ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54742

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.021, 0.051, 0.081, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.051 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.041, 0.203, 0.365, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.203 std_dev=0.162
C2' A 0, 0.080, 0.275, 0.470, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.275 std_dev=0.195
P B 0, 0.232, 0.444, 0.655, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.444 std_dev=0.211
O2' A 0, 0.107, 0.338, 0.569, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.338 std_dev=0.231
OP1 B 0, 0.170, 0.406, 0.643, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.406 std_dev=0.236
C4' A 0, 0.094, 0.341, 0.587, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.341 std_dev=0.247
OP2 A 0, 0.286, 0.541, 0.797, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.541 std_dev=0.256
C3' A 0, 0.118, 0.419, 0.720, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.419 std_dev=0.301
P A 0, 0.277, 0.581, 0.886, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.581 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.297, 0.628, 0.960, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.628 std_dev=0.332
O5' B 0, 0.235, 0.567, 0.899, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.567 std_dev=0.332
O5' A 0, 0.177, 0.512, 0.846, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.512 std_dev=0.334
O3' B 0, 0.328, 0.677, 1.025, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.677 std_dev=0.348
OP1 A 0, 0.312, 0.664, 1.015, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.664 std_dev=0.351
C5' B 0, 0.165, 0.521, 0.878, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.521 std_dev=0.357
OP2 B 0, 0.480, 0.841, 1.201, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.841 std_dev=0.360
C4' B 0, 0.195, 0.565, 0.935, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.565 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.415, 0.827, 1.240, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.827 std_dev=0.413
C5' A 0, 0.158, 0.571, 0.984, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.571 std_dev=0.413
O4' B 0, 0.266, 0.728, 1.191, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.728 std_dev=0.462
O3' A 0, 0.231, 0.695, 1.160, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.695 std_dev=0.464
O2' B 0, 0.518, 0.999, 1.480, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.999 std_dev=0.481
C1' B 0, 0.421, 0.906, 1.390, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.906 std_dev=0.485
N9 B 0, 0.521, 1.083, 1.645, 1.818 max_d=1.818 avg_d=1.083 std_dev=0.562
C8 B 0, 0.570, 1.166, 1.761, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.166 std_dev=0.596
C4 B 0, 0.611, 1.252, 1.893, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.252 std_dev=0.641
N3 B 0, 0.660, 1.332, 2.003, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.332 std_dev=0.671
N7 B 0, 0.660, 1.342, 2.023, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.342 std_dev=0.682
C5 B 0, 0.679, 1.385, 2.091, 2.245 max_d=2.245 avg_d=1.385 std_dev=0.706
C2 B 0, 0.774, 1.539, 2.305, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.539 std_dev=0.766
C6 B 0, 0.778, 1.576, 2.375, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.576 std_dev=0.799
N1 B 0, 0.822, 1.647, 2.471, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.647 std_dev=0.825
N6 B 0, 0.853, 1.725, 2.596, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.725 std_dev=0.872

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.02 0.06 0.07 0.13 0.06
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.11 0.00 0.02 0.01 0.07 0.14 0.15 0.09
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.11 0.03 0.05 0.06 0.11 0.01 0.01 0.00 0.09 0.19 0.16 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.12 0.09 0.11 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.05 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03 0.15 0.10 0.11 0.10
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.16 0.00 0.21 0.00 0.19 0.09 0.12 0.18 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.13 0.07 0.09 0.07
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.03 0.08 0.08 0.13 0.07
N4 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03 0.14 0.12 0.13 0.12
O2 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.14 0.03 0.05 0.09 0.15 0.07
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.10 0.00 0.04 0.03 0.05 0.13 0.14 0.07
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.11 0.03 0.11 0.03 0.07 0.07 0.14 0.04 0.00 0.02 0.11 0.27 0.19 0.19
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.09 0.10 0.12 0.12
