ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54722

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 4, 1, 0, 0, 4, 5, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.024, 0.053, 0.083, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.053 std_dev=0.029
P B 0, 0.234, 0.551, 0.868, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.551 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.403, 0.736, 1.070, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.736 std_dev=0.334
OP1 B 0, 0.349, 0.704, 1.059, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.704 std_dev=0.355
C2' A 0, 0.252, 0.623, 0.995, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.623 std_dev=0.371
O4' A 0, 0.268, 0.662, 1.056, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.662 std_dev=0.394
OP2 B 0, 0.451, 0.872, 1.292, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.872 std_dev=0.421
O2' A 0, 0.208, 0.667, 1.125, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.667 std_dev=0.459
O3' B 0, 0.804, 1.302, 1.801, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.302 std_dev=0.499
P A 0, 0.580, 1.080, 1.580, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.080 std_dev=0.500
C3' B 0, 0.762, 1.262, 1.762, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.262 std_dev=0.500
O5' A 0, 0.969, 1.484, 1.999, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.484 std_dev=0.515
C3' A 0, 0.466, 1.081, 1.695, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.081 std_dev=0.615
C4' A 0, 0.449, 1.065, 1.680, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.065 std_dev=0.615
OP2 A 0, 0.592, 1.218, 1.845, 3.612 max_d=3.612 avg_d=1.218 std_dev=0.627
C4' B 0, 0.691, 1.324, 1.957, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.324 std_dev=0.633
C5' B 0, 0.814, 1.497, 2.179, 2.897 max_d=2.897 avg_d=1.497 std_dev=0.683
O2' B 0, 0.479, 1.184, 1.890, 2.747 max_d=2.747 avg_d=1.184 std_dev=0.705
C2' B 0, 0.473, 1.182, 1.891, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.182 std_dev=0.709
OP1 A 0, 0.156, 1.024, 1.891, 3.689 max_d=3.689 avg_d=1.024 std_dev=0.867
C5' A 0, 0.903, 1.777, 2.651, 3.990 max_d=3.990 avg_d=1.777 std_dev=0.874
O4' B 0, 0.365, 1.263, 2.160, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.263 std_dev=0.897
O3' A 0, 0.594, 1.496, 2.399, 3.668 max_d=3.668 avg_d=1.496 std_dev=0.902
C1' B 0, 0.121, 1.188, 2.255, 4.497 max_d=4.497 avg_d=1.188 std_dev=1.067
C8 B 0, -0.162, 1.245, 2.652, 5.845 max_d=5.845 avg_d=1.245 std_dev=1.407
N9 B 0, -0.200, 1.270, 2.740, 6.169 max_d=6.169 avg_d=1.270 std_dev=1.470
N7 B 0, -0.327, 1.571, 3.469, 7.960 max_d=7.960 avg_d=1.571 std_dev=1.898
C4 B 0, -0.461, 1.612, 3.684, 8.628 max_d=8.628 avg_d=1.612 std_dev=2.073
C5 B 0, -0.556, 1.761, 4.078, 9.693 max_d=9.693 avg_d=1.761 std_dev=2.317
N3 B 0, -0.477, 1.904, 4.285, 9.831 max_d=9.831 avg_d=1.904 std_dev=2.381
C6 B 0, -0.748, 2.191, 5.130, 12.283 max_d=12.283 avg_d=2.191 std_dev=2.939
C2 B 0, -0.736, 2.243, 5.222, 12.203 max_d=12.203 avg_d=2.243 std_dev=2.979
N6 B 0, -0.760, 2.482, 5.724, 13.665 max_d=13.665 avg_d=2.482 std_dev=3.242
N1 B 0, -0.882, 2.386, 5.654, 13.472 max_d=13.472 avg_d=2.386 std_dev=3.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.17 0.00 0.23 0.37 0.27 0.15
C2 0.02 0.00 0.15 0.24 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.24 0.08 0.40 0.35 0.37 0.24
