ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54744

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N3 A 0, -0.002, 0.019, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.015, 0.044, 0.073, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.044 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.011, 0.049, 0.088, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.058, 0.113, 0.167, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.113 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.038, 0.105, 0.173, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.105 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.060, 0.136, 0.211, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.136 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.101, 0.207, 0.314, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.207 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.092, 0.210, 0.329, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.210 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.135, 0.292, 0.450, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.292 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.164, 0.384, 0.603, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.384 std_dev=0.220
P B 0, 0.226, 0.540, 0.853, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.540 std_dev=0.313
OP2 B 0, 0.340, 0.730, 1.120, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.730 std_dev=0.390
O5' B 0, 0.202, 0.674, 1.146, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.674 std_dev=0.472
C6 B 0, -0.063, 0.566, 1.195, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.566 std_dev=0.629
OP1 B 0, 0.250, 0.887, 1.525, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.887 std_dev=0.638
N6 B 0, -0.063, 0.617, 1.297, 2.092 max_d=2.092 avg_d=0.617 std_dev=0.680
N1 B 0, -0.176, 0.629, 1.434, 2.405 max_d=2.405 avg_d=0.629 std_dev=0.805
C5 B 0, -0.139, 0.670, 1.479, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.670 std_dev=0.809
O5' A 0, 0.010, 0.827, 1.644, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.827 std_dev=0.817
P A 0, 0.191, 1.077, 1.963, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.077 std_dev=0.886
C5' B 0, -0.090, 0.873, 1.836, 2.958 max_d=2.958 avg_d=0.873 std_dev=0.963
C2 B 0, -0.265, 0.708, 1.681, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.708 std_dev=0.973
C4 B 0, -0.300, 0.759, 1.819, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.759 std_dev=1.060
N7 B 0, -0.232, 0.849, 1.929, 3.219 max_d=3.219 avg_d=0.849 std_dev=1.080
N3 B 0, -0.332, 0.778, 1.889, 3.244 max_d=3.244 avg_d=0.778 std_dev=1.110
OP1 A 0, 0.194, 1.381, 2.567, 3.860 max_d=3.860 avg_d=1.381 std_dev=1.186
OP2 A 0, 0.262, 1.462, 2.662, 3.942 max_d=3.942 avg_d=1.462 std_dev=1.200
N9 B 0, -0.474, 0.963, 2.401, 4.159 max_d=4.159 avg_d=0.963 std_dev=1.438
C8 B 0, -0.426, 1.013, 2.452, 4.200 max_d=4.200 avg_d=1.013 std_dev=1.439
O4' B 0, -0.622, 1.015, 2.651, 4.662 max_d=4.662 avg_d=1.015 std_dev=1.637
C4' B 0, -0.516, 1.144, 2.804, 4.826 max_d=4.826 avg_d=1.144 std_dev=1.660
C1' B 0, -0.688, 1.186, 3.060, 5.360 max_d=5.360 avg_d=1.186 std_dev=1.874
C2' B 0, -0.643, 1.417, 3.477, 5.987 max_d=5.987 avg_d=1.417 std_dev=2.060
C3' B 0, -0.661, 1.492, 3.644, 6.261 max_d=6.261 avg_d=1.492 std_dev=2.153
O2' B 0, -0.747, 1.926, 4.599, 7.827 max_d=7.827 avg_d=1.926 std_dev=2.673
O3' B 0, -1.056, 2.045, 5.145, 8.929 max_d=8.929 avg_d=2.045 std_dev=3.100

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.19 0.11 0.15 0.09
