ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54747

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2' A 0, -0.019, 0.077, 0.172, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.077 std_dev=0.096
O4' A 0, -0.024, 0.075, 0.174, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.075 std_dev=0.099
C3' B 0, 0.039, 0.142, 0.245, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.142 std_dev=0.103
C4' A 0, -0.009, 0.099, 0.206, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.099 std_dev=0.108
O3' B 0, 0.037, 0.154, 0.271, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.154 std_dev=0.117
O2' A 0, -0.017, 0.109, 0.234, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.109 std_dev=0.126
C3' A 0, -0.018, 0.126, 0.271, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.126 std_dev=0.145
O4' B 0, 0.001, 0.190, 0.380, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.190 std_dev=0.189
C5' A 0, -0.020, 0.180, 0.381, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.180 std_dev=0.200
O3' A 0, -0.032, 0.182, 0.396, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.182 std_dev=0.214
C1' B 0, -0.056, 0.175, 0.405, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.175 std_dev=0.230
C4' B 0, -0.034, 0.208, 0.451, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.208 std_dev=0.243
C2' B 0, -0.007, 0.253, 0.514, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.253 std_dev=0.260
OP2 A 0, 0.002, 0.269, 0.537, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.269 std_dev=0.268
N9 B 0, -0.084, 0.187, 0.459, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.187 std_dev=0.271
C8 B 0, -0.076, 0.202, 0.481, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.202 std_dev=0.278
C4 B 0, -0.091, 0.208, 0.508, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.208 std_dev=0.300
N3 B 0, -0.086, 0.225, 0.537, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.225 std_dev=0.311
N7 B 0, -0.084, 0.228, 0.539, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.228 std_dev=0.312
O5' B 0, 0.020, 0.335, 0.649, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.335 std_dev=0.315
C5 B 0, -0.091, 0.228, 0.547, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.228 std_dev=0.319
C2 B 0, -0.086, 0.247, 0.581, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.247 std_dev=0.334
C6 B 0, -0.087, 0.259, 0.604, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.259 std_dev=0.345
P A 0, -0.086, 0.261, 0.607, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.261 std_dev=0.347
N1 B 0, -0.085, 0.264, 0.613, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.264 std_dev=0.349
N6 B 0, -0.074, 0.297, 0.668, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.297 std_dev=0.371
O5' A 0, -0.104, 0.284, 0.671, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.284 std_dev=0.387
P B 0, -0.108, 0.285, 0.678, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.285 std_dev=0.393
C5' B 0, -0.033, 0.368, 0.769, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.368 std_dev=0.401
OP2 B 0, -0.111, 0.350, 0.811, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.350 std_dev=0.461
O2' B 0, -0.101, 0.379, 0.858, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.379 std_dev=0.480
OP1 B 0, -0.108, 0.391, 0.889, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.391 std_dev=0.498
OP1 A 0, -0.169, 0.362, 0.892, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.362 std_dev=0.530

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.25 0.09 0.09
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.16 0.17 0.07 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.26 0.05 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.22 0.01 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.17 0.19 0.11 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.02 0.05
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.13 0.28 0.15 0.09
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.05 0.05 0.08 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.10 0.33 0.16 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.25 0.11 0.08
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.18 0.15 0.08 0.02
N4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.18 0.16 0.12 0.03
O2 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.06 0.16 0.14 0.06 0.03
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.04 0.10 0.00 0.04 0.02 0.03 0.23 0.02 0.06
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.04 0.19 0.05 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.07 0.24 0.09 0.09
