ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54733

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, -0.004, 0.012, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.016
C6 A 0, -0.001, 0.015, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.003, 0.032, 0.060, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.032 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O2' A 0, 0.034, 0.229, 0.425, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.229 std_dev=0.196
C2' A 0, -0.021, 0.188, 0.396, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.188 std_dev=0.208
O4' A 0, -0.046, 0.173, 0.393, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.173 std_dev=0.220
C4' B 0, 0.153, 0.446, 0.739, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.446 std_dev=0.293
P B 0, 0.139, 0.435, 0.730, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.435 std_dev=0.295
P A 0, 0.092, 0.393, 0.694, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.393 std_dev=0.301
C3' B 0, 0.099, 0.412, 0.725, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.412 std_dev=0.313
C4' A 0, -0.069, 0.265, 0.599, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.265 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.211, 0.559, 0.908, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.559 std_dev=0.348
C2' B 0, 0.160, 0.508, 0.857, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.508 std_dev=0.349
C3' A 0, -0.056, 0.294, 0.643, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.294 std_dev=0.350
OP1 B 0, 0.265, 0.616, 0.966, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.616 std_dev=0.351
OP2 A 0, 0.124, 0.490, 0.855, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.490 std_dev=0.366
O3' B 0, 0.134, 0.505, 0.876, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.505 std_dev=0.371
O5' B 0, 0.283, 0.672, 1.062, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.672 std_dev=0.390
O5' A 0, -0.002, 0.390, 0.782, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.390 std_dev=0.392
C1' B 0, 0.167, 0.566, 0.964, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.566 std_dev=0.399
O2' B 0, 0.186, 0.613, 1.040, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.613 std_dev=0.427
OP1 A 0, 0.032, 0.461, 0.889, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.461 std_dev=0.429
O3' A 0, -0.055, 0.431, 0.916, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.431 std_dev=0.486
C5' B 0, 0.127, 0.638, 1.149, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.638 std_dev=0.511
OP2 B 0, 0.180, 0.707, 1.235, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.707 std_dev=0.527
C4 B 0, 0.037, 0.584, 1.131, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.584 std_dev=0.547
C5' A 0, -0.117, 0.464, 1.044, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.464 std_dev=0.581
N3 B 0, 0.015, 0.640, 1.266, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.640 std_dev=0.625
N9 B 0, -0.015, 0.624, 1.262, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.624 std_dev=0.639
C2 B 0, -0.130, 0.694, 1.518, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.694 std_dev=0.824
N1 B 0, -0.158, 0.678, 1.514, 3.107 max_d=3.107 avg_d=0.678 std_dev=0.836
C5 B 0, -0.256, 0.727, 1.710, 3.604 max_d=3.604 avg_d=0.727 std_dev=0.983
C6 B 0, -0.266, 0.743, 1.752, 3.714 max_d=3.714 avg_d=0.743 std_dev=1.009
C8 B 0, -0.428, 0.838, 2.104, 4.532 max_d=4.532 avg_d=0.838 std_dev=1.266
N6 B 0, -0.499, 0.933, 2.365, 5.180 max_d=5.180 avg_d=0.933 std_dev=1.432
N7 B 0, -0.573, 0.908, 2.389, 5.281 max_d=5.281 avg_d=0.908 std_dev=1.481

