ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54729

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.012, 0.018, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.014, 0.023, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.024, 0.047, 0.071, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.047 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.025, 0.054, 0.084, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.054 std_dev=0.030
P B 0, 0.474, 0.737, 1.000, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.737 std_dev=0.263
OP2 B 0, 0.285, 0.566, 0.846, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.566 std_dev=0.281
O5' B 0, 0.710, 1.148, 1.586, 1.944 max_d=1.944 avg_d=1.148 std_dev=0.438
OP1 B 0, 0.707, 1.151, 1.595, 1.961 max_d=1.961 avg_d=1.151 std_dev=0.444
O4' A 0, 0.256, 0.720, 1.185, 2.226 max_d=2.226 avg_d=0.720 std_dev=0.464
C2' A 0, 0.295, 0.760, 1.225, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.760 std_dev=0.465
C3' A 0, 0.559, 1.168, 1.777, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.168 std_dev=0.609
O3' A 0, 0.894, 1.521, 2.148, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.521 std_dev=0.627
O2' A 0, 0.249, 0.913, 1.578, 3.099 max_d=3.099 avg_d=0.913 std_dev=0.665
C4' A 0, 0.406, 1.081, 1.757, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.081 std_dev=0.675
O4' B 0, 0.522, 1.202, 1.882, 3.089 max_d=3.089 avg_d=1.202 std_dev=0.680
C3' B 0, 0.392, 1.087, 1.781, 2.971 max_d=2.971 avg_d=1.087 std_dev=0.694
C4' B 0, 0.619, 1.327, 2.035, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.327 std_dev=0.708
OP2 A 0, 0.801, 1.553, 2.306, 3.779 max_d=3.779 avg_d=1.553 std_dev=0.753
C5' B 0, 1.132, 1.888, 2.643, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.888 std_dev=0.756
N1 B 0, 1.469, 2.230, 2.991, 3.064 max_d=3.064 avg_d=2.230 std_dev=0.761
C4 B 0, 0.299, 1.064, 1.830, 3.576 max_d=3.576 avg_d=1.064 std_dev=0.765
C1' B 0, 0.386, 1.212, 2.038, 3.741 max_d=3.741 avg_d=1.212 std_dev=0.826
O5' A 0, 0.622, 1.456, 2.289, 3.986 max_d=3.986 avg_d=1.456 std_dev=0.834
C2' B 0, 0.422, 1.301, 2.180, 4.071 max_d=4.071 avg_d=1.301 std_dev=0.879
N9 B 0, 0.669, 1.571, 2.472, 4.331 max_d=4.331 avg_d=1.571 std_dev=0.902
C6 B 0, 0.360, 1.314, 2.268, 4.465 max_d=4.465 avg_d=1.314 std_dev=0.954
O3' B 0, 0.222, 1.204, 2.186, 4.266 max_d=4.266 avg_d=1.204 std_dev=0.982
N3 B 0, 1.728, 2.710, 3.693, 3.351 max_d=3.351 avg_d=2.710 std_dev=0.983
P A 0, 0.274, 1.262, 2.251, 4.468 max_d=4.468 avg_d=1.262 std_dev=0.989
C5 B 0, 0.819, 1.821, 2.823, 4.921 max_d=4.921 avg_d=1.821 std_dev=1.002
C5' A 0, 0.918, 1.944, 2.970, 5.099 max_d=5.099 avg_d=1.944 std_dev=1.026
O2' B 0, 0.606, 1.744, 2.882, 5.385 max_d=5.385 avg_d=1.744 std_dev=1.138
N6 B 0, 1.156, 2.365, 3.574, 5.976 max_d=5.976 avg_d=2.365 std_dev=1.209
C2 B 0, 2.076, 3.287, 4.497, 4.025 max_d=4.025 avg_d=3.287 std_dev=1.211
C8 B 0, 2.145, 3.600, 5.055, 6.373 max_d=6.373 avg_d=3.600 std_dev=1.455
OP1 A 0, -0.055, 1.447, 2.950, 6.536 max_d=6.536 avg_d=1.447 std_dev=1.502
N7 B 0, 2.315, 3.872, 5.429, 6.918 max_d=6.918 avg_d=3.872 std_dev=1.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.00 0.15 0.14 0.17 0.12
C2 0.01 0.00 0.17 0.19 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.13 0.12 0.13 0.16 0.11
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.13 0.14 0.03 0.15 0.06 0.29 0.00 0.02 0.01 0.31 0.32 0.45 0.34
