ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54728

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.018
P B 0, 0.133, 0.257, 0.381, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.257 std_dev=0.124
OP1 B 0, 0.158, 0.429, 0.700, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.429 std_dev=0.271
O5' B 0, 0.069, 0.344, 0.620, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.344 std_dev=0.276
OP2 B 0, -0.140, 0.317, 0.774, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.317 std_dev=0.457
O4' A 0, -0.254, 0.225, 0.704, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.225 std_dev=0.479
C2' A 0, -0.282, 0.229, 0.740, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.229 std_dev=0.511
C5' B 0, -0.068, 0.444, 0.956, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.444 std_dev=0.512
O3' B 0, -0.072, 0.441, 0.955, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.441 std_dev=0.514
C3' A 0, -0.381, 0.266, 0.913, 2.679 max_d=2.679 avg_d=0.266 std_dev=0.647
C4' A 0, -0.379, 0.300, 0.978, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.300 std_dev=0.679
O3' A 0, -0.426, 0.253, 0.933, 2.792 max_d=2.792 avg_d=0.253 std_dev=0.679
O2' A 0, -0.371, 0.352, 1.075, 3.029 max_d=3.029 avg_d=0.352 std_dev=0.723
C3' B 0, -0.301, 0.532, 1.365, 3.582 max_d=3.582 avg_d=0.532 std_dev=0.833
C4' B 0, -0.327, 0.564, 1.454, 3.824 max_d=3.824 avg_d=0.564 std_dev=0.891
C5' A 0, -0.585, 0.475, 1.534, 4.412 max_d=4.412 avg_d=0.475 std_dev=1.060
O5' A 0, -0.675, 0.525, 1.725, 4.997 max_d=4.997 avg_d=0.525 std_dev=1.200
O4' B 0, -0.641, 0.709, 2.060, 5.713 max_d=5.713 avg_d=0.709 std_dev=1.350
C2' B 0, -0.671, 0.697, 2.064, 5.769 max_d=5.769 avg_d=0.697 std_dev=1.367
O2' B 0, -0.726, 0.768, 2.261, 6.309 max_d=6.309 avg_d=0.768 std_dev=1.494
C1' B 0, -0.844, 0.786, 2.415, 6.844 max_d=6.844 avg_d=0.786 std_dev=1.630
OP1 A 0, -1.035, 0.707, 2.449, 7.202 max_d=7.202 avg_d=0.707 std_dev=1.742
P A 0, -1.111, 0.722, 2.555, 7.565 max_d=7.565 avg_d=0.722 std_dev=1.833
N9 B 0, -1.026, 0.815, 2.655, 7.676 max_d=7.676 avg_d=0.815 std_dev=1.841
C4 B 0, -1.155, 0.893, 2.940, 8.529 max_d=8.529 avg_d=0.893 std_dev=2.048
C8 B 0, -1.220, 0.846, 2.912, 8.559 max_d=8.559 avg_d=0.846 std_dev=2.066
N3 B 0, -1.196, 0.950, 3.097, 8.949 max_d=8.949 avg_d=0.950 std_dev=2.146
N7 B 0, -1.379, 0.915, 3.209, 9.483 max_d=9.483 avg_d=0.915 std_dev=2.294
C5 B 0, -1.369, 0.963, 3.295, 9.668 max_d=9.668 avg_d=0.963 std_dev=2.332
OP2 A 0, -1.506, 0.889, 3.283, 9.836 max_d=9.836 avg_d=0.889 std_dev=2.395
C2 B 0, -1.507, 1.104, 3.715, 10.843 max_d=10.843 avg_d=1.104 std_dev=2.611
C6 B 0, -1.622, 1.111, 3.844, 11.318 max_d=11.318 avg_d=1.111 std_dev=2.733
N1 B 0, -1.709, 1.188, 4.085, 12.003 max_d=12.003 avg_d=1.188 std_dev=2.897
N6 B 0, -1.839, 1.211, 4.261, 12.605 max_d=12.605 avg_d=1.211 std_dev=3.050

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.00 0.01 0.09 0.32 0.09
C2 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.10 0.20 0.19 0.39 0.69 0.34
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.14 0.12 0.02 0.13 0.05 0.25 0.00 0.02 0.01 0.11 0.22 0.19 0.12
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.18 0.00 0.19 0.01 0.17 0.11 0.14 0.19 0.05 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.03 0.07 0.32 0.47 0.17
