ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54737

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N3 A 0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.025, 0.054, 0.083, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.022, 0.068, 0.114, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.068 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.030, 0.121, 0.211, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.121 std_dev=0.090
O4' A 0, -0.011, 0.100, 0.210, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.100 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.054, 0.194, 0.333, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.194 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.006, 0.169, 0.332, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.169 std_dev=0.163
C4' A 0, 0.018, 0.192, 0.367, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.192 std_dev=0.174
P B 0, 0.096, 0.277, 0.458, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.277 std_dev=0.181
OP2 B 0, 0.190, 0.374, 0.559, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.374 std_dev=0.185
O3' A 0, 0.037, 0.241, 0.444, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.241 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.215, 0.447, 0.679, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.447 std_dev=0.232
O5' B 0, 0.187, 0.474, 0.760, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.474 std_dev=0.287
C5' A 0, 0.014, 0.318, 0.622, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.318 std_dev=0.304
O5' A 0, 0.052, 0.413, 0.774, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.413 std_dev=0.361
N9 B 0, 0.164, 0.649, 1.134, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.649 std_dev=0.485
C8 B 0, 0.013, 0.673, 1.333, 2.462 max_d=2.462 avg_d=0.673 std_dev=0.660
P A 0, -0.105, 0.622, 1.350, 2.621 max_d=2.621 avg_d=0.622 std_dev=0.727
OP1 A 0, 0.018, 0.748, 1.477, 2.634 max_d=2.634 avg_d=0.748 std_dev=0.729
C4 B 0, 0.022, 0.778, 1.533, 2.822 max_d=2.822 avg_d=0.778 std_dev=0.755
C5' B 0, -0.012, 0.883, 1.778, 2.891 max_d=2.891 avg_d=0.883 std_dev=0.895
C5 B 0, -0.108, 0.792, 1.691, 3.266 max_d=3.266 avg_d=0.792 std_dev=0.899
N7 B 0, -0.145, 0.764, 1.672, 3.274 max_d=3.274 avg_d=0.764 std_dev=0.909
O4' B 0, -0.235, 0.831, 1.898, 3.784 max_d=3.784 avg_d=0.831 std_dev=1.066
C1' B 0, -0.201, 0.914, 2.029, 4.000 max_d=4.000 avg_d=0.914 std_dev=1.115
OP2 A 0, -0.466, 0.691, 1.848, 3.941 max_d=3.941 avg_d=0.691 std_dev=1.157
C4' B 0, -0.442, 0.969, 2.380, 4.871 max_d=4.871 avg_d=0.969 std_dev=1.411
N3 B 0, -0.360, 1.105, 2.570, 5.184 max_d=5.184 avg_d=1.105 std_dev=1.465
C6 B 0, -0.549, 1.081, 2.710, 5.640 max_d=5.640 avg_d=1.081 std_dev=1.629
C2' B 0, -0.552, 1.202, 2.956, 6.101 max_d=6.101 avg_d=1.202 std_dev=1.754
C3' B 0, -0.759, 1.171, 3.102, 6.594 max_d=6.594 avg_d=1.171 std_dev=1.930
C2 B 0, -0.670, 1.297, 3.264, 6.807 max_d=6.807 avg_d=1.297 std_dev=1.967
N1 B 0, -0.772, 1.292, 3.356, 7.079 max_d=7.079 avg_d=1.292 std_dev=2.064
N6 B 0, -0.901, 1.258, 3.417, 7.322 max_d=7.322 avg_d=1.258 std_dev=2.159
O2' B 0, -0.592, 1.610, 3.812, 7.720 max_d=7.720 avg_d=1.610 std_dev=2.202
O3' B 0, -1.057, 1.571, 4.199, 8.935 max_d=8.935 avg_d=1.571 std_dev=2.628

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.26 0.16 0.18
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.20 0.24 0.31 0.28