O5' 0.05 0.06 0.07 0.09 0.12 0.01 0.15 0.01 0.13 0.06 0.08 0.14 0.05 0.05 0.11 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.07 0.14 0.19 0.09 0.03 0.10 0.05 0.07 0.05 0.08 0.12 0.09 0.13 0.27 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.13 0.15 0.16 0.11 0.04 0.11 0.01 0.09 0.10 0.13 0.13 0.15 0.14 0.19 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.09 0.13 0.09 0.02 0.10 0.02 0.07 0.05 0.07 0.12 0.07 0.07 0.19 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.14 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.14 0.12 0.14 0.11 0.13 0.11 0.13 0.16 0.10 0.09 0.12 0.16 0.09
C2 0.09 0.13 0.11 0.07 0.11 0.07 0.11 0.09 0.11 0.14 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.08 0.06 0.10 0.15 0.07
C2' 0.08 0.13 0.11 0.06 0.10 0.05 0.09 0.07 0.09 0.11 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09 0.14 0.08 0.06 0.06 0.13 0.17 0.11
C3' 0.13 0.18 0.15 0.11 0.15 0.09 0.15 0.10 0.15 0.14 0.17 0.17 0.14 0.14 0.14 0.20 0.09 0.10 0.08 0.15 0.20 0.14
C4 0.13 0.18 0.14 0.08 0.16 0.09 0.15 0.11 0.16 0.16 0.17 0.17 0.15 0.16 0.15 0.13 0.08 0.12 0.07 0.13 0.15 0.10
C4' 0.09 0.15 0.12 0.06 0.13 0.07 0.13 0.07 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.19 0.09 0.07 0.09 0.17 0.20 0.14
C5 0.12 0.16 0.13 0.07 0.14 0.07 0.13 0.08 0.13 0.14 0.15 0.16 0.12 0.13 0.13 0.13 0.09 0.10 0.05 0.11 0.16 0.07
C5' 0.17 0.22 0.22 0.13 0.21 0.09 0.21 0.09 0.22 0.21 0.22 0.21 0.22 0.22 0.20 0.31 0.10 0.12 0.13 0.22 0.27 0.20
C6 0.09 0.14 0.12 0.07 0.12 0.07 0.11 0.07 0.11 0.13 0.12 0.14 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.08 0.08 0.10 0.16 0.08
N1 0.10 0.14 0.12 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.11 0.13 0.12 0.14 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.09 0.07 0.10 0.16 0.08
N3 0.11 0.16 0.12 0.07 0.14 0.07 0.14 0.10 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.13 0.12 0.09 0.10 0.06 0.12 0.15 0.09
N4 0.18 0.22 0.17 0.12 0.21 0.14 0.21 0.16 0.21 0.21 0.22 0.21 0.20 0.21 0.20 0.17 0.10 0.17 0.13 0.19 0.16 0.15
O2 0.09 0.12 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.08 0.06 0.10 0.15 0.08
O2' 0.07 0.13 0.10 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.09 0.11 0.11 0.12 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.06 0.06 0.13 0.17 0.11
O3' 0.18 0.23 0.19 0.15 0.20 0.14 0.19 0.14 0.20 0.18 0.22 0.22 0.19 0.18 0.19 0.24 0.14 0.16 0.12 0.18 0.21 0.17
O4' 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.14 0.11 0.14 0.12 0.14 0.11 0.13 0.12 0.14 0.21 0.14 0.12 0.15 0.17 0.11
O5' 0.09 0.14 0.14 0.08 0.12 0.03 0.12 0.05 0.13 0.11 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.22 0.02 0.03 0.07 0.16 0.19 0.12
OP1 0.11 0.10 0.04 0.04 0.10 0.14 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.08 0.01 0.16 0.13 0.19 0.20 0.17
OP2 0.07 0.06 0.02 0.03 0.07 0.13 0.08 0.14 0.07 0.10 0.06 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06 0.02 0.12 0.16 0.20 0.21 0.20
P 0.03 0.06 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.10 0.00 0.07 0.09 0.18 0.19 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.14 0.24 0.13
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.08 0.07 0.10 0.15 0.29 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.17 0.24 0.15
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.18 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.05 0.04 0.10 0.16 0.28 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.08 0.12 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.11 0.17 0.28 0.16
C5' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.04 0.11 0.16 0.28 0.17
C8 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.03 0.05 0.11 0.17 0.27 0.17
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.06 0.11 0.16 0.29 0.16
N3 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.08 0.07 0.09 0.15 0.28 0.15
N6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06 0.05 0.11 0.16 0.28 0.16
N7 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.11 0.18 0.28 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.16 0.26 0.15
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.11 0.16 0.07 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.21 0.28 0.18
O3' 0.04 0.08 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.17 0.20 0.12
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.10 0.19 0.09
O5' 0.07 0.10 0.07 0.05 0.10 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.04 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.14 0.15 0.17 0.14 0.16 0.08 0.17 0.06 0.16 0.17 0.16 0.15 0.16 0.18 0.16 0.21 0.17 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.29 0.24 0.18 0.28 0.12 0.28 0.03 0.28 0.27 0.29 0.28 0.28 0.28 0.26 0.28 0.20 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.15 0.15 0.12 0.16 0.05 0.16 0.01 0.17 0.17 0.16 0.15 0.16 0.17 0.15 0.18 0.12 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00