ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54731

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.029, 0.049, 0.070, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.049 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.056 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.077, 0.158, 0.240, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.158 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.063, 0.150, 0.237, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.150 std_dev=0.087
O4' A 0, 0.041, 0.139, 0.237, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.139 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.097, 0.251, 0.404, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.251 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.068, 0.226, 0.383, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.226 std_dev=0.158
C5' A 0, 0.116, 0.353, 0.589, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.353 std_dev=0.236
O3' A 0, 0.154, 0.396, 0.639, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.396 std_dev=0.243
P B 0, 0.283, 0.537, 0.790, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.537 std_dev=0.253
O4' B 0, 0.187, 0.454, 0.721, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.454 std_dev=0.267
P A 0, 0.259, 0.553, 0.848, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.553 std_dev=0.294
OP1 A 0, 0.236, 0.545, 0.855, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.545 std_dev=0.309
O5' A 0, 0.182, 0.492, 0.803, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.492 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.190, 0.525, 0.860, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.525 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.249, 0.594, 0.938, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.594 std_dev=0.344
OP2 A 0, 0.534, 0.921, 1.309, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.921 std_dev=0.388
C3' B 0, 0.381, 0.776, 1.171, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.776 std_dev=0.395
C2' B 0, 0.358, 0.792, 1.226, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.792 std_dev=0.434
OP2 B 0, 0.389, 0.832, 1.275, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.832 std_dev=0.443
N9 B 0, 0.344, 0.812, 1.280, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.812 std_dev=0.468
O3' B 0, 0.578, 1.056, 1.535, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.056 std_dev=0.478
O2' B 0, 0.473, 0.996, 1.519, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.996 std_dev=0.523
OP1 B 0, 0.578, 1.135, 1.691, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.135 std_dev=0.557
O5' B 0, 0.693, 1.295, 1.897, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.295 std_dev=0.602
C5' B 0, 0.294, 1.034, 1.774, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.034 std_dev=0.740
C5 B 0, 0.479, 1.350, 2.221, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.350 std_dev=0.871
C4 B 0, 0.356, 1.298, 2.241, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.298 std_dev=0.943
N7 B 0, 0.435, 1.719, 3.003, 3.974 max_d=3.974 avg_d=1.719 std_dev=1.284
C8 B 0, 0.431, 1.716, 3.000, 3.905 max_d=3.905 avg_d=1.716 std_dev=1.284
N3 B 0, 1.398, 2.757, 4.117, 4.138 max_d=4.138 avg_d=2.757 std_dev=1.359
N6 B 0, 0.575, 2.125, 3.675, 4.150 max_d=4.150 avg_d=2.125 std_dev=1.550
C6 B 0, 0.288, 1.908, 3.528, 4.025 max_d=4.025 avg_d=1.908 std_dev=1.620
C2 B 0, 1.887, 3.711, 5.534, 5.515 max_d=5.515 avg_d=3.711 std_dev=1.824
