Doublet Group distance statistics: 54725

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 6, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3	A	0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1	A	0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2	A	0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1'	A	0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4	A	0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2	A	0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N4	A	0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2'	A	0, 0.064, 0.114, 0.164, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.114 std_dev=0.050
O4'	A	0, 0.056, 0.114, 0.172, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.114 std_dev=0.058
O2'	A	0, 0.052, 0.124, 0.195, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.124 std_dev=0.071
C3'	A	0, 0.113, 0.202, 0.291, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.202 std_dev=0.089
C4'	A	0, 0.118, 0.217, 0.317, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.217 std_dev=0.099
O3'	A	0, 0.171, 0.295, 0.419, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.295 std_dev=0.124
P	B	0, 0.140, 0.293, 0.446, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.293 std_dev=0.153
OP2	B	0, 0.178, 0.343, 0.507, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.343 std_dev=0.165
O5'	B	0, 0.113, 0.292, 0.471, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.292 std_dev=0.179
O4'	B	0, 0.153, 0.343, 0.534, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.343 std_dev=0.190
C5'	A	0, 0.189, 0.383, 0.576, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.383 std_dev=0.193
C1'	B	0, 0.189, 0.390, 0.592, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.390 std_dev=0.202
N9	B	0, 0.138, 0.347, 0.556, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.347 std_dev=0.209
C4'	B	0, 0.144, 0.355, 0.567, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.355 std_dev=0.211
C8	B	0, 0.099, 0.318, 0.537, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.318 std_dev=0.219
O3'	B	0, 0.283, 0.504, 0.724, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.504 std_dev=0.220
C2'	B	0, 0.222, 0.449, 0.675, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.449 std_dev=0.226
O5'	A	0, 0.247, 0.473, 0.700, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.473 std_dev=0.227
C3'	B	0, 0.176, 0.403, 0.630, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.403 std_dev=0.227
N7	B	0, 0.103, 0.334, 0.565, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.334 std_dev=0.231
OP2	A	0, 0.299, 0.534, 0.769, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.534 std_dev=0.235
OP1	B	0, 0.180, 0.424, 0.669, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.424 std_dev=0.245
C4	B	0, 0.134, 0.381, 0.627, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.381 std_dev=0.247
C5	B	0, 0.110, 0.368, 0.625, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.368 std_dev=0.258
O2'	B	0, 0.296, 0.561, 0.827, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.561 std_dev=0.265
OP1	A	0, 0.420, 0.699, 0.978, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.699 std_dev=0.279
P	A	0, 0.272, 0.559, 0.847, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.559 std_dev=0.288
N3	B	0, 0.167, 0.459, 0.752, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.459 std_dev=0.293
C6	B	0, 0.121, 0.438, 0.755, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.438 std_dev=0.317
N6	B	0, 0.142, 0.479, 0.816, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.479 std_dev=0.337
C2	B	0, 0.152, 0.509, 0.866, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.509 std_dev=0.357
