ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54745

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.022, 0.076, 0.131, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.076 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.033, 0.099, 0.166, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.099 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.031, 0.130, 0.229, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.130 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.033, 0.136, 0.239, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.136 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.044, 0.149, 0.253, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.149 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.065, 0.246, 0.427, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.246 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.040, 0.236, 0.433, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.236 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.090, 0.299, 0.507, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.299 std_dev=0.208
P B 0, 0.217, 0.465, 0.713, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.465 std_dev=0.248
O5' B 0, 0.245, 0.503, 0.762, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.503 std_dev=0.258
P A 0, 0.133, 0.439, 0.745, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.439 std_dev=0.306
OP1 A 0, 0.165, 0.489, 0.813, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.489 std_dev=0.324
OP2 B 0, 0.210, 0.536, 0.861, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.536 std_dev=0.326
O3' B 0, 0.335, 0.683, 1.031, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.683 std_dev=0.348
OP2 A 0, 0.131, 0.483, 0.836, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.483 std_dev=0.352
OP1 B 0, 0.244, 0.630, 1.016, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.630 std_dev=0.386
C3' B 0, 0.326, 0.713, 1.099, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.713 std_dev=0.386
C2' B 0, 0.349, 0.750, 1.151, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.750 std_dev=0.401
N9 B 0, 0.338, 0.835, 1.333, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.835 std_dev=0.498
C4 B 0, 0.324, 0.834, 1.343, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.834 std_dev=0.509
O2' B 0, 0.363, 0.873, 1.383, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.873 std_dev=0.510
C1' B 0, 0.322, 0.837, 1.351, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.837 std_dev=0.514
N3 B 0, 0.300, 0.815, 1.329, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.815 std_dev=0.515
C8 B 0, 0.357, 0.872, 1.387, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.872 std_dev=0.515
N7 B 0, 0.355, 0.889, 1.424, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.889 std_dev=0.534
C5 B 0, 0.338, 0.876, 1.413, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.876 std_dev=0.537
C2 B 0, 0.291, 0.854, 1.418, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.854 std_dev=0.563
O4' B 0, 0.250, 0.822, 1.394, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.822 std_dev=0.572
C4' B 0, 0.223, 0.798, 1.373, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.798 std_dev=0.575
C6 B 0, 0.333, 0.917, 1.501, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.917 std_dev=0.584
N1 B 0, 0.307, 0.910, 1.513, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.910 std_dev=0.603
N6 B 0, 0.353, 0.976, 1.600, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.976 std_dev=0.624
C5' B 0, 0.157, 1.021, 1.884, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.021 std_dev=0.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.11 0.10 0.06 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04
C3' 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.14 0.11 0.05 0.09
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.13 0.10 0.07 0.08
C5' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.09 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.11 0.09 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.10 0.09 0.02 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.13 0.11 0.06 0.10
N4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.14 0.12 0.07 0.10
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.13 0.02 0.10 0.09 0.08 0.08
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.03 0.08 0.04 0.03 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.08 0.07
O3' 0.07 0.10 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.10 0.08 0.13 0.02 0.00 0.02 0.03 0.11 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04
