ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54746

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.018, 0.116, 0.214, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.116 std_dev=0.098
O4' A 0, -0.013, 0.090, 0.193, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.090 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.035, 0.152, 0.270, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.152 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.073, 0.195, 0.318, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.195 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.066, 0.208, 0.351, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.208 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.122, 0.319, 0.515, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.319 std_dev=0.196
C5' A 0, 0.034, 0.261, 0.489, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.261 std_dev=0.227
O5' A 0, 0.108, 0.372, 0.636, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.372 std_dev=0.264
O3' B 0, 0.147, 0.524, 0.900, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.524 std_dev=0.376
C5' B 0, 0.076, 0.456, 0.835, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.456 std_dev=0.379
P A 0, 0.120, 0.503, 0.886, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.503 std_dev=0.383
OP1 B 0, 0.040, 0.432, 0.824, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.432 std_dev=0.392
OP2 B 0, 0.218, 0.628, 1.038, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.628 std_dev=0.410
OP1 A 0, 0.128, 0.544, 0.960, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.544 std_dev=0.416
C4' B 0, 0.053, 0.480, 0.908, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.480 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.082, 0.528, 0.975, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.528 std_dev=0.446
P B 0, 0.078, 0.529, 0.980, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.529 std_dev=0.451
O5' B 0, 0.120, 0.588, 1.056, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.588 std_dev=0.468
OP2 A 0, 0.109, 0.587, 1.065, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.587 std_dev=0.478
O2' B 0, 0.097, 0.582, 1.067, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.582 std_dev=0.485
C2' B 0, 0.056, 0.580, 1.105, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.580 std_dev=0.524
O4' B 0, 0.010, 0.540, 1.070, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.540 std_dev=0.530
C1' B 0, 0.025, 0.609, 1.193, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.609 std_dev=0.584
N9 B 0, 0.040, 0.716, 1.391, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.716 std_dev=0.675
N3 B 0, 0.051, 0.763, 1.475, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.763 std_dev=0.712
C4 B 0, 0.063, 0.786, 1.510, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.786 std_dev=0.724
C8 B 0, 0.060, 0.791, 1.522, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.791 std_dev=0.731
C2 B 0, 0.095, 0.884, 1.672, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.884 std_dev=0.788
C5 B 0, 0.117, 0.913, 1.710, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.913 std_dev=0.797
N7 B 0, 0.114, 0.912, 1.710, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.912 std_dev=0.798
N1 B 0, 0.150, 1.011, 1.873, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.011 std_dev=0.862
C6 B 0, 0.161, 1.029, 1.896, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.029 std_dev=0.867
N6 B 0, 0.215, 1.162, 2.110, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.162 std_dev=0.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.11 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.12 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.13 0.05 0.05
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.12 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.10 0.04 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.11 0.08 0.06
N4 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.12 0.06 0.05
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.05 0.11 0.09 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.08 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.14 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.03
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.11 0.04 0.01 0.12 0.02 0.13 0.02 0.12 0.10 0.11 0.12 0.11 0.03 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.08 0.08 0.10 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.08 0.06 0.09 0.08 0.14 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.06 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.06 0.07 0.07 0.05
C2 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.12 0.11 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03
C2' 0.05 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.09 0.04 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06
C3' 0.07 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.12 0.03 0.06 0.09 0.05 0.04 0.05
C4 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.11 0.13 0.07 0.07 0.09 0.04 0.05
C4' 0.05 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.03 0.08 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.12 0.02 0.03 0.08 0.05 0.06 0.04
C5 0.12 0.11 0.10 0.09 0.11 0.13 0.10 0.15 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.10 0.11 0.05 0.07
C5' 0.04 0.05 0.06 0.02 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.11 0.02 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04
C6 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.12 0.09 0.15 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10 0.06 0.06
N1 0.04 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.10 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.09 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05
N3 0.05 0.05 0.09 0.07 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.13 0.14 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03
N4 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.12 0.15 0.08 0.07 0.10 0.05 0.05
O2 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.15 0.12 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02
O2' 0.07 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.11 0.03 0.07 0.09 0.08 0.06 0.06
O3' 0.10 0.06 0.11 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.15 0.03 0.08 0.09 0.05 0.02 0.05
O4' 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.10 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.09 0.03 0.03 0.06 0.07 0.08 0.04
O5' 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04 0.04
OP1 0.03 0.04 0.07 0.02 0.03 0.08 0.04 0.14 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.10 0.01 0.05 0.06 0.08 0.15 0.08
OP2 0.15 0.05 0.15 0.06 0.09 0.06 0.07 0.03 0.04 0.13 0.04 0.07 0.03 0.10 0.12 0.24 0.01 0.10 0.07 0.06 0.09 0.04
P 0.05 0.03 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.06 0.08 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.08 0.09 0.08 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.10 0.11 0.10 0.09
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.06 0.08 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.09 0.08 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04 0.10 0.06
N6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.11 0.14 0.12 0.11
N7 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.08 0.10 0.07 0.06
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.03
O2' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.02 0.08 0.07 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.12 0.12 0.07 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.07 0.05
O5' 0.04 0.08 0.02 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.06 0.09 0.08 0.11 0.08 0.06 0.03 0.12 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.09 0.06 0.11 0.08 0.08 0.04 0.14 0.10 0.05 0.05 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.04 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.10 0.05 0.10 0.10 0.12 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.04 0.08 0.06 0.11 0.06 0.03 0.03 0.10 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00