ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54730

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 4, 4, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.012, 0.051, 0.091, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.051 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.025, 0.067, 0.109, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.067 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.018, 0.145, 0.272, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.145 std_dev=0.127
O2' A 0, 0.095, 0.227, 0.360, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.227 std_dev=0.133
P B 0, 0.169, 0.303, 0.437, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.303 std_dev=0.134
O4' A 0, -0.037, 0.103, 0.243, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.103 std_dev=0.140
C4' A 0, -0.007, 0.202, 0.411, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.202 std_dev=0.209
OP2 B 0, 0.143, 0.359, 0.574, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.359 std_dev=0.215
C3' A 0, -0.043, 0.180, 0.402, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.180 std_dev=0.223
OP1 B 0, 0.230, 0.463, 0.697, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.463 std_dev=0.233
O3' A 0, -0.084, 0.221, 0.525, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.221 std_dev=0.305
C5' A 0, 0.027, 0.378, 0.729, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.378 std_dev=0.351
O5' B 0, -0.102, 0.418, 0.938, 2.234 max_d=2.234 avg_d=0.418 std_dev=0.520
O5' A 0, -0.283, 0.400, 1.082, 2.825 max_d=2.825 avg_d=0.400 std_dev=0.683
O3' B 0, -0.379, 0.562, 1.503, 3.910 max_d=3.910 avg_d=0.562 std_dev=0.941
C5' B 0, -0.484, 0.512, 1.508, 4.075 max_d=4.075 avg_d=0.512 std_dev=0.996
P A 0, -0.515, 0.613, 1.742, 4.646 max_d=4.646 avg_d=0.613 std_dev=1.129
C3' B 0, -0.579, 0.581, 1.742, 4.743 max_d=4.743 avg_d=0.581 std_dev=1.161
C4' B 0, -0.735, 0.615, 1.964, 5.459 max_d=5.459 avg_d=0.615 std_dev=1.349
OP2 A 0, -0.860, 0.743, 2.346, 6.494 max_d=6.494 avg_d=0.743 std_dev=1.603
OP1 A 0, -0.801, 0.852, 2.506, 6.772 max_d=6.772 avg_d=0.852 std_dev=1.654
C2' B 0, -1.080, 0.814, 2.708, 7.628 max_d=7.628 avg_d=0.814 std_dev=1.894
O4' B 0, -1.196, 0.740, 2.676, 7.711 max_d=7.711 avg_d=0.740 std_dev=1.936
O2' B 0, -1.060, 0.972, 3.003, 8.271 max_d=8.271 avg_d=0.972 std_dev=2.032
C1' B 0, -1.425, 0.873, 3.170, 9.144 max_d=9.144 avg_d=0.873 std_dev=2.297
C8 B 0, -1.716, 1.018, 3.751, 10.864 max_d=10.864 avg_d=1.018 std_dev=2.733
N9 B 0, -1.820, 0.977, 3.775, 11.058 max_d=11.058 avg_d=0.977 std_dev=2.798
N7 B 0, -2.122, 1.190, 4.502, 13.124 max_d=13.124 avg_d=1.190 std_dev=3.312
C4 B 0, -2.184, 1.243, 4.670, 13.592 max_d=13.592 avg_d=1.243 std_dev=3.427
N3 B 0, -2.140, 1.529, 5.198, 14.743 max_d=14.743 avg_d=1.529 std_dev=3.669
C5 B 0, -2.524, 1.242, 5.008, 14.818 max_d=14.818 avg_d=1.242 std_dev=3.766
C2 B 0, -2.527, 1.766, 6.058, 17.229 max_d=17.229 avg_d=1.766 std_dev=4.293
C6 B 0, -2.971, 1.473, 5.917, 17.494 max_d=17.494 avg_d=1.473 std_dev=4.444
N1 B 0, -2.955, 1.738, 6.432, 18.652 max_d=18.652 avg_d=1.738 std_dev=4.693
N6 B 0, -3.274, 1.562, 6.398, 18.994 max_d=18.994 avg_d=1.562 std_dev=4.836

