ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54724

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 3, 5, 3, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, -0.002, 0.011, 0.023, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.001, 0.014, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C1' A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.003, 0.014, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.014 std_dev=0.018
O2 A 0, -0.010, 0.035, 0.079, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.035 std_dev=0.044
N4 A 0, -0.009, 0.041, 0.090, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.041 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.049, 0.135, 0.221, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.135 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.115, 0.231, 0.346, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.231 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.054, 0.172, 0.290, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.172 std_dev=0.118
C3' A 0, 0.123, 0.287, 0.450, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.287 std_dev=0.163
P B 0, 0.294, 0.461, 0.629, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.461 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.029, 0.219, 0.410, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.219 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.159, 0.378, 0.596, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.378 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.205, 0.431, 0.658, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.431 std_dev=0.227
N9 B 0, 0.186, 0.414, 0.641, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.414 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.148, 0.380, 0.613, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.380 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.170, 0.406, 0.641, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.406 std_dev=0.235
C8 B 0, 0.218, 0.459, 0.701, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.459 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.418, 0.660, 0.902, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.660 std_dev=0.242
N7 B 0, 0.199, 0.441, 0.683, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.441 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.209, 0.451, 0.694, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.451 std_dev=0.243
O2' B 0, 0.289, 0.536, 0.782, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.536 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.196, 0.447, 0.698, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.447 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.194, 0.455, 0.715, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.455 std_dev=0.261
P A 0, 0.257, 0.522, 0.787, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.522 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.123, 0.388, 0.654, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.388 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.201, 0.472, 0.743, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.472 std_dev=0.271
O3' A 0, 0.136, 0.417, 0.698, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.417 std_dev=0.281
O3' B 0, 0.253, 0.539, 0.825, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.539 std_dev=0.286
N6 B 0, 0.228, 0.514, 0.800, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.514 std_dev=0.286
N1 B 0, 0.205, 0.493, 0.782, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.493 std_dev=0.289
C2 B 0, 0.164, 0.454, 0.745, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.454 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.204, 0.496, 0.788, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.496 std_dev=0.292
C4' B 0, 0.228, 0.527, 0.827, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.527 std_dev=0.300
C5' B 0, 0.266, 0.583, 0.899, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.583 std_dev=0.316
OP1 A 0, 0.318, 0.646, 0.973, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.646 std_dev=0.328
OP2 A 0, 0.186, 0.576, 0.965, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.576 std_dev=0.390
OP2 B 0, 0.429, 0.848, 1.266, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.848 std_dev=0.419
O5' A 0, 0.174, 0.696, 1.217, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.696 std_dev=0.522

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.11 0.04 0.45 0.10
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.27 0.06 0.40 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.09 0.07 0.00 0.02 0.01 0.23 0.16 0.36 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.02 0.13 0.06 0.08 0.13 0.08 0.01 0.01 0.01 0.31 0.25 0.29 0.13
C4 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.16 0.02 0.37 0.11 0.30 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.11 0.40 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.03 0.38 0.12 0.30 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.14 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.03 0.34 0.08 0.38 0.10
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.26 0.06 0.42 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.02 0.33 0.09 0.35 0.10