N1 B 0, 1.464, 3.343, 5.222, 5.555 max_d=5.555 avg_d=3.343 std_dev=1.879

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.13 0.15 0.16 0.13
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.17 0.20 0.28 0.22
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.12 0.01 0.03 0.01 0.06 0.15 0.13 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.10 0.09 0.13 0.02 0.01 0.01 0.10 0.19 0.14 0.12
C4 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.19 0.26 0.36 0.27
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.00 0.02 0.12 0.05 0.02
C5 0.02 0.02 0.07 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.03 0.19 0.27 0.35 0.27
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.13 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.19 0.23 0.28 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.18 0.20 0.25 0.20
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.12 0.03 0.19 0.24 0.34 0.25
N4 0.03 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03 0.17 0.28 0.37 0.27
O2 0.05 0.01 0.12 0.13 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.09 0.16 0.06 0.14 0.16 0.25 0.18
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.06 0.04 0.04 0.12 0.10 0.05
O3' 0.03 0.11 0.03 0.01 0.10 0.04 0.10 0.03 0.09 0.04 0.12 0.11 0.16 0.06 0.00 0.04 0.19 0.30 0.22 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.00 0.15 0.18 0.14 0.14
O5' 0.13 0.17 0.06 0.10 0.19 0.02 0.19 0.01 0.19 0.18 0.19 0.17 0.14 0.04 0.19 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.20 0.15 0.19 0.26 0.12 0.27 0.13 0.23 0.20 0.24 0.28 0.16 0.12 0.30 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.28 0.13 0.14 0.36 0.05 0.35 0.05 0.28 0.25 0.34 0.37 0.25 0.10 0.22 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.22 0.08 0.12 0.27 0.02 0.27 0.02 0.23 0.20 0.25 0.27 0.18 0.05 0.22 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 1.56 0.50 0.21 1.04 0.28 1.23 0.65 1.44 1.11 1.59 1.25 1.48 1.26 0.80 0.58 0.23 0.29 0.17 0.53 0.51 0.12
C2 0.52 1.44 0.49 0.23 0.90 0.25 1.33 0.65 1.45 1.49 1.43 1.11 1.72 1.72 0.85 0.52 0.24 0.26 0.21 0.49 0.49 0.16
C2' 0.48 1.61 0.45 0.17 1.03 0.32 1.24 0.74 1.50 1.08 1.67 1.27 1.62 1.27 0.76 0.52 0.16 0.27 0.16 0.50 0.54 0.11
C3' 0.38 1.53 0.38 0.19 0.95 0.37 1.08 0.77 1.32 0.90 1.52 1.24 1.39 1.07 0.64 0.44 0.17 0.28 0.21 0.51 0.55 0.12
C4 0.41 1.47 0.44 0.28 0.65 0.24 1.10 0.61 1.05 1.65 1.15 1.17 1.34 1.80 0.77 0.42 0.28 0.23 0.22 0.46 0.49 0.19
C4' 0.39 1.48 0.38 0.21 0.92 0.31 0.93 0.65 1.17 0.67 1.42 1.24 1.14 0.80 0.58 0.48 0.21 0.26 0.18 0.53 0.53 0.11
C5 0.39 1.36 0.44 0.28 0.67 0.26 1.01 0.66 0.96 1.52 1.08 1.14 1.14 1.59 0.74 0.41 0.28 0.25 0.19 0.53 0.51 0.15
C5' 0.33 1.25 0.34 0.27 0.77 0.33 0.73 0.59 0.93 0.47 1.16 1.09 0.89 0.57 0.45 0.41 0.23 0.28 0.22 0.55 0.50 0.09
C6 0.47 1.30 0.49 0.24 0.82 0.28 1.09 0.68 1.10 1.37 1.17 1.09 1.21 1.45 0.79 0.48 0.25 0.28 0.18 0.54 0.51 0.13
N1 0.52 1.42 0.50 0.22 0.95 0.27 1.26 0.67 1.36 1.36 1.40 1.14 1.48 1.52 0.84 0.53 0.23 0.28 0.18 0.52 0.51 0.13
N3 0.47 1.45 0.47 0.26 0.75 0.23 1.24 0.61 1.27 1.62 1.27 1.10 1.62 1.85 0.82 0.47 0.26 0.23 0.23 0.45 0.48 0.19
N4 0.34 1.55 0.39 0.29 0.53 0.22 0.96 0.54 0.88 1.65 1.12 1.22 1.22 1.79 0.69 0.36 0.30 0.21 0.22 0.36 0.47 0.22
O2 0.54 1.47 0.49 0.22 0.94 0.26 1.36 0.64 1.58 1.40 1.58 1.11 1.90 1.65 0.85 0.54 0.23 0.27 0.21 0.48 0.48 0.16
O2' 0.52 1.73 0.46 0.21 1.07 0.30 1.23 0.70 1.57 0.97 1.81 1.34 1.66 1.16 0.76 0.56 0.23 0.28 0.15 0.51 0.53 0.11