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.26 0.26 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.13 0.16 0.57 0.17
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03 0.04 0.09 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.27 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.09 0.05 0.13 0.02 0.01 0.01 0.09 0.10 0.30 0.14
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.18 0.16 0.83 0.27
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.19 0.12 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.15 0.23 0.80 0.24
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.08 0.06 0.11 0.14 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.25 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.04 0.10 0.27 0.62 0.15
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.23 0.50 0.12
N3 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.02 0.17 0.14 0.73 0.24
N4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.20 0.16 0.92 0.32
O2 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.13 0.05 0.12 0.15 0.46 0.13
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.00 0.04 0.05 0.06 0.06 0.10 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.06 0.13 0.04 0.00 0.01 0.11 0.32 0.19 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.03 0.39 0.16 0.07
O5' 0.03 0.13 0.06 0.09 0.18 0.01 0.15 0.01 0.10 0.09 0.17 0.20 0.12 0.06 0.11 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.26 0.16 0.05 0.10 0.16 0.19 0.23 0.25 0.27 0.23 0.14 0.16 0.15 0.06 0.32 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.57 0.27 0.30 0.83 0.12 0.80 0.22 0.62 0.50 0.73 0.92 0.46 0.10 0.19 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.17 0.09 0.14 0.27 0.02 0.24 0.01 0.15 0.12 0.24 0.32 0.13 0.05 0.17 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.07 1.97 1.05 0.63 1.86 0.29 2.14 0.18 2.29 1.76 2.21 1.76 2.42 2.08 1.59 0.93 0.30 0.70 0.11 0.07 0.25 0.06
C2 1.15 2.21 0.99 0.57 2.05 0.28 2.47 0.12 2.70 1.99 2.55 1.92 2.96 2.47 1.73 0.91 0.26 0.78 0.09 0.09 0.21 0.08
C2' 0.68 1.65 0.78 0.37 1.47 0.07 1.78 0.12 1.99 1.36 1.92 1.40 2.17 1.71 1.19 0.68 0.07 0.29 0.13 0.12 0.16 0.15
C3' 0.19 0.94 0.33 0.06 0.84 0.40 1.11 0.34 1.27 0.83 1.19 0.73 1.46 1.12 0.63 0.22 0.27 0.17 0.29 0.17 0.14 0.22
C4 0.88 1.68 0.67 0.37 1.59 0.15 1.95 0.08 2.11 1.65 1.96 1.45 2.35 2.03 1.37 0.62 0.15 0.62 0.09 0.12 0.18 0.11
C4' 0.38 1.01 0.49 0.22 0.94 0.14 1.16 0.09 1.27 0.94 1.19 0.85 1.39 1.16 0.78 0.35 0.10 0.13 0.09 0.10 0.24 0.12
C5 0.71 1.33 0.53 0.29 1.29 0.09 1.59 0.10 1.69 1.41 1.56 1.16 1.86 1.69 1.14 0.47 0.10 0.50 0.09 0.11 0.19 0.09
C5' 0.13 0.39 0.10 0.22 0.37 0.46 0.57 0.28 0.65 0.46 0.56 0.27 0.78 0.63 0.27 0.19 0.43 0.26 0.23 0.13 0.24 0.17
C6 0.79 1.42 0.65 0.38 1.40 0.12 1.68 0.06 1.77 1.50 1.64 1.26 1.92 1.76 1.24 0.56 0.14 0.54 0.06 0.08 0.23 0.08
N1 1.03 1.88 0.91 0.53 1.80 0.24 2.14 0.11 2.28 1.80 2.15 1.67 2.46 2.16 1.56 0.81 0.23 0.69 0.08 0.07 0.23 0.07
N3 1.07 2.07 0.87 0.49 1.92 0.24 2.34 0.09 2.58 1.90 2.41 1.79 2.87 2.38 1.63 0.81 0.22 0.74 0.09 0.11 0.19 0.10
N4 0.80 1.56 0.56 0.30 1.46 0.13 1.81 0.13 1.98 1.51 1.84 1.35 2.24 1.88 1.25 0.54 0.12 0.57 0.12 0.16 0.17 0.14
