ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54706

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.000, 0.128, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C3' A 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O3' A 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C5' A 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
O5' A 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
P A 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
OP1 B 0, 0.000, 0.524, 1.048, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.524 std_dev=0.524
P B 0, 0.000, 0.565, 1.130, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.565 std_dev=0.565
O3' B 0, 0.000, 0.570, 1.141, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.570 std_dev=0.570
C3' B 0, 0.000, 0.587, 1.173, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.587 std_dev=0.587
O5' B 0, 0.000, 0.608, 1.215, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.608 std_dev=0.608
OP2 A 0, 0.000, 0.639, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.639 std_dev=0.639
C2' B 0, 0.000, 0.640, 1.280, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.640 std_dev=0.640
C5' B 0, 0.000, 0.688, 1.377, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.688 std_dev=0.688
C4' B 0, 0.000, 0.699, 1.397, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.699 std_dev=0.699
C6 B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
C5 B 0, 0.000, 0.711, 1.421, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.711 std_dev=0.711
O2' B 0, 0.000, 0.712, 1.423, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.712 std_dev=0.712
N1 B 0, 0.000, 0.727, 1.455, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.727 std_dev=0.727
C1' B 0, 0.000, 0.730, 1.459, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.730 std_dev=0.730
OP2 B 0, 0.000, 0.741, 1.481, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.741 std_dev=0.741
O4' B 0, 0.000, 0.756, 1.513, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.756 std_dev=0.756
C4 B 0, 0.000, 0.762, 1.524, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.762 std_dev=0.762
C2 B 0, 0.000, 0.777, 1.555, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.777 std_dev=0.777
N4 B 0, 0.000, 0.794, 1.587, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.794 std_dev=0.794
N3 B 0, 0.000, 0.807, 1.615, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.807 std_dev=0.807
O2 B 0, 0.000, 0.816, 1.632, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.816 std_dev=0.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.22 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.09 0.04 0.22 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.18 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.22 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.16 0.04 0.18 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.25 0.06
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.18 0.06 0.15 0.04
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.05 0.08 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.16 0.07 0.16 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.06 0.20 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.12 0.03 0.21 0.05
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.18 0.03 0.17 0.05
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.05 0.24 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.21 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.24 0.04
O5' 0.05 0.09 0.06 0.04 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.10 0.12 0.18 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.04 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.07 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.22 0.18 0.22 0.18 0.25 0.15 0.12 0.16 0.20 0.21 0.17 0.24 0.21 0.24 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.05 0.06 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.04 0.06 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05 0.12 0.12 0.22 0.15 0.14
C2 0.09 0.09 0.07 0.08 0.04 0.10 0.02 0.11 0.04 0.08 0.07 0.01 0.11 0.06 0.05 0.12 0.10 0.19 0.09 0.11
C2' 0.09 0.04 0.07 0.08 0.01 0.12 0.02 0.14 0.06 0.07 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.14 0.14 0.21 0.17 0.15
C3' 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.04 0.07 0.00 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.00 0.07 0.07 0.13 0.12 0.08
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.09 0.05 0.07 0.02 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.14 0.04 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.06 0.11 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.11 0.09 0.05
C5 0.06 0.09 0.06 0.02 0.16 0.01 0.18 0.04 0.15 0.10 0.12 0.18 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.14 0.07 0.09
C5' 0.05 0.09 0.08 0.07 0.13 0.03 0.13 0.01 0.10 0.08 0.11 0.15 0.08 0.08 0.09 0.01 0.02 0.05 0.05 0.00
C6 0.02 0.07 0.02 0.01 0.15 0.04 0.16 0.07 0.11 0.07 0.11 0.18 0.04 0.02 0.01 0.03 0.07 0.19 0.12 0.12
N1 0.05 0.02 0.04 0.06 0.04 0.09 0.05 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.05 0.03 0.04 0.10 0.10 0.20 0.12 0.13
N3 0.07 0.08 0.06 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.06 0.00 0.11 0.04 0.04 0.09 0.07 0.16 0.05 0.09
N4 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.03 0.09 0.04 0.03 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04
O2 0.13 0.15 0.11 0.10 0.11 0.13 0.08 0.13 0.10 0.13 0.14 0.09 0.17 0.10 0.07 0.16 0.12 0.20 0.10 0.12
O2' 0.18 0.14 0.15 0.16 0.10 0.19 0.13 0.19 0.16 0.16 0.11 0.05 0.14 0.15 0.13 0.21 0.19 0.23 0.20 0.18
O3' 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.07 0.06 0.09 0.11 0.06
O4' 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.05 0.08 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.01 0.08 0.08 0.18 0.11 0.10
O5' 0.21 0.25 0.23 0.22 0.28 0.19 0.28 0.17 0.25 0.24 0.27 0.29 0.24 0.22 0.22 0.18 0.17 0.13 0.06 0.14
OP1 0.00 0.05 0.00 0.00 0.11 0.03 0.10 0.04 0.06 0.04 0.08 0.14 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.11 0.04
OP2 0.00 0.10 0.04 0.03 0.17 0.05 0.14 0.07 0.07 0.06 0.15 0.23 0.08 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.17 0.04
P 0.00 0.08 0.02 0.02 0.13 0.03 0.11 0.04 0.06 0.05 0.11 0.17 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.14 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.07 0.03 0.07
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.03 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03
N4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.03 0.06
O2 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O5' 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00