ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54740

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O2' A 0, 0.025, 0.054, 0.083, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.054 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.008, 0.046, 0.084, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.046 std_dev=0.038
O4' A 0, -0.002, 0.047, 0.096, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.047 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.016, 0.100, 0.184, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.100 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.013, 0.098, 0.183, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.098 std_dev=0.085
C5' A 0, 0.045, 0.150, 0.256, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.150 std_dev=0.105
OP2 B 0, 0.094, 0.207, 0.321, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.207 std_dev=0.114
O5' B 0, 0.150, 0.268, 0.387, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.268 std_dev=0.118
O5' A 0, 0.051, 0.173, 0.295, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.173 std_dev=0.122
C4' B 0, 0.141, 0.265, 0.388, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.265 std_dev=0.124
C2' B 0, 0.140, 0.264, 0.388, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.264 std_dev=0.124
C3' B 0, 0.150, 0.275, 0.400, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.275 std_dev=0.125
C5' B 0, 0.126, 0.253, 0.379, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.253 std_dev=0.126
P B 0, 0.126, 0.254, 0.383, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.254 std_dev=0.128
OP1 B 0, 0.164, 0.293, 0.422, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.293 std_dev=0.129
O3' A 0, 0.014, 0.146, 0.278, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.146 std_dev=0.132
O2' B 0, 0.130, 0.264, 0.397, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.264 std_dev=0.133
C1' B 0, 0.116, 0.250, 0.384, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.250 std_dev=0.134
O3' B 0, 0.143, 0.282, 0.421, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.282 std_dev=0.139
O4' B 0, 0.142, 0.287, 0.432, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.287 std_dev=0.145
P A 0, 0.051, 0.204, 0.358, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.204 std_dev=0.154
N9 B 0, 0.065, 0.250, 0.434, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.250 std_dev=0.184
OP1 A 0, 0.080, 0.268, 0.456, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.268 std_dev=0.188
OP2 A 0, 0.024, 0.218, 0.412, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.218 std_dev=0.194
C8 B 0, 0.091, 0.338, 0.585, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.338 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.021, 0.280, 0.539, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.280 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.047, 0.309, 0.571, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.309 std_dev=0.262
N7 B 0, 0.137, 0.470, 0.802, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.470 std_dev=0.333
C5 B 0, 0.097, 0.432, 0.766, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.432 std_dev=0.334
C2 B 0, 0.031, 0.392, 0.753, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.392 std_dev=0.361
C6 B 0, 0.141, 0.565, 0.989, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.565 std_dev=0.424
N1 B 0, 0.077, 0.513, 0.950, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.513 std_dev=0.437
N6 B 0, 0.256, 0.773, 1.289, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.773 std_dev=0.517

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.05 0.07 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.07 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.10 0.10 0.10 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.11 0.11 0.09 0.11
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.09 0.06 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.09 0.08 0.09 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.11 0.11 0.11 0.11
O2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.08 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02
