ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54703

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.018
P B 0, 0.073, 0.331, 0.590, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.331 std_dev=0.258
C5' B 0, 0.144, 0.493, 0.842, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.493 std_dev=0.349
O5' B 0, 0.145, 0.539, 0.933, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.539 std_dev=0.394
O4' A 0, -0.120, 0.358, 0.836, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.358 std_dev=0.478
OP2 B 0, 0.114, 0.601, 1.087, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.601 std_dev=0.487
C2' A 0, -0.123, 0.391, 0.906, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.391 std_dev=0.514
C4' A 0, -0.114, 0.478, 1.070, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.478 std_dev=0.592
C4' B 0, 0.111, 0.764, 1.417, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.764 std_dev=0.653
O2' A 0, -0.167, 0.493, 1.153, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.493 std_dev=0.660
C3' A 0, -0.149, 0.593, 1.336, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.593 std_dev=0.743
OP1 B 0, 0.050, 0.887, 1.724, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.887 std_dev=0.837
O3' B 0, -0.047, 0.872, 1.790, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.872 std_dev=0.918
C3' B 0, -0.009, 0.933, 1.875, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.933 std_dev=0.942
O3' A 0, -0.195, 0.791, 1.776, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.791 std_dev=0.986
O4' B 0, 0.058, 1.090, 2.122, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.090 std_dev=1.032
C5' A 0, -0.268, 0.889, 2.046, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.889 std_dev=1.157
C2' B 0, -0.137, 1.262, 2.661, 3.212 max_d=3.212 avg_d=1.262 std_dev=1.399
O5' A 0, -0.320, 1.117, 2.554, 3.146 max_d=3.146 avg_d=1.117 std_dev=1.437
O2' B 0, -0.181, 1.273, 2.726, 3.307 max_d=3.307 avg_d=1.273 std_dev=1.453
C1' B 0, -0.097, 1.369, 2.834, 3.401 max_d=3.401 avg_d=1.369 std_dev=1.466
C6 B 0, 0.038, 1.525, 3.012, 3.541 max_d=3.541 avg_d=1.525 std_dev=1.487
N1 B 0, -0.125, 1.648, 3.421, 4.108 max_d=4.108 avg_d=1.648 std_dev=1.773
C5 B 0, 0.012, 1.811, 3.610, 4.265 max_d=4.265 avg_d=1.811 std_dev=1.799
P A 0, -0.363, 1.438, 3.238, 3.976 max_d=3.976 avg_d=1.438 std_dev=1.800
OP2 A 0, -0.498, 1.771, 4.040, 4.974 max_d=4.974 avg_d=1.771 std_dev=2.269
C2 B 0, -0.322, 2.072, 4.467, 5.428 max_d=5.428 avg_d=2.072 std_dev=2.394
C4 B 0, -0.186, 2.249, 4.684, 5.632 max_d=5.632 avg_d=2.249 std_dev=2.435
O2 B 0, -0.464, 2.179, 4.821, 5.897 max_d=5.897 avg_d=2.179 std_dev=2.642
N3 B 0, -0.343, 2.369, 5.080, 6.165 max_d=6.165 avg_d=2.369 std_dev=2.712
N4 B 0, -0.218, 2.568, 5.353, 6.439 max_d=6.439 avg_d=2.568 std_dev=2.785
OP1 A 0, -0.635, 2.191, 5.018, 6.183 max_d=6.183 avg_d=2.191 std_dev=2.827

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.16 0.07
C2 0.02 0.00 0.16 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.11 0.15 0.05 0.36 0.39 0.03
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.12 0.02 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.06 0.03 0.14 0.00 0.00 0.02 0.02 0.11 0.23 0.06
C4 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.26 0.79 0.16
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.20 0.00
C5 0.01 0.00 0.12 0.10 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.13 0.06 0.13 0.09 0.90 0.28
C5' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.20 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.28 0.00
C6 0.01 0.01 0.17 0.12 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.11 0.14 0.04 0.73 0.27
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.19 0.44 0.12
N3 0.02 0.00 0.12 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.10 0.12 0.03 0.38 0.57 0.06
N4 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.29 0.89 0.17
O2 0.03 0.00 0.27 0.14 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.21 0.23 0.11 0.45 0.19 0.09
O2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.15 0.01 0.13 0.02 0.31 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.27 0.06
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.10 0.03 0.21 0.00 0.00 0.01 0.05 0.25 0.57 0.14
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.12 0.05 0.23 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.14 0.07
