ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54736

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.021, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.013, 0.024, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.014, 0.040, 0.065, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.040 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.021, 0.066, 0.111, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.066 std_dev=0.045
P B 0, 0.168, 0.397, 0.627, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.397 std_dev=0.229
OP1 B 0, 0.189, 0.476, 0.762, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.476 std_dev=0.286
O5' B 0, 0.277, 0.579, 0.881, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.579 std_dev=0.302
OP2 B 0, 0.061, 0.548, 1.035, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.548 std_dev=0.487
C2' A 0, -0.230, 0.290, 0.810, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.290 std_dev=0.520
O4' A 0, -0.234, 0.287, 0.808, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.287 std_dev=0.521
O5' A 0, 0.281, 0.962, 1.643, 2.620 max_d=2.620 avg_d=0.962 std_dev=0.681
C3' A 0, -0.267, 0.424, 1.116, 2.469 max_d=2.469 avg_d=0.424 std_dev=0.692
O3' A 0, -0.181, 0.539, 1.258, 2.612 max_d=2.612 avg_d=0.539 std_dev=0.720
O2' A 0, -0.299, 0.443, 1.184, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.443 std_dev=0.742
C4' A 0, -0.387, 0.379, 1.144, 2.667 max_d=2.667 avg_d=0.379 std_dev=0.766
C3' B 0, -0.084, 0.750, 1.584, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.750 std_dev=0.834
C5' B 0, 0.505, 1.384, 2.263, 3.348 max_d=3.348 avg_d=1.384 std_dev=0.879
C4' B 0, 0.094, 0.981, 1.869, 3.394 max_d=3.394 avg_d=0.981 std_dev=0.887
OP2 A 0, -0.103, 0.910, 1.924, 3.820 max_d=3.820 avg_d=0.910 std_dev=1.014
O3' B 0, 0.144, 1.192, 2.241, 3.712 max_d=3.712 avg_d=1.192 std_dev=1.048
O4' B 0, 0.026, 1.116, 2.207, 3.891 max_d=3.891 avg_d=1.116 std_dev=1.091
P A 0, -0.320, 0.775, 1.870, 3.758 max_d=3.758 avg_d=0.775 std_dev=1.095
C5' A 0, -0.460, 0.662, 1.785, 3.998 max_d=3.998 avg_d=0.662 std_dev=1.122
C2' B 0, -0.215, 0.962, 2.138, 3.654 max_d=3.654 avg_d=0.962 std_dev=1.177
N3 B 0, 1.106, 2.325, 3.544, 3.545 max_d=3.545 avg_d=2.325 std_dev=1.219
C4 B 0, -0.155, 1.100, 2.354, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.100 std_dev=1.254
N1 B 0, 0.927, 2.205, 3.484, 4.458 max_d=4.458 avg_d=2.205 std_dev=1.279
C1' B 0, -0.132, 1.154, 2.439, 3.864 max_d=3.864 avg_d=1.154 std_dev=1.286
N9 B 0, 0.348, 1.717, 3.085, 4.209 max_d=4.209 avg_d=1.717 std_dev=1.368
O2' B 0, -0.091, 1.358, 2.806, 4.762 max_d=4.762 avg_d=1.358 std_dev=1.448
OP1 A 0, -0.251, 1.269, 2.789, 5.049 max_d=5.049 avg_d=1.269 std_dev=1.520
C2 B 0, 1.354, 2.898, 4.442, 4.247 max_d=4.247 avg_d=2.898 std_dev=1.544
C5 B 0, 0.327, 1.914, 3.502, 4.983 max_d=4.983 avg_d=1.914 std_dev=1.588
C6 B 0, -0.149, 1.468, 3.086, 5.156 max_d=5.156 avg_d=1.468 std_dev=1.617
N6 B 0, 0.355, 2.306, 4.258, 6.299 max_d=6.299 avg_d=2.306 std_dev=1.952
C8 B 0, 1.600, 3.567, 5.533, 6.564 max_d=6.564 avg_d=3.567 std_dev=1.967
N7 B 0, 1.654, 3.755, 5.855, 6.910 max_d=6.910 avg_d=3.755 std_dev=2.101

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.21 0.01 0.16 0.18 0.25 0.12
C2 0.02 0.00 0.20 0.21 0.01 0.04 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.15 0.20 0.28 0.28 0.14
