ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54749

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N1 A 0, -0.001, 0.021, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.006, 0.038, 0.071, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.005, 0.058, 0.111, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.058 std_dev=0.053
P B 0, 0.061, 0.387, 0.713, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.387 std_dev=0.326
OP2 B 0, 0.074, 0.431, 0.788, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.431 std_dev=0.357
C4' B 0, 0.118, 0.528, 0.938, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.528 std_dev=0.410
O5' B 0, 0.166, 0.602, 1.038, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.602 std_dev=0.436
OP1 B 0, 0.102, 0.593, 1.085, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.593 std_dev=0.491
C3' B 0, 0.147, 0.696, 1.244, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.696 std_dev=0.548
C2' A 0, -0.070, 0.491, 1.052, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.491 std_dev=0.561
O4' A 0, -0.111, 0.475, 1.061, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.475 std_dev=0.586
C5' B 0, 0.248, 0.904, 1.560, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.904 std_dev=0.656
O4' B 0, 0.198, 0.915, 1.633, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.915 std_dev=0.718
O2' A 0, 0.003, 0.760, 1.516, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.760 std_dev=0.756
C1' B 0, 0.113, 0.990, 1.867, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.990 std_dev=0.877
C2' B 0, 0.010, 0.937, 1.865, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.937 std_dev=0.927
C3' A 0, -0.088, 0.867, 1.822, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.867 std_dev=0.955
N9 B 0, 0.034, 0.992, 1.949, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.992 std_dev=0.958
C8 B 0, -0.071, 0.914, 1.900, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.914 std_dev=0.986
C4' A 0, -0.159, 0.830, 1.819, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.830 std_dev=0.989
C4 B 0, 0.062, 1.110, 2.157, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.110 std_dev=1.048
N7 B 0, -0.076, 0.991, 2.059, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.991 std_dev=1.067
N3 B 0, 0.140, 1.231, 2.322, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.231 std_dev=1.091
C5 B 0, 0.015, 1.116, 2.217, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.116 std_dev=1.101
C2 B 0, 0.168, 1.352, 2.536, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.352 std_dev=1.184
O3' B 0, -0.003, 1.182, 2.367, 2.802 max_d=2.802 avg_d=1.182 std_dev=1.185
C6 B 0, 0.069, 1.261, 2.453, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.261 std_dev=1.192
O3' A 0, -0.107, 1.119, 2.345, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.119 std_dev=1.226
N1 B 0, 0.141, 1.373, 2.605, 2.988 max_d=2.988 avg_d=1.373 std_dev=1.232
O5' A 0, -0.231, 1.025, 2.281, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.025 std_dev=1.256
N6 B 0, 0.056, 1.313, 2.571, 3.008 max_d=3.008 avg_d=1.313 std_dev=1.257
C5' A 0, -0.180, 1.122, 2.424, 2.947 max_d=2.947 avg_d=1.122 std_dev=1.302
O2' B 0, -0.167, 1.305, 2.777, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.305 std_dev=1.472
P A 0, -0.233, 1.246, 2.725, 3.324 max_d=3.324 avg_d=1.246 std_dev=1.479
OP2 A 0, -0.252, 1.271, 2.794, 3.412 max_d=3.412 avg_d=1.271 std_dev=1.523
OP1 A 0, -0.110, 1.731, 3.572, 4.281 max_d=4.281 avg_d=1.731 std_dev=1.841

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.28 0.00 0.16 0.13 0.24 0.18
C2 0.01 0.00 0.20 0.30 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.10 0.07 0.06 0.14 0.03
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.18 0.21 0.02 0.15 0.02 0.38 0.01 0.04 0.02 0.43 0.33 0.62 0.48
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.35 0.00 0.30 0.02 0.23 0.21 0.35 0.37 0.27 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.10 0.04
C4 0.02 0.01 0.02 0.35 0.00 0.15 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.13 0.04 0.20 0.15 0.31 0.15