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.05 0.04 0.09 0.20 0.12 0.03 0.12 0.06 0.25 0.00 0.07 0.02 0.39 0.52 0.33 0.33
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.30 0.00 0.27 0.03 0.22 0.18 0.28 0.32 0.22 0.02 0.01 0.01 0.37 0.47 0.12 0.24
C4 0.02 0.01 0.05 0.30 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.28 0.02 0.50 0.33 0.57 0.36
C4' 0.01 0.05 0.04 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.07 0.10 0.05 0.23 0.04 0.00 0.02 0.34 0.37 0.14
C5 0.01 0.01 0.09 0.27 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.24 0.07 0.51 0.32 0.58 0.36
C5' 0.11 0.14 0.20 0.03 0.14 0.01 0.12 0.00 0.11 0.12 0.15 0.15 0.14 0.12 0.15 0.01 0.01 0.24 0.42 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.17 0.10 0.46 0.31 0.44 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.02 0.37 0.34 0.34 0.21
N3 0.02 0.00 0.12 0.28 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.28 0.07 0.46 0.34 0.48 0.30
N4 0.02 0.01 0.06 0.32 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.32 0.03 0.53 0.34 0.66 0.40
O2 0.04 0.01 0.25 0.22 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.29 0.14 0.34 0.37 0.30 0.20
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.19 0.23 0.20 0.12 0.18 0.12 0.18 0.21 0.18 0.00 0.08 0.15 0.19 0.32 0.33 0.19
O3' 0.17 0.24 0.07 0.01 0.28 0.04 0.24 0.15 0.17 0.15 0.28 0.32 0.29 0.08 0.00 0.15 0.32 0.50 0.18 0.24
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.07 0.03 0.14 0.15 0.15 0.00 0.06 0.37 0.37 0.18
O5' 0.23 0.40 0.39 0.37 0.50 0.02 0.51 0.01 0.46 0.37 0.46 0.53 0.34 0.19 0.32 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.35 0.52 0.47 0.33 0.34 0.32 0.24 0.31 0.34 0.34 0.34 0.37 0.32 0.50 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.37 0.33 0.12 0.57 0.37 0.58 0.42 0.44 0.34 0.48 0.66 0.30 0.33 0.18 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.33 0.24 0.36 0.14 0.36 0.02 0.28 0.21 0.30 0.40 0.20 0.19 0.24 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.71 2.10 0.54 0.30 1.57 0.33 1.69 0.47 2.00 1.05 2.18 1.79 2.04 1.38 1.10 0.47 0.20 0.53 0.29 0.26 0.31 0.13
C2 0.81 2.39 0.57 0.30 1.81 0.32 2.04 0.41 2.44 1.27 2.58 1.99 2.58 1.74 1.28 0.51 0.26 0.59 0.34 0.26 0.27 0.13
C2' 0.56 1.99 0.47 0.19 1.42 0.21 1.59 0.40 1.95 0.94 2.13 1.64 2.06 1.31 0.95 0.51 0.23 0.35 0.37 0.37 0.26 0.20
C3' 0.48 1.62 0.51 0.21 1.19 0.13 1.34 0.35 1.61 0.87 1.73 1.35 1.72 1.17 0.82 0.62 0.26 0.30 0.39 0.42 0.28 0.23
C4 0.72 1.96 0.52 0.32 1.60 0.28 1.86 0.37 2.15 1.26 2.17 1.66 2.30 1.70 1.17 0.46 0.32 0.53 0.38 0.29 0.23 0.17
C4' 0.41 1.42 0.46 0.14 0.99 0.15 1.06 0.39 1.28 0.64 1.44 1.21 1.32 0.87 0.66 0.63 0.11 0.24 0.28 0.30 0.29 0.14
C5 0.60 1.60 0.46 0.29 1.35 0.26 1.54 0.42 1.73 1.12 1.74 1.38 1.81 1.44 1.02 0.40 0.31 0.46 0.39 0.26 0.23 0.15
C5' 0.41 1.01 0.57 0.18 0.71 0.13 0.74 0.34 0.90 0.47 1.01 0.88 0.93 0.62 0.49 0.84 0.28 0.20 0.30 0.33 0.33 0.19
C6 0.62 1.66 0.47 0.26 1.37 0.29 1.52 0.47 1.70 1.06 1.76 1.45 1.75 1.35 1.02 0.41 0.26 0.48 0.35 0.26 0.27 0.13
N1 0.73 2.08 0.53 0.28 1.62 0.31 1.79 0.45 2.08 1.15 2.20 1.78 2.14 1.53 1.16 0.47 0.24 0.54 0.33 0.26 0.29 0.12
N3 0.81 2.32 0.56 0.32 1.79 0.31 2.07 0.38 2.47 1.32 2.56 1.93 2.64 1.81 1.28 0.51 0.30 0.59 0.37 0.28 0.25 0.16
N4 0.70 1.88 0.51 0.34 1.54 0.27 1.85 0.32 2.15 1.26 2.13 1.58 2.35 1.71 1.14 0.45 0.35 0.52 0.39 0.32 0.23 0.21
O2 0.86 2.62 0.60 0.31 1.90 0.34 2.14 0.41 2.63 1.28 2.84 2.16 2.81 1.77 1.32 0.55 0.25 0.62 0.33 0.26 0.28 0.13
