ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54748

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.016, 0.042, 0.069, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.017, 0.046, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.046 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.044, 0.112, 0.180, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.112 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.044, 0.163, 0.282, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.163 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.065, 0.211, 0.358, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.211 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.023, 0.174, 0.324, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.174 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.072, 0.343, 0.614, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.343 std_dev=0.271
OP1 B 0, 0.152, 0.425, 0.699, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.425 std_dev=0.273
P B 0, 0.129, 0.405, 0.680, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.405 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.050, 0.328, 0.605, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.328 std_dev=0.277
P A 0, 0.194, 0.516, 0.838, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.516 std_dev=0.322
C3' B 0, 0.200, 0.542, 0.883, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.542 std_dev=0.341
O3' A 0, 0.135, 0.492, 0.849, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.492 std_dev=0.357
OP2 B 0, 0.048, 0.464, 0.879, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.464 std_dev=0.415
C5' A 0, 0.057, 0.516, 0.975, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.516 std_dev=0.459
O5' B 0, 0.248, 0.725, 1.203, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.725 std_dev=0.478
O3' B 0, 0.293, 0.785, 1.276, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.785 std_dev=0.492
OP1 A 0, 0.358, 0.851, 1.345, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.851 std_dev=0.493
C2' B 0, 0.336, 0.842, 1.349, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.842 std_dev=0.506
C5' B 0, 0.389, 0.989, 1.589, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.989 std_dev=0.600
C4' B 0, 0.287, 0.913, 1.538, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.913 std_dev=0.625
O5' A 0, -0.022, 0.631, 1.284, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.631 std_dev=0.653
O2' B 0, 0.416, 1.079, 1.742, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.079 std_dev=0.663
OP2 A 0, 0.169, 0.912, 1.656, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.912 std_dev=0.744
O4' B 0, 0.100, 1.175, 2.251, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.175 std_dev=1.075
C1' B 0, 0.138, 1.236, 2.335, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.236 std_dev=1.098
C8 B 0, -0.044, 1.332, 2.708, 3.637 max_d=3.637 avg_d=1.332 std_dev=1.376
N9 B 0, -0.057, 1.460, 2.977, 4.003 max_d=4.003 avg_d=1.460 std_dev=1.517
N7 B 0, -0.317, 1.816, 3.949, 5.455 max_d=5.455 avg_d=1.816 std_dev=2.133
C4 B 0, -0.313, 2.065, 4.443, 6.113 max_d=6.113 avg_d=2.065 std_dev=2.378
C5 B 0, -0.478, 2.269, 5.016, 6.968 max_d=6.968 avg_d=2.269 std_dev=2.747
N3 B 0, -0.414, 2.453, 5.320, 7.339 max_d=7.339 avg_d=2.453 std_dev=2.867
C6 B 0, -0.770, 2.927, 6.625, 9.271 max_d=9.271 avg_d=2.927 std_dev=3.698
C2 B 0, -0.681, 3.039, 6.760, 9.404 max_d=9.404 avg_d=3.039 std_dev=3.720
