ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54726

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 2, 4, 2, 3, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.038, 0.102, 0.166, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.102 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.015, 0.081, 0.148, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.081 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.064, 0.159, 0.255, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.159 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.065, 0.161, 0.257, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.161 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.058, 0.158, 0.257, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.158 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.102, 0.246, 0.390, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.246 std_dev=0.144
OP1 A 0, 0.124, 0.291, 0.458, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.291 std_dev=0.167
P B 0, 0.146, 0.328, 0.509, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.328 std_dev=0.182
P A 0, 0.094, 0.277, 0.459, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.277 std_dev=0.182
C5' A 0, 0.076, 0.262, 0.448, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.262 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.077, 0.279, 0.481, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.279 std_dev=0.202
C4' B 0, 0.129, 0.362, 0.596, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.362 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.140, 0.398, 0.655, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.398 std_dev=0.258
OP1 B 0, 0.197, 0.455, 0.714, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.455 std_dev=0.259
O4' B 0, 0.163, 0.423, 0.683, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.423 std_dev=0.260
OP2 A 0, 0.052, 0.336, 0.621, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.336 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.154, 0.450, 0.747, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.450 std_dev=0.296
OP2 B 0, 0.069, 0.376, 0.683, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.376 std_dev=0.307
C8 B 0, 0.237, 0.544, 0.851, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.544 std_dev=0.307
C2' B 0, 0.176, 0.485, 0.795, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.485 std_dev=0.310
N9 B 0, 0.185, 0.515, 0.844, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.515 std_dev=0.329
C5' B 0, 0.110, 0.440, 0.770, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.440 std_dev=0.330
O3' B 0, 0.093, 0.434, 0.776, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.434 std_dev=0.342
N7 B 0, 0.238, 0.621, 1.003, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.621 std_dev=0.382
C4 B 0, 0.305, 0.689, 1.072, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.689 std_dev=0.384
O2' B 0, 0.214, 0.609, 1.004, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.609 std_dev=0.395
C5 B 0, 0.309, 0.706, 1.102, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.706 std_dev=0.396
N3 B 0, 0.448, 0.884, 1.320, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.884 std_dev=0.436
O5' B 0, 0.131, 0.578, 1.025, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.578 std_dev=0.447
C6 B 0, 0.426, 0.878, 1.331, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.878 std_dev=0.452
N6 B 0, 0.428, 0.920, 1.411, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.920 std_dev=0.491
C2 B 0, 0.553, 1.056, 1.558, 1.899 max_d=1.899 avg_d=1.056 std_dev=0.503
N1 B 0, 0.542, 1.051, 1.559, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.051 std_dev=0.508

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.18 0.04 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.17 0.05 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.18 0.05 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.05 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.16 0.08 0.09
C4' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.15 0.05 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.09 0.16 0.10 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.11 0.06 0.09 0.13 0.03 0.07 0.04 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.07 0.16 0.07 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.17 0.04 0.07
N3 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.17 0.06 0.08
N4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.02 0.10 0.17 0.10 0.10
O2 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.09 0.03 0.05 0.17 0.06 0.07
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.00 0.05 0.04 0.10 0.20 0.11 0.12
O3' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.04 0.07 0.03 0.05 0.07 0.09 0.05 0.00 0.02 0.04 0.12 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.17 0.04 0.08
O5' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.07 0.03 0.05 0.10 0.05 0.10 0.04 0.04 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.18 0.17 0.18 0.14 0.16 0.15 0.16 0.04 0.16 0.17 0.17 0.17 0.17 0.20 0.12 0.17 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.10 0.06 0.07 0.04 0.06 0.10 0.06 0.11 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.02 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.12 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.19 0.18 0.11 0.14 0.15 0.29 0.16 0.16 0.13 0.09 0.21 0.19 0.11 0.12 0.14 0.11 0.40 0.22 0.21 0.13