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.13 0.08 0.34 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.14 0.02 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.15 0.01 0.26 0.15 0.35 0.18
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.14 0.00 0.01 0.01 0.19 0.24 0.17 0.04
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.09 0.05 0.13 0.09 0.20 0.01 0.01 0.01 0.26 0.37 0.14 0.15
C4 0.02 0.02 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.04 0.36 0.22 0.34 0.23
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.09 0.08 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.16 0.30 0.07
C5 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.06 0.37 0.21 0.32 0.21
C5' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.14 0.01 0.11 0.00 0.07 0.07 0.15 0.16 0.14 0.04 0.04 0.01 0.01 0.22 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.06 0.33 0.15 0.32 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.26 0.13 0.33 0.15
N3 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.16 0.02 0.32 0.19 0.35 0.21
N4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.12 0.05 0.38 0.25 0.35 0.26
O2 0.04 0.01 0.14 0.20 0.02 0.09 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.23 0.04 0.21 0.14 0.36 0.17
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.02 0.05 0.03 0.16 0.24 0.08
O3' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.11 0.01 0.10 0.04 0.09 0.05 0.16 0.12 0.23 0.02 0.00 0.01 0.24 0.49 0.19 0.24
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.00 0.08 0.08 0.43 0.23
O5' 0.13 0.26 0.19 0.26 0.36 0.01 0.37 0.01 0.33 0.26 0.32 0.38 0.21 0.03 0.24 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.08 0.15 0.24 0.37 0.22 0.16 0.21 0.22 0.15 0.13 0.19 0.25 0.14 0.16 0.49 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.34 0.35 0.17 0.14 0.34 0.30 0.32 0.32 0.32 0.33 0.35 0.35 0.36 0.24 0.19 0.43 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.14 0.18 0.04 0.15 0.23 0.07 0.21 0.02 0.16 0.15 0.21 0.26 0.17 0.08 0.24 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.62 0.36 0.25 0.61 0.28 0.76 0.47 0.83 0.63 0.76 0.52 0.89 0.75 0.53 0.41 0.29 0.22 0.39 0.37 0.48 0.20
C2 0.40 0.28 0.38 0.22 0.63 0.24 0.99 0.42 1.02 0.97 0.65 0.26 1.25 1.16 0.66 0.40 0.23 0.26 0.43 0.32 0.38 0.16
C2' 0.30 0.64 0.29 0.14 0.59 0.22 0.77 0.49 0.88 0.62 0.82 0.51 0.99 0.77 0.49 0.35 0.15 0.15 0.37 0.40 0.44 0.13
C3' 0.22 0.52 0.27 0.11 0.48 0.22 0.64 0.51 0.73 0.51 0.67 0.40 0.83 0.65 0.39 0.37 0.10 0.12 0.34 0.44 0.45 0.12
C4 0.41 0.24 0.37 0.21 0.52 0.21 1.01 0.36 0.88 1.23 0.30 0.20 1.19 1.43 0.72 0.36 0.22 0.33 0.43 0.26 0.32 0.14
C4' 0.28 0.58 0.30 0.11 0.45 0.19 0.50 0.46 0.58 0.36 0.61 0.49 0.60 0.44 0.35 0.42 0.14 0.13 0.32 0.44 0.52 0.22
C5 0.37 0.23 0.36 0.21 0.46 0.23 0.87 0.42 0.73 1.12 0.27 0.19 0.96 1.24 0.66 0.34 0.21 0.32 0.42 0.30 0.45 0.17
C5' 0.34 0.48 0.44 0.18 0.39 0.17 0.39 0.42 0.44 0.31 0.48 0.44 0.44 0.34 0.33 0.57 0.13 0.19 0.31 0.49 0.55 0.27
C6 0.35 0.18 0.36 0.21 0.52 0.26 0.81 0.46 0.74 0.90 0.42 0.16 0.88 1.01 0.60 0.36 0.21 0.26 0.40 0.34 0.48 0.18
N1 0.37 0.34 0.37 0.22 0.60 0.26 0.88 0.45 0.88 0.84 0.62 0.30 1.02 0.99 0.60 0.39 0.23 0.24 0.41 0.35 0.45 0.18
N3 0.42 0.15 0.38 0.21 0.60 0.22 1.06 0.38 1.01 1.14 0.48 0.17 1.34 1.37 0.71 0.39 0.21 0.30 0.44 0.28 0.31 0.15
N4 0.43 0.40 0.37 0.22 0.47 0.17 1.00 0.28 0.82 1.34 0.21 0.32 1.21 1.55 0.73 0.34 0.24 0.36 0.42 0.21 0.19 0.13
O2 0.40 0.43 0.38 0.23 0.65 0.25 0.97 0.43 1.06 0.89 0.78 0.37 1.29 1.08 0.63 0.42 0.25 0.25 0.43 0.32 0.37 0.17