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.14 0.16 0.02 0.16 0.06 0.33 0.01 0.02 0.01 0.35 0.42 0.45 0.36
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.27 0.00 0.24 0.02 0.18 0.16 0.26 0.30 0.19 0.03 0.00 0.02 0.19 0.33 0.13 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.27 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.19 0.13 0.04 0.21 0.30 0.41 0.20
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.16 0.06 0.03 0.10 0.12 0.21 0.02 0.01 0.01 0.16 0.18 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.24 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.14 0.12 0.22 0.27 0.41 0.22
C5' 0.07 0.13 0.14 0.02 0.10 0.00 0.15 0.00 0.14 0.08 0.11 0.11 0.19 0.08 0.15 0.01 0.01 0.16 0.16 0.03
C6 0.02 0.02 0.16 0.18 0.01 0.16 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.08 0.17 0.19 0.18 0.30 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.06 0.01 0.18 0.20 0.25 0.11
N3 0.02 0.00 0.16 0.26 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.11 0.20 0.29 0.35 0.16
N4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.17 0.04 0.22 0.35 0.48 0.24
O2 0.04 0.01 0.33 0.19 0.01 0.12 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.27 0.15 0.26 0.22 0.34 0.25 0.17
O2' 0.01 0.06 0.01 0.03 0.19 0.21 0.32 0.08 0.32 0.12 0.06 0.21 0.27 0.00 0.05 0.13 0.25 0.32 0.51 0.30
O3' 0.21 0.07 0.02 0.00 0.13 0.02 0.14 0.15 0.08 0.06 0.07 0.17 0.15 0.05 0.00 0.15 0.27 0.44 0.15 0.23
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.11 0.04 0.26 0.13 0.15 0.00 0.13 0.08 0.30 0.15
O5' 0.16 0.20 0.35 0.19 0.21 0.01 0.22 0.01 0.19 0.18 0.20 0.22 0.22 0.25 0.27 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.18 0.28 0.42 0.33 0.30 0.16 0.27 0.16 0.18 0.20 0.29 0.35 0.34 0.32 0.44 0.08 0.01 0.00 0.04 0.02
OP2 0.25 0.28 0.45 0.13 0.41 0.18 0.41 0.16 0.30 0.25 0.35 0.48 0.25 0.51 0.15 0.30 0.02 0.04 0.00 0.02
P 0.12 0.14 0.36 0.14 0.20 0.04 0.22 0.03 0.15 0.11 0.16 0.24 0.17 0.30 0.23 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 0.95 0.58 0.29 0.75 0.30 0.99 0.45 0.96 1.18 0.92 0.75 1.06 1.26 0.82 0.64 0.26 0.37 0.29 0.28 0.46 0.21
C2 0.70 0.92 0.61 0.39 0.84 0.43 1.17 0.49 1.15 1.35 0.97 0.75 1.36 1.49 0.93 0.59 0.24 0.54 0.35 0.26 0.32 0.15
C2' 0.43 0.97 0.39 0.34 0.64 0.48 0.89 0.79 0.94 1.03 0.95 0.75 1.10 1.14 0.64 0.43 0.34 0.39 0.41 0.33 0.53 0.36
C3' 0.38 0.96 0.39 0.16 0.60 0.17 0.81 0.39 0.83 1.00 0.88 0.77 0.97 1.07 0.61 0.42 0.24 0.15 0.30 0.45 0.36 0.24
C4 0.77 1.08 0.64 0.42 0.84 0.49 1.18 0.48 1.04 1.58 0.94 0.89 1.28 1.73 1.00 0.58 0.24 0.64 0.40 0.25 0.22 0.12
C4' 0.42 1.00 0.42 0.17 0.57 0.12 0.68 0.23 0.70 0.90 0.85 0.82 0.76 0.92 0.57 0.50 0.27 0.19 0.34 0.50 0.48 0.31
C5 0.64 0.94 0.55 0.37 0.62 0.42 0.95 0.47 0.75 1.47 0.71 0.76 0.93 1.53 0.86 0.50 0.24 0.52 0.37 0.25 0.33 0.15
C5' 0.28 1.00 0.30 0.19 0.51 0.19 0.49 0.28 0.57 0.62 0.81 0.88 0.56 0.61 0.38 0.34 0.27 0.19 0.31 0.57 0.53 0.34
C6 0.59 0.83 0.56 0.34 0.62 0.35 0.90 0.46 0.76 1.28 0.70 0.65 0.88 1.30 0.80 0.53 0.24 0.40 0.32 0.26 0.43 0.18
N1 0.63 0.84 0.57 0.34 0.74 0.37 1.03 0.47 0.96 1.25 0.83 0.67 1.09 1.34 0.85 0.57 0.23 0.43 0.32 0.27 0.40 0.18
N3 0.78 1.05 0.66 0.44 0.91 0.49 1.25 0.50 1.20 1.49 1.04 0.87 1.46 1.67 1.01 0.62 0.25 0.63 0.38 0.25 0.24 0.13
N4 0.85 1.23 0.68 0.44 0.96 0.52 1.30 0.47 1.15 1.73 1.07 1.02 1.42 1.91 1.11 0.63 0.26 0.73 0.42 0.24 0.21 0.13
O2 0.71 0.97 0.60 0.39 0.87 0.42 1.20 0.49 1.23 1.32 1.06 0.78 1.47 1.48 0.93 0.61 0.26 0.53 0.34 0.27 0.32 0.16