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.25 0.00 0.24 0.02 0.19 0.15 0.24 0.28 0.17 0.02 0.01 0.02 0.07 0.13 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.14 0.03 0.18 0.19 0.30 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.15 0.05 0.03 0.10 0.11 0.20 0.02 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.10 0.24 0.00 0.15 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.16 0.09 0.22 0.21 0.29 0.21
C5' 0.06 0.10 0.13 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.14 0.06 0.09 0.12 0.16 0.08 0.12 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.19 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.12 0.13 0.18 0.16 0.17 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.01 0.12 0.11 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.15 0.24 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.10 0.14 0.14 0.23 0.13
N4 0.01 0.01 0.06 0.28 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.18 0.04 0.20 0.22 0.37 0.22
O2 0.02 0.00 0.29 0.17 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.16 0.21 0.14 0.15 0.15 0.12
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.17 0.20 0.27 0.08 0.28 0.11 0.08 0.18 0.23 0.00 0.04 0.14 0.21 0.22 0.51 0.28
O3' 0.18 0.08 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.12 0.12 0.06 0.09 0.18 0.16 0.04 0.00 0.13 0.14 0.18 0.06 0.12
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.10 0.04 0.21 0.14 0.13 0.00 0.04 0.06 0.14 0.07
O5' 0.15 0.12 0.31 0.07 0.18 0.01 0.22 0.01 0.18 0.12 0.14 0.20 0.14 0.21 0.14 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.14 0.13 0.32 0.13 0.19 0.09 0.21 0.10 0.16 0.11 0.14 0.22 0.15 0.22 0.18 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.16 0.45 0.13 0.30 0.08 0.29 0.07 0.17 0.13 0.23 0.37 0.15 0.51 0.06 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.11 0.34 0.08 0.18 0.02 0.21 0.01 0.14 0.09 0.13 0.22 0.12 0.28 0.12 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.60 0.12 0.14 0.55 0.25 0.78 0.39 0.80 0.79 0.70 0.47 0.92 0.93 0.52 0.47 0.07 0.33 0.13 0.25 0.31 0.14
C2 0.10 0.09 0.33 0.11 0.22 0.24 0.53 0.41 0.60 0.46 0.35 0.12 0.80 0.64 0.22 0.79 0.15 0.26 0.18 0.21 0.30 0.14
C2' 0.12 0.57 0.19 0.22 0.42 0.28 0.67 0.45 0.76 0.64 0.69 0.40 0.92 0.80 0.35 0.59 0.24 0.26 0.27 0.50 0.39 0.35
C3' 0.20 0.50 0.16 0.15 0.49 0.22 0.72 0.39 0.75 0.72 0.64 0.39 0.90 0.85 0.46 0.39 0.08 0.26 0.14 0.24 0.44 0.23
C4 0.24 0.68 0.53 0.21 0.16 0.27 0.27 0.42 0.24 0.47 0.44 0.58 0.49 0.63 0.14 0.85 0.20 0.28 0.22 0.20 0.31 0.17
C4' 0.24 0.48 0.24 0.25 0.42 0.27 0.61 0.39 0.59 0.73 0.51 0.41 0.71 0.80 0.45 0.33 0.14 0.29 0.21 0.27 0.44 0.27
C5 0.11 0.58 0.43 0.16 0.19 0.24 0.41 0.41 0.37 0.57 0.41 0.50 0.52 0.71 0.17 0.70 0.16 0.28 0.20 0.22 0.31 0.16
C5' 0.13 0.32 0.20 0.20 0.25 0.20 0.40 0.32 0.38 0.52 0.32 0.28 0.48 0.57 0.28 0.31 0.13 0.17 0.23 0.36 0.47 0.32
C6 0.12 0.29 0.24 0.07 0.39 0.25 0.61 0.41 0.59 0.60 0.42 0.25 0.69 0.72 0.37 0.59 0.10 0.33 0.16 0.24 0.30 0.14
N1 0.12 0.25 0.20 0.07 0.40 0.24 0.66 0.41 0.69 0.60 0.49 0.15 0.82 0.76 0.37 0.65 0.08 0.30 0.16 0.23 0.30 0.14
N3 0.22 0.44 0.47 0.18 0.12 0.26 0.34 0.42 0.38 0.37 0.27 0.41 0.63 0.54 0.13 0.88 0.19 0.27 0.21 0.20 0.31 0.16
N4 0.37 0.97 0.62 0.27 0.36 0.31 0.25 0.43 0.18 0.55 0.68 0.79 0.34 0.68 0.29 0.88 0.24 0.33 0.25 0.20 0.30 0.19
O2 0.10 0.28 0.28 0.11 0.25 0.23 0.56 0.41 0.65 0.50 0.47 0.20 0.88 0.68 0.24 0.77 0.16 0.25 0.18 0.21 0.30 0.14
