ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54735

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.017, 0.027, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.027 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.024, 0.038, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.038 std_dev=0.014
O2 A 0, -0.002, 0.018, 0.039, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.028, 0.052, 0.076, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.052 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.151, 0.324, 0.497, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.324 std_dev=0.173
C2' A 0, 0.186, 0.402, 0.618, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.402 std_dev=0.216
O4' A 0, 0.182, 0.426, 0.670, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.426 std_dev=0.244
P B 0, 0.395, 0.747, 1.099, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.747 std_dev=0.352
C3' A 0, 0.380, 0.737, 1.094, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.737 std_dev=0.357
C4' A 0, 0.280, 0.676, 1.072, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.676 std_dev=0.396
OP2 B 0, 0.506, 0.950, 1.394, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.950 std_dev=0.444
O3' A 0, 0.607, 1.134, 1.660, 1.779 max_d=1.779 avg_d=1.134 std_dev=0.526
OP1 B 0, 0.681, 1.266, 1.850, 1.946 max_d=1.946 avg_d=1.266 std_dev=0.584
C5' A 0, 0.497, 1.114, 1.730, 1.927 max_d=1.927 avg_d=1.114 std_dev=0.616
O5' A 0, 0.885, 1.588, 2.291, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.588 std_dev=0.703
O5' B 0, 0.670, 1.441, 2.211, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.441 std_dev=0.770
C5' B 0, 0.713, 1.551, 2.389, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.551 std_dev=0.838
C3' B 0, 0.912, 1.777, 2.642, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.777 std_dev=0.865
O4' B 0, 0.973, 1.881, 2.789, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.881 std_dev=0.908
OP2 A 0, 0.652, 1.563, 2.474, 2.544 max_d=2.544 avg_d=1.563 std_dev=0.911
C4' B 0, 0.870, 1.791, 2.712, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.791 std_dev=0.921
P A 0, 0.938, 1.884, 2.829, 2.957 max_d=2.957 avg_d=1.884 std_dev=0.946
C1' B 0, 1.068, 2.016, 2.965, 3.115 max_d=3.115 avg_d=2.016 std_dev=0.949
C2' B 0, 1.074, 2.045, 3.015, 3.156 max_d=3.156 avg_d=2.045 std_dev=0.971
O3' B 0, 1.050, 2.029, 3.008, 3.182 max_d=3.182 avg_d=2.029 std_dev=0.979
C8 B 0, 0.832, 1.838, 2.844, 4.219 max_d=4.219 avg_d=1.838 std_dev=1.006
N9 B 0, 1.069, 2.095, 3.120, 3.553 max_d=3.553 avg_d=2.095 std_dev=1.025
O2' B 0, 1.215, 2.362, 3.509, 3.737 max_d=3.737 avg_d=2.362 std_dev=1.147
OP1 A 0, 1.236, 2.415, 3.593, 3.713 max_d=3.713 avg_d=2.415 std_dev=1.178
N7 B 0, 0.628, 2.057, 3.485, 5.832 max_d=5.832 avg_d=2.057 std_dev=1.429
C4 B 0, 1.119, 2.655, 4.190, 5.358 max_d=5.358 avg_d=2.655 std_dev=1.536
C5 B 0, 0.883, 2.587, 4.291, 6.536 max_d=6.536 avg_d=2.587 std_dev=1.704
N3 B 0, 1.301, 3.237, 5.172, 6.181 max_d=6.181 avg_d=3.237 std_dev=1.935
C6 B 0, 0.884, 3.140, 5.397, 8.480 max_d=8.480 avg_d=3.140 std_dev=2.256
C2 B 0, 1.363, 3.761, 6.159, 8.129 max_d=8.129 avg_d=3.761 std_dev=2.398
N1 B 0, 1.189, 3.746, 6.302, 9.206 max_d=9.206 avg_d=3.746 std_dev=2.557
N6 B 0, 0.593, 3.159, 5.724, 9.806 max_d=9.806 avg_d=3.159 std_dev=2.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.10 0.03 0.07 0.10 0.26 0.15