N1 B 0, -0.864, 3.297, 7.457, 10.431 max_d=10.431 avg_d=3.297 std_dev=4.160
N6 B 0, -0.964, 3.235, 7.435, 10.454 max_d=10.454 avg_d=3.235 std_dev=4.200

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.24 0.11 0.30 0.12
C2 0.03 0.00 0.05 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.03 0.42 0.08 0.23 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.58 0.31
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.04 0.05 0.11 0.11 0.11 0.01 0.01 0.01 0.15 0.12 0.62 0.38
C4 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.59 0.08 0.30 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.20 0.28 0.13
C5 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.61 0.07 0.36 0.13
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.09 0.06 0.10 0.14 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.28 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.54 0.05 0.25 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.42 0.07 0.23 0.06
N3 0.03 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.51 0.07 0.22 0.06
N4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.02 0.63 0.10 0.37 0.16
O2 0.05 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.06 0.33 0.11 0.28 0.11
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.04 0.07 0.13 0.58 0.29
O3' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.11 0.03 0.08 0.04 0.05 0.05 0.11 0.13 0.11 0.03 0.00 0.02 0.35 0.13 0.77 0.44
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.00 0.27 0.18 0.19 0.04
O5' 0.24 0.42 0.02 0.15 0.59 0.01 0.61 0.01 0.54 0.42 0.51 0.63 0.33 0.07 0.35 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.08 0.11 0.12 0.08 0.20 0.07 0.28 0.05 0.07 0.07 0.10 0.11 0.13 0.13 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.23 0.58 0.62 0.30 0.28 0.36 0.06 0.25 0.23 0.22 0.37 0.28 0.58 0.77 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.07 0.31 0.38 0.11 0.13 0.13 0.02 0.07 0.06 0.06 0.16 0.11 0.29 0.44 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.94 2.89 0.61 0.20 2.11 0.21 2.19 0.16 2.69 1.09 3.01 2.46 2.68 1.57 1.38 0.39 0.50 0.61 0.42 0.30 0.05 0.07
C2 1.04 3.06 0.64 0.19 2.35 0.23 2.69 0.11 3.27 1.49 3.39 2.54 3.48 2.15 1.62 0.41 0.52 0.70 0.40 0.30 0.19 0.13
C2' 0.67 2.73 0.41 0.11 1.87 0.13 2.03 0.26 2.60 0.94 2.92 2.21 2.70 1.46 1.15 0.28 0.64 0.34 0.42 0.28 0.05 0.03
C3' 0.32 2.01 0.21 0.16 1.32 0.29 1.46 0.41 1.91 0.59 2.15 1.60 2.00 1.02 0.73 0.40 0.65 0.05 0.42 0.28 0.07 0.04
C4 0.88 2.33 0.59 0.24 1.94 0.22 2.30 0.09 2.67 1.48 2.64 1.97 2.91 2.06 1.42 0.41 0.46 0.59 0.31 0.29 0.25 0.16
C4' 0.42 1.85 0.28 0.16 1.21 0.13 1.21 0.26 1.56 0.43 1.85 1.55 1.55 0.75 0.68 0.31 0.44 0.21 0.36 0.33 0.11 0.02
C5 0.76 1.93 0.55 0.23 1.64 0.16 1.90 0.06 2.15 1.26 2.14 1.66 2.27 1.70 1.23 0.40 0.46 0.48 0.31 0.30 0.12 0.09
C5' 0.16 0.96 0.19 0.16 0.53 0.21 0.53 0.31 0.77 0.08 0.96 0.77 0.77 0.24 0.17 0.51 0.31 0.10 0.30 0.39 0.18 0.01
C6 0.80 2.12 0.57 0.17 1.75 0.14 1.93 0.12 2.21 1.15 2.28 1.85 2.26 1.58 1.27 0.40 0.51 0.50 0.37 0.30 0.06 0.06
N1 0.95 2.74 0.62 0.17 2.13 0.19 2.34 0.12 2.79 1.29 2.95 2.33 2.85 1.82 1.47 0.40 0.52 0.62 0.41 0.30 0.10 0.09
N3 1.01 2.83 0.63 0.22 2.24 0.24 2.65 0.11 3.17 1.57 3.20 2.36 3.47 2.25 1.59 0.42 0.50 0.68 0.36 0.29 0.26 0.16
N4 0.83 2.14 0.56 0.28 1.79 0.24 2.18 0.14 2.52 1.46 2.46 1.79 2.81 2.03 1.34 0.41 0.43 0.55 0.24 0.26 0.35 0.21
O2 1.10 3.42 0.66 0.19 2.50 0.25 2.84 0.13 3.57 1.51 3.81 2.79 3.84 2.19 1.69 0.41 0.53 0.75 0.43 0.30 0.21 0.14