O2' 0.67 2.21 0.54 0.28 1.54 0.28 1.67 0.44 2.08 0.97 2.33 1.81 2.17 1.33 1.04 0.53 0.21 0.46 0.32 0.38 0.35 0.24
O3' 0.38 1.51 0.43 0.18 1.04 0.13 1.19 0.36 1.48 0.74 1.62 1.22 1.60 1.03 0.69 0.62 0.27 0.23 0.41 0.45 0.26 0.25
O4' 0.61 1.71 0.52 0.33 1.27 0.34 1.30 0.49 1.53 0.82 1.70 1.51 1.52 1.06 0.90 0.51 0.24 0.45 0.30 0.27 0.35 0.17
O5' 0.19 0.79 0.23 0.11 0.56 0.19 0.63 0.25 0.76 0.44 0.83 0.66 0.79 0.56 0.37 0.26 0.02 0.13 0.54 0.56 0.35 0.46
OP1 0.24 0.38 0.20 0.12 0.22 0.12 0.22 0.24 0.28 0.24 0.35 0.34 0.30 0.25 0.18 0.33 0.02 0.14 0.32 0.62 0.31 0.37
OP2 0.08 0.41 0.13 0.16 0.35 0.25 0.51 0.51 0.55 0.55 0.48 0.34 0.65 0.64 0.30 0.10 0.03 0.20 0.66 0.96 0.78 0.78
P 0.10 0.41 0.09 0.02 0.26 0.11 0.34 0.23 0.40 0.31 0.42 0.34 0.45 0.38 0.16 0.16 0.01 0.08 0.41 0.65 0.40 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.21 0.33 0.47 0.18
C2 0.04 0.00 0.32 0.29 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.29 0.19 0.44 0.49 0.65 0.33
C2' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.09 0.08 0.15 0.16 0.25 0.32 0.11 0.10 0.04 0.00 0.02 0.02 0.35 0.41 0.33 0.30
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.21 0.00 0.22 0.02 0.25 0.21 0.28 0.26 0.26 0.23 0.14 0.02 0.01 0.01 0.36 0.40 0.27 0.27
C4 0.02 0.01 0.17 0.21 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.10 0.44 0.43 0.63 0.31
C4' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.07 0.20 0.08 0.12 0.10 0.18 0.07 0.15 0.02 0.01 0.02 0.23 0.37 0.07
C5 0.01 0.01 0.09 0.22 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.12 0.05 0.56 0.48 0.76 0.43
C5' 0.04 0.13 0.08 0.02 0.11 0.01 0.20 0.00 0.18 0.32 0.13 0.13 0.23 0.32 0.14 0.08 0.10 0.02 0.01 0.23 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.25 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.17 0.09 0.57 0.50 0.80 0.45
C8 0.01 0.02 0.16 0.21 0.01 0.20 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.28 0.17 0.12 0.58 0.48 0.71 0.44
N1 0.03 0.00 0.25 0.28 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.24 0.15 0.52 0.50 0.74 0.40
N3 0.04 0.00 0.32 0.26 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.19 0.38 0.46 0.58 0.29
N6 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.17 0.06 0.63 0.54 0.89 0.53
N7 0.01 0.01 0.10 0.23 0.00 0.18 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.27 0.17 0.07 0.64 0.53 0.82 0.52
N9 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.06 0.02 0.41 0.39 0.57 0.27
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.12 0.15 0.18 0.08 0.17 0.28 0.18 0.24 0.20 0.27 0.13 0.00 0.06 0.12 0.19 0.33 0.35 0.21
O3' 0.15 0.29 0.02 0.01 0.14 0.02 0.12 0.10 0.17 0.17 0.24 0.27 0.17 0.17 0.06 0.06 0.00 0.09 0.35 0.52 0.31 0.34
O4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.12 0.15 0.19 0.06 0.07 0.02 0.12 0.09 0.00 0.18 0.35 0.55 0.24
O5' 0.21 0.44 0.35 0.36 0.44 0.02 0.56 0.01 0.57 0.58 0.52 0.38 0.63 0.64 0.41 0.19 0.35 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.49 0.41 0.40 0.43 0.23 0.48 0.23 0.50 0.48 0.50 0.46 0.54 0.53 0.39 0.33 0.52 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.65 0.33 0.27 0.63 0.37 0.76 0.33 0.80 0.71 0.74 0.58 0.89 0.82 0.57 0.35 0.31 0.55 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.30 0.27 0.31 0.07 0.43 0.02 0.45 0.44 0.40 0.29 0.53 0.52 0.27 0.21 0.34 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00