ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54738

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.018, 0.031, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.022, 0.037, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.037 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.048 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.047, 0.098, 0.150, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.098 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.042, 0.110, 0.178, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.110 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.054, 0.130, 0.207, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.130 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.137, 0.245, 0.352, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.245 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.051, 0.162, 0.274, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.162 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.045, 0.174, 0.302, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.174 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.112, 0.246, 0.381, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.246 std_dev=0.135
O3' A 0, 0.069, 0.283, 0.497, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.283 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.266, 0.486, 0.706, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.486 std_dev=0.220
P B 0, 0.250, 0.480, 0.711, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.480 std_dev=0.231
O5' A 0, 0.098, 0.337, 0.575, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.337 std_dev=0.239
OP2 A 0, 0.180, 0.650, 1.120, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.650 std_dev=0.470
P A 0, 0.129, 0.614, 1.099, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.614 std_dev=0.485
O5' B 0, 0.405, 0.894, 1.383, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.894 std_dev=0.489
OP2 B 0, 0.198, 0.735, 1.272, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.735 std_dev=0.537
C3' B 0, 0.426, 0.966, 1.506, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.966 std_dev=0.540
O3' B 0, 0.266, 0.921, 1.577, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.921 std_dev=0.656
OP1 A 0, 0.206, 0.950, 1.694, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.950 std_dev=0.744
C2' B 0, 0.604, 1.354, 2.104, 2.327 max_d=2.327 avg_d=1.354 std_dev=0.750
O2' B 0, 0.576, 1.408, 2.239, 2.761 max_d=2.761 avg_d=1.408 std_dev=0.832
C4' B 0, 0.314, 1.153, 1.991, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.153 std_dev=0.838
C5' B 0, 0.088, 1.037, 1.985, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.037 std_dev=0.949
C1' B 0, 0.516, 1.686, 2.857, 3.898 max_d=3.898 avg_d=1.686 std_dev=1.171
O4' B 0, 0.362, 1.587, 2.813, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.587 std_dev=1.225
N9 B 0, 0.331, 2.096, 3.862, 5.509 max_d=5.509 avg_d=2.096 std_dev=1.765
C8 B 0, 0.358, 2.186, 4.014, 5.665 max_d=5.665 avg_d=2.186 std_dev=1.828
C4 B 0, -0.024, 2.561, 5.145, 7.583 max_d=7.583 avg_d=2.561 std_dev=2.585
N7 B 0, 0.022, 2.687, 5.352, 7.760 max_d=7.760 avg_d=2.687 std_dev=2.665
N3 B 0, -0.178, 2.664, 5.506, 8.242 max_d=8.242 avg_d=2.664 std_dev=2.842
C5 B 0, -0.227, 2.928, 6.084, 8.993 max_d=8.993 avg_d=2.928 std_dev=3.155
C2 B 0, -0.562, 3.170, 6.902, 10.469 max_d=10.469 avg_d=3.170 std_dev=3.732
C6 B 0, -0.641, 3.478, 7.598, 11.380 max_d=11.380 avg_d=3.478 std_dev=4.120
N1 B 0, -0.810, 3.580, 7.970, 12.074 max_d=12.074 avg_d=3.580 std_dev=4.390
N6 B 0, -0.872, 3.917, 8.707, 13.020 max_d=13.020 avg_d=3.917 std_dev=4.790