O2' 0.38 0.83 0.35 0.23 0.65 0.26 0.76 0.48 0.90 0.56 0.94 0.68 0.97 0.69 0.52 0.42 0.27 0.21 0.36 0.39 0.46 0.17
O3' 0.22 0.58 0.28 0.15 0.47 0.24 0.61 0.54 0.73 0.45 0.71 0.44 0.83 0.59 0.36 0.40 0.16 0.13 0.32 0.45 0.46 0.12
O4' 0.32 0.60 0.31 0.23 0.52 0.25 0.57 0.46 0.62 0.44 0.64 0.52 0.63 0.51 0.42 0.40 0.32 0.17 0.36 0.39 0.53 0.24
O5' 0.31 0.37 0.36 0.15 0.46 0.15 0.60 0.35 0.60 0.61 0.49 0.33 0.68 0.68 0.46 0.33 0.02 0.17 0.45 0.70 0.36 0.38
OP1 0.09 0.27 0.15 0.05 0.24 0.26 0.35 0.48 0.37 0.33 0.33 0.21 0.44 0.39 0.21 0.18 0.01 0.19 0.47 0.66 0.59 0.48
OP2 0.18 0.26 0.10 0.14 0.28 0.35 0.49 0.54 0.47 0.59 0.31 0.27 0.62 0.68 0.31 0.05 0.01 0.33 0.41 0.71 0.59 0.46
P 0.05 0.17 0.13 0.02 0.22 0.19 0.39 0.37 0.39 0.43 0.27 0.13 0.49 0.50 0.23 0.13 0.01 0.12 0.39 0.66 0.49 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.25 0.24 0.45 0.25
C2 0.03 0.00 0.22 0.17 0.02 0.37 0.02 0.63 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.36 0.20 0.43 0.52 0.62 0.96 0.72
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.02 0.10 0.10 0.17 0.22 0.09 0.07 0.03 0.00 0.01 0.03 0.26 0.36 0.38 0.14
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.09 0.01 0.20 0.02 0.16 0.35 0.11 0.19 0.23 0.34 0.15 0.02 0.01 0.01 0.37 0.48 0.38 0.25
C4 0.02 0.02 0.12 0.09 0.00 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.12 0.22 0.33 0.15 0.38 0.11
C4' 0.01 0.37 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.14 0.42 0.24 0.38 0.19 0.36 0.13 0.07 0.01 0.00 0.01 0.20 0.41 0.11
C5 0.02 0.02 0.07 0.20 0.01 0.16 0.00 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.22 0.08 0.56 0.50 0.43 0.33
C5' 0.07 0.63 0.02 0.02 0.23 0.00 0.33 0.00 0.30 0.73 0.43 0.61 0.39 0.67 0.27 0.07 0.07 0.02 0.02 0.27 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.16 0.01 0.14 0.01 0.30 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.21 0.17 0.46 0.36 0.28 0.15
C8 0.02 0.03 0.10 0.35 0.01 0.42 0.02 0.73 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.26 0.30 0.27 0.96 0.99 1.00 0.90
N1 0.03 0.00 0.17 0.11 0.02 0.24 0.01 0.43 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.25 0.18 0.32 0.38 0.34 0.57 0.39
N3 0.03 0.01 0.22 0.19 0.01 0.38 0.01 0.61 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.36 0.19 0.45 0.50 0.54 0.90 0.67
N6 0.03 0.01 0.09 0.23 0.02 0.19 0.02 0.39 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.27 0.11 0.60 0.61 0.46 0.40
N7 0.01 0.02 0.07 0.34 0.00 0.36 0.00 0.67 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.20 0.32 0.16 0.94 1.01 1.00 0.88
N9 0.00 0.03 0.03 0.15 0.01 0.13 0.02 0.27 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.13 0.02 0.48 0.41 0.46 0.32
O2' 0.03 0.36 0.00 0.02 0.13 0.07 0.02 0.07 0.09 0.26 0.25 0.36 0.03 0.20 0.05 0.00 0.03 0.13 0.15 0.30 0.42 0.15
O3' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.12 0.01 0.22 0.07 0.21 0.30 0.18 0.19 0.27 0.32 0.13 0.03 0.00 0.01 0.44 0.63 0.43 0.39
O4' 0.01 0.43 0.03 0.01 0.22 0.00 0.08 0.02 0.17 0.27 0.32 0.45 0.11 0.16 0.02 0.13 0.01 0.00 0.32 0.38 0.55 0.43
O5' 0.25 0.52 0.26 0.37 0.33 0.01 0.56 0.02 0.46 0.96 0.38 0.50 0.60 0.94 0.48 0.15 0.44 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.24 0.62 0.36 0.48 0.15 0.20 0.50 0.27 0.36 0.99 0.34 0.54 0.61 1.01 0.41 0.30 0.63 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.96 0.38 0.38 0.38 0.41 0.43 0.39 0.28 1.00 0.57 0.90 0.46 1.00 0.46 0.42 0.43 0.55 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.72 0.14 0.25 0.11 0.11 0.33 0.02 0.15 0.90 0.39 0.67 0.40 0.88 0.32 0.15 0.39 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00