C5'	B	0, 0.005, 0.371, 0.736, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.371 std_dev=0.365
N1	B	0, 0.131, 0.504, 0.877, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.504 std_dev=0.373

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.06	0.22	0.12
C2	0.01	0.00	0.04	0.05	0.00	0.04	0.00	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.06	0.01	0.13	0.13	0.25	0.15
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.02	0.04	0.04	0.06	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.20	0.07
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.02	0.06	0.03	0.05	0.06	0.07	0.02	0.01	0.01	0.02	0.05	0.18	0.04
C4	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.07	0.00	0.18	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.06	0.02	0.21	0.22	0.28	0.21
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.07	0.00	0.09	0.00	0.08	0.04	0.06	0.08	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.05	0.14	0.03
C5	0.01	0.00	0.03	0.06	0.00	0.09	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.07	0.02	0.23	0.22	0.28	0.21
C5'	0.04	0.12	0.03	0.02	0.18	0.00	0.20	0.00	0.17	0.12	0.16	0.20	0.10	0.04	0.04	0.01	0.01	0.04	0.11	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.06	0.01	0.08	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.02	0.19	0.17	0.25	0.18
N1	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.04	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.12	0.12	0.24	0.14
N3	0.01	0.00	0.04	0.05	0.00	0.06	0.00	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.06	0.02	0.17	0.18	0.27	0.18
N4	0.01	0.01	0.04	0.06	0.00	0.08	0.01	0.20	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.07	0.02	0.23	0.25	0.30	0.23
O2	0.01	0.00	0.06	0.07	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.09	0.01	0.09	0.10	0.24	0.13
O2'	0.01	0.05	0.00	0.02	0.04	0.04	0.03	0.04	0.02	0.02	0.06	0.05	0.08	0.00	0.03	0.04	0.05	0.07	0.18	0.07
O3'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.06	0.02	0.07	0.04	0.07	0.03	0.06	0.07	0.09	0.03	0.00	0.02	0.04	0.08	0.14	0.07
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.04	0.02	0.00	0.04	0.06	0.22	0.13
O5'	0.05	0.13	0.02	0.02	0.21	0.01	0.23	0.01	0.19	0.12	0.17	0.23	0.09	0.05	0.04	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.06	0.13	0.04	0.05	0.22	0.05	0.22	0.04	0.17	0.12	0.18	0.25	0.10	0.07	0.08	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.22	0.25	0.20	0.18	0.28	0.14	0.28	0.11	0.25	0.24	0.27	0.30	0.24	0.18	0.14	0.22	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.12	0.15	0.07	0.04	0.21	0.03	0.21	0.01	0.18	0.14	0.18	0.23	0.13	0.07	0.07	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.37	0.10	0.20	0.12	0.22	0.10	0.36	0.17	0.18	0.31	0.28	0.17	0.17	0.07	0.14	0.21	0.14	0.11	0.20	0.13	0.11
C2	0.16	0.46	0.17	0.20	0.27	0.23	0.22	0.37	0.33	0.13	0.45	0.38	0.26	0.11	0.16	0.18	0.21	0.18	0.10	0.16	0.15	0.11
C2'	0.07	0.35	0.09	0.17	0.12	0.21	0.10	0.37	0.17	0.16	0.30	0.26	0.17	0.16	0.07	0.16	0.18	0.12	0.12	0.20	0.14	0.11
C3'	0.05	0.35	0.09	0.13	0.14	0.19	0.11	0.37	0.18	0.13	0.30	0.27	0.17	0.12	0.05	0.16	0.16	0.10	0.14	0.21	0.13	0.11
C4	0.20	0.40	0.20	0.20	0.31	0.25	0.29	0.37	0.35	0.16	0.40	0.36	0.31	0.17	0.22	0.20	0.21	0.22	0.12	0.16	0.17	0.13
C4'	0.09	0.31	0.11	0.10	0.14	0.15	0.12	0.30	0.17	0.16	0.27	0.26	0.16	0.15	0.09	0.18	0.14	0.08	0.17	0.22	0.12	0.13
C5	0.16	0.35	0.19	0.19	0.25	0.24	0.20	0.38	0.26	0.09	0.32	0.32	0.21	0.08	0.16	0.18	0.21	0.19	0.11	0.17	0.14	0.11
C5'	0.13	0.32	0.15	0.07	0.19	0.13	0.17	0.27	0.21	0.18	0.28	0.28	0.19	0.17	0.15	0.17	0.12	0.09	0.25	0.26	0.17	0.20
C6	0.11	0.34	0.15	0.18	0.20	0.23	0.13	0.38	0.21	0.12	0.30	0.31	0.17	0.09	0.09	0.16	0.20	0.16	0.10	0.19	0.14	0.11
N1	0.11	0.40	0.14	0.19	0.20	0.23	0.13	0.37	0.23	0.13	0.36	0.34	0.18	0.11	0.09	0.16	0.20	0.16	0.10	0.18	0.14	0.10
