ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54732

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 0, 1, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.009, 0.040, 0.070, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.040 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.012, 0.054, 0.097, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.054 std_dev=0.042
O2' A 0, 0.058, 0.127, 0.195, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.127 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.025, 0.101, 0.177, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.101 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.019, 0.112, 0.205, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.112 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.025, 0.160, 0.295, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.160 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.038, 0.174, 0.310, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.174 std_dev=0.136
O3' A 0, 0.038, 0.219, 0.401, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.219 std_dev=0.181
C2' B 0, 0.150, 0.372, 0.594, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.372 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.150, 0.376, 0.602, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.376 std_dev=0.226
C5' A 0, 0.056, 0.287, 0.518, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.287 std_dev=0.231
C3' B 0, 0.135, 0.366, 0.597, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.366 std_dev=0.231
P B 0, 0.103, 0.345, 0.588, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.345 std_dev=0.243
N7 B 0, 0.146, 0.397, 0.649, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.397 std_dev=0.251
P A 0, 0.137, 0.389, 0.642, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.389 std_dev=0.252
O5' A 0, 0.079, 0.334, 0.588, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.334 std_dev=0.255
O5' B 0, 0.103, 0.359, 0.615, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.359 std_dev=0.256
O3' B 0, 0.156, 0.417, 0.678, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.417 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.145, 0.408, 0.672, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.408 std_dev=0.263
C8 B 0, 0.135, 0.400, 0.666, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.400 std_dev=0.265
OP2 B 0, -0.001, 0.273, 0.546, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.273 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.172, 0.449, 0.725, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.449 std_dev=0.277
O2' B 0, 0.186, 0.466, 0.746, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.466 std_dev=0.280
OP1 B 0, 0.143, 0.452, 0.762, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.452 std_dev=0.309
C4' B 0, 0.170, 0.493, 0.817, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.493 std_dev=0.323
OP1 A 0, 0.157, 0.486, 0.816, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.486 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.172, 0.523, 0.874, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.523 std_dev=0.351
C5' B 0, 0.147, 0.504, 0.861, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.504 std_dev=0.357
C5 B 0, 0.101, 0.472, 0.843, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.472 std_dev=0.371
C4 B 0, 0.070, 0.500, 0.929, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.500 std_dev=0.429
N6 B 0, 0.082, 0.621, 1.160, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.621 std_dev=0.539
C6 B 0, 0.055, 0.617, 1.178, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.617 std_dev=0.561
N3 B 0, 0.004, 0.671, 1.338, 2.574 max_d=2.574 avg_d=0.671 std_dev=0.667
N1 B 0, -0.013, 0.799, 1.610, 3.103 max_d=3.103 avg_d=0.799 std_dev=0.812
C2 B 0, -0.034, 0.816, 1.666, 3.252 max_d=3.252 avg_d=0.816 std_dev=0.850

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.08 0.11 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.08 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.09 0.08 0.09 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.05 0.08 0.10 0.07
N4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.05 0.10 0.13 0.09
O2 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.07 0.07 0.04 0.00 0.01 0.10 0.06 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.06 0.06
O5' 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.07 0.05 0.05 0.05 0.03 0.10 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.07 0.03 0.03 0.08 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06 0.04 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.08 0.05 0.06 0.11 0.03 0.11 0.01 0.09 0.07 0.10 0.13 0.08 0.04 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.03 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.86 0.17 0.12 0.45 0.15 0.36 0.17 0.53 0.19 0.78 0.71 0.43 0.18 0.24 0.20 0.08 0.20 0.07 0.21 0.15 0.12