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.08 0.08 0.09 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.09 0.02 0.11 0.09 0.12 0.14
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.07 0.07 0.09 0.01 0.03 0.02 0.07 0.18 0.12 0.06
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.08 0.03 0.07 0.05 0.10 0.11 0.08 0.02 0.02 0.02 0.12 0.25 0.15 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.03 0.14 0.18 0.19 0.21
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.09 0.03 0.00 0.01 0.09 0.17 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.11 0.04 0.16 0.24 0.24 0.26
C5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.06 0.08 0.04 0.03 0.02 0.06 0.25 0.05
C6 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.16 0.21 0.19 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.12 0.11 0.12 0.15
N3 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04 0.02 0.09 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.12 0.02 0.12 0.12 0.15 0.18
N4 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.06 0.03 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.08 0.15 0.04 0.14 0.19 0.20 0.21
O2 0.03 0.01 0.09 0.08 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.12 0.10 0.04 0.09 0.08 0.09 0.09
O2' 0.04 0.08 0.01 0.02 0.07 0.09 0.04 0.08 0.02 0.05 0.09 0.08 0.12 0.00 0.06 0.07 0.09 0.20 0.11 0.08
O3' 0.03 0.09 0.03 0.02 0.13 0.03 0.11 0.04 0.08 0.06 0.12 0.15 0.10 0.06 0.00 0.03 0.19 0.41 0.21 0.22
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03 0.00 0.11 0.13 0.11 0.11
O5' 0.08 0.11 0.07 0.12 0.14 0.01 0.16 0.02 0.16 0.12 0.12 0.14 0.09 0.09 0.19 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.08 0.09 0.18 0.25 0.18 0.09 0.24 0.06 0.21 0.11 0.12 0.19 0.08 0.20 0.41 0.13 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.09 0.12 0.12 0.15 0.19 0.17 0.24 0.25 0.19 0.12 0.15 0.20 0.09 0.11 0.21 0.11 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.09 0.14 0.06 0.11 0.21 0.03 0.26 0.05 0.23 0.15 0.18 0.21 0.09 0.08 0.22 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.97 2.83 0.70 0.40 2.15 0.42 2.36 0.51 2.80 1.52 3.01 2.37 2.88 1.97 1.55 0.23 0.24 0.72 0.41 0.12 0.57 0.20
C2 1.14 3.36 0.68 0.46 2.61 0.49 3.04 0.56 3.67 1.93 3.80 2.74 3.90 2.59 1.88 0.43 0.35 0.86 0.34 0.07 0.58 0.14
C2' 0.77 2.64 0.61 0.29 1.96 0.26 2.24 0.42 2.72 1.41 2.90 2.14 2.88 1.90 1.38 0.18 0.13 0.50 0.39 0.14 0.48 0.19
C3' 0.51 2.00 0.51 0.24 1.51 0.18 1.78 0.39 2.13 1.13 2.23 1.61 2.29 1.54 1.06 0.20 0.13 0.28 0.43 0.15 0.39 0.23
C4 1.00 2.76 0.57 0.47 2.33 0.46 2.86 0.53 3.31 1.91 3.21 2.29 3.61 2.60 1.74 0.57 0.46 0.77 0.30 0.06 0.55 0.13
C4' 0.52 1.70 0.57 0.29 1.31 0.23 1.46 0.38 1.72 0.95 1.83 1.42 1.80 1.25 0.94 0.23 0.18 0.35 0.44 0.15 0.45 0.23
C5 0.85 2.28 0.49 0.43 2.00 0.42 2.39 0.52 2.67 1.66 2.59 1.93 2.84 2.19 1.52 0.51 0.47 0.65 0.31 0.06 0.54 0.15
C5' 0.19 0.96 0.41 0.24 0.75 0.17 0.89 0.29 1.05 0.59 1.07 0.77 1.13 0.80 0.52 0.31 0.23 0.13 0.44 0.16 0.37 0.21
C6 0.87 2.36 0.53 0.40 2.01 0.41 2.29 0.52 2.59 1.55 2.61 2.02 2.69 2.01 1.50 0.36 0.38 0.65 0.36 0.10 0.55 0.19
N1 1.03 2.93 0.65 0.43 2.33 0.45 2.64 0.54 3.09 1.71 3.21 2.45 3.20 2.24 1.69 0.34 0.32 0.76 0.37 0.09 0.57 0.17
N3 1.14 3.25 0.65 0.49 2.61 0.50 3.15 0.56 3.78 2.03 3.78 2.65 4.12 2.75 1.91 0.53 0.42 0.87 0.32 0.06 0.56 0.13
N4 0.93 2.59 0.55 0.46 2.19 0.42 2.76 0.47 3.22 1.87 3.07 2.13 3.63 2.59 1.64 0.64 0.49 0.72 0.30 0.11 0.55 0.18
O2 1.19 3.63 0.72 0.46 2.70 0.50 3.13 0.57 3.86 1.97 4.11 2.90 4.13 2.64 1.93 0.38 0.30 0.89 0.35 0.07 0.58 0.14