O5' 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.13 0.01 0.14 0.04 0.03 0.04 0.11 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.14 0.36 0.03 0.11 0.26 0.03 0.09 0.04 0.04 0.19 0.38 0.29 0.45 0.03 0.25 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.39 0.07 0.23 0.79 0.20 0.90 0.28 0.73 0.44 0.57 0.89 0.19 0.27 0.57 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.03 0.01 0.06 0.16 0.00 0.28 0.00 0.27 0.12 0.06 0.17 0.09 0.06 0.14 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.28 2.16 1.07 0.62 2.37 0.58 1.88 0.32 1.55 1.70 2.47 2.54 2.15 0.96 0.23 0.90 0.42 0.92 0.44 0.08
C2 1.02 1.88 0.75 0.38 2.31 0.42 1.81 0.24 1.36 1.44 2.27 2.66 1.84 0.68 0.08 0.71 0.32 0.86 0.42 0.08
C2' 0.96 1.90 0.82 0.37 2.16 0.23 1.66 0.08 1.28 1.41 2.25 2.42 1.90 0.70 0.00 0.55 0.12 1.19 0.18 0.41
C3' 0.68 1.46 0.61 0.24 1.65 0.08 1.26 0.19 0.96 1.07 1.73 1.84 1.47 0.48 0.09 0.33 0.10 1.11 0.15 0.43
C4 0.71 1.37 0.48 0.22 1.79 0.28 1.50 0.18 1.08 1.06 1.68 2.08 1.30 0.43 0.05 0.47 0.23 0.70 0.37 0.07
C4' 1.08 1.70 1.00 0.62 1.68 0.54 1.33 0.31 1.16 1.35 1.84 1.76 1.75 0.89 0.29 0.77 0.41 0.73 0.43 0.04
C5 0.75 1.36 0.54 0.29 1.74 0.32 1.55 0.20 1.18 1.11 1.63 1.93 1.27 0.46 0.07 0.52 0.29 0.74 0.43 0.06
C5' 0.84 1.16 0.82 0.63 1.07 0.57 0.87 0.43 0.81 0.96 1.19 1.09 1.21 0.75 0.41 0.67 0.48 0.40 0.50 0.13
C6 0.97 1.66 0.76 0.45 1.99 0.45 1.76 0.27 1.40 1.38 1.93 2.15 1.57 0.64 0.15 0.69 0.39 0.87 0.46 0.06
N1 1.10 1.93 0.87 0.49 2.29 0.49 1.88 0.28 1.48 1.54 2.27 2.50 1.87 0.76 0.15 0.78 0.39 0.89 0.45 0.07
N3 0.84 1.61 0.58 0.27 2.06 0.33 1.64 0.20 1.19 1.22 1.98 2.43 1.56 0.53 0.05 0.57 0.26 0.78 0.38 0.08
N4 0.52 1.09 0.33 0.12 1.47 0.18 1.21 0.12 0.84 0.83 1.37 1.76 1.04 0.29 0.07 0.32 0.15 0.55 0.28 0.07
O2 1.09 2.02 0.80 0.39 2.41 0.44 1.81 0.25 1.37 1.51 2.45 2.82 2.02 0.75 0.08 0.75 0.33 0.89 0.42 0.09
O2' 1.18 2.22 1.01 0.48 2.45 0.34 1.85 0.06 1.45 1.64 2.61 2.76 2.28 0.91 0.08 0.72 0.18 1.19 0.21 0.38
O3' 0.59 1.42 0.54 0.16 1.62 0.11 1.20 0.36 0.88 0.99 1.71 1.85 1.45 0.41 0.19 0.22 0.18 1.17 0.07 0.56
O4' 1.32 1.98 1.15 0.76 1.97 0.75 1.61 0.52 1.44 1.64 2.13 2.00 1.99 1.04 0.38 1.01 0.58 0.66 0.55 0.12
O5' 0.22 0.50 0.17 0.15 0.58 0.14 0.47 0.16 0.36 0.38 0.59 0.64 0.47 0.06 0.00 0.16 0.27 0.32 0.42 0.07
OP1 0.78 0.94 0.85 0.39 0.85 0.21 0.76 0.08 0.76 0.85 0.93 0.83 0.98 0.80 0.01 0.50 0.03 0.10 0.20 0.08
OP2 0.14 0.18 0.12 0.30 0.54 0.53 0.70 0.96 0.61 0.32 0.32 0.61 0.07 0.52 0.01 0.43 1.16 1.16 1.43 1.22
P 0.15 0.09 0.27 0.01 0.07 0.12 0.11 0.34 0.05 0.06 0.04 0.11 0.19 0.41 0.00 0.01 0.41 0.22 0.58 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.11 0.18 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.25 0.05 0.49 0.31
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.06 0.22 0.17 0.00
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.01 0.05 0.07 0.13 0.14 0.10 0.02 0.00 0.03 0.04 0.24 0.11 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.10 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.38 0.21 0.73 0.52
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.39 0.21 0.71 0.53
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.24 0.00 0.28 0.00 0.24 0.14 0.18 0.27 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.33 0.11 0.52 0.40
N1 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.23 0.02 0.40 0.27
N3 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.32 0.14 0.63 0.42
N4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.11 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.41 0.28 0.83 0.59
O2 0.01 0.00 0.09 0.10 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.18 0.02 0.41 0.23
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.24 0.10 0.06
O3' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.13 0.01 0.09 0.02 0.05 0.05 0.13 0.15 0.08 0.05 0.00 0.02 0.02 0.28 0.08 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.04 0.01
O5' 0.07 0.25 0.06 0.04 0.38 0.00 0.39 0.00 0.33 0.23 0.32 0.41 0.18 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.05 0.22 0.24 0.21 0.08 0.21 0.09 0.11 0.02 0.14 0.28 0.02 0.24 0.28 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.49 0.17 0.11 0.73 0.03 0.71 0.02 0.52 0.40 0.63 0.83 0.41 0.10 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.31 0.00 0.06 0.52 0.02 0.53 0.00 0.40 0.27 0.42 0.59 0.23 0.06 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00