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.17 0.02 0.09 0.03 0.23 0.16 0.02 0.00 0.01 0.07 0.20 0.07
C5 0.00 0.00 0.07 0.19 0.00 0.14 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.06 0.12 0.14 0.13 0.18 0.12
C5' 0.06 0.23 0.14 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.14 0.07 0.22 0.10 0.35 0.04 0.13 0.01 0.00 0.13 0.07 0.01
C6 0.00 0.00 0.12 0.17 0.00 0.17 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.33 0.03 0.18 0.18 0.07 0.13 0.17
N1 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.18 0.37 0.11
N3 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.16 0.18 0.44 0.70 0.35
N4 0.01 0.00 0.05 0.19 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.05 0.04 0.08 0.37 0.50 0.20
O2 0.01 0.00 0.25 0.05 0.00 0.23 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.18 0.33 0.31 0.50 0.90 0.52
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.13 0.16 0.31 0.04 0.33 0.09 0.05 0.14 0.33 0.00 0.04 0.10 0.13 0.09 0.09 0.10
O3' 0.20 0.10 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.13 0.03 0.08 0.05 0.05 0.18 0.04 0.00 0.16 0.07 0.08 0.22 0.12
O4' 0.00 0.20 0.01 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.16 0.04 0.33 0.10 0.16 0.00 0.06 0.07 0.37 0.09
O5' 0.01 0.19 0.11 0.09 0.07 0.01 0.14 0.00 0.18 0.03 0.18 0.08 0.31 0.13 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.39 0.22 0.14 0.32 0.07 0.13 0.13 0.07 0.18 0.44 0.37 0.50 0.09 0.08 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.69 0.19 0.07 0.47 0.20 0.18 0.07 0.13 0.37 0.70 0.50 0.90 0.09 0.22 0.37 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.34 0.12 0.05 0.17 0.07 0.12 0.01 0.17 0.11 0.35 0.20 0.52 0.10 0.12 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.01 2.16 0.75 0.43 1.58 0.51 1.62 0.27 2.02 0.93 2.29 1.84 2.06 1.17 1.17 0.75 0.19 0.88 0.22 0.13 0.08 0.05
C2 1.21 1.85 0.88 0.51 1.57 0.67 1.60 0.39 1.79 1.17 1.90 1.69 1.76 1.33 1.32 0.94 0.25 1.10 0.28 0.17 0.15 0.07
C2' 0.67 1.88 0.42 0.11 1.26 0.17 1.29 0.12 1.71 0.60 1.99 1.55 1.76 0.85 0.84 0.42 0.19 0.53 0.11 0.31 0.23 0.28
C3' 0.89 2.23 0.63 0.34 1.51 0.42 1.50 0.21 1.94 0.76 2.31 1.86 1.96 1.00 1.04 0.61 0.11 0.78 0.28 0.12 0.24 0.16
C4 1.13 1.44 0.77 0.44 1.30 0.69 1.17 0.42 1.20 0.91 1.34 1.43 1.01 0.90 1.14 0.88 0.21 1.11 0.30 0.18 0.20 0.10
C4' 0.98 2.42 0.71 0.44 1.65 0.52 1.66 0.35 2.15 0.88 2.54 2.00 2.19 1.15 1.16 0.67 0.16 0.88 0.36 0.35 0.26 0.29
C5 0.93 1.63 0.62 0.35 1.24 0.57 1.07 0.35 1.23 0.60 1.51 1.52 1.02 0.64 0.94 0.69 0.16 0.94 0.28 0.16 0.13 0.08
C5' 0.82 2.40 0.55 0.31 1.54 0.42 1.53 0.29 2.04 0.71 2.49 1.95 2.05 0.99 1.01 0.48 0.06 0.76 0.34 0.41 0.30 0.35
C6 0.90 1.92 0.63 0.36 1.37 0.51 1.28 0.30 1.57 0.66 1.90 1.68 1.42 0.79 0.98 0.66 0.15 0.86 0.24 0.15 0.08 0.06
N1 1.05 2.01 0.76 0.44 1.53 0.57 1.53 0.32 1.84 0.94 2.07 1.76 1.79 1.12 1.18 0.79 0.20 0.96 0.25 0.15 0.10 0.06
N3 1.25 1.58 0.88 0.50 1.46 0.73 1.43 0.43 1.48 1.18 1.55 1.53 1.37 1.24 1.31 0.98 0.25 1.16 0.30 0.18 0.20 0.09
N4 1.15 1.05 0.75 0.42 1.06 0.74 0.86 0.46 0.77 0.84 0.88 1.14 0.56 0.70 1.06 0.92 0.22 1.17 0.32 0.18 0.24 0.12
O2 1.28 1.89 0.95 0.55 1.64 0.70 1.72 0.39 1.92 1.32 1.98 1.73 1.96 1.50 1.41 1.01 0.28 1.13 0.28 0.18 0.15 0.07
O2' 0.43 1.63 0.24 0.16 1.01 0.15 1.06 0.38 1.48 0.37 1.75 1.29 1.58 0.62 0.59 0.25 0.34 0.27 0.37 0.58 0.48 0.58