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.05 0.09 0.03 0.07 0.05 0.16 0.00 0.01 0.00 0.12 0.09 0.20 0.13
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.02 0.16 0.07 0.08 0.11 0.12 0.02 0.01 0.02 0.21 0.15 0.23 0.19
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.15 0.01 0.12 0.24 0.39 0.26
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.10 0.03 0.00 0.01 0.11 0.07 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.20 0.03 0.13 0.24 0.37 0.26
C5' 0.07 0.16 0.05 0.02 0.18 0.00 0.17 0.00 0.15 0.13 0.18 0.19 0.14 0.07 0.04 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.05 0.10 0.15 0.26 0.18
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.08 0.21 0.12
N3 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.11 0.02 0.10 0.17 0.34 0.21
N4 0.02 0.02 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.17 0.01 0.15 0.31 0.45 0.31
O2 0.03 0.00 0.16 0.12 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.17 0.17 0.05 0.05 0.06 0.23 0.11
O2' 0.00 0.10 0.00 0.02 0.04 0.10 0.04 0.07 0.06 0.02 0.09 0.05 0.17 0.00 0.06 0.03 0.12 0.06 0.17 0.10
O3' 0.04 0.10 0.01 0.01 0.15 0.03 0.20 0.04 0.18 0.06 0.11 0.17 0.17 0.06 0.00 0.06 0.22 0.17 0.28 0.21
O4' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.00 0.07 0.13 0.06 0.08
O5' 0.03 0.07 0.12 0.21 0.12 0.01 0.13 0.01 0.10 0.06 0.10 0.15 0.05 0.12 0.22 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.10 0.09 0.15 0.24 0.11 0.24 0.06 0.15 0.08 0.17 0.31 0.06 0.06 0.17 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.26 0.20 0.23 0.39 0.07 0.37 0.17 0.26 0.21 0.34 0.45 0.23 0.17 0.28 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.13 0.19 0.26 0.04 0.26 0.01 0.18 0.12 0.21 0.31 0.11 0.10 0.21 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 1.92 0.21 0.11 1.29 0.12 1.44 0.12 1.83 0.77 2.05 1.54 1.89 1.12 0.77 0.31 0.12 0.24 0.16 0.51 0.26 0.05
C2 0.43 1.73 0.18 0.11 1.31 0.06 1.62 0.05 1.98 1.02 2.00 1.38 2.18 1.45 0.88 0.24 0.13 0.26 0.10 0.49 0.22 0.08
C2' 0.40 1.94 0.25 0.11 1.27 0.10 1.43 0.07 1.84 0.78 2.08 1.54 1.94 1.12 0.77 0.28 0.13 0.26 0.16 0.57 0.24 0.07
C3' 0.42 1.80 0.33 0.17 1.21 0.13 1.32 0.07 1.67 0.80 1.88 1.47 1.74 1.08 0.77 0.23 0.20 0.29 0.17 0.63 0.18 0.16
C4 0.43 1.33 0.22 0.18 1.13 0.15 1.44 0.12 1.64 1.08 1.56 1.09 1.84 1.45 0.86 0.21 0.21 0.30 0.18 0.47 0.23 0.11
C4' 0.36 1.72 0.28 0.11 1.11 0.12 1.16 0.14 1.48 0.64 1.73 1.42 1.49 0.88 0.66 0.24 0.11 0.23 0.19 0.49 0.25 0.07
C5 0.43 1.24 0.30 0.22 1.05 0.21 1.27 0.18 1.43 0.97 1.39 1.05 1.55 1.25 0.79 0.29 0.22 0.33 0.27 0.49 0.29 0.08
C5' 0.39 1.47 0.40 0.15 1.01 0.11 1.03 0.15 1.26 0.66 1.46 1.26 1.27 0.84 0.65 0.31 0.18 0.24 0.24 0.44 0.30 0.13
C6 0.44 1.46 0.31 0.18 1.16 0.19 1.32 0.17 1.53 0.88 1.58 1.24 1.61 1.18 0.80 0.32 0.15 0.31 0.25 0.51 0.29 0.07
N1 0.40 1.72 0.21 0.10 1.27 0.10 1.49 0.10 1.81 0.91 1.89 1.40 1.92 1.28 0.83 0.28 0.11 0.25 0.16 0.51 0.26 0.05
N3 0.45 1.57 0.20 0.14 1.27 0.10 1.61 0.08 1.89 1.11 1.84 1.26 2.14 1.54 0.91 0.21 0.17 0.29 0.12 0.47 0.20 0.12
N4 0.44 1.19 0.23 0.22 1.06 0.19 1.38 0.17 1.55 1.10 1.43 0.98 1.78 1.45 0.84 0.20 0.27 0.33 0.21 0.43 0.19 0.17
O2 0.43 1.89 0.18 0.12 1.36 0.07 1.67 0.05 2.12 0.99 2.19 1.47 2.37 1.45 0.89 0.27 0.13 0.26 0.08 0.49 0.21 0.09
O2' 0.39 2.05 0.24 0.12 1.26 0.13 1.38 0.10 1.85 0.66 2.18 1.60 1.94 1.00 0.71 0.32 0.14 0.26 0.16 0.55 0.26 0.06