C2 0.08 0.13 0.17 0.14 0.11 0.10 0.17 0.26 0.19 0.16 0.17 0.10 0.25 0.21 0.10 0.14 0.11 0.10 0.47 0.21 0.15 0.17
C2' 0.11 0.07 0.18 0.17 0.08 0.15 0.12 0.28 0.14 0.12 0.10 0.07 0.19 0.15 0.08 0.12 0.14 0.12 0.37 0.28 0.19 0.15
C3' 0.12 0.06 0.17 0.16 0.06 0.15 0.10 0.27 0.12 0.09 0.09 0.06 0.17 0.13 0.07 0.14 0.15 0.14 0.31 0.31 0.22 0.16
C4 0.09 0.18 0.19 0.14 0.14 0.10 0.20 0.21 0.23 0.19 0.21 0.14 0.28 0.23 0.12 0.19 0.12 0.13 0.46 0.19 0.14 0.19
C4' 0.15 0.09 0.20 0.20 0.10 0.18 0.11 0.33 0.11 0.11 0.09 0.10 0.15 0.13 0.10 0.15 0.17 0.16 0.26 0.25 0.28 0.12
C5 0.09 0.17 0.20 0.15 0.14 0.10 0.19 0.20 0.22 0.19 0.20 0.14 0.27 0.23 0.12 0.20 0.12 0.13 0.46 0.19 0.14 0.18
C5' 0.16 0.09 0.21 0.20 0.10 0.19 0.10 0.34 0.10 0.10 0.09 0.11 0.14 0.12 0.11 0.19 0.18 0.17 0.20 0.26 0.35 0.17
C6 0.09 0.13 0.19 0.16 0.12 0.11 0.17 0.24 0.19 0.17 0.17 0.11 0.24 0.21 0.10 0.16 0.12 0.10 0.45 0.21 0.17 0.16
N1 0.09 0.11 0.18 0.15 0.11 0.11 0.16 0.27 0.18 0.16 0.15 0.09 0.23 0.20 0.10 0.14 0.11 0.10 0.45 0.21 0.17 0.15
N3 0.09 0.16 0.18 0.13 0.13 0.09 0.18 0.24 0.21 0.18 0.19 0.12 0.27 0.22 0.11 0.17 0.11 0.11 0.47 0.19 0.14 0.18
N4 0.10 0.21 0.19 0.14 0.16 0.10 0.21 0.18 0.25 0.20 0.24 0.17 0.30 0.25 0.13 0.22 0.14 0.15 0.45 0.18 0.18 0.20
O2 0.08 0.12 0.16 0.14 0.11 0.10 0.17 0.27 0.19 0.16 0.16 0.09 0.25 0.21 0.10 0.12 0.11 0.09 0.46 0.21 0.16 0.17
O2' 0.14 0.10 0.19 0.19 0.10 0.17 0.13 0.31 0.13 0.13 0.11 0.10 0.18 0.15 0.11 0.12 0.16 0.14 0.33 0.26 0.21 0.12
O3' 0.14 0.06 0.17 0.16 0.07 0.16 0.07 0.27 0.09 0.07 0.07 0.08 0.14 0.09 0.08 0.16 0.15 0.16 0.25 0.33 0.23 0.16
O4' 0.12 0.11 0.19 0.19 0.12 0.16 0.17 0.31 0.17 0.17 0.14 0.10 0.22 0.20 0.12 0.11 0.15 0.12 0.36 0.21 0.25 0.11
O5' 0.20 0.16 0.24 0.24 0.17 0.24 0.16 0.38 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.17 0.17 0.20 0.21 0.21 0.15 0.22 0.37 0.16
OP1 0.13 0.13 0.16 0.22 0.11 0.22 0.12 0.29 0.14 0.11 0.13 0.13 0.17 0.14 0.10 0.19 0.24 0.17 0.14 0.31 0.33 0.14
OP2 0.17 0.15 0.19 0.22 0.13 0.22 0.13 0.22 0.14 0.13 0.14 0.15 0.16 0.14 0.12 0.26 0.27 0.21 0.11 0.40 0.22 0.12
P 0.14 0.14 0.17 0.21 0.12 0.21 0.12 0.27 0.14 0.11 0.13 0.14 0.15 0.13 0.11 0.19 0.24 0.18 0.12 0.29 0.31 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.35 0.24 0.24 0.15
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.09 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.02 0.41 0.35 0.21 0.21
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.14 0.06 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.00 0.03 0.01 0.38 0.32 0.34 0.31
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.12 0.07 0.02 0.01 0.02 0.08 0.23 0.21 0.11
C4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.11 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.02 0.42 0.35 0.20 0.18
C4' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.19 0.11 0.07 0.17 0.19 0.12 0.09 0.03 0.01 0.02 0.32 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.15 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.12 0.02 0.44 0.40 0.24 0.21
C5' 0.16 0.34 0.14 0.03 0.37 0.01 0.44 0.00 0.45 0.46 0.40 0.30 0.48 0.49 0.35 0.08 0.10 0.03 0.02 0.44 0.25 0.04
C6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.14 0.01 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.10 0.03 0.43 0.39 0.26 0.22
C8 0.01 0.01 0.11 0.13 0.01 0.19 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.18 0.03 0.44 0.42 0.29 0.24
N1 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.11 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.03 0.42 0.37 0.24 0.21
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.07 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.09 0.02 0.40 0.33 0.19 0.19
N6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.17 0.01 0.48 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.11 0.04 0.42 0.41 0.31 0.24
N7 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.19 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.16 0.03 0.44 0.45 0.30 0.26
N9 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.12 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.15 0.02 0.42 0.34 0.21 0.17
O2' 0.03 0.15 0.00 0.02 0.11 0.09 0.12 0.08 0.14 0.07 0.15 0.13 0.14 0.10 0.07 0.00 0.06 0.06 0.36 0.41 0.37 0.37
O3' 0.14 0.08 0.03 0.01 0.11 0.03 0.12 0.10 0.10 0.18 0.08 0.09 0.11 0.16 0.15 0.06 0.00 0.16 0.06 0.20 0.17 0.07
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.16 0.00 0.28 0.29 0.28 0.17
O5' 0.35 0.41 0.38 0.08 0.42 0.02 0.44 0.02 0.43 0.44 0.42 0.40 0.42 0.44 0.42 0.36 0.06 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.24 0.35 0.32 0.23 0.35 0.32 0.40 0.44 0.39 0.42 0.37 0.33 0.41 0.45 0.34 0.41 0.20 0.29 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.24 0.21 0.34 0.21 0.20 0.20 0.24 0.25 0.26 0.29 0.24 0.19 0.31 0.30 0.21 0.37 0.17 0.28 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.21 0.31 0.11 0.18 0.04 0.21 0.04 0.22 0.24 0.21 0.19 0.24 0.26 0.17 0.37 0.07 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00