C2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.08 0.01 0.42 0.25 0.47 0.28
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.26 0.31 0.16 0.17
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.07 0.06 0.08 0.01 0.00 0.03 0.33 0.47 0.12 0.24
C4 0.03 0.03 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.06 0.02 0.58 0.36 0.72 0.44
C4' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.19 0.15 0.02
C5 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.60 0.35 0.69 0.44
C5' 0.01 0.06 0.03 0.04 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.07 0.09 0.06 0.03 0.06 0.01 0.02 0.32 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.51 0.27 0.50 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.39 0.22 0.38 0.24
N3 0.03 0.03 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.06 0.09 0.02 0.51 0.32 0.62 0.37
N4 0.04 0.04 0.06 0.06 0.01 0.04 0.02 0.09 0.03 0.04 0.02 0.00 0.07 0.05 0.07 0.02 0.62 0.40 0.82 0.49
O2 0.00 0.02 0.07 0.08 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.07 0.00 0.05 0.10 0.01 0.34 0.21 0.38 0.22
O2' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.05 0.05 0.00 0.08 0.04 0.08 0.20 0.04 0.05
O3' 0.04 0.08 0.05 0.00 0.06 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04 0.09 0.07 0.10 0.08 0.00 0.03 0.23 0.55 0.07 0.22
O4' 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.10 0.10
O5' 0.19 0.42 0.26 0.33 0.58 0.03 0.60 0.02 0.51 0.39 0.51 0.62 0.34 0.08 0.23 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02
OP1 0.11 0.25 0.31 0.47 0.36 0.19 0.35 0.32 0.27 0.22 0.32 0.40 0.21 0.20 0.55 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.15 0.47 0.16 0.12 0.72 0.15 0.69 0.30 0.50 0.38 0.62 0.82 0.38 0.04 0.07 0.10 0.04 0.04 0.00 0.00
P 0.09 0.28 0.17 0.24 0.44 0.02 0.44 0.01 0.33 0.24 0.37 0.49 0.22 0.05 0.22 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.82 0.39 1.22 1.44 0.35 0.71 0.26 0.19 0.25 0.79 0.60 0.08 0.41 0.57 0.69 1.25 1.77 0.49 0.25 0.69 0.25 0.17
C2 0.16 0.71 0.52 0.81 0.19 0.17 0.18 0.26 0.54 0.33 0.81 0.43 0.56 0.24 0.13 0.47 0.94 0.12 0.15 0.61 0.31 0.19
C2' 0.82 0.38 1.31 1.58 0.29 0.78 0.16 0.29 0.33 0.72 0.61 0.06 0.53 0.47 0.64 1.39 2.00 0.48 0.30 0.63 0.27 0.20
C3' 1.05 0.38 1.57 1.85 0.40 1.03 0.27 0.46 0.26 0.93 0.59 0.11 0.44 0.63 0.83 1.73 2.39 0.71 0.39 0.61 0.22 0.18
C4 0.25 1.03 0.11 0.37 0.53 0.25 0.32 0.43 0.58 0.26 0.93 0.87 0.38 0.25 0.20 0.14 0.39 0.45 0.22 0.51 0.34 0.16
C4' 1.33 0.19 1.82 2.01 0.65 1.21 0.48 0.52 0.09 1.14 0.42 0.36 0.27 0.82 1.09 2.01 2.58 0.96 0.45 0.66 0.17 0.12
C5 0.22 1.02 0.43 0.74 0.22 0.18 0.04 0.26 0.41 0.75 0.89 0.73 0.26 0.62 0.27 0.40 0.81 0.06 0.12 0.60 0.29 0.15
C5' 1.58 0.18 2.07 2.26 0.77 1.47 0.60 0.72 0.12 1.34 0.37 0.42 0.20 0.98 1.27 2.35 2.96 1.22 0.57 0.65 0.17 0.14
C6 0.62 0.83 0.90 1.19 0.11 0.52 0.19 0.15 0.33 0.91 0.82 0.39 0.29 0.71 0.59 0.87 1.36 0.35 0.20 0.67 0.25 0.16
N1 0.54 0.67 0.89 1.15 0.10 0.46 0.12 0.16 0.38 0.69 0.78 0.26 0.43 0.53 0.47 0.85 1.36 0.24 0.18 0.67 0.27 0.18
N3 0.21 0.89 0.17 0.47 0.47 0.19 0.38 0.40 0.64 0.15 0.89 0.71 0.52 0.13 0.21 0.16 0.51 0.42 0.21 0.54 0.33 0.19
N4 0.68 1.10 0.41 0.17 0.79 0.63 0.50 0.62 0.60 0.13 0.91 1.06 0.33 0.06 0.57 0.48 0.24 0.86 0.39 0.39 0.38 0.16
O2 0.14 0.55 0.54 0.83 0.16 0.17 0.21 0.27 0.52 0.20 0.69 0.31 0.63 0.13 0.08 0.49 0.98 0.14 0.17 0.63 0.31 0.22
O2' 0.89 0.18 1.39 1.62 0.38 0.84 0.20 0.29 0.27 0.69 0.46 0.23 0.53 0.43 0.68 1.50 2.08 0.54 0.30 0.63 0.26 0.17