O2 1.27 2.54 1.14 0.65 2.29 0.34 2.74 0.17 3.07 2.11 2.93 2.19 3.37 2.64 1.89 1.06 0.31 0.85 0.11 0.08 0.21 0.07
O2' 0.89 1.96 1.04 0.58 1.71 0.18 1.98 0.13 2.23 1.50 2.21 1.69 2.38 1.85 1.39 0.95 0.25 0.47 0.10 0.10 0.23 0.10
O3' 0.12 0.62 0.15 0.13 0.51 0.57 0.79 0.45 0.96 0.54 0.87 0.41 1.15 0.81 0.33 0.06 0.42 0.43 0.35 0.18 0.12 0.25
O4' 0.94 1.59 0.95 0.61 1.54 0.30 1.74 0.24 1.83 1.50 1.77 1.45 1.92 1.71 1.37 0.80 0.30 0.65 0.16 0.07 0.28 0.07
O5' 0.57 0.13 0.46 0.58 0.14 0.77 0.13 0.46 0.20 0.11 0.10 0.27 0.36 0.23 0.23 0.63 0.85 0.65 0.33 0.18 0.23 0.21
OP1 1.19 0.71 1.25 1.30 0.77 1.27 0.55 0.99 0.45 0.67 0.53 0.86 0.30 0.49 0.88 1.45 1.37 1.13 0.86 0.83 0.32 0.81
OP2 0.84 0.66 0.90 0.83 0.51 0.71 0.21 0.24 0.19 0.17 0.40 0.77 0.11 0.15 0.49 1.28 1.23 0.65 0.12 0.32 0.85 0.33
P 1.00 0.65 1.01 1.03 0.62 1.00 0.37 0.59 0.31 0.40 0.45 0.78 0.15 0.24 0.67 1.25 1.31 0.92 0.40 0.24 0.25 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.18 0.20 0.23 0.13
C2 0.02 0.00 0.18 0.13 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.08 0.26 0.17 0.42 0.24
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.14 0.07 0.11 0.13 0.18 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.49 0.05 0.14
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.11 0.05 0.13 0.12 0.11 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.05 0.33 0.05 0.11
C4 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.05 0.28 0.17 0.41 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.14 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.06 0.04 0.32 0.15 0.50 0.31
C5' 0.07 0.10 0.14 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.13 0.09 0.18 0.19 0.12 0.04 0.14 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.05 0.33 0.15 0.52 0.32
C8 0.01 0.01 0.11 0.05 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.04 0.33 0.15 0.46 0.31
N1 0.02 0.00 0.13 0.13 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.07 0.30 0.16 0.49 0.29
N3 0.02 0.00 0.18 0.12 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.08 0.24 0.18 0.37 0.21
N6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.05 0.05 0.34 0.14 0.57 0.36
N7 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.06 0.02 0.35 0.13 0.53 0.35
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.01 0.27 0.17 0.37 0.24
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.15 0.12 0.04 0.10 0.18 0.07 0.11 0.14 0.18 0.09 0.00 0.04 0.08 0.07 0.47 0.04 0.13
O3' 0.17 0.10 0.02 0.00 0.09 0.02 0.06 0.14 0.06 0.07 0.08 0.11 0.05 0.06 0.10 0.04 0.00 0.12 0.08 0.17 0.09 0.08
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.21 0.05 0.25 0.24
O5' 0.18 0.26 0.03 0.05 0.28 0.01 0.32 0.01 0.33 0.33 0.30 0.24 0.34 0.35 0.27 0.07 0.08 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.20 0.17 0.49 0.33 0.17 0.14 0.15 0.05 0.15 0.15 0.16 0.18 0.14 0.13 0.17 0.47 0.17 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.42 0.05 0.05 0.41 0.05 0.50 0.13 0.52 0.46 0.49 0.37 0.57 0.53 0.37 0.04 0.09 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.24 0.14 0.11 0.25 0.04 0.31 0.01 0.32 0.31 0.29 0.21 0.36 0.35 0.24 0.13 0.08 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00