ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54704

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.010, 0.034, 0.059, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.009, 0.042, 0.074, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.033
C3' A 0, 0.018, 0.064, 0.110, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.064 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.015, 0.062, 0.109, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.062 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.011, 0.068, 0.124, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.068 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.024, 0.087, 0.149, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.087 std_dev=0.063
C5' A 0, 0.026, 0.114, 0.202, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.114 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.009, 0.104, 0.199, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.104 std_dev=0.095
N3 B 0, 0.039, 0.143, 0.247, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.143 std_dev=0.104
C2 B 0, 0.042, 0.161, 0.280, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.161 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.044, 0.172, 0.299, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.172 std_dev=0.127
OP1 A 0, 0.026, 0.165, 0.305, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.165 std_dev=0.140
P A 0, -0.006, 0.149, 0.303, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.149 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.063, 0.223, 0.383, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.223 std_dev=0.160
O3' B 0, -0.010, 0.177, 0.364, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.177 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.073, 0.270, 0.466, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.270 std_dev=0.197
N4 B 0, 0.081, 0.278, 0.476, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.278 std_dev=0.197
O2 B 0, 0.064, 0.265, 0.466, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.265 std_dev=0.201
C3' B 0, 0.030, 0.232, 0.433, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.232 std_dev=0.201
OP2 A 0, 0.028, 0.232, 0.437, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.232 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.056, 0.263, 0.470, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.263 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.082, 0.289, 0.496, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.289 std_dev=0.207
O2' B 0, 0.066, 0.286, 0.505, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.286 std_dev=0.220
OP1 B 0, 0.095, 0.328, 0.560, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.328 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.086, 0.335, 0.584, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.335 std_dev=0.249
C4' B 0, 0.071, 0.347, 0.624, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.347 std_dev=0.277
P B 0, 0.115, 0.404, 0.692, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.404 std_dev=0.288
O5' B 0, 0.104, 0.399, 0.695, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.399 std_dev=0.295
C5' B 0, 0.083, 0.390, 0.698, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.390 std_dev=0.308
OP2 B 0, 0.127, 0.439, 0.751, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.439 std_dev=0.312
O4' B 0, 0.118, 0.435, 0.751, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.435 std_dev=0.316

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.07 0.09 0.07
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03
O5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.04 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.05 0.09 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.07 0.04 0.04 0.10 0.01 0.09 0.01 0.06 0.05 0.09 0.11 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.05 0.03 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.11 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.10 0.04 0.14 0.03 0.04 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05
C2 0.06 0.12 0.04 0.04 0.09 0.05 0.03 0.02 0.03 0.07 0.14 0.10 0.14 0.04 0.02 0.08 0.01 0.11 0.09 0.06
C2' 0.05 0.11 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.06 0.11 0.06 0.15 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.05 0.04
C3' 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.03 0.09 0.03 0.10 0.06 0.08 0.04 0.12 0.03 0.02 0.04 0.02 0.08 0.04 0.04
C4 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.02 0.06 0.02 0.05 0.09 0.11 0.08 0.07 0.06 0.11 0.06 0.12 0.09 0.08
C4' 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.09 0.05 0.11 0.06 0.05 0.02 0.10 0.03 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05
C5 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.03 0.03 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.06 0.05
C5' 0.07 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.12 0.03 0.14 0.07 0.01 0.04 0.06 0.07 0.02 0.05 0.04 0.09 0.04 0.05
C6 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.07 0.06 0.09 0.06 0.04 0.07 0.01 0.07 0.04 0.03
N1 0.05 0.10 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.04 0.05 0.11 0.06 0.12 0.03 0.02 0.07 0.01 0.09 0.06 0.04
N3 0.07 0.11 0.05 0.04 0.10 0.05 0.03 0.03 0.03 0.07 0.13 0.12 0.11 0.05 0.03 0.09 0.04 0.12 0.10 0.08
N4 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.01 0.09 0.05 0.06 0.08 0.12 0.07 0.08 0.07 0.12 0.09 0.14 0.12 0.12
O2 0.08 0.14 0.05 0.04 0.10 0.05 0.03 0.02 0.04 0.08 0.16 0.10 0.17 0.05 0.03 0.08 0.02 0.12 0.10 0.07
O2' 0.08 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.14 0.08 0.19 0.05 0.05 0.08 0.03 0.08 0.05 0.04
O3' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04 0.09 0.04 0.10 0.06 0.09 0.04 0.13 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.04 0.04
O4' 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.09 0.07 0.10 0.06 0.05 0.02 0.10 0.01 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.06
O5' 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.13 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03
OP1 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.12 0.02 0.13 0.04 0.01 0.05 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03
OP2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.16 0.06 0.15 0.06 0.04 0.10 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.06 0.06
P 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.13 0.03 0.13 0.05 0.02 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.08 0.12 0.16 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.13 0.18 0.22 0.17
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.16 0.19 0.21 0.19
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.06 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.15 0.15 0.16 0.15
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.11 0.13 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.15 0.19 0.14
N4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.14 0.19 0.24 0.19
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.05 0.10 0.15 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.11 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04
O5' 0.03 0.08 0.03 0.03 0.13 0.00 0.16 0.00 0.15 0.08 0.10 0.14 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.12 0.07 0.06 0.18 0.02 0.19 0.01 0.15 0.11 0.15 0.19 0.10 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.16 0.06 0.04 0.22 0.04 0.21 0.03 0.16 0.13 0.19 0.24 0.15 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.04 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.15 0.10 0.14 0.19 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00