OP1 A 0, 0.145, 1.031, 1.917, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.031 std_dev=0.886
N4 B 0, 0.091, 1.096, 2.101, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.096 std_dev=1.005
O3' A 0, 0.188, 1.410, 2.633, 3.259 max_d=3.259 avg_d=1.410 std_dev=1.223

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.25 0.01 0.13 0.15 0.06 0.12
C2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.35 0.21 0.06 0.11 0.13 0.06 0.07
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.16 0.08 0.02 0.10 0.06 0.18 0.00 0.04 0.02 0.20 0.25 0.21 0.19
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.29 0.01 0.37 0.02 0.36 0.19 0.19 0.31 0.13 0.02 0.01 0.02 0.15 0.28 0.40 0.22
C4 0.04 0.02 0.06 0.29 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.36 0.14 0.05 0.12 0.12 0.12 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.06 0.11 0.05 0.26 0.02 0.00 0.01 0.16 0.10 0.03
C5 0.03 0.01 0.05 0.37 0.01 0.12 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.29 0.06 0.10 0.11 0.11 0.07
C5' 0.06 0.06 0.16 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.06 0.04 0.08 0.12 0.08 0.10 0.16 0.01 0.01 0.13 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.36 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.25 0.07 0.07 0.09 0.07 0.04
N1 0.02 0.01 0.02 0.19 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.18 0.05 0.03 0.09 0.12 0.05 0.07
N3 0.03 0.01 0.10 0.19 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.40 0.12 0.06 0.12 0.12 0.10 0.08
N4 0.04 0.03 0.06 0.31 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.40 0.18 0.05 0.14 0.15 0.17 0.13
O2 0.04 0.01 0.18 0.13 0.03 0.05 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.39 0.46 0.09 0.13 0.16 0.06 0.10
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.36 0.26 0.25 0.10 0.17 0.18 0.40 0.40 0.39 0.00 0.09 0.19 0.07 0.20 0.18 0.06
O3' 0.25 0.21 0.04 0.01 0.14 0.02 0.29 0.16 0.25 0.05 0.12 0.18 0.46 0.09 0.00 0.16 0.32 0.57 0.66 0.45
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.05 0.09 0.19 0.16 0.00 0.13 0.15 0.12 0.17
O5' 0.13 0.11 0.20 0.15 0.12 0.01 0.10 0.01 0.07 0.09 0.12 0.14 0.13 0.07 0.32 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.13 0.25 0.28 0.12 0.16 0.11 0.13 0.09 0.12 0.12 0.15 0.16 0.20 0.57 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.06 0.21 0.40 0.12 0.10 0.11 0.04 0.07 0.05 0.10 0.17 0.06 0.18 0.66 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.07 0.19 0.22 0.09 0.03 0.07 0.02 0.04 0.07 0.08 0.13 0.10 0.06 0.45 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.45 0.43 0.41 0.66 0.46 0.65 0.51 0.57 0.49 0.55 0.71 0.36 0.47 0.33 0.50 0.59 0.35 0.40 0.43
C2 0.24 0.15 0.31 0.20 0.34 0.26 0.47 0.35 0.35 0.21 0.06 0.48 0.30 0.39 0.16 0.28 0.38 0.37 0.41 0.38
C2' 0.38 0.44 0.37 0.34 0.63 0.37 0.58 0.40 0.48 0.42 0.55 0.72 0.38 0.42 0.27 0.41 0.52 0.29 0.29 0.32
C3' 0.22 0.38 0.17 0.23 0.60 0.26 0.56 0.35 0.43 0.33 0.50 0.69 0.30 0.28 0.15 0.28 0.61 0.76 0.67 0.65
C4 0.26 0.43 0.34 0.13 0.30 0.12 0.09 0.22 0.15 0.29 0.45 0.33 0.50 0.37 0.09 0.13 0.23 0.39 0.39 0.33
C4' 0.29 0.40 0.28 0.32 0.55 0.33 0.50 0.38 0.41 0.35 0.50 0.62 0.32 0.35 0.26 0.34 0.57 0.44 0.42 0.43
C5 0.30 0.35 0.36 0.18 0.18 0.22 0.11 0.32 0.23 0.30 0.32 0.19 0.41 0.37 0.10 0.24 0.38 0.39 0.39 0.37