O3' 0.81 2.10 0.56 0.29 1.38 0.39 1.35 0.20 1.78 0.64 2.16 1.74 1.79 0.86 0.94 0.56 0.10 0.72 0.26 0.12 0.24 0.15
O4' 1.14 2.48 0.87 0.59 1.77 0.68 1.79 0.49 2.26 1.05 2.61 2.09 2.28 1.30 1.31 0.84 0.32 1.04 0.44 0.46 0.22 0.32
O5' 0.87 2.54 0.61 0.38 1.63 0.45 1.66 0.33 2.20 0.80 2.66 2.05 2.26 1.10 1.09 0.51 0.11 0.78 0.37 0.49 0.33 0.41
OP1 0.53 2.32 0.29 0.12 1.36 0.15 1.41 0.11 1.98 0.52 2.45 1.79 2.07 0.86 0.79 0.15 0.25 0.46 0.16 0.41 0.14 0.28
OP2 0.62 2.19 0.33 0.16 1.30 0.32 1.28 0.30 1.77 0.49 2.24 1.74 1.79 0.75 0.79 0.24 0.18 0.64 0.34 0.58 0.34 0.48
P 0.84 2.53 0.57 0.38 1.60 0.48 1.60 0.43 2.13 0.75 2.62 2.04 2.17 1.04 1.05 0.46 0.11 0.80 0.47 0.69 0.44 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.13 0.06 0.04
C2 0.03 0.00 0.11 0.30 0.01 0.49 0.00 0.83 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.26 0.38 0.75 1.59 1.03 1.06
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.11 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.10 0.18 0.12
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.13 0.00 0.06 0.01 0.12 0.17 0.22 0.29 0.09 0.11 0.04 0.02 0.01 0.01 0.24 0.06 0.30 0.16
C4 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.22 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.19 0.21 0.69 0.35 0.32
C4' 0.01 0.49 0.01 0.00 0.22 0.00 0.08 0.00 0.19 0.26 0.37 0.48 0.12 0.17 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07 0.46 0.11 0.06
C5' 0.02 0.83 0.01 0.01 0.33 0.00 0.12 0.00 0.31 0.42 0.62 0.77 0.19 0.28 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.12 0.01 0.19 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.15 0.17 0.81 0.36 0.32
C8 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.26 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.14 0.22 0.59 0.33 0.50 0.63
N1 0.03 0.00 0.08 0.22 0.01 0.37 0.01 0.62 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.20 0.28 0.51 1.32 0.79 0.78
N3 0.02 0.00 0.11 0.29 0.00 0.48 0.00 0.77 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.23 0.39 0.69 1.31 0.86 0.89
N6 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.09 0.08 0.06 0.63 0.19 0.14
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.13 0.48 0.16 0.43 0.52
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.17 0.06 0.12
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.12 0.06 0.06 0.06 0.11 0.12 0.21 0.27 0.08 0.08 0.02 0.00 0.04 0.05 0.09 0.07 0.11 0.07
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.10 0.02 0.06 0.03 0.11 0.14 0.20 0.23 0.09 0.10 0.04 0.04 0.00 0.02 0.25 0.04 0.40 0.19
O4' 0.00 0.38 0.01 0.01 0.19 0.00 0.07 0.01 0.15 0.22 0.28 0.39 0.08 0.13 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.11 0.20 0.08
O5' 0.07 0.75 0.17 0.24 0.21 0.01 0.07 0.01 0.17 0.59 0.51 0.69 0.06 0.48 0.16 0.09 0.25 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 1.59 0.10 0.06 0.69 0.04 0.46 0.03 0.81 0.33 1.32 1.31 0.63 0.16 0.17 0.07 0.04 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 1.03 0.18 0.30 0.35 0.02 0.11 0.04 0.36 0.50 0.79 0.86 0.19 0.43 0.06 0.11 0.40 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 1.06 0.12 0.16 0.32 0.01 0.06 0.01 0.32 0.63 0.78 0.89 0.14 0.52 0.12 0.07 0.19 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00