ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54700

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.014, 0.041, 0.067, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.041 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.015, 0.049, 0.083, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.049 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.009, 0.088, 0.166, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.027, 0.116, 0.205, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.116 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.017, 0.116, 0.215, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.116 std_dev=0.099
O5' B 0, 0.041, 0.154, 0.268, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.154 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.018, 0.132, 0.245, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.132 std_dev=0.114
C3' A 0, 0.023, 0.137, 0.251, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.137 std_dev=0.114
OP1 B 0, 0.034, 0.154, 0.275, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.154 std_dev=0.121
P B 0, 0.039, 0.161, 0.282, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.161 std_dev=0.122
OP2 B 0, 0.040, 0.177, 0.313, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.177 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.021, 0.211, 0.400, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.211 std_dev=0.189
O5' A 0, 0.045, 0.235, 0.425, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.235 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.022, 0.215, 0.408, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.215 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.027, 0.274, 0.521, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.274 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.016, 0.271, 0.525, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.271 std_dev=0.255
P A 0, 0.038, 0.323, 0.608, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.323 std_dev=0.285
C5' B 0, 0.026, 0.318, 0.610, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.318 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.054, 0.353, 0.652, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.353 std_dev=0.299
N1 B 0, 0.039, 0.341, 0.643, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.341 std_dev=0.302
C4 B 0, 0.017, 0.328, 0.638, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.328 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.076, 0.388, 0.699, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.388 std_dev=0.312
N4 B 0, 0.017, 0.329, 0.642, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.313
C1' B 0, 0.049, 0.364, 0.679, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.364 std_dev=0.315
C3' B 0, 0.044, 0.360, 0.677, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.360 std_dev=0.316
O4' B 0, 0.043, 0.359, 0.676, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.359 std_dev=0.317
C4' B 0, 0.039, 0.359, 0.678, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.359 std_dev=0.319
O3' B 0, 0.046, 0.402, 0.758, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.402 std_dev=0.356
N3 B 0, 0.029, 0.401, 0.772, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.401 std_dev=0.371
OP2 A 0, 0.042, 0.413, 0.784, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.413 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.039, 0.413, 0.787, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.413 std_dev=0.374
OP1 A 0, 0.051, 0.473, 0.895, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.473 std_dev=0.422
O2 B 0, 0.048, 0.495, 0.941, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.495 std_dev=0.446

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.12 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.05 0.11 0.18 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.16 0.12
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.07 0.06
C4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.19 0.24 0.14
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.22 0.24 0.16
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.19 0.20 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.17 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.07 0.14 0.21 0.11
N4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.21 0.26 0.16
O2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.03 0.03 0.06 0.14 0.05
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.11 0.00 0.01 0.00 0.09 0.21 0.18 0.14
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01
O5' 0.04 0.05 0.08 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.07 0.10 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 0.11 0.17 0.09 0.19 0.02 0.22 0.02 0.19 0.13 0.14 0.21 0.06 0.21 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.18 0.16 0.07 0.24 0.03 0.24 0.02 0.20 0.17 0.21 0.26 0.14 0.18 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.12 0.06 0.14 0.01 0.16 0.01 0.13 0.09 0.11 0.16 0.05 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.08 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03
C2 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.06 0.07
C2' 0.05 0.09 0.04 0.05 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.04 0.09 0.06 0.11 0.04 0.04 0.07 0.10 0.05 0.06 0.08
C3' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05
C4 0.07 0.09 0.05 0.06 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.05 0.09 0.06 0.12 0.05 0.06 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10
C4' 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.05 0.13 0.04 0.12 0.09 0.08 0.11 0.06 0.11 0.07 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02
C5 0.05 0.09 0.04 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.00 0.04 0.09 0.06 0.11 0.04 0.03 0.07 0.08 0.05 0.07 0.08
C5' 0.08 0.09 0.10 0.07 0.12 0.03 0.12 0.02 0.11 0.09 0.10 0.13 0.08 0.12 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03
C6 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05
N1 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04
N3 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.03 0.09 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09
N4 0.10 0.12 0.08 0.10 0.08 0.12 0.04 0.13 0.04 0.09 0.12 0.08 0.15 0.07 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.12
O2 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06
O2' 0.11 0.17 0.11 0.11 0.12 0.11 0.06 0.11 0.06 0.11 0.17 0.13 0.20 0.10 0.11 0.12 0.14 0.07 0.11 0.12
O3' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05
O4' 0.12 0.11 0.13 0.10 0.14 0.09 0.17 0.08 0.16 0.13 0.11 0.14 0.09 0.14 0.10 0.09 0.03 0.06 0.07 0.04
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.12 0.08 0.05 0.09
OP1 0.17 0.16 0.18 0.19 0.14 0.19 0.14 0.19 0.15 0.16 0.15 0.12 0.17 0.16 0.19 0.18 0.29 0.21 0.20 0.23
OP2 0.08 0.02 0.07 0.11 0.04 0.15 0.04 0.18 0.07 0.05 0.04 0.11 0.02 0.03 0.11 0.13 0.26 0.24 0.18 0.24
P 0.06 0.04 0.06 0.08 0.02 0.10 0.04 0.11 0.05 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.08 0.09 0.20 0.15 0.11 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02 0.03
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.03 0.03
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.07 0.04 0.04 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03
O5' 0.03 0.07 0.03 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.09 0.09 0.07 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00