ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54701

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.004, 0.023, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.007, 0.034, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.009, 0.040, 0.071, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.031
C5 A 0, 0.004, 0.036, 0.068, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.036 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.005, 0.040, 0.074, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.040 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.024, 0.096, 0.168, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.096 std_dev=0.072
O2 A 0, 0.016, 0.108, 0.199, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.108 std_dev=0.092
O2' A 0, -0.004, 0.093, 0.190, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.093 std_dev=0.097
C2' A 0, -0.019, 0.159, 0.336, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.159 std_dev=0.178
O4' A 0, 0.058, 0.294, 0.530, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.294 std_dev=0.236
P B 0, 0.145, 0.494, 0.843, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.494 std_dev=0.349
C4' A 0, 0.006, 0.394, 0.781, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.394 std_dev=0.388
OP1 B 0, 0.154, 0.544, 0.935, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.544 std_dev=0.391
C3' A 0, 0.012, 0.410, 0.809, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.410 std_dev=0.398
C5' A 0, -0.019, 0.425, 0.868, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.425 std_dev=0.443
O3' A 0, 0.026, 0.526, 1.026, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.526 std_dev=0.500
O5' B 0, 0.114, 0.757, 1.399, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.757 std_dev=0.642
OP2 B 0, 0.283, 1.020, 1.757, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.020 std_dev=0.737
C5' B 0, 0.200, 0.967, 1.735, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.967 std_dev=0.768
O5' A 0, 0.455, 1.566, 2.676, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.566 std_dev=1.110
C6 B 0, 0.164, 1.309, 2.454, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.309 std_dev=1.145
O4' B 0, 0.068, 1.235, 2.402, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.235 std_dev=1.167
C4' B 0, 0.236, 1.460, 2.684, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.460 std_dev=1.224
C5 B 0, 0.326, 1.609, 2.892, 3.139 max_d=3.139 avg_d=1.609 std_dev=1.283
N1 B 0, 0.096, 1.532, 2.969, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.532 std_dev=1.436
C3' B 0, 0.325, 1.774, 3.224, 3.551 max_d=3.551 avg_d=1.774 std_dev=1.450
C1' B 0, 0.120, 1.619, 3.119, 3.614 max_d=3.614 avg_d=1.619 std_dev=1.499
C4 B 0, 0.337, 1.931, 3.525, 3.904 max_d=3.904 avg_d=1.931 std_dev=1.594
O3' B 0, 0.481, 2.188, 3.895, 4.166 max_d=4.166 avg_d=2.188 std_dev=1.707
C2 B 0, 0.178, 1.938, 3.698, 4.259 max_d=4.259 avg_d=1.938 std_dev=1.760
N4 B 0, 0.487, 2.254, 4.021, 4.316 max_d=4.316 avg_d=2.254 std_dev=1.767
N3 B 0, 0.242, 2.042, 3.843, 4.381 max_d=4.381 avg_d=2.042 std_dev=1.801
C2' B 0, 0.369, 2.211, 4.054, 4.510 max_d=4.510 avg_d=2.211 std_dev=1.842
P A 0, 0.785, 2.689, 4.593, 4.155 max_d=4.155 avg_d=2.689 std_dev=1.904
OP1 A 0, 0.724, 2.632, 4.539, 4.460 max_d=4.460 avg_d=2.632 std_dev=1.907
O2 B 0, 0.258, 2.342, 4.427, 5.063 max_d=5.063 avg_d=2.342 std_dev=2.084