O2' 0.48 1.07 0.46 0.29 0.69 0.48 0.93 0.87 0.99 1.07 1.05 0.83 1.15 1.20 0.69 0.58 0.30 0.40 0.53 0.55 0.74 0.56
O3' 0.34 1.01 0.38 0.20 0.54 0.17 0.69 0.35 0.73 0.90 0.88 0.81 0.84 0.96 0.52 0.47 0.34 0.13 0.32 0.50 0.33 0.26
O4' 0.61 0.96 0.61 0.31 0.65 0.27 0.78 0.22 0.73 1.06 0.82 0.78 0.77 1.04 0.75 0.69 0.33 0.37 0.43 0.46 0.49 0.32
O5' 0.35 1.01 0.38 0.19 0.52 0.20 0.48 0.33 0.54 0.68 0.79 0.91 0.53 0.65 0.42 0.35 0.02 0.26 0.22 0.56 0.53 0.31
OP1 0.17 0.81 0.25 0.07 0.32 0.18 0.28 0.35 0.35 0.55 0.61 0.71 0.34 0.51 0.22 0.34 0.03 0.12 0.55 0.87 0.52 0.55
OP2 0.21 0.89 0.14 0.18 0.38 0.35 0.49 0.52 0.49 0.88 0.67 0.78 0.57 0.86 0.38 0.09 0.03 0.32 0.44 0.83 0.56 0.55
P 0.07 0.81 0.15 0.02 0.31 0.15 0.29 0.29 0.35 0.59 0.60 0.73 0.36 0.56 0.20 0.19 0.01 0.08 0.37 0.71 0.46 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.30 0.33 0.54 0.37
C2 0.04 0.00 0.33 0.59 0.01 0.63 0.01 1.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.41 0.60 0.51 0.84 1.05 1.43 1.13
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.18 0.25 0.34 0.09 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01 0.22 0.25 0.39 0.13
C3' 0.01 0.59 0.01 0.00 0.22 0.00 0.13 0.03 0.18 0.45 0.41 0.58 0.14 0.36 0.12 0.03 0.01 0.02 0.27 0.38 0.33 0.12
C4 0.03 0.01 0.16 0.22 0.00 0.26 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.22 0.25 0.35 0.29 0.56 0.32
C4' 0.01 0.63 0.01 0.00 0.26 0.00 0.09 0.01 0.20 0.44 0.45 0.62 0.12 0.32 0.08 0.06 0.02 0.00 0.03 0.24 0.44 0.15
C5 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.15 0.08 0.55 0.47 0.50 0.42
C5' 0.03 1.03 0.02 0.03 0.37 0.01 0.16 0.00 0.33 0.72 0.74 0.96 0.21 0.56 0.16 0.06 0.04 0.01 0.01 0.37 0.36 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.18 0.00 0.20 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.20 0.42 0.33 0.40 0.27
C8 0.02 0.01 0.18 0.45 0.01 0.44 0.01 0.72 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.42 0.31 1.20 1.19 1.26 1.21
N1 0.04 0.00 0.25 0.41 0.01 0.45 0.01 0.74 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.43 0.38 0.56 0.70 0.97 0.74
N3 0.04 0.00 0.34 0.58 0.00 0.62 0.01 0.96 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.57 0.52 0.76 0.88 1.27 0.98
N6 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.19 0.11 0.55 0.48 0.43 0.38
N7 0.02 0.01 0.12 0.36 0.01 0.32 0.00 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.36 0.19 1.09 1.13 1.22 1.13
N9 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.02 0.54 0.49 0.57 0.49
O2' 0.02 0.41 0.00 0.03 0.19 0.06 0.09 0.06 0.17 0.17 0.32 0.40 0.12 0.10 0.03 0.00 0.06 0.07 0.14 0.21 0.41 0.12
O3' 0.03 0.60 0.02 0.01 0.22 0.02 0.15 0.04 0.21 0.42 0.43 0.57 0.19 0.36 0.10 0.06 0.00 0.02 0.39 0.57 0.40 0.31
O4' 0.00 0.51 0.01 0.02 0.25 0.00 0.08 0.01 0.20 0.31 0.38 0.52 0.11 0.19 0.02 0.07 0.02 0.00 0.31 0.41 0.62 0.45
O5' 0.30 0.84 0.22 0.27 0.35 0.03 0.55 0.01 0.42 1.20 0.56 0.76 0.55 1.09 0.54 0.14 0.39 0.31 0.00 0.03 0.04 0.00
OP1 0.33 1.05 0.25 0.38 0.29 0.24 0.47 0.37 0.33 1.19 0.70 0.88 0.48 1.13 0.49 0.21 0.57 0.41 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.54 1.43 0.39 0.33 0.56 0.44 0.50 0.36 0.40 1.26 0.97 1.27 0.43 1.22 0.57 0.41 0.40 0.62 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.37 1.13 0.13 0.12 0.32 0.15 0.42 0.01 0.27 1.21 0.74 0.98 0.38 1.13 0.49 0.12 0.31 0.45 0.00 0.01 0.01 0.00