O3' 0.36 1.76 0.29 0.16 1.11 0.13 1.20 0.09 1.57 0.66 1.83 1.42 1.63 0.93 0.66 0.26 0.17 0.26 0.19 0.67 0.18 0.20
O4' 0.38 1.81 0.23 0.13 1.20 0.14 1.26 0.15 1.58 0.68 1.83 1.50 1.57 0.94 0.71 0.28 0.16 0.24 0.16 0.49 0.25 0.08
O5' 0.22 1.11 0.21 0.12 0.75 0.14 0.79 0.15 0.97 0.51 1.11 0.95 0.99 0.66 0.44 0.23 0.02 0.16 0.19 0.51 0.16 0.09
OP1 0.14 0.79 0.10 0.02 0.41 0.09 0.39 0.15 0.56 0.29 0.73 0.67 0.56 0.33 0.15 0.12 0.03 0.06 0.12 0.63 0.18 0.32
OP2 0.05 0.57 0.07 0.05 0.37 0.17 0.54 0.21 0.61 0.62 0.61 0.46 0.72 0.68 0.29 0.03 0.02 0.11 0.15 0.68 0.29 0.40
P 0.09 0.70 0.09 0.02 0.42 0.09 0.47 0.11 0.59 0.42 0.68 0.59 0.62 0.48 0.22 0.10 0.01 0.05 0.10 0.58 0.14 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.17 0.21 0.37 0.19
C2 0.02 0.00 0.35 0.31 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.43 0.21 0.30 0.30 0.63 0.29
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.20 0.01 0.12 0.02 0.19 0.13 0.29 0.34 0.15 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.26 0.23 0.10
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.22 0.00 0.26 0.04 0.29 0.30 0.31 0.27 0.31 0.30 0.17 0.02 0.01 0.02 0.09 0.31 0.16 0.11
C4 0.01 0.01 0.20 0.22 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.22 0.11 0.38 0.42 0.67 0.39
C4' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.21 0.08 0.14 0.10 0.19 0.07 0.19 0.02 0.00 0.02 0.11 0.14 0.05
C5 0.01 0.01 0.12 0.26 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.19 0.05 0.54 0.67 0.89 0.59
C5' 0.04 0.11 0.02 0.04 0.10 0.01 0.23 0.00 0.19 0.41 0.10 0.11 0.27 0.40 0.19 0.17 0.05 0.04 0.01 0.10 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.19 0.29 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.27 0.09 0.53 0.66 0.92 0.58
C8 0.01 0.01 0.13 0.30 0.00 0.21 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.22 0.14 0.64 0.81 0.90 0.70
N1 0.02 0.00 0.29 0.31 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.37 0.17 0.42 0.47 0.78 0.43
N3 0.02 0.00 0.34 0.27 0.00 0.14 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.39 0.21 0.25 0.23 0.54 0.24
N6 0.02 0.02 0.15 0.31 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.27 0.06 0.62 0.83 1.05 0.70
N7 0.01 0.01 0.05 0.30 0.01 0.19 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.21 0.08 0.69 0.91 1.04 0.77
N9 0.00 0.01 0.02 0.17 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.06 0.01 0.41 0.47 0.63 0.41
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.14 0.19 0.19 0.17 0.18 0.30 0.21 0.26 0.21 0.28 0.14 0.00 0.03 0.13 0.09 0.26 0.22 0.10
O3' 0.14 0.43 0.02 0.01 0.22 0.02 0.19 0.05 0.27 0.22 0.37 0.39 0.27 0.21 0.06 0.03 0.00 0.08 0.13 0.37 0.14 0.15
O4' 0.00 0.21 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05 0.04 0.09 0.14 0.17 0.21 0.06 0.08 0.01 0.13 0.08 0.00 0.14 0.07 0.30 0.15
O5' 0.17 0.30 0.06 0.09 0.38 0.02 0.54 0.01 0.53 0.64 0.42 0.25 0.62 0.69 0.41 0.09 0.13 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.21 0.30 0.26 0.31 0.42 0.11 0.67 0.10 0.66 0.81 0.47 0.23 0.83 0.91 0.47 0.26 0.37 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.63 0.23 0.16 0.67 0.14 0.89 0.06 0.92 0.90 0.78 0.54 1.05 1.04 0.63 0.22 0.14 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.29 0.10 0.11 0.39 0.05 0.59 0.01 0.58 0.70 0.43 0.24 0.70 0.77 0.41 0.10 0.15 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00