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.10 0.00 0.01 0.01 0.07 0.33 0.10 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.04 0.10 0.01 0.01 0.00 0.06 0.27 0.12 0.09
C4 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.05 0.03 0.30 0.28 0.49 0.41
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.23 0.13 0.10
C5 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.33 0.32 0.52 0.44
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.10 0.12 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.29 0.29 0.42 0.38
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.21 0.25 0.30 0.29
N3 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.07 0.02 0.26 0.25 0.41 0.35
N4 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.05 0.03 0.32 0.30 0.55 0.44
O2 0.02 0.01 0.10 0.10 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.12 0.11 0.02 0.16 0.24 0.23 0.22
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.09 0.09 0.12 0.00 0.04 0.04 0.06 0.47 0.24 0.23
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05 0.11 0.04 0.00 0.01 0.04 0.40 0.32 0.23
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.10 0.25 0.16 0.19
O5' 0.12 0.20 0.07 0.06 0.30 0.01 0.33 0.01 0.29 0.21 0.26 0.32 0.16 0.06 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.24 0.33 0.27 0.28 0.23 0.32 0.06 0.29 0.25 0.25 0.30 0.24 0.47 0.40 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.31 0.10 0.12 0.49 0.13 0.52 0.10 0.42 0.30 0.41 0.55 0.23 0.24 0.32 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.28 0.12 0.09 0.41 0.10 0.44 0.01 0.38 0.29 0.35 0.44 0.22 0.23 0.23 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 1.51 0.51 0.46 0.49 0.58 0.43 0.55 0.92 0.68 1.46 1.04 0.88 0.38 0.32 0.42 0.45 0.51 0.37 0.10 0.20 0.08
C2 0.38 1.29 0.51 0.44 0.40 0.42 0.29 0.47 0.68 0.70 1.19 0.92 0.60 0.46 0.31 0.35 0.33 0.34 0.42 0.12 0.11 0.13
C2' 0.26 1.78 0.19 0.10 0.68 0.29 0.54 0.43 1.05 0.59 1.67 1.31 0.95 0.35 0.24 0.09 0.26 0.34 0.33 0.20 0.27 0.16
C3' 0.16 1.90 0.15 0.23 0.78 0.13 0.60 0.40 1.10 0.54 1.74 1.45 0.96 0.34 0.25 0.22 0.47 0.23 0.29 0.22 0.36 0.21
C4 0.32 1.00 0.54 0.45 0.32 0.29 0.23 0.40 0.44 0.69 0.86 0.75 0.33 0.54 0.33 0.35 0.24 0.22 0.39 0.13 0.09 0.12
C4' 0.37 1.77 0.29 0.18 0.67 0.46 0.59 0.49 1.12 0.63 1.71 1.27 1.05 0.37 0.29 0.20 0.28 0.49 0.21 0.09 0.35 0.10
C5 0.34 1.00 0.57 0.49 0.32 0.33 0.23 0.42 0.45 0.68 0.87 0.74 0.35 0.52 0.33 0.39 0.30 0.24 0.40 0.11 0.10 0.12
C5' 0.32 1.79 0.23 0.10 0.71 0.39 0.61 0.44 1.12 0.62 1.70 1.31 1.03 0.38 0.29 0.14 0.28 0.44 0.11 0.06 0.42 0.15
C6 0.40 1.17 0.57 0.51 0.36 0.45 0.27 0.49 0.61 0.69 1.07 0.84 0.53 0.46 0.33 0.42 0.39 0.33 0.42 0.11 0.15 0.11
N1 0.41 1.32 0.53 0.48 0.41 0.48 0.32 0.50 0.73 0.69 1.24 0.93 0.66 0.44 0.32 0.40 0.39 0.39 0.42 0.11 0.15 0.11
N3 0.34 1.15 0.51 0.43 0.36 0.34 0.25 0.44 0.55 0.70 1.02 0.84 0.44 0.51 0.32 0.33 0.25 0.27 0.40 0.13 0.09 0.12
N4 0.29 0.86 0.53 0.43 0.28 0.21 0.23 0.35 0.32 0.67 0.69 0.66 0.22 0.57 0.33 0.34 0.19 0.20 0.37 0.15 0.13 0.13
O2 0.39 1.40 0.48 0.42 0.44 0.45 0.33 0.48 0.78 0.69 1.31 0.98 0.70 0.44 0.30 0.34 0.33 0.39 0.42 0.12 0.11 0.12
O2' 0.37 1.86 0.26 0.17 0.72 0.44 0.63 0.52 1.18 0.63 1.80 1.33 1.12 0.38 0.32 0.16 0.20 0.49 0.26 0.15 0.28 0.11
O3' 0.19 2.12 0.36 0.51 0.93 0.12 0.72 0.44 1.23 0.50 1.93 1.65 1.07 0.35 0.33 0.47 0.77 0.17 0.29 0.27 0.39 0.26