O3' 0.37 1.60 0.36 0.24 0.97 0.40 1.08 0.79 1.37 0.82 1.60 1.28 1.45 1.02 0.62 0.43 0.24 0.29 0.28 0.49 0.57 0.15
O4' 0.49 1.49 0.47 0.21 0.97 0.27 1.00 0.60 1.19 0.81 1.42 1.26 1.14 0.91 0.68 0.57 0.26 0.27 0.18 0.54 0.52 0.12
O5' 0.34 1.07 0.44 0.12 0.71 0.22 0.79 0.51 0.90 0.82 1.01 0.93 0.93 0.88 0.55 0.45 0.03 0.15 0.22 0.64 0.37 0.13
OP1 0.17 0.83 0.27 0.06 0.50 0.16 0.53 0.32 0.66 0.48 0.79 0.71 0.67 0.54 0.31 0.35 0.02 0.10 0.22 0.71 0.26 0.24
OP2 0.21 0.84 0.07 0.15 0.35 0.51 0.40 0.68 0.47 0.71 0.65 0.77 0.54 0.72 0.23 0.10 0.02 0.43 0.35 0.73 0.39 0.34
P 0.08 0.77 0.20 0.04 0.43 0.23 0.49 0.39 0.58 0.60 0.69 0.67 0.62 0.63 0.29 0.22 0.01 0.14 0.21 0.69 0.27 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.09 0.04 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.26 0.27 0.33 0.10
C2 0.08 0.00 0.38 0.49 0.02 0.61 0.01 1.13 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.56 0.50 0.55 0.81 1.19 1.82 1.42
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.22 0.03 0.14 0.02 0.22 0.10 0.32 0.38 0.17 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.30 0.51 0.31 0.15
C3' 0.02 0.49 0.01 0.00 0.25 0.00 0.24 0.02 0.28 0.42 0.39 0.47 0.27 0.38 0.16 0.02 0.01 0.01 0.37 0.63 0.30 0.27
C4 0.05 0.02 0.22 0.25 0.00 0.25 0.01 0.44 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.27 0.28 0.22 0.29 0.72 0.47
C4' 0.01 0.61 0.03 0.00 0.25 0.00 0.11 0.01 0.20 0.44 0.43 0.61 0.14 0.35 0.09 0.11 0.03 0.01 0.02 0.24 0.40 0.11
C5 0.04 0.01 0.14 0.24 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.28 0.09 0.51 0.54 0.43 0.31
C5' 0.02 1.13 0.02 0.02 0.44 0.01 0.18 0.00 0.38 0.69 0.82 1.07 0.25 0.55 0.12 0.09 0.03 0.02 0.01 0.27 0.40 0.03
C6 0.05 0.01 0.22 0.28 0.02 0.20 0.01 0.38 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.20 0.35 0.21 0.33 0.43 0.63 0.42
C8 0.02 0.03 0.10 0.42 0.01 0.44 0.03 0.69 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.31 0.34 0.35 1.22 1.34 1.09 1.04
N1 0.07 0.01 0.32 0.39 0.02 0.43 0.02 0.82 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.41 0.44 0.41 0.47 0.79 1.32 0.99
N3 0.09 0.00 0.38 0.47 0.01 0.61 0.01 1.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.54 0.45 0.57 0.75 1.02 1.63 1.28
N6 0.04 0.02 0.17 0.27 0.02 0.14 0.03 0.25 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.07 0.03 0.12 0.34 0.14 0.51 0.63 0.48 0.38
N7 0.04 0.02 0.06 0.38 0.02 0.35 0.01 0.55 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.00 0.04 0.21 0.34 0.22 1.13 1.30 1.02 0.97
N9 0.01 0.03 0.04 0.16 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.06 0.15 0.02 0.51 0.50 0.36 0.24
O2' 0.02 0.56 0.00 0.02 0.23 0.11 0.09 0.09 0.20 0.31 0.41 0.54 0.12 0.21 0.06 0.00 0.05 0.08 0.20 0.42 0.32 0.10
O3' 0.04 0.50 0.05 0.01 0.27 0.03 0.28 0.03 0.35 0.34 0.44 0.45 0.34 0.34 0.15 0.05 0.00 0.03 0.35 0.67 0.31 0.31
O4' 0.01 0.55 0.01 0.01 0.28 0.01 0.09 0.02 0.21 0.35 0.41 0.57 0.14 0.22 0.02 0.08 0.03 0.00 0.24 0.22 0.41 0.24
O5' 0.26 0.81 0.30 0.37 0.22 0.02 0.51 0.01 0.33 1.22 0.47 0.75 0.51 1.13 0.51 0.20 0.35 0.24 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.27 1.19 0.51 0.63 0.29 0.24 0.54 0.27 0.43 1.34 0.79 1.02 0.63 1.30 0.50 0.42 0.67 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 1.82 0.31 0.30 0.72 0.40 0.43 0.40 0.63 1.09 1.32 1.63 0.48 1.02 0.36 0.32 0.31 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 1.42 0.15 0.27 0.47 0.11 0.31 0.03 0.42 1.04 0.99 1.28 0.38 0.97 0.24 0.10 0.31 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00