O5' 0.07 0.16 0.02 0.02 0.17 0.01 0.13 0.00 0.10 0.12 0.18 0.18 0.16 0.03 0.04 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.25 0.17 0.26 0.22 0.19 0.18 0.28 0.07 0.33 0.25 0.15 0.16 0.14 0.23 0.19 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.07 0.05 0.01 0.11 0.02 0.15 0.05 0.16 0.11 0.08 0.12 0.06 0.02 0.05 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.03 0.08 0.06 0.04 0.05 0.09 0.01 0.12 0.08 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.02 0.17 0.05 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.14 0.02 0.02 0.09 0.15 0.10 0.17 0.07 0.07 0.36 0.02 0.05 0.06
C2 0.02 0.15 0.17 0.05 0.04 0.07 0.02 0.17 0.09 0.07 0.16 0.10 0.09 0.06 0.02 0.21 0.07 0.05 0.38 0.03 0.06 0.10
C2' 0.08 0.03 0.15 0.05 0.09 0.06 0.12 0.07 0.10 0.14 0.04 0.05 0.12 0.15 0.11 0.14 0.08 0.07 0.35 0.05 0.04 0.04
C3' 0.12 0.07 0.19 0.09 0.13 0.09 0.15 0.08 0.13 0.17 0.09 0.10 0.14 0.18 0.15 0.15 0.12 0.11 0.36 0.04 0.06 0.08
C4 0.03 0.14 0.18 0.06 0.05 0.08 0.03 0.19 0.08 0.09 0.14 0.10 0.06 0.07 0.03 0.22 0.07 0.06 0.37 0.15 0.04 0.06
C4' 0.11 0.04 0.19 0.08 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.16 0.05 0.07 0.11 0.16 0.13 0.16 0.10 0.10 0.36 0.10 0.07 0.10
C5 0.10 0.03 0.18 0.06 0.09 0.09 0.11 0.13 0.06 0.17 0.01 0.02 0.06 0.16 0.12 0.18 0.08 0.09 0.35 0.21 0.03 0.02
C5' 0.17 0.10 0.24 0.14 0.17 0.17 0.18 0.17 0.15 0.21 0.10 0.13 0.14 0.21 0.19 0.20 0.15 0.17 0.39 0.22 0.15 0.18
C6 0.10 0.02 0.18 0.06 0.11 0.08 0.15 0.10 0.11 0.17 0.04 0.05 0.11 0.18 0.14 0.17 0.08 0.09 0.34 0.13 0.04 0.02
N1 0.07 0.05 0.17 0.05 0.05 0.08 0.09 0.13 0.04 0.13 0.04 0.01 0.05 0.14 0.09 0.18 0.07 0.07 0.36 0.05 0.05 0.06
N3 0.02 0.19 0.17 0.05 0.09 0.07 0.09 0.20 0.16 0.04 0.21 0.14 0.15 0.03 0.03 0.24 0.07 0.05 0.38 0.06 0.06 0.10
N4 0.02 0.16 0.20 0.06 0.10 0.09 0.08 0.22 0.11 0.05 0.15 0.14 0.10 0.03 0.04 0.27 0.08 0.06 0.35 0.20 0.04 0.06
O2 0.01 0.17 0.16 0.05 0.06 0.07 0.06 0.18 0.13 0.05 0.19 0.11 0.14 0.03 0.01 0.22 0.07 0.05 0.39 0.02 0.07 0.12
O2' 0.06 0.04 0.14 0.04 0.06 0.04 0.08 0.06 0.06 0.11 0.03 0.03 0.09 0.12 0.08 0.13 0.07 0.05 0.34 0.05 0.04 0.04
O3' 0.12 0.09 0.17 0.09 0.13 0.09 0.14 0.07 0.12 0.16 0.09 0.11 0.12 0.16 0.14 0.13 0.12 0.11 0.36 0.04 0.07 0.08
O4' 0.07 0.02 0.17 0.05 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.14 0.01 0.02 0.09 0.15 0.10 0.16 0.06 0.07 0.34 0.07 0.05 0.08
O5' 0.21 0.10 0.29 0.19 0.20 0.21 0.22 0.20 0.17 0.28 0.11 0.14 0.17 0.27 0.24 0.23 0.19 0.21 0.43 0.31 0.17 0.23
OP1 0.13 0.29 0.16 0.13 0.19 0.06 0.17 0.03 0.22 0.10 0.28 0.24 0.21 0.12 0.13 0.16 0.11 0.11 0.15 0.16 0.05 0.06
OP2 0.05 0.08 0.13 0.10 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.07 0.03 0.02 0.03 0.11 0.08 0.05 0.16 0.16 0.05 0.05
P 0.04 0.08 0.16 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.07 0.06 0.03 0.07 0.05 0.10 0.03 0.04 0.23 0.21 0.08 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.12 0.34 0.02 0.07
C2 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.07 0.16 0.39 0.13 0.15
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.06 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.10 0.35 0.09 0.13
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.12 0.34 0.07 0.13
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.21 0.35 0.05 0.08
C4' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.26 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.27 0.29 0.03 0.03
C5' 0.02 0.12 0.07 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.14 0.06 0.12 0.05 0.13 0.06 0.06 0.06 0.02 0.00 0.11 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.27 0.28 0.05 0.05
C8 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.08 0.05 0.27 0.25 0.05 0.03
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.22 0.33 0.10 0.10
N3 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.08 0.15 0.41 0.12 0.15
N6 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01 0.29 0.24 0.03 0.02
N7 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.03 0.30 0.23 0.05 0.03
N9 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.21 0.32 0.02 0.04
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.11 0.09 0.06 0.07 0.19 0.03 0.07 0.11 0.18 0.07 0.00 0.04 0.05 0.05 0.36 0.08 0.13
O3' 0.08 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.04 0.00 0.03 0.18 0.31 0.06 0.13
O4' 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.15 0.33 0.02 0.08
O5' 0.12 0.16 0.10 0.12 0.21 0.01 0.27 0.00 0.27 0.27 0.22 0.15 0.29 0.30 0.21 0.05 0.18 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.34 0.39 0.35 0.34 0.35 0.26 0.29 0.11 0.28 0.25 0.33 0.41 0.24 0.23 0.32 0.36 0.31 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.13 0.09 0.07 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.10 0.12 0.03 0.05 0.02 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.15 0.13 0.13 0.08 0.05 0.03 0.01 0.05 0.03 0.10 0.15 0.02 0.03 0.04 0.13 0.13 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00