O4' 0.55 1.48 0.60 0.56 0.47 0.71 0.44 0.62 0.95 0.70 1.47 1.00 0.94 0.37 0.36 0.53 0.59 0.63 0.34 0.09 0.25 0.04
O5' 0.56 1.45 0.53 0.44 0.52 0.69 0.51 0.59 0.97 0.70 1.44 0.99 0.94 0.41 0.39 0.47 0.57 0.68 0.07 0.16 0.60 0.31
OP1 0.27 1.97 0.18 0.14 0.91 0.48 1.02 0.40 1.66 0.25 2.13 1.37 1.74 0.42 0.25 0.23 0.44 0.48 0.30 0.31 0.65 0.45
OP2 0.50 1.16 0.45 0.38 0.41 0.58 0.47 0.21 0.93 0.52 1.25 0.76 0.96 0.23 0.26 0.46 0.68 0.63 0.37 0.44 0.75 0.61
P 0.59 1.42 0.54 0.48 0.51 0.73 0.58 0.45 1.12 0.54 1.53 0.92 1.18 0.25 0.30 0.55 0.75 0.74 0.19 0.27 0.67 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.44 0.11 0.36 0.27
C2 0.04 0.00 0.14 0.74 0.01 0.65 0.01 0.86 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.47 0.65 0.37 0.88 0.24 0.70 0.46
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.19 0.06 0.07 0.11 0.14 0.04 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.55 0.42 0.54 0.61
C3' 0.02 0.74 0.01 0.00 0.43 0.01 0.31 0.02 0.45 0.10 0.63 0.71 0.38 0.10 0.14 0.02 0.01 0.02 0.23 0.18 0.33 0.38
C4 0.02 0.01 0.07 0.43 0.00 0.31 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.26 0.19 0.59 0.35 0.36 0.29
C4' 0.01 0.65 0.01 0.01 0.31 0.00 0.19 0.01 0.31 0.33 0.51 0.62 0.27 0.24 0.08 0.21 0.02 0.01 0.02 0.42 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.31 0.00 0.19 0.00 0.37 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.18 0.09 0.52 0.61 0.31 0.32
C5' 0.16 0.86 0.19 0.02 0.38 0.01 0.37 0.00 0.46 0.66 0.69 0.76 0.46 0.56 0.29 0.07 0.17 0.03 0.02 0.45 0.32 0.03
C6 0.01 0.00 0.06 0.45 0.01 0.31 0.01 0.46 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.36 0.34 0.17 0.56 0.60 0.29 0.25
C8 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.33 0.02 0.66 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.20 0.22 0.67 0.68 0.64 0.57
N1 0.03 0.00 0.11 0.63 0.01 0.51 0.01 0.69 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.44 0.54 0.29 0.75 0.40 0.52 0.33
N3 0.05 0.00 0.14 0.71 0.00 0.62 0.00 0.76 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.55 0.36 0.81 0.19 0.63 0.43
N6 0.02 0.01 0.04 0.38 0.02 0.27 0.02 0.46 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.34 0.29 0.13 0.47 0.76 0.22 0.26
N7 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.24 0.01 0.56 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.17 0.08 0.12 0.58 0.81 0.57 0.53
N9 0.00 0.02 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.13 0.04 0.01 0.54 0.36 0.39 0.34
O2' 0.02 0.47 0.01 0.02 0.30 0.21 0.28 0.07 0.36 0.08 0.44 0.43 0.34 0.17 0.13 0.00 0.05 0.14 0.43 0.29 0.40 0.45
O3' 0.21 0.65 0.02 0.01 0.26 0.02 0.18 0.17 0.34 0.20 0.54 0.55 0.29 0.08 0.04 0.05 0.00 0.22 0.09 0.16 0.14 0.16
O4' 0.00 0.37 0.01 0.02 0.19 0.01 0.09 0.03 0.17 0.22 0.29 0.36 0.13 0.12 0.01 0.14 0.22 0.00 0.37 0.47 0.42 0.33
O5' 0.44 0.88 0.55 0.23 0.59 0.02 0.52 0.02 0.56 0.67 0.75 0.81 0.47 0.58 0.54 0.43 0.09 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.24 0.42 0.18 0.35 0.42 0.61 0.45 0.60 0.68 0.40 0.19 0.76 0.81 0.36 0.29 0.16 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.70 0.54 0.33 0.36 0.22 0.31 0.32 0.29 0.64 0.52 0.63 0.22 0.57 0.39 0.40 0.14 0.42 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.46 0.61 0.38 0.29 0.06 0.32 0.03 0.25 0.57 0.33 0.43 0.26 0.53 0.34 0.45 0.16 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00