C2 0.22 0.68 0.16 0.13 0.41 0.19 0.37 0.22 0.51 0.20 0.67 0.56 0.45 0.21 0.25 0.17 0.07 0.25 0.06 0.17 0.11 0.08
C2' 0.20 0.88 0.17 0.14 0.45 0.16 0.36 0.20 0.54 0.19 0.80 0.71 0.47 0.18 0.23 0.19 0.08 0.20 0.08 0.23 0.13 0.12
C3' 0.18 0.83 0.16 0.14 0.42 0.15 0.31 0.19 0.48 0.19 0.73 0.69 0.40 0.16 0.20 0.17 0.09 0.18 0.10 0.26 0.13 0.15
C4 0.25 0.44 0.16 0.15 0.33 0.25 0.27 0.28 0.31 0.18 0.40 0.41 0.24 0.19 0.24 0.16 0.09 0.31 0.12 0.13 0.10 0.07
C4' 0.18 0.82 0.16 0.13 0.41 0.14 0.29 0.16 0.45 0.17 0.70 0.70 0.37 0.13 0.19 0.17 0.08 0.16 0.09 0.23 0.13 0.13
C5 0.26 0.46 0.18 0.16 0.34 0.25 0.24 0.26 0.28 0.18 0.40 0.45 0.20 0.17 0.24 0.17 0.10 0.31 0.08 0.17 0.14 0.09
C5' 0.15 0.71 0.14 0.13 0.35 0.12 0.23 0.13 0.37 0.15 0.59 0.63 0.29 0.10 0.14 0.14 0.08 0.13 0.11 0.23 0.13 0.14
C6 0.25 0.62 0.19 0.15 0.41 0.21 0.29 0.21 0.38 0.20 0.54 0.58 0.28 0.17 0.25 0.18 0.08 0.26 0.06 0.20 0.16 0.12
N1 0.23 0.74 0.17 0.13 0.44 0.18 0.35 0.20 0.49 0.20 0.68 0.63 0.39 0.19 0.25 0.18 0.08 0.23 0.05 0.20 0.14 0.10
N3 0.23 0.53 0.16 0.14 0.37 0.22 0.34 0.26 0.43 0.19 0.52 0.46 0.37 0.22 0.25 0.16 0.08 0.28 0.10 0.14 0.09 0.07
N4 0.24 0.32 0.16 0.15 0.26 0.27 0.22 0.31 0.23 0.16 0.28 0.31 0.20 0.18 0.22 0.16 0.11 0.33 0.18 0.09 0.08 0.10
O2 0.21 0.72 0.15 0.12 0.41 0.17 0.38 0.21 0.56 0.19 0.74 0.56 0.52 0.22 0.24 0.18 0.07 0.23 0.06 0.17 0.11 0.08
O2' 0.21 0.92 0.18 0.14 0.45 0.15 0.37 0.18 0.57 0.19 0.85 0.72 0.51 0.18 0.23 0.22 0.10 0.19 0.08 0.23 0.13 0.12
O3' 0.18 0.86 0.16 0.15 0.41 0.15 0.31 0.19 0.49 0.20 0.76 0.70 0.41 0.17 0.19 0.15 0.11 0.17 0.11 0.30 0.14 0.17
O4' 0.19 0.82 0.16 0.12 0.42 0.13 0.30 0.14 0.45 0.17 0.70 0.71 0.36 0.14 0.21 0.20 0.09 0.17 0.09 0.21 0.16 0.13
O5' 0.09 0.55 0.11 0.06 0.25 0.06 0.13 0.09 0.25 0.25 0.45 0.49 0.18 0.18 0.09 0.14 0.01 0.07 0.18 0.28 0.16 0.20
OP1 0.04 0.44 0.06 0.02 0.15 0.05 0.05 0.08 0.16 0.26 0.35 0.38 0.10 0.20 0.06 0.09 0.02 0.03 0.22 0.33 0.19 0.25
OP2 0.05 0.31 0.06 0.04 0.08 0.06 0.07 0.10 0.08 0.33 0.22 0.26 0.07 0.28 0.10 0.05 0.03 0.05 0.25 0.36 0.21 0.28
P 0.03 0.40 0.05 0.01 0.14 0.03 0.04 0.07 0.14 0.28 0.31 0.35 0.08 0.21 0.06 0.07 0.01 0.01 0.21 0.29 0.17 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.07 0.03
C2 0.03 0.00 0.22 0.24 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.30 0.06 0.05 0.05 0.14 0.07
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.13 0.16 0.23 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.08 0.13 0.08
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.10 0.00 0.03 0.01 0.09 0.19 0.18 0.23 0.05 0.13 0.04 0.01 0.01 0.00 0.13 0.12 0.12 0.12
C4 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.03 0.05 0.07 0.17 0.09
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.06 0.08 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.09 0.14 0.24 0.14
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.12 0.07 0.07 0.05 0.10 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.07 0.13 0.23 0.14
C8 0.01 0.01 0.13 0.19 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.21 0.04 0.15 0.18 0.29 0.17
N1 0.03 0.00 0.16 0.18 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.22 0.04 0.05 0.08 0.18 0.10
N3 0.03 0.00 0.23 0.23 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.27 0.06 0.04 0.05 0.12 0.06
N6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.09 0.17 0.27 0.16
N7 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.16 0.03 0.14 0.21 0.33 0.20
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.08 0.17 0.09
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.08 0.04 0.05 0.04 0.08 0.07 0.14 0.18 0.06 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.08 0.03
O3' 0.02 0.30 0.02 0.01 0.11 0.01 0.03 0.03 0.10 0.21 0.22 0.27 0.06 0.16 0.05 0.03 0.00 0.01 0.14 0.15 0.11 0.13
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.10 0.14 0.05 0.09
O5' 0.03 0.05 0.08 0.13 0.05 0.01 0.09 0.01 0.07 0.15 0.05 0.04 0.09 0.14 0.07 0.03 0.14 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.08 0.12 0.07 0.08 0.14 0.07 0.13 0.18 0.08 0.05 0.17 0.21 0.08 0.07 0.15 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.14 0.13 0.12 0.17 0.03 0.24 0.08 0.23 0.29 0.18 0.12 0.27 0.33 0.17 0.08 0.11 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.08 0.12 0.09 0.02 0.14 0.01 0.14 0.17 0.10 0.06 0.16 0.20 0.09 0.03 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00