O2' 0.20 0.79 0.16 0.18 0.51 0.24 0.73 0.43 0.80 0.76 0.80 0.61 0.97 0.92 0.44 0.44 0.16 0.24 0.37 0.73 0.58 0.55
O3' 0.19 0.42 0.17 0.20 0.39 0.25 0.60 0.40 0.61 0.69 0.49 0.34 0.77 0.79 0.40 0.36 0.18 0.26 0.18 0.29 0.45 0.26
O4' 0.33 0.50 0.27 0.31 0.50 0.36 0.67 0.45 0.63 0.81 0.52 0.45 0.72 0.86 0.54 0.35 0.17 0.39 0.25 0.23 0.38 0.24
O5' 0.09 0.18 0.13 0.07 0.18 0.14 0.34 0.29 0.35 0.37 0.25 0.15 0.44 0.44 0.18 0.42 0.01 0.12 0.22 0.37 0.50 0.34
OP1 0.16 0.15 0.06 0.03 0.09 0.07 0.18 0.27 0.20 0.19 0.15 0.15 0.27 0.26 0.06 0.16 0.03 0.11 0.36 0.59 0.58 0.48
OP2 0.09 0.27 0.09 0.06 0.27 0.17 0.45 0.36 0.43 0.56 0.32 0.24 0.53 0.63 0.29 0.20 0.01 0.16 0.39 0.54 0.65 0.52
P 0.08 0.10 0.06 0.01 0.14 0.09 0.28 0.26 0.28 0.31 0.18 0.08 0.35 0.37 0.14 0.21 0.00 0.07 0.32 0.48 0.54 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.22 0.23 0.21 0.15
C2 0.05 0.00 0.31 0.09 0.01 0.34 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.13 0.40 0.70 0.59 0.66 0.68
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.09 0.13 0.16 0.24 0.31 0.08 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.35 0.43 0.31
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.17 0.24 0.12 0.08 0.20 0.24 0.14 0.02 0.01 0.02 0.23 0.31 0.38 0.25
C4 0.03 0.01 0.15 0.12 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.07 0.20 0.30 0.19 0.12 0.16
C4' 0.01 0.34 0.02 0.00 0.15 0.00 0.09 0.00 0.14 0.26 0.25 0.33 0.11 0.19 0.07 0.18 0.02 0.00 0.01 0.18 0.18 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.11 0.07 0.34 0.34 0.50 0.35
C5' 0.06 0.61 0.09 0.01 0.24 0.00 0.16 0.00 0.24 0.48 0.46 0.57 0.21 0.38 0.15 0.09 0.12 0.02 0.01 0.23 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.17 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.32 0.12 0.16 0.29 0.20 0.28 0.19
C8 0.02 0.01 0.16 0.24 0.00 0.26 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.20 0.13 0.24 0.79 0.79 1.06 0.87
N1 0.04 0.00 0.24 0.12 0.01 0.25 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.46 0.11 0.29 0.48 0.33 0.32 0.38
N3 0.05 0.00 0.31 0.08 0.00 0.33 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.52 0.13 0.41 0.66 0.53 0.57 0.62
N6 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.27 0.15 0.10 0.31 0.35 0.54 0.36
N7 0.01 0.01 0.10 0.24 0.00 0.19 0.00 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.17 0.16 0.14 0.70 0.77 1.08 0.85
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.04 0.01 0.35 0.34 0.43 0.32
O2' 0.02 0.55 0.01 0.02 0.30 0.18 0.23 0.09 0.32 0.20 0.46 0.52 0.27 0.17 0.11 0.00 0.05 0.14 0.16 0.25 0.36 0.20
O3' 0.13 0.13 0.01 0.01 0.07 0.02 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.15 0.16 0.04 0.05 0.00 0.10 0.27 0.35 0.41 0.29
O4' 0.01 0.40 0.01 0.02 0.20 0.00 0.07 0.02 0.16 0.24 0.29 0.41 0.10 0.14 0.01 0.14 0.10 0.00 0.21 0.25 0.11 0.16
O5' 0.22 0.70 0.30 0.23 0.30 0.01 0.34 0.01 0.29 0.79 0.48 0.66 0.31 0.70 0.35 0.16 0.27 0.21 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.23 0.59 0.35 0.31 0.19 0.18 0.34 0.23 0.20 0.79 0.33 0.53 0.35 0.77 0.34 0.25 0.35 0.25 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.66 0.43 0.38 0.12 0.18 0.50 0.24 0.28 1.06 0.32 0.57 0.54 1.08 0.43 0.36 0.41 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.68 0.31 0.25 0.16 0.03 0.35 0.01 0.19 0.87 0.38 0.62 0.36 0.85 0.32 0.20 0.29 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00