O3' 1.11 0.31 1.67 1.95 0.43 1.11 0.26 0.54 0.25 0.92 0.54 0.18 0.46 0.60 0.85 1.89 2.58 0.75 0.42 0.56 0.21 0.17
O4' 1.20 0.23 1.60 1.74 0.63 1.00 0.50 0.33 0.09 1.10 0.43 0.32 0.23 0.83 1.03 1.68 2.15 0.83 0.36 0.72 0.20 0.14
O5' 1.78 0.28 2.14 2.52 0.88 1.84 0.79 1.20 0.18 1.69 0.38 0.37 0.13 1.31 1.50 2.29 3.21 1.58 1.16 0.10 0.73 0.59
OP1 1.61 0.54 1.86 2.23 0.60 1.82 0.52 1.21 0.09 1.45 0.61 0.09 0.19 1.05 1.25 2.20 3.21 1.53 1.07 0.12 0.59 0.50
OP2 1.82 0.37 2.00 2.48 0.87 2.05 0.88 1.64 0.26 1.90 0.35 0.27 0.23 1.51 1.57 2.19 3.14 1.77 1.50 0.44 0.91 0.89
P 1.74 0.44 2.02 2.46 0.74 1.93 0.68 1.32 0.07 1.65 0.49 0.20 0.05 1.24 1.42 2.26 3.32 1.64 1.18 0.11 0.64 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.24 0.02 0.05 0.06 0.11 0.09
C2 0.03 0.00 0.11 0.20 0.03 0.49 0.01 1.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.08 0.35 0.89 1.55 0.74 0.99
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.20 0.08 0.12 0.07 0.12 0.09 0.11 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.14 0.12 0.04
C3' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.03 0.03 0.19 0.04 0.12 0.39 0.05 0.22 0.20 0.37 0.17 0.01 0.01 0.03 0.23 0.14 0.24 0.13
C4 0.01 0.03 0.07 0.03 0.00 0.19 0.01 0.54 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.05 0.18 0.29 0.63 0.09 0.25
C4' 0.01 0.49 0.02 0.03 0.19 0.00 0.07 0.02 0.18 0.30 0.37 0.46 0.12 0.19 0.05 0.25 0.06 0.00 0.06 0.06 0.14 0.11
C5 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.07 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.06 0.11 0.09 0.39 0.29 0.10
C5' 0.11 1.11 0.20 0.04 0.54 0.02 0.33 0.00 0.56 0.35 0.91 1.01 0.44 0.18 0.12 0.04 0.16 0.03 0.01 0.07 0.04 0.03
C6 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.18 0.01 0.56 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.07 0.18 0.31 0.79 0.12 0.27
C8 0.02 0.02 0.12 0.39 0.00 0.30 0.01 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.06 0.17 0.65 0.53 0.93 0.81
N1 0.02 0.00 0.07 0.05 0.02 0.37 0.01 0.91 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.28 0.68 1.33 0.49 0.74
N3 0.02 0.01 0.12 0.22 0.00 0.46 0.00 1.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.13 0.33 0.78 1.27 0.61 0.83
N6 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.12 0.01 0.44 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.20 0.12 0.15 0.17 0.63 0.26 0.12
N7 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.19 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.20 0.11 0.08 0.48 0.31 0.88 0.68
N9 0.01 0.03 0.07 0.17 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.06 0.01 0.14 0.08 0.32 0.22
O2' 0.06 0.11 0.01 0.01 0.14 0.25 0.18 0.04 0.18 0.19 0.14 0.11 0.20 0.20 0.14 0.00 0.07 0.17 0.18 0.09 0.19 0.12
O3' 0.24 0.08 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.16 0.07 0.06 0.01 0.13 0.12 0.11 0.06 0.07 0.00 0.22 0.25 0.36 0.22 0.18
O4' 0.02 0.35 0.03 0.03 0.18 0.00 0.11 0.03 0.18 0.17 0.28 0.33 0.15 0.08 0.01 0.17 0.22 0.00 0.06 0.05 0.08 0.07
O5' 0.05 0.89 0.05 0.23 0.29 0.06 0.09 0.01 0.31 0.65 0.68 0.78 0.17 0.48 0.14 0.18 0.25 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.06 1.55 0.14 0.14 0.63 0.06 0.39 0.07 0.79 0.53 1.33 1.27 0.63 0.31 0.08 0.09 0.36 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.74 0.12 0.24 0.09 0.14 0.29 0.04 0.12 0.93 0.49 0.61 0.26 0.88 0.32 0.19 0.22 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.99 0.04 0.13 0.25 0.11 0.10 0.03 0.27 0.81 0.74 0.83 0.12 0.68 0.22 0.12 0.18 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00