C5' 0.17 0.40 0.12 0.21 0.48 0.21 0.39 0.29 0.30 0.28 0.48 0.53 0.39 0.11 0.19 0.20 0.54 0.42 0.36 0.40
C6 0.35 0.22 0.38 0.29 0.16 0.36 0.31 0.44 0.34 0.30 0.12 0.21 0.29 0.40 0.19 0.38 0.54 0.38 0.39 0.42
N1 0.34 0.22 0.36 0.30 0.41 0.37 0.51 0.44 0.44 0.33 0.23 0.48 0.26 0.42 0.22 0.40 0.51 0.38 0.41 0.42
N3 0.20 0.32 0.30 0.11 0.09 0.15 0.21 0.25 0.16 0.18 0.30 0.22 0.45 0.37 0.08 0.15 0.26 0.39 0.41 0.34
N4 0.31 0.57 0.37 0.18 0.59 0.07 0.36 0.12 0.28 0.40 0.65 0.66 0.61 0.38 0.14 0.10 0.09 0.40 0.33 0.26
O2 0.25 0.14 0.30 0.23 0.52 0.28 0.57 0.36 0.41 0.25 0.22 0.73 0.23 0.40 0.19 0.30 0.38 0.36 0.41 0.37
O2' 0.46 0.60 0.38 0.37 0.72 0.41 0.66 0.44 0.58 0.54 0.70 0.79 0.57 0.33 0.25 0.48 0.55 0.22 0.22 0.30
O3' 0.26 0.34 0.23 0.20 0.43 0.20 0.41 0.33 0.31 0.29 0.38 0.50 0.39 0.38 0.21 0.22 0.59 0.95 0.71 0.70
O4' 0.43 0.42 0.43 0.48 0.57 0.50 0.57 0.55 0.53 0.46 0.50 0.60 0.31 0.46 0.41 0.50 0.64 0.33 0.39 0.45
O5' 0.16 0.30 0.21 0.04 0.35 0.05 0.27 0.18 0.19 0.20 0.35 0.39 0.30 0.28 0.01 0.07 0.48 0.42 0.32 0.37
OP1 0.07 0.22 0.13 0.01 0.27 0.07 0.18 0.19 0.11 0.12 0.27 0.32 0.22 0.17 0.01 0.02 0.50 0.43 0.31 0.36
OP2 0.07 0.16 0.03 0.06 0.22 0.24 0.15 0.39 0.09 0.08 0.22 0.27 0.15 0.02 0.02 0.21 0.68 0.45 0.32 0.44
P 0.05 0.19 0.11 0.01 0.25 0.10 0.18 0.21 0.11 0.11 0.25 0.29 0.19 0.13 0.00 0.06 0.51 0.42 0.30 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.16 0.26 0.11 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.03 0.18 0.26 0.18 0.17
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.07 0.11 0.01 0.01 0.00 0.04 0.32 0.14 0.10
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.01 0.09 0.02 0.06 0.06 0.13 0.14 0.13 0.01 0.00 0.01 0.10 0.35 0.18 0.14
C4 0.03 0.01 0.06 0.13 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.16 0.03 0.26 0.25 0.21 0.23
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.25 0.08 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.12 0.02 0.32 0.27 0.20 0.27
C5' 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.21 0.06 0.02
C6 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.33 0.28 0.16 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.23 0.26 0.15 0.17
N3 0.03 0.01 0.08 0.13 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.16 0.02 0.20 0.26 0.21 0.19
N4 0.03 0.01 0.07 0.14 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.03 0.26 0.25 0.23 0.25
O2 0.04 0.01 0.11 0.13 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.15 0.04 0.13 0.25 0.17 0.13
O2' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.32 0.13 0.09
O3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.16 0.01 0.12 0.03 0.07 0.06 0.16 0.19 0.15 0.02 0.00 0.01 0.25 0.43 0.26 0.23
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.16 0.22 0.10 0.08
O5' 0.16 0.18 0.04 0.10 0.26 0.01 0.32 0.01 0.33 0.23 0.20 0.26 0.13 0.04 0.25 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.26 0.26 0.32 0.35 0.25 0.25 0.27 0.21 0.28 0.26 0.26 0.25 0.25 0.32 0.43 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.18 0.14 0.18 0.21 0.08 0.20 0.06 0.16 0.15 0.21 0.23 0.17 0.13 0.26 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.10 0.14 0.23 0.03 0.27 0.02 0.24 0.17 0.19 0.25 0.13 0.09 0.23 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00