N4 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.03 0.39 0.14 0.25 0.13
O2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.05 0.23 0.06 0.41 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05 0.00 0.02 0.02 0.10 0.16 0.38 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.16 0.01 0.18 0.03 0.15 0.07 0.11 0.19 0.10 0.02 0.00 0.01 0.27 0.33 0.23 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.48 0.15
O5' 0.11 0.27 0.23 0.31 0.37 0.01 0.38 0.01 0.34 0.26 0.33 0.39 0.23 0.10 0.27 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.16 0.25 0.11 0.11 0.12 0.14 0.08 0.06 0.09 0.14 0.06 0.16 0.33 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.40 0.36 0.29 0.30 0.40 0.30 0.35 0.38 0.42 0.35 0.25 0.41 0.38 0.23 0.48 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.09 0.05 0.13 0.11 0.05 0.11 0.01 0.10 0.09 0.10 0.13 0.08 0.04 0.17 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.14 0.11 0.11 0.10 0.18 0.14 0.19 0.20 0.13 0.15 0.26 0.24 0.13 0.22 0.13 0.11 0.18 0.29 0.41 0.21
C2 0.12 0.24 0.12 0.08 0.11 0.08 0.09 0.13 0.09 0.14 0.16 0.22 0.17 0.19 0.10 0.18 0.11 0.07 0.18 0.29 0.36 0.21
C2' 0.14 0.22 0.13 0.16 0.12 0.15 0.17 0.21 0.17 0.21 0.16 0.20 0.24 0.24 0.14 0.21 0.21 0.12 0.26 0.29 0.33 0.17
C3' 0.15 0.15 0.15 0.26 0.13 0.25 0.21 0.33 0.19 0.27 0.15 0.12 0.25 0.29 0.17 0.18 0.31 0.20 0.37 0.31 0.28 0.18
C4 0.17 0.27 0.19 0.11 0.20 0.09 0.16 0.12 0.18 0.14 0.24 0.26 0.14 0.14 0.16 0.21 0.12 0.09 0.16 0.30 0.35 0.24
C4' 0.15 0.16 0.15 0.21 0.17 0.20 0.23 0.24 0.24 0.24 0.20 0.13 0.28 0.27 0.18 0.17 0.25 0.17 0.28 0.30 0.39 0.19
C5 0.16 0.21 0.20 0.11 0.17 0.09 0.13 0.13 0.13 0.17 0.17 0.21 0.12 0.17 0.16 0.21 0.12 0.09 0.19 0.31 0.39 0.23
C5' 0.26 0.20 0.26 0.33 0.24 0.33 0.27 0.36 0.25 0.30 0.22 0.20 0.27 0.30 0.26 0.24 0.36 0.30 0.36 0.30 0.38 0.19
C6 0.16 0.17 0.18 0.09 0.13 0.11 0.12 0.15 0.11 0.21 0.12 0.18 0.14 0.21 0.15 0.21 0.10 0.12 0.21 0.30 0.41 0.22
N1 0.13 0.18 0.14 0.09 0.10 0.09 0.13 0.14 0.11 0.18 0.11 0.18 0.19 0.22 0.12 0.20 0.11 0.09 0.19 0.29 0.39 0.20
N3 0.14 0.29 0.16 0.09 0.18 0.08 0.12 0.12 0.15 0.12 0.24 0.26 0.11 0.14 0.13 0.19 0.10 0.09 0.17 0.29 0.34 0.22
N4 0.19 0.30 0.21 0.15 0.25 0.13 0.23 0.14 0.25 0.18 0.29 0.28 0.22 0.18 0.20 0.22 0.15 0.13 0.17 0.30 0.32 0.26
O2 0.09 0.22 0.10 0.10 0.09 0.10 0.13 0.14 0.14 0.15 0.15 0.19 0.26 0.21 0.08 0.16 0.13 0.08 0.18 0.28 0.36 0.20
O2' 0.19 0.29 0.14 0.14 0.18 0.12 0.18 0.15 0.20 0.18 0.22 0.27 0.26 0.21 0.16 0.25 0.20 0.14 0.20 0.29 0.37 0.19
O3' 0.15 0.20 0.15 0.27 0.13 0.26 0.20 0.35 0.20 0.26 0.17 0.16 0.26 0.28 0.17 0.19 0.34 0.19 0.39 0.34 0.25 0.20
O4' 0.13 0.14 0.12 0.13 0.16 0.13 0.24 0.15 0.25 0.23 0.20 0.10 0.29 0.26 0.16 0.19 0.15 0.13 0.20 0.30 0.44 0.21
O5' 0.18 0.14 0.26 0.09 0.09 0.06 0.20 0.22 0.21 0.24 0.14 0.16 0.30 0.30 0.11 0.49 0.02 0.09 0.36 0.31 0.18 0.21
OP1 0.04 0.10 0.08 0.02 0.05 0.09 0.08 0.19 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.03 0.12 0.01 0.05 0.25 0.50 0.46 0.36
OP2 0.13 0.40 0.23 0.05 0.27 0.25 0.24 0.49 0.29 0.12 0.37 0.36 0.27 0.16 0.17 0.23 0.01 0.16 0.48 0.43 0.31 0.33
P 0.07 0.15 0.15 0.02 0.08 0.10 0.07 0.24 0.09 0.08 0.12 0.15 0.11 0.10 0.04 0.21 0.00 0.04 0.29 0.35 0.35 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.16 0.35 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.02 0.10 0.23 0.47 0.22
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.27 0.48 0.23
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.10 0.05 0.12 0.11 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.30 0.45 0.26
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.10 0.20 0.42 0.20
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.13 0.23 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.12 0.21 0.39 0.22
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.09 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.13 0.23 0.41 0.23
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.13 0.19 0.32 0.19
N1 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.12 0.24 0.45 0.23
N3 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.02 0.09 0.21 0.45 0.20
N6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.14 0.24 0.38 0.24
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.14 0.20 0.34 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.18 0.37 0.17
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.24 0.44 0.19
O3' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.13 0.06 0.16 0.14 0.13 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.09 0.39 0.48 0.30
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.08 0.20 0.06
O5' 0.06 0.10 0.04 0.05 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.13 0.12 0.09 0.14 0.14 0.09 0.03 0.09 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.16 0.23 0.27 0.30 0.20 0.13 0.21 0.06 0.23 0.19 0.24 0.21 0.24 0.20 0.18 0.24 0.39 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.47 0.48 0.45 0.42 0.23 0.39 0.06 0.41 0.32 0.45 0.45 0.38 0.34 0.37 0.44 0.48 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.22 0.23 0.26 0.20 0.09 0.22 0.01 0.23 0.19 0.23 0.20 0.24 0.21 0.17 0.19 0.30 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00