ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54743

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.039 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.015, 0.039, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C3' A 0, 0.033, 0.061, 0.088, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.061 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.015, 0.048, 0.080, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.048 std_dev=0.032
C4' A 0, 0.020, 0.060, 0.100, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.060 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.034, 0.090, 0.145, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.090 std_dev=0.056
C5' A 0, 0.035, 0.115, 0.196, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.115 std_dev=0.081
O5' A 0, 0.035, 0.126, 0.217, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.126 std_dev=0.091
P A 0, 0.041, 0.167, 0.293, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.167 std_dev=0.126
OP1 A 0, 0.029, 0.165, 0.301, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.165 std_dev=0.136
OP2 A 0, 0.053, 0.231, 0.408, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.231 std_dev=0.178
OP1 B 0, 0.006, 0.235, 0.464, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.235 std_dev=0.229
P B 0, -0.018, 0.216, 0.449, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.216 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.135, 0.380, 0.625, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.380 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.231, 0.479, 0.727, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.479 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.230, 0.480, 0.731, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.480 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.007, 0.258, 0.510, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.258 std_dev=0.252
N1 B 0, 0.243, 0.497, 0.751, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.497 std_dev=0.254
O5' B 0, 0.002, 0.257, 0.512, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.257 std_dev=0.255
C4' B 0, 0.111, 0.370, 0.628, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.370 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.046, 0.310, 0.574, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.310 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.242, 0.509, 0.776, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.509 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.198, 0.468, 0.737, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.468 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.252, 0.524, 0.796, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.524 std_dev=0.272
C2' B 0, 0.226, 0.509, 0.792, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.509 std_dev=0.283
C5 B 0, 0.250, 0.534, 0.818, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.534 std_dev=0.284
OP2 B 0, 0.029, 0.319, 0.610, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.319 std_dev=0.291
N9 B 0, 0.249, 0.540, 0.831, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.540 std_dev=0.291
N6 B 0, 0.260, 0.551, 0.843, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.551 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.243, 0.537, 0.831, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.537 std_dev=0.294
O2' B 0, 0.230, 0.551, 0.871, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.551 std_dev=0.320
N7 B 0, 0.255, 0.579, 0.903, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.579 std_dev=0.324
C8 B 0, 0.255, 0.582, 0.909, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.582 std_dev=0.327

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.04 0.05 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.05 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.06 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.08 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02
N4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05 0.04 0.03
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.07
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.10 0.07
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.07 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.04 0.10 0.10 0.05 0.10 0.06 0.10 0.06 0.08 0.06 0.05 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.13 0.07 0.18 0.06
C2 0.12 0.04 0.12 0.12 0.06 0.12 0.07 0.13 0.06 0.10 0.05 0.05 0.08 0.09 0.10 0.11 0.11 0.13 0.16 0.07 0.10 0.03
C2' 0.12 0.04 0.12 0.12 0.07 0.12 0.07 0.13 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.08 0.10 0.12 0.12 0.13 0.15 0.03 0.16 0.03
C3' 0.13 0.05 0.12 0.12 0.08 0.12 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.13 0.14 0.02 0.17 0.03
C4 0.12 0.04 0.11 0.11 0.06 0.11 0.07 0.12 0.06 0.12 0.04 0.05 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.16 0.10 0.05 0.02
C4' 0.10 0.05 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.11 0.03 0.20 0.06
C5 0.10 0.05 0.10 0.09 0.05 0.10 0.06 0.10 0.05 0.10 0.04 0.05 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.15 0.11 0.12 0.05
C5' 0.11 0.06 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.06 0.12 0.11 0.06 0.20 0.07
C6 0.10 0.05 0.09 0.09 0.05 0.10 0.05 0.10 0.05 0.09 0.04 0.05 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.14 0.10 0.17 0.06
N1 0.11 0.04 0.10 0.10 0.05 0.10 0.06 0.11 0.05 0.09 0.05 0.05 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.15 0.08 0.15 0.05
N3 0.12 0.04 0.12 0.12 0.07 0.12 0.07 0.13 0.06 0.11 0.05 0.05 0.08 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.17 0.08 0.06 0.02
N4 0.12 0.04 0.11 0.11 0.07 0.11 0.08 0.12 0.06 0.13 0.05 0.04 0.08 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.16 0.10 0.05 0.03
O2 0.12 0.04 0.12 0.12 0.07 0.12 0.07 0.13 0.06 0.10 0.05 0.05 0.08 0.09 0.10 0.12 0.12 0.13 0.17 0.06 0.10 0.03
O2' 0.12 0.04 0.13 0.13 0.07 0.12 0.06 0.12 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.12 0.12 0.13 0.14 0.03 0.17 0.04
O3' 0.14 0.08 0.14 0.14 0.10 0.14 0.09 0.14 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.14 0.13 0.15 0.15 0.06 0.15 0.02
O4' 0.09 0.05 0.09 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.22 0.09
O5' 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.02 0.19 0.06
OP1 0.15 0.10 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.09 0.10 0.14 0.07 0.13 0.11 0.13 0.14 0.13 0.10 0.15 0.08 0.05 0.17 0.05
OP2 0.26 0.19 0.25 0.23 0.22 0.22 0.20 0.18 0.16 0.24 0.14 0.22 0.14 0.22 0.24 0.24 0.20 0.26 0.17 0.09 0.15 0.07
P 0.17 0.10 0.16 0.14 0.13 0.14 0.12 0.11 0.09 0.16 0.06 0.13 0.10 0.14 0.15 0.15 0.11 0.18 0.12 0.04 0.17 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.21 0.06 0.10
C2 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.13 0.07 0.20 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.04 0.09
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.03 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.13 0.08 0.04
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.03 0.07
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.13 0.09 0.06
C5' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.10 0.05 0.11 0.10 0.10 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.12 0.10 0.14 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.21 0.08 0.10
N1 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.13 0.07 0.19 0.10
N3 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.04 0.12 0.09 0.15 0.07
N6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.11 0.15 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.18 0.08 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.18 0.04 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.07 0.11
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.04 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.06 0.10
O5' 0.04 0.13 0.03 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.10 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.21 0.07 0.21 0.16 0.13 0.15 0.13 0.05 0.10 0.21 0.07 0.09 0.11 0.18 0.18 0.22 0.16 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.20 0.04 0.03 0.08 0.03 0.09 0.06 0.14 0.08 0.19 0.15 0.15 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.09 0.06 0.04 0.07 0.06 0.00 0.07 0.10 0.10 0.07 0.09 0.09 0.07 0.11 0.05 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00