N3	0.20	0.45	0.20	0.20	0.32	0.24	0.30	0.37	0.39	0.16	0.46	0.39	0.35	0.17	0.22	0.20	0.21	0.21	0.11	0.15	0.17	0.12
N4	0.24	0.39	0.22	0.21	0.33	0.25	0.33	0.35	0.37	0.22	0.40	0.36	0.35	0.25	0.26	0.22	0.22	0.24	0.15	0.17	0.21	0.16
O2	0.16	0.48	0.17	0.21	0.26	0.23	0.21	0.37	0.34	0.14	0.49	0.38	0.28	0.13	0.16	0.18	0.21	0.17	0.09	0.16	0.15	0.11
O2'	0.11	0.29	0.11	0.17	0.09	0.18	0.12	0.33	0.15	0.20	0.25	0.21	0.19	0.20	0.11	0.19	0.18	0.12	0.12	0.20	0.13	0.10
O3'	0.06	0.33	0.10	0.10	0.13	0.16	0.10	0.35	0.17	0.13	0.29	0.26	0.17	0.12	0.06	0.19	0.13	0.09	0.17	0.22	0.13	0.12
O4'	0.07	0.33	0.08	0.19	0.13	0.20	0.13	0.34	0.18	0.18	0.27	0.27	0.17	0.17	0.08	0.15	0.21	0.12	0.13	0.22	0.14	0.12
O5'	0.17	0.27	0.19	0.07	0.18	0.06	0.17	0.14	0.18	0.21	0.23	0.24	0.17	0.19	0.17	0.19	0.08	0.10	0.30	0.27	0.21	0.24
OP1	0.12	0.20	0.17	0.08	0.13	0.08	0.11	0.19	0.13	0.13	0.18	0.18	0.12	0.11	0.11	0.20	0.04	0.07	0.24	0.25	0.20	0.20
OP2	0.07	0.26	0.10	0.06	0.17	0.11	0.17	0.22	0.21	0.14	0.25	0.23	0.21	0.15	0.11	0.08	0.02	0.08	0.26	0.24	0.21	0.19
P	0.07	0.25	0.04	0.12	0.15	0.21	0.12	0.29	0.16	0.08	0.21	0.22	0.14	0.08	0.08	0.05	0.20	0.14	0.16	0.19	0.16	0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.04	0.09	0.20	0.14
C2	0.02	0.00	0.10	0.18	0.01	0.08	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.18	0.03	0.07	0.17	0.24	0.18
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.05	0.01	0.03	0.03	0.05	0.04	0.08	0.10	0.04	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.12	0.11	0.18	0.14
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.11	0.00	0.09	0.03	0.12	0.06	0.16	0.17	0.10	0.05	0.04	0.01	0.01	0.01	0.20	0.15	0.15	0.16
C4	0.01	0.01	0.05	0.11	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.09	0.02	0.06	0.15	0.22	0.16
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.05	0.00	0.05	0.01	0.07	0.05	0.08	0.07	0.07	0.05	0.03	0.03	0.03	0.00	0.01	0.08	0.13	0.08
C5	0.01	0.01	0.03	0.09	0.00	0.05	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.07	0.17	0.20	0.16
C5'	0.02	0.16	0.03	0.03	0.12	0.01	0.13	0.00	0.15	0.10	0.16	0.13	0.15	0.12	0.08	0.03	0.07	0.01	0.01	0.15	0.11	0.02
C6	0.01	0.00	0.05	0.12	0.01	0.07	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.12	0.02	0.08	0.20	0.21	0.17
C8	0.01	0.01	0.04	0.06	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.06	0.02	0.09	0.14	0.17	0.13
N1	0.02	0.00	0.08	0.16	0.01	0.08	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.16	0.02	0.08	0.19	0.23	0.18
N3	0.02	0.00	0.10	0.17	0.00	0.07	0.00	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.16	0.02	0.06	0.15	0.24	0.17
N6	0.02	0.00	0.04	0.10	0.01	0.07	0.01	0.15	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.11	0.03	0.09	0.21	0.19	0.17
N7	0.00	0.01	0.03	0.05	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.05	0.01	0.09	0.17	0.16	0.14
N9	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.03	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.03	0.01	0.06	0.12	0.20	0.14
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.04	0.03	0.02	0.00	0.05	0.03	0.05	0.05	0.18	0.12
O3'	0.03	0.18	0.03	0.01	0.09	0.03	0.08	0.07	0.12	0.06	0.16	0.16	0.11	0.05	0.03	0.05	0.00	0.02	0.19	0.16	0.14	0.15
O4'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.08	0.11	0.19	0.14
O5'	0.04	0.07	0.12	0.20	0.06	0.01	0.07	0.01	0.08	0.09	0.08	0.06	0.09	0.09	0.06	0.05	0.19	0.08	0.00	0.03	0.03	0.00
OP1	0.09	0.17	0.11	0.15	0.15	0.08	0.17	0.15	0.20	0.14	0.19	0.15	0.21	0.17	0.12	0.05	0.16	0.11	0.03	0.00	0.01	0.02
OP2	0.20	0.24	0.18	0.15	0.22	0.13	0.20	0.11	0.21	0.17	0.23	0.24	0.19	0.16	0.20	0.18	0.14	0.19	0.03	0.01	0.00	0.02
P	0.14	0.18	0.14	0.16	0.16	0.08	0.16	0.02	0.17	0.13	0.18	0.17	0.17	0.14	0.14	0.12	0.15	0.14	0.00	0.02	0.02	0.00