O2' B 0, 0.530, 2.731, 4.932, 5.390 max_d=5.390 avg_d=2.731 std_dev=2.201
OP2 A 0, 0.983, 3.364, 5.744, 5.162 max_d=5.162 avg_d=3.364 std_dev=2.380

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.04 0.03 0.18 0.42 0.16 0.15
C2 0.06 0.00 0.12 0.18 0.01 0.12 0.03 0.13 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.21 0.07 0.35 0.56 0.27 0.37
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.12 0.08 0.18 0.01 0.06 0.06 0.12 0.26 0.33 0.05
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.16 0.01 0.08 0.03 0.04 0.09 0.20 0.16 0.22 0.02 0.01 0.02 0.15 0.20 0.27 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.10 0.03 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.05 0.50 0.82 0.53 0.67
C4' 0.01 0.12 0.05 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.05 0.08 0.13 0.09 0.16 0.09 0.06 0.00 0.05 0.28 0.24 0.10
C5 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.07 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.07 0.06 0.54 0.85 0.61 0.74
C5' 0.02 0.13 0.03 0.03 0.11 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.13 0.08 0.15 0.09 0.03 0.03 0.03 0.23 0.14 0.06
C6 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.49 0.70 0.47 0.60
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.06 0.36 0.54 0.26 0.38
N3 0.05 0.01 0.12 0.20 0.00 0.13 0.03 0.13 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.22 0.06 0.42 0.69 0.37 0.51
N4 0.02 0.03 0.08 0.16 0.01 0.09 0.05 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.17 0.04 0.53 0.92 0.63 0.76
O2 0.10 0.00 0.18 0.22 0.01 0.16 0.03 0.15 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.26 0.11 0.26 0.43 0.27 0.20
O2' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.09 0.04 0.01 0.05 0.04 0.08 0.00 0.12 0.07 0.17 0.29 0.64 0.30
O3' 0.04 0.21 0.06 0.01 0.16 0.06 0.07 0.03 0.04 0.10 0.22 0.17 0.26 0.12 0.00 0.07 0.12 0.12 0.46 0.22
O4' 0.03 0.07 0.06 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.06 0.04 0.11 0.07 0.07 0.00 0.13 0.42 0.11 0.13
O5' 0.18 0.35 0.12 0.15 0.50 0.05 0.54 0.03 0.49 0.36 0.42 0.53 0.26 0.17 0.12 0.13 0.00 0.02 0.05 0.02
OP1 0.42 0.56 0.26 0.20 0.82 0.28 0.85 0.23 0.70 0.54 0.69 0.92 0.43 0.29 0.12 0.42 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.16 0.27 0.33 0.27 0.53 0.24 0.61 0.14 0.47 0.26 0.37 0.63 0.27 0.64 0.46 0.11 0.05 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.37 0.05 0.10 0.67 0.10 0.74 0.06 0.60 0.38 0.51 0.76 0.20 0.30 0.22 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.12 0.38 0.35 0.20 0.35 0.25 0.26 0.11 0.08 0.04 0.36 0.26 0.52 0.54 0.25 0.29 0.18 0.20 0.07
C2 0.23 0.17 0.32 0.31 0.11 0.29 0.15 0.24 0.09 0.14 0.09 0.22 0.27 0.38 0.41 0.21 0.27 0.20 0.12 0.11
C2' 0.19 0.12 0.26 0.25 0.30 0.30 0.33 0.25 0.20 0.11 0.16 0.43 0.20 0.41 0.40 0.21 0.22 0.21 0.19 0.05
C3' 0.18 0.19 0.22 0.21 0.40 0.28 0.44 0.23 0.31 0.20 0.26 0.53 0.20 0.39 0.35 0.20 0.10 0.25 0.30 0.11
C4 0.24 0.22 0.33 0.31 0.07 0.27 0.06 0.22 0.07 0.17 0.16 0.12 0.29 0.34 0.37 0.21 0.31 0.20 0.15 0.16
C4' 0.18 0.11 0.29 0.25 0.39 0.29 0.42 0.21 0.27 0.11 0.21 0.53 0.19 0.51 0.47 0.19 0.13 0.21 0.33 0.09
C5 0.29 0.21 0.40 0.39 0.12 0.35 0.15 0.28 0.07 0.18 0.13 0.24 0.31 0.44 0.50 0.27 0.33 0.19 0.13 0.11
C5' 0.19 0.12 0.33 0.27 0.46 0.31 0.49 0.20 0.30 0.12 0.27 0.62 0.17 0.60 0.54 0.20 0.09 0.24 0.39 0.14