O2' 0.80 3.08 0.50 0.16 2.03 0.12 2.15 0.19 2.79 0.99 3.23 2.49 2.87 1.50 1.26 0.28 0.55 0.47 0.41 0.29 0.04 0.04
O3' 0.20 1.89 0.15 0.21 1.17 0.38 1.33 0.49 1.80 0.48 2.05 1.45 1.92 0.91 0.60 0.49 0.61 0.09 0.43 0.26 0.07 0.06
O4' 0.81 2.33 0.57 0.24 1.69 0.24 1.62 0.20 1.97 0.73 2.29 2.06 1.89 1.06 1.09 0.41 0.40 0.55 0.39 0.32 0.10 0.05
O5' 0.32 0.96 0.39 0.24 0.74 0.06 0.87 0.24 1.05 0.53 1.08 0.77 1.13 0.74 0.50 0.65 0.03 0.17 0.23 0.84 0.46 0.50
OP1 0.88 0.39 0.67 0.39 0.48 0.82 0.34 0.76 0.26 0.48 0.30 0.51 0.19 0.33 0.61 0.99 0.02 0.92 0.45 0.20 0.28 0.22
OP2 0.23 0.79 0.13 0.30 0.71 0.38 0.89 0.74 1.00 0.67 0.95 0.65 1.13 0.88 0.54 0.29 0.01 0.35 0.52 0.84 0.61 0.69
P 0.20 0.44 0.24 0.03 0.28 0.29 0.40 0.44 0.52 0.15 0.53 0.30 0.60 0.33 0.09 0.55 0.01 0.24 0.11 0.47 0.15 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.31 0.35 0.28 0.06
C2 0.03 0.00 0.34 0.36 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.49 0.22 0.41 0.67 0.43 0.19
C2' 0.00 0.34 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.02 0.17 0.14 0.27 0.34 0.14 0.07 0.02 0.00 0.05 0.02 0.18 0.50 0.35 0.18
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.23 0.01 0.20 0.05 0.27 0.13 0.34 0.33 0.27 0.13 0.09 0.02 0.01 0.02 0.19 0.45 0.41 0.25
C4 0.01 0.01 0.19 0.23 0.00 0.06 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.28 0.11 0.40 0.66 0.43 0.23
C4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.12 0.22 0.06 0.05 0.17 0.21 0.10 0.06 0.00 0.00 0.03 0.16 0.36 0.09
C5 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.13 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.05 0.42 0.83 0.53 0.37
C5' 0.10 0.15 0.02 0.05 0.23 0.01 0.35 0.00 0.33 0.47 0.23 0.12 0.40 0.48 0.27 0.05 0.17 0.04 0.01 0.14 0.45 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.27 0.01 0.12 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.34 0.09 0.42 0.89 0.55 0.38
C8 0.02 0.01 0.14 0.13 0.01 0.22 0.01 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.12 0.14 0.39 0.74 0.51 0.38
N1 0.02 0.00 0.27 0.34 0.00 0.06 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.45 0.17 0.42 0.81 0.50 0.29
N3 0.03 0.00 0.34 0.33 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.43 0.21 0.40 0.57 0.39 0.14
N6 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.17 0.02 0.40 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.32 0.07 0.44 1.02 0.61 0.48
N7 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.21 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.10 0.08 0.42 0.89 0.60 0.47
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.36 0.57 0.40 0.21
O2' 0.03 0.22 0.00 0.02 0.09 0.06 0.02 0.05 0.07 0.12 0.16 0.22 0.04 0.08 0.01 0.00 0.12 0.12 0.09 0.45 0.33 0.16
O3' 0.04 0.49 0.05 0.01 0.28 0.00 0.24 0.17 0.34 0.12 0.45 0.43 0.32 0.10 0.09 0.12 0.00 0.05 0.30 0.38 0.47 0.31
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05 0.04 0.09 0.14 0.17 0.21 0.07 0.08 0.01 0.12 0.05 0.00 0.35 0.10 0.21 0.16
O5' 0.31 0.41 0.18 0.19 0.40 0.03 0.42 0.01 0.42 0.39 0.42 0.40 0.44 0.42 0.36 0.09 0.30 0.35 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.35 0.67 0.50 0.45 0.66 0.16 0.83 0.14 0.89 0.74 0.81 0.57 1.02 0.89 0.57 0.45 0.38 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.43 0.35 0.41 0.43 0.36 0.53 0.45 0.55 0.51 0.50 0.39 0.61 0.60 0.40 0.33 0.47 0.21 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.19 0.18 0.25 0.23 0.09 0.37 0.02 0.38 0.38 0.29 0.14 0.48 0.47 0.21 0.16 0.31 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00