O5' 0.04 0.08 0.02 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.09 0.07 0.09 0.11 0.06 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.02 0.01 0.10 0.03 0.11 0.01 0.09 0.05 0.08 0.11 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.07 0.04 0.05 0.10 0.02 0.09 0.03 0.06 0.05 0.09 0.11 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.01 0.01 0.10 0.02 0.11 0.00 0.08 0.05 0.08 0.11 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.47 0.05 0.04 0.24 0.03 0.37 0.03 0.61 0.09 0.63 0.30 0.80 0.24 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.15 0.06 0.07
C2 0.03 0.44 0.06 0.04 0.18 0.04 0.25 0.03 0.47 0.06 0.56 0.26 0.54 0.14 0.04 0.08 0.06 0.05 0.09 0.14 0.09 0.07
C2' 0.03 0.48 0.04 0.03 0.24 0.02 0.34 0.03 0.58 0.09 0.63 0.31 0.75 0.22 0.09 0.07 0.04 0.04 0.08 0.15 0.08 0.07
C3' 0.03 0.50 0.04 0.03 0.27 0.02 0.39 0.04 0.61 0.12 0.65 0.33 0.79 0.28 0.12 0.08 0.03 0.03 0.06 0.14 0.10 0.06
C4 0.05 0.35 0.06 0.05 0.18 0.05 0.26 0.04 0.38 0.09 0.42 0.22 0.42 0.18 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.12 0.10 0.07
C4' 0.03 0.47 0.06 0.05 0.26 0.04 0.40 0.05 0.62 0.12 0.63 0.31 0.81 0.30 0.11 0.10 0.05 0.05 0.07 0.14 0.08 0.06
C5 0.05 0.38 0.05 0.05 0.25 0.05 0.38 0.04 0.50 0.16 0.49 0.26 0.57 0.31 0.12 0.06 0.06 0.09 0.09 0.13 0.07 0.07
C5' 0.04 0.48 0.07 0.06 0.29 0.06 0.44 0.08 0.64 0.16 0.63 0.32 0.83 0.36 0.14 0.10 0.05 0.04 0.07 0.13 0.11 0.07
C6 0.04 0.44 0.05 0.04 0.28 0.04 0.43 0.04 0.60 0.17 0.58 0.29 0.71 0.34 0.13 0.06 0.06 0.08 0.09 0.15 0.06 0.07
N1 0.03 0.46 0.05 0.04 0.24 0.04 0.37 0.03 0.60 0.10 0.61 0.29 0.72 0.24 0.09 0.08 0.06 0.06 0.08 0.15 0.07 0.07
N3 0.04 0.38 0.06 0.05 0.14 0.04 0.20 0.04 0.36 0.07 0.45 0.23 0.39 0.11 0.03 0.08 0.07 0.06 0.09 0.13 0.10 0.07
N4 0.07 0.23 0.07 0.06 0.11 0.06 0.17 0.05 0.25 0.08 0.27 0.15 0.29 0.13 0.05 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.12 0.08
O2 0.03 0.41 0.06 0.04 0.14 0.03 0.18 0.04 0.39 0.07 0.53 0.24 0.46 0.08 0.02 0.09 0.06 0.05 0.09 0.14 0.09 0.07
O2' 0.03 0.45 0.05 0.04 0.20 0.03 0.28 0.03 0.51 0.07 0.58 0.28 0.68 0.16 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.15 0.08 0.07
O3' 0.03 0.50 0.05 0.03 0.26 0.03 0.37 0.05 0.59 0.11 0.64 0.32 0.76 0.26 0.11 0.08 0.03 0.03 0.06 0.14 0.11 0.06
O4' 0.03 0.45 0.07 0.06 0.25 0.05 0.40 0.05 0.62 0.11 0.61 0.29 0.82 0.30 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.15 0.05 0.07
O5' 0.09 0.50 0.05 0.04 0.34 0.05 0.49 0.07 0.67 0.23 0.65 0.36 0.85 0.43 0.20 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.13 0.06
OP1 0.09 0.43 0.05 0.05 0.31 0.06 0.45 0.09 0.58 0.24 0.55 0.31 0.73 0.42 0.19 0.07 0.05 0.06 0.08 0.07 0.16 0.09
OP2 0.04 0.44 0.07 0.07 0.29 0.05 0.45 0.07 0.61 0.20 0.58 0.30 0.77 0.40 0.15 0.12 0.06 0.04 0.07 0.10 0.12 0.07
P 0.07 0.45 0.04 0.04 0.31 0.05 0.46 0.07 0.61 0.23 0.58 0.32 0.77 0.42 0.18 0.08 0.03 0.04 0.06 0.06 0.14 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.15 0.03 0.15 0.22 0.32 0.23
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.15 0.19 0.26 0.20
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.08 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.22 0.31 0.37 0.30
C5' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.18 0.13 0.16 0.08 0.22 0.17 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.04 0.25 0.36 0.45 0.35
C8 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.17 0.22 0.25 0.21
N1 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.03 0.22 0.32 0.41 0.31
N3 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.14 0.04 0.10 0.14 0.23 0.15
N6 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.05 0.30 0.45 0.53 0.43
N7 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.24 0.32 0.36 0.31
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.11 0.13 0.18 0.14
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05
O3' 0.05 0.15 0.03 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.14 0.14 0.10 0.04 0.06 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.04 0.06
O5' 0.02 0.15 0.04 0.03 0.15 0.01 0.22 0.01 0.25 0.17 0.22 0.10 0.30 0.24 0.11 0.06 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.22 0.02 0.02 0.19 0.02 0.31 0.02 0.36 0.22 0.32 0.14 0.45 0.32 0.13 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.06 0.32 0.04 0.02 0.26 0.01 0.37 0.01 0.45 0.25 0.41 0.23 0.53 0.36 0.18 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02
P 0.03 0.23 0.02 0.02 0.20 0.01 0.30 0.01 0.35 0.21 0.31 0.15 0.43 0.31 0.14 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00