ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54708

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N4 A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.000, 0.108, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.000, 0.160, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
O5' A 0, 0.000, 0.313, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.313 std_dev=0.313
O3' B 0, 0.000, 0.315, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.315 std_dev=0.315
P B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C5' A 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
P A 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
C4' B 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351
OP2 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
OP1 B 0, 0.000, 0.384, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.384 std_dev=0.384
OP2 A 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C2' B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C5' B 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
O2' B 0, 0.000, 0.451, 0.902, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.451 std_dev=0.451
OP1 A 0, 0.000, 0.473, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C1' B 0, 0.000, 0.487, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.487 std_dev=0.487
O4' B 0, 0.000, 0.502, 1.005, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.502 std_dev=0.502
O2 B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
O5' B 0, 0.000, 0.566, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.566 std_dev=0.566
N1 B 0, 0.000, 0.648, 1.295, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.648 std_dev=0.648
C2 B 0, 0.000, 0.655, 1.310, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.655 std_dev=0.655
C6 B 0, 0.000, 0.802, 1.604, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.802 std_dev=0.802
N3 B 0, 0.000, 0.809, 1.619, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.809 std_dev=0.809
C5 B 0, 0.000, 0.966, 1.933, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.966 std_dev=0.966
C4 B 0, 0.000, 0.973, 1.946, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.973 std_dev=0.973
N4 B 0, 0.000, 1.153, 2.305, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.153 std_dev=1.153

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.14 0.14 0.14 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.07 0.16 0.08 0.09
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.06 0.09
C4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.19 0.22 0.17
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.20 0.19 0.20 0.17
C5' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.10 0.13 0.17 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.18 0.15 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.12 0.10 0.09
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.17 0.17 0.19 0.14
N4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.21 0.21 0.25 0.19
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.04 0.11 0.12 0.12 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.13 0.06 0.06
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.03 0.24 0.06 0.12
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05
O5' 0.06 0.14 0.07 0.05 0.20 0.02 0.20 0.00 0.18 0.13 0.17 0.21 0.11 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.07 0.14 0.16 0.18 0.19 0.05 0.19 0.02 0.15 0.12 0.17 0.21 0.12 0.13 0.24 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.14 0.08 0.06 0.22 0.00 0.20 0.00 0.13 0.10 0.19 0.25 0.12 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.11 0.09 0.09 0.17 0.02 0.17 0.01 0.12 0.09 0.14 0.19 0.09 0.06 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.31 0.27 0.21 0.41 0.20 0.44 0.27 0.41 0.34 0.35 0.43 0.25 0.26 0.12 0.26 0.23 0.20 0.18 0.19
C2 0.26 0.32 0.23 0.15 0.43 0.15 0.48 0.22 0.44 0.34 0.36 0.46 0.25 0.20 0.05 0.27 0.19 0.13 0.22 0.17
C2' 0.19 0.24 0.21 0.15 0.34 0.13 0.37 0.24 0.34 0.26 0.28 0.38 0.18 0.20 0.05 0.16 0.13 0.17 0.14 0.14
C3' 0.09 0.13 0.13 0.09 0.21 0.08 0.23 0.21 0.21 0.15 0.16 0.23 0.08 0.11 0.00 0.07 0.06 0.16 0.06 0.08
C4 0.22 0.28 0.16 0.08 0.37 0.09 0.41 0.18 0.38 0.30 0.31 0.39 0.23 0.12 0.02 0.25 0.12 0.09 0.22 0.14
C4' 0.10 0.12 0.13 0.11 0.18 0.11 0.20 0.19 0.19 0.14 0.14 0.20 0.08 0.12 0.05 0.08 0.10 0.15 0.01 0.08
C5 0.19 0.23 0.14 0.08 0.29 0.10 0.33 0.21 0.32 0.25 0.25 0.30 0.19 0.09 0.03 0.22 0.12 0.17 0.16 0.15
C5' 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.06 0.16 0.05
C6 0.21 0.24 0.19 0.14 0.31 0.14 0.34 0.25 0.33 0.27 0.26 0.32 0.19 0.13 0.02 0.22 0.17 0.20 0.15 0.17
N1 0.25 0.29 0.24 0.17 0.39 0.17 0.43 0.25 0.40 0.32 0.33 0.41 0.23 0.21 0.07 0.25 0.20 0.18 0.19 0.18
N3 0.25 0.31 0.19 0.11 0.43 0.12 0.47 0.19 0.43 0.34 0.35 0.46 0.25 0.17 0.02 0.27 0.16 0.08 0.24 0.15
N4 0.22 0.29 0.13 0.05 0.38 0.06 0.42 0.13 0.38 0.30 0.32 0.40 0.24 0.10 0.04 0.25 0.08 0.00 0.25 0.11
O2 0.27 0.33 0.24 0.16 0.46 0.15 0.50 0.21 0.45 0.35 0.38 0.50 0.25 0.22 0.07 0.27 0.20 0.12 0.22 0.17
O2' 0.22 0.28 0.24 0.17 0.40 0.15 0.43 0.25 0.38 0.30 0.33 0.44 0.21 0.24 0.07 0.18 0.16 0.17 0.16 0.15
O3' 0.02 0.05 0.07 0.04 0.14 0.03 0.17 0.17 0.14 0.07 0.08 0.17 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.15 0.03 0.06
O4' 0.26 0.27 0.27 0.23 0.33 0.23 0.36 0.28 0.35 0.30 0.29 0.34 0.22 0.26 0.17 0.25 0.25 0.23 0.13 0.19
O5' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.16 0.07
OP1 0.04 0.11 0.05 0.03 0.07 0.07 0.03 0.16 0.02 0.06 0.10 0.07 0.16 0.04 0.02 0.02 0.11 0.04 0.16 0.07
OP2 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.17 0.05 0.00 0.02 0.04 0.09 0.02 0.02 0.01 0.25 0.01 0.24 0.16
P 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.16 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.00 0.00 0.01 0.12 0.05 0.18 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.30 0.26 0.03 0.19
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.35 0.26 0.08 0.23
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.21 0.18 0.06 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.07 0.16 0.11 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.32 0.20 0.10 0.19
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.16 0.14 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.30 0.19 0.11 0.18
C5' 0.04 0.09 0.04 0.05 0.22 0.01 0.27 0.00 0.24 0.13 0.15 0.25 0.00 0.02 0.10 0.00 0.00 0.23 0.22 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.32 0.22 0.10 0.20
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.34 0.25 0.07 0.21
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.34 0.23 0.09 0.21
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.30 0.16 0.09 0.17
O2 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.07 0.36 0.29 0.07 0.24
O2' 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.18 0.17 0.05 0.08
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.00 0.03 0.05 0.03 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.12 0.00
O4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.04 0.03 0.00 0.29 0.31 0.08 0.23
O5' 0.30 0.35 0.21 0.07 0.32 0.04 0.30 0.00 0.32 0.34 0.34 0.30 0.36 0.18 0.00 0.29 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.26 0.26 0.18 0.16 0.20 0.16 0.19 0.23 0.22 0.25 0.23 0.16 0.29 0.17 0.12 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.08 0.06 0.11 0.10 0.14 0.11 0.22 0.10 0.07 0.09 0.09 0.07 0.05 0.12 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.23 0.09 0.03 0.19 0.02 0.18 0.01 0.20 0.21 0.21 0.17 0.24 0.08 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00