ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54719

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 5, 3, 1, 2, 3, 4, 2, 0, 3, 1, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.009, 0.012, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.014, 0.023, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.044, 0.070, 0.095, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.070 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.035, 0.065, 0.096, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.065 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.062, 0.169, 0.276, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.169 std_dev=0.107
O4' A 0, 0.067, 0.182, 0.297, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.182 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.114, 0.254, 0.393, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.254 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.111, 0.283, 0.454, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.283 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.127, 0.302, 0.477, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.302 std_dev=0.175
C2 B 0, 0.273, 0.462, 0.651, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.462 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.306, 0.495, 0.684, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.495 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.331, 0.527, 0.723, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.527 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.339, 0.537, 0.734, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.537 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.272, 0.471, 0.670, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.471 std_dev=0.199
N3 B 0, 0.238, 0.442, 0.646, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.442 std_dev=0.204
N7 B 0, 0.321, 0.528, 0.734, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.528 std_dev=0.207
N9 B 0, 0.294, 0.527, 0.760, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.527 std_dev=0.233
C8 B 0, 0.315, 0.549, 0.783, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.549 std_dev=0.234
N6 B 0, 0.386, 0.623, 0.860, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.623 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.215, 0.485, 0.754, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.485 std_dev=0.270
O3' A 0, 0.162, 0.438, 0.714, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.438 std_dev=0.276
C2' B 0, 0.245, 0.524, 0.803, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.524 std_dev=0.279
C1' B 0, 0.297, 0.588, 0.878, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.588 std_dev=0.290
O2' B 0, 0.254, 0.574, 0.893, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.574 std_dev=0.319
OP2 B 0, 0.271, 0.602, 0.933, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.602 std_dev=0.331
OP2 A 0, 0.353, 0.687, 1.022, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.687 std_dev=0.335
O5' B 0, 0.340, 0.682, 1.023, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.682 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.293, 0.644, 0.994, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.644 std_dev=0.351
O4' B 0, 0.363, 0.734, 1.105, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.734 std_dev=0.371
O5' A 0, 0.256, 0.627, 0.999, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.627 std_dev=0.372
P A 0, 0.327, 0.706, 1.085, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.706 std_dev=0.379
P B 0, 0.357, 0.739, 1.122, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.739 std_dev=0.382
C4' B 0, 0.369, 0.780, 1.191, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.780 std_dev=0.411
O3' B 0, 0.317, 0.734, 1.151, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.734 std_dev=0.417
OP1 A 0, 0.379, 0.803, 1.227, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.803 std_dev=0.424
C5' B 0, 0.388, 0.846, 1.304, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.846 std_dev=0.458
OP1 B 0, 0.439, 0.918, 1.398, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.918 std_dev=0.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.12 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.06
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.08 0.08 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.17 0.17 0.18 0.17
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.05 0.06 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.20 0.18 0.19 0.18
C5' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.18 0.00 0.21 0.00 0.18 0.11 0.15 0.20 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.16 0.13 0.13 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.08 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.13 0.13 0.15 0.12
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.19 0.20 0.21 0.20
O2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.02 0.05 0.06 0.10 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.09 0.00 0.02 0.04 0.05 0.06 0.10 0.10
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.08 0.04 0.08 0.09 0.11 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.16 0.10
O5' 0.04 0.09 0.01 0.01 0.17 0.01 0.20 0.00 0.16 0.09 0.13 0.19 0.05 0.05 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.03 0.05 0.17 0.02 0.18 0.05 0.13 0.08 0.13 0.20 0.06 0.06 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.12 0.09 0.06 0.18 0.07 0.19 0.02 0.13 0.11 0.15 0.21 0.10 0.10 0.05 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.06 0.03 0.17 0.05 0.18 0.01 0.13 0.08 0.12 0.20 0.07 0.10 0.03 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.12 0.16 0.08 0.16 0.09 0.17 0.11 0.14 0.13 0.09 0.11 0.13 0.11 0.10 0.16 0.14 0.17 0.15 0.10 0.13
C2 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.13 0.10 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08
C2' 0.11 0.11 0.11 0.15 0.09 0.14 0.10 0.16 0.10 0.14 0.11 0.08 0.11 0.14 0.11 0.10 0.15 0.13 0.15 0.12 0.09 0.11
C3' 0.07 0.12 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.13 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.08 0.06 0.10 0.09 0.11 0.11 0.08 0.09
C4 0.11 0.13 0.13 0.14 0.11 0.13 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.11 0.13 0.15 0.12 0.12 0.15 0.16 0.13
C4' 0.07 0.15 0.06 0.11 0.09 0.11 0.10 0.15 0.12 0.11 0.14 0.12 0.12 0.10 0.08 0.06 0.13 0.09 0.13 0.13 0.09 0.11
C5 0.10 0.13 0.13 0.14 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.13 0.15 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08
C5' 0.10 0.18 0.10 0.07 0.15 0.09 0.15 0.12 0.16 0.13 0.18 0.17 0.17 0.14 0.12 0.10 0.05 0.09 0.12 0.14 0.12 0.12
C6 0.09 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.09 0.11
N1 0.07 0.12 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.12 0.09 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.07 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.08 0.09
N3 0.10 0.13 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.13 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.16 0.12
N4 0.15 0.13 0.16 0.17 0.13 0.17 0.12 0.17 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.12 0.14 0.15 0.19 0.16 0.17 0.23 0.23 0.20
O2 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.14 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08
O2' 0.15 0.11 0.17 0.20 0.12 0.19 0.13 0.19 0.12 0.17 0.11 0.10 0.12 0.16 0.15 0.16 0.22 0.17 0.17 0.15 0.10 0.13
O3' 0.07 0.11 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.13 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.09
O4' 0.08 0.19 0.07 0.16 0.10 0.15 0.10 0.19 0.13 0.12 0.18 0.16 0.13 0.11 0.08 0.07 0.17 0.12 0.19 0.19 0.14 0.16
O5' 0.15 0.20 0.16 0.07 0.17 0.04 0.16 0.04 0.17 0.14 0.19 0.19 0.17 0.14 0.15 0.17 0.01 0.09 0.05 0.08 0.08 0.06
OP1 0.02 0.09 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06 0.13 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.06 0.04 0.06 0.01 0.05 0.09 0.15 0.10 0.10
OP2 0.04 0.09 0.04 0.03 0.07 0.10 0.09 0.15 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.06 0.03 0.01 0.08 0.11 0.15 0.11 0.12
P 0.03 0.09 0.06 0.01 0.06 0.05 0.07 0.09 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.04 0.06 0.00 0.02 0.07 0.10 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.05 0.05 0.12 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.10 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.06 0.12 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.06 0.13 0.07
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.05 0.10 0.06
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.05 0.13 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.05 0.04 0.10 0.05
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.08 0.14 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.07 0.12 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.09 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.05
O5' 0.04 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.07 0.04 0.04 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.07 0.06 0.10 0.03 0.12 0.01 0.13 0.10 0.13 0.10 0.14 0.12 0.09 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.04 0.03 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00