O2' 0.81 2.70 0.66 0.34 1.95 0.31 2.21 0.46 2.70 1.38 2.94 2.17 2.86 1.85 1.37 0.14 0.19 0.55 0.42 0.14 0.53 0.21
O3' 0.39 1.81 0.50 0.25 1.34 0.21 1.61 0.39 1.97 1.01 2.06 1.42 2.15 1.41 0.91 0.26 0.22 0.20 0.47 0.18 0.35 0.28
O4' 0.84 2.21 0.70 0.40 1.73 0.42 1.84 0.50 2.13 1.22 2.29 1.93 2.15 1.54 1.28 0.20 0.23 0.64 0.45 0.14 0.56 0.24
O5' 0.32 1.07 0.48 0.18 0.90 0.07 1.06 0.21 1.21 0.74 1.21 0.89 1.30 0.97 0.67 0.39 0.02 0.16 0.37 0.16 0.26 0.17
OP1 0.26 0.31 0.34 0.09 0.24 0.20 0.35 0.19 0.39 0.30 0.35 0.27 0.48 0.40 0.20 0.50 0.04 0.27 0.25 0.19 0.26 0.33
OP2 0.31 0.52 0.10 0.30 0.41 0.57 0.63 0.60 0.76 0.42 0.70 0.35 0.90 0.64 0.26 0.09 0.03 0.52 0.53 0.36 0.33 0.36
P 0.14 0.46 0.19 0.04 0.38 0.20 0.56 0.20 0.64 0.40 0.59 0.33 0.75 0.57 0.24 0.23 0.01 0.21 0.25 0.18 0.10 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.25 0.35 0.50 0.26
C2 0.04 0.00 0.27 0.43 0.01 0.18 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.21 0.16 0.20 1.04 0.28 0.40
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.13 0.02 0.08 0.14 0.13 0.13 0.20 0.26 0.11 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.52 0.52 0.91 0.56
C3' 0.02 0.43 0.00 0.00 0.39 0.01 0.47 0.05 0.51 0.37 0.48 0.36 0.55 0.46 0.30 0.03 0.01 0.01 0.25 0.37 0.42 0.26
C4 0.02 0.01 0.13 0.39 0.00 0.19 0.01 0.42 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.28 0.12 0.09 0.22 0.93 0.31 0.34
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.19 0.00 0.26 0.01 0.25 0.30 0.21 0.16 0.29 0.32 0.18 0.30 0.02 0.01 0.03 0.25 0.15 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.47 0.01 0.26 0.00 0.54 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.23 0.06 0.33 1.26 0.25 0.51
C5' 0.11 0.42 0.14 0.05 0.42 0.01 0.54 0.00 0.56 0.52 0.50 0.36 0.63 0.60 0.36 0.14 0.16 0.04 0.01 0.29 0.16 0.05
C6 0.03 0.01 0.13 0.51 0.02 0.25 0.01 0.56 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.25 0.10 0.35 1.41 0.25 0.59
C8 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.30 0.01 0.52 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.27 0.23 0.09 0.32 0.95 0.30 0.36
N1 0.04 0.01 0.20 0.48 0.03 0.21 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.35 0.21 0.14 0.27 1.28 0.24 0.52
N3 0.04 0.01 0.26 0.36 0.01 0.16 0.01 0.36 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.21 0.15 0.17 0.83 0.34 0.30
N6 0.03 0.02 0.11 0.55 0.02 0.29 0.02 0.63 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.39 0.34 0.08 0.44 1.63 0.31 0.72
N7 0.02 0.02 0.07 0.46 0.01 0.32 0.00 0.60 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.32 0.32 0.05 0.41 1.32 0.28 0.56
N9 0.01 0.02 0.02 0.30 0.00 0.18 0.01 0.36 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.21 0.05 0.03 0.20 0.70 0.37 0.24
O2' 0.03 0.30 0.01 0.03 0.28 0.30 0.33 0.14 0.36 0.27 0.35 0.25 0.39 0.32 0.21 0.00 0.12 0.32 0.30 0.55 0.84 0.45
O3' 0.27 0.21 0.06 0.01 0.12 0.02 0.23 0.16 0.25 0.23 0.21 0.21 0.34 0.32 0.05 0.12 0.00 0.17 0.21 0.39 0.35 0.39
O4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.09 0.01 0.06 0.04 0.10 0.09 0.14 0.15 0.08 0.05 0.03 0.32 0.17 0.00 0.16 0.28 0.28 0.17
O5' 0.25 0.20 0.52 0.25 0.22 0.03 0.33 0.01 0.35 0.32 0.27 0.17 0.44 0.41 0.20 0.30 0.21 0.16 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.35 1.04 0.52 0.37 0.93 0.25 1.26 0.29 1.41 0.95 1.28 0.83 1.63 1.32 0.70 0.55 0.39 0.28 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.50 0.28 0.91 0.42 0.31 0.15 0.25 0.16 0.25 0.30 0.24 0.34 0.31 0.28 0.37 0.84 0.35 0.28 0.03 0.04 0.00 0.01
P 0.26 0.40 0.56 0.26 0.34 0.08 0.51 0.05 0.59 0.36 0.52 0.30 0.72 0.56 0.24 0.45 0.39 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00