C6 0.29 0.18 0.41 0.40 0.20 0.38 0.24 0.29 0.11 0.14 0.10 0.35 0.29 0.51 0.57 0.27 0.30 0.18 0.19 0.07
N1 0.25 0.16 0.36 0.35 0.18 0.33 0.22 0.26 0.11 0.12 0.08 0.31 0.27 0.46 0.50 0.24 0.28 0.19 0.16 0.08
N3 0.22 0.20 0.31 0.30 0.06 0.27 0.07 0.23 0.07 0.15 0.14 0.12 0.28 0.33 0.36 0.20 0.28 0.20 0.15 0.15
N4 0.24 0.26 0.30 0.28 0.15 0.22 0.09 0.17 0.13 0.21 0.25 0.09 0.31 0.27 0.30 0.19 0.34 0.22 0.30 0.23
O2 0.21 0.16 0.30 0.29 0.12 0.28 0.17 0.24 0.11 0.13 0.09 0.23 0.26 0.36 0.38 0.20 0.25 0.21 0.11 0.11
O2' 0.16 0.14 0.22 0.22 0.36 0.28 0.38 0.24 0.25 0.14 0.22 0.49 0.17 0.38 0.35 0.19 0.19 0.22 0.19 0.04
O3' 0.20 0.24 0.20 0.20 0.44 0.29 0.46 0.24 0.34 0.24 0.32 0.56 0.23 0.37 0.28 0.23 0.09 0.26 0.29 0.11
O4' 0.25 0.08 0.39 0.34 0.27 0.32 0.33 0.20 0.17 0.05 0.08 0.43 0.24 0.56 0.57 0.23 0.25 0.11 0.30 0.07
O5' 0.66 0.45 0.71 0.77 0.41 0.86 0.42 0.82 0.45 0.50 0.38 0.46 0.52 0.91 0.98 0.75 0.64 0.76 0.38 0.59
OP1 1.03 0.76 1.15 1.19 0.45 1.18 0.51 1.10 0.70 0.83 0.57 0.31 0.85 1.25 1.30 1.09 1.04 0.93 0.66 0.89
OP2 1.50 1.20 1.61 1.48 0.80 1.53 0.82 1.34 1.02 1.23 0.96 0.61 1.37 1.91 1.58 1.50 1.14 1.02 0.68 0.96
P 1.15 0.82 1.25 1.30 0.52 1.33 0.58 1.22 0.77 0.91 0.61 0.37 0.92 1.43 1.48 1.22 1.07 1.01 0.65 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.18 0.27 0.10 0.11
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.08 0.03 0.24 0.28 0.16 0.17
C2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.09 0.01 0.05 0.03 0.08 0.29 0.07 0.09
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.05 0.12 0.07 0.03 0.11 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.29 0.07 0.07
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.02 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.31 0.28 0.24 0.23
C4' 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.03 0.07 0.09 0.01 0.04 0.29 0.05 0.06
C5 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.15 0.01 0.34 0.30 0.26 0.25
C5' 0.03 0.07 0.04 0.05 0.13 0.02 0.16 0.00 0.14 0.08 0.07 0.18 0.09 0.07 0.07 0.03 0.01 0.29 0.08 0.07
C6 0.01 0.02 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.33 0.31 0.21 0.22
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.10 0.02 0.26 0.29 0.15 0.17
N3 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04 0.00 0.03 0.03 0.09 0.07 0.05 0.24 0.25 0.17 0.16
N4 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.05 0.03 0.18 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.14 0.02 0.35 0.33 0.31 0.30
O2 0.04 0.01 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.13 0.11 0.03 0.25 0.31 0.16 0.18
O2' 0.04 0.09 0.01 0.03 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.08 0.13 0.00 0.02 0.08 0.08 0.28 0.08 0.09
O3' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.11 0.09 0.15 0.07 0.15 0.10 0.07 0.14 0.11 0.02 0.00 0.09 0.07 0.27 0.05 0.04
O4' 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.09 0.00 0.18 0.27 0.08 0.10
O5' 0.18 0.24 0.08 0.02 0.31 0.04 0.34 0.01 0.33 0.26 0.24 0.35 0.25 0.08 0.07 0.18 0.00 0.08 0.03 0.02
OP1 0.27 0.28 0.29 0.29 0.28 0.29 0.30 0.29 0.31 0.29 0.25 0.33 0.31 0.28 0.27 0.27 0.08 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.16 0.07 0.07 0.24 0.05 0.26 0.08 0.21 0.15 0.17 0.31 0.16 0.08 0.05 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.11 0.17 0.09 0.07 0.23 0.06 0.25 0.07 0.22 0.17 0.16 0.30 0.18 0.09 0.04 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00