O5' 0.04 0.11 0.04 0.02 0.14 0.00 0.13 0.01 0.11 0.10 0.13 0.14 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.10 0.03 0.09 0.11 0.05 0.10 0.05 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.04 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.04 0.04 0.09 0.00 0.08 0.01 0.06 0.06 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.31 0.18 0.29 0.38 0.37 0.43 0.69 0.42 0.48 0.36 0.31 0.46 0.49 0.40 0.05 0.13 0.39 0.20 0.23 0.27 0.12
C2 0.43 0.37 0.25 0.37 0.45 0.50 0.51 0.84 0.48 0.57 0.42 0.38 0.52 0.57 0.49 0.06 0.19 0.52 0.15 0.43 0.31 0.23
C2' 0.29 0.24 0.17 0.27 0.31 0.32 0.35 0.61 0.33 0.41 0.28 0.24 0.37 0.41 0.34 0.03 0.13 0.34 0.27 0.15 0.20 0.05
C3' 0.30 0.27 0.18 0.29 0.33 0.32 0.39 0.62 0.38 0.44 0.31 0.27 0.42 0.45 0.36 0.04 0.14 0.34 0.22 0.15 0.27 0.09
C4 0.38 0.34 0.20 0.32 0.43 0.45 0.49 0.84 0.47 0.56 0.40 0.34 0.52 0.57 0.47 0.09 0.10 0.48 0.12 0.51 0.31 0.27
C4' 0.29 0.30 0.17 0.27 0.35 0.30 0.41 0.60 0.41 0.45 0.35 0.29 0.46 0.47 0.37 0.09 0.12 0.33 0.19 0.12 0.30 0.10
C5 0.28 0.29 0.13 0.24 0.36 0.30 0.43 0.68 0.42 0.49 0.35 0.28 0.47 0.50 0.38 0.16 0.05 0.35 0.14 0.39 0.30 0.19
C5' 0.28 0.31 0.18 0.29 0.35 0.27 0.42 0.55 0.42 0.45 0.36 0.30 0.47 0.47 0.37 0.08 0.14 0.31 0.17 0.07 0.34 0.10
C6 0.28 0.29 0.14 0.24 0.35 0.30 0.42 0.65 0.41 0.47 0.34 0.27 0.46 0.49 0.37 0.13 0.06 0.34 0.18 0.28 0.29 0.14
N1 0.34 0.32 0.18 0.30 0.39 0.39 0.45 0.73 0.43 0.50 0.37 0.32 0.48 0.52 0.42 0.06 0.12 0.42 0.17 0.32 0.29 0.17
N3 0.45 0.38 0.26 0.38 0.47 0.54 0.52 0.89 0.50 0.59 0.43 0.39 0.54 0.59 0.51 0.05 0.18 0.55 0.14 0.50 0.31 0.27
N4 0.41 0.36 0.20 0.32 0.45 0.50 0.52 0.89 0.49 0.59 0.42 0.35 0.54 0.60 0.50 0.11 0.08 0.53 0.14 0.57 0.31 0.32
O2 0.48 0.40 0.30 0.41 0.48 0.55 0.53 0.87 0.51 0.59 0.44 0.41 0.54 0.59 0.52 0.11 0.24 0.56 0.15 0.43 0.31 0.24
O2' 0.28 0.19 0.15 0.24 0.27 0.32 0.31 0.59 0.28 0.37 0.22 0.20 0.31 0.37 0.31 0.02 0.12 0.33 0.33 0.16 0.13 0.06
O3' 0.27 0.24 0.13 0.25 0.31 0.31 0.36 0.62 0.35 0.42 0.28 0.24 0.39 0.43 0.34 0.07 0.11 0.33 0.25 0.15 0.25 0.07
O4' 0.28 0.30 0.14 0.24 0.35 0.29 0.41 0.61 0.41 0.45 0.35 0.29 0.45 0.47 0.37 0.12 0.08 0.33 0.20 0.14 0.27 0.09
O5' 0.30 0.31 0.23 0.33 0.36 0.30 0.42 0.55 0.41 0.45 0.36 0.30 0.46 0.47 0.38 0.06 0.19 0.32 0.16 0.09 0.33 0.11
OP1 0.17 0.20 0.13 0.22 0.23 0.13 0.29 0.32 0.30 0.30 0.25 0.19 0.34 0.34 0.24 0.10 0.12 0.17 0.21 0.14 0.26 0.03
OP2 0.14 0.13 0.11 0.18 0.16 0.12 0.19 0.27 0.19 0.22 0.15 0.14 0.22 0.24 0.18 0.11 0.10 0.16 0.33 0.17 0.14 0.12
P 0.19 0.22 0.15 0.24 0.25 0.17 0.31 0.38 0.31 0.33 0.26 0.21 0.35 0.36 0.26 0.08 0.14 0.20 0.22 0.09 0.26 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.30 0.32 0.20 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.17 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.15 0.01 0.42 0.35 0.08 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.23 0.30 0.16 0.07
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.03 0.08 0.04 0.14 0.17 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.24 0.36 0.15 0.12
C4 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.47 0.37 0.07 0.24
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.27 0.34 0.08
C5 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.08 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.02 0.56 0.38 0.06 0.31
C5' 0.04 0.23 0.02 0.03 0.21 0.00 0.25 0.00 0.27 0.18 0.27 0.20 0.29 0.24 0.15 0.02 0.03 0.01 0.00 0.44 0.39 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.06 0.02 0.56 0.38 0.08 0.32
C8 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.61 0.40 0.04 0.33
N1 0.02 0.00 0.05 0.14 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.12 0.01 0.49 0.36 0.06 0.27
N3 0.02 0.00 0.07 0.17 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.14 0.01 0.38 0.35 0.11 0.19
N6 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.09 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.04 0.02 0.60 0.39 0.13 0.36
N7 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.63 0.40 0.09 0.37
N9 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.48 0.37 0.09 0.23
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.13 0.04 0.14 0.12 0.13 0.07 0.05 0.00 0.04 0.04 0.03 0.16 0.30 0.12
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.12 0.14 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.25 0.21 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.23 0.31 0.29 0.10
O5' 0.30 0.42 0.23 0.24 0.47 0.01 0.56 0.00 0.56 0.61 0.49 0.38 0.60 0.63 0.48 0.03 0.06 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.32 0.35 0.30 0.36 0.37 0.27 0.38 0.44 0.38 0.40 0.36 0.35 0.39 0.40 0.37 0.16 0.25 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.08 0.16 0.15 0.07 0.34 0.06 0.39 0.08 0.04 0.06 0.11 0.13 0.09 0.09 0.30 0.21 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.22 0.07 0.12 0.24 0.08 0.31 0.01 0.32 0.33 0.27 0.19 0.36 0.37 0.23 0.12 0.05 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00