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.15 0.00 0.20 0.00 0.19 0.09 0.09 0.15 0.02 0.26 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.15 0.30 0.00 0.20 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.15 0.15 0.20 0.12 0.20 0.11
C5' 0.07 0.03 0.18 0.02 0.13 0.00 0.18 0.00 0.15 0.05 0.07 0.14 0.05 0.08 0.24 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.21 0.23 0.01 0.19 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.08 0.19 0.09 0.03 0.06 0.01
N1 0.00 0.02 0.02 0.21 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.09 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.15 0.35 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.20 0.06 0.07 0.15 0.13 0.27 0.11
N4 0.02 0.01 0.02 0.37 0.00 0.15 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.16 0.03 0.23 0.19 0.40 0.19
O2 0.01 0.00 0.38 0.27 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.16 0.19 0.03 0.06 0.13 0.03
O2' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.32 0.26 0.40 0.08 0.37 0.21 0.20 0.34 0.12 0.00 0.07 0.17 0.33 0.17 0.69 0.40
O3' 0.28 0.08 0.04 0.00 0.13 0.01 0.15 0.24 0.08 0.09 0.06 0.16 0.16 0.07 0.00 0.18 0.19 0.46 0.21 0.28
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.04 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.07 0.03 0.19 0.17 0.18 0.00 0.09 0.03 0.10 0.06
O5' 0.16 0.07 0.43 0.05 0.20 0.02 0.20 0.01 0.09 0.02 0.15 0.23 0.03 0.33 0.19 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.06 0.33 0.04 0.15 0.02 0.12 0.03 0.03 0.02 0.13 0.19 0.06 0.17 0.46 0.03 0.02 0.00 0.07 0.01
OP2 0.24 0.14 0.62 0.10 0.31 0.05 0.20 0.01 0.06 0.07 0.27 0.40 0.13 0.69 0.21 0.10 0.02 0.07 0.00 0.01
P 0.18 0.03 0.48 0.04 0.15 0.02 0.11 0.01 0.01 0.07 0.11 0.19 0.03 0.40 0.28 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.67 0.12 0.17 0.69 0.15 0.97 0.17 1.12 0.78 0.98 0.48 1.27 0.99 0.57 0.22 0.20 0.07 0.24 0.41 0.21 0.26
C2 0.18 0.24 0.38 0.29 0.20 0.26 0.56 0.19 0.66 0.49 0.32 0.32 0.97 0.72 0.20 0.57 0.21 0.23 0.20 0.42 0.14 0.22
C2' 0.13 0.61 0.24 0.48 0.49 0.51 0.80 0.60 1.01 0.52 0.94 0.35 1.23 0.78 0.32 0.36 0.47 0.33 0.63 0.73 0.44 0.60
C3' 0.36 0.65 0.24 0.10 0.71 0.09 0.98 0.08 1.09 0.85 0.94 0.49 1.27 1.04 0.63 0.15 0.04 0.15 0.08 0.13 0.20 0.10
C4 0.36 0.64 0.53 0.31 0.29 0.30 0.20 0.21 0.19 0.29 0.26 0.68 0.53 0.51 0.18 0.64 0.19 0.38 0.19 0.40 0.13 0.19
C4' 0.43 0.61 0.31 0.14 0.69 0.14 0.88 0.10 0.94 0.80 0.82 0.50 1.06 0.93 0.63 0.15 0.03 0.27 0.17 0.20 0.12 0.15
C5 0.20 0.22 0.39 0.28 0.10 0.27 0.49 0.19 0.48 0.52 0.14 0.33 0.71 0.74 0.14 0.47 0.17 0.28 0.19 0.41 0.23 0.24
C5' 0.34 0.41 0.30 0.16 0.52 0.15 0.70 0.11 0.72 0.67 0.60 0.33 0.83 0.77 0.51 0.17 0.06 0.24 0.22 0.44 0.18 0.27
C6 0.12 0.21 0.22 0.24 0.45 0.22 0.79 0.19 0.82 0.70 0.55 0.11 0.99 0.90 0.41 0.33 0.18 0.12 0.22 0.42 0.24 0.27
N1 0.14 0.26 0.25 0.26 0.44 0.24 0.80 0.20 0.91 0.66 0.65 0.16 1.12 0.89 0.38 0.41 0.22 0.13 0.22 0.43 0.20 0.26
N3 0.31 0.61 0.51 0.31 0.23 0.29 0.28 0.20 0.31 0.32 0.21 0.62 0.68 0.54 0.15 0.67 0.20 0.33 0.20 0.41 0.11 0.19
N4 0.53 0.93 0.63 0.34 0.60 0.35 0.26 0.25 0.31 0.08 0.67 0.91 0.10 0.19 0.42 0.73 0.21 0.51 0.17 0.37 0.07 0.15
O2 0.18 0.24 0.37 0.29 0.23 0.26 0.55 0.19 0.68 0.48 0.38 0.30 1.00 0.70 0.22 0.58 0.23 0.21 0.21 0.43 0.13 0.22
O2' 0.18 0.79 0.17 0.42 0.57 0.49 0.79 0.70 1.03 0.49 1.04 0.52 1.20 0.72 0.37 0.20 0.35 0.31 0.82 1.16 0.73 0.91
O3' 0.38 0.42 0.30 0.19 0.56 0.16 0.78 0.11 0.82 0.75 0.66 0.34 0.98 0.87 0.55 0.18 0.24 0.22 0.13 0.23 0.21 0.18
O4' 0.47 0.61 0.27 0.12 0.74 0.16 0.94 0.16 0.98 0.85 0.84 0.53 1.07 0.98 0.68 0.13 0.01 0.30 0.25 0.03 0.02 0.10
O5' 0.23 0.34 0.16 0.07 0.48 0.04 0.70 0.06 0.72 0.68 0.56 0.25 0.85 0.80 0.47 0.09 0.01 0.14 0.20 0.46 0.21 0.29
OP1 0.08 0.12 0.10 0.01 0.17 0.09 0.36 0.13 0.40 0.35 0.29 0.04 0.52 0.45 0.17 0.25 0.03 0.07 0.19 0.87 0.24 0.43
OP2 0.09 0.19 0.04 0.10 0.28 0.19 0.53 0.24 0.56 0.54 0.39 0.13 0.72 0.67 0.27 0.13 0.01 0.17 0.10 0.86 0.43 0.48
P 0.04 0.18 0.04 0.03 0.26 0.07 0.46 0.12 0.48 0.47 0.35 0.11 0.60 0.57 0.26 0.14 0.01 0.05 0.18 0.72 0.24 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.19 0.20 0.79 0.33
C2 0.02 0.00 0.14 0.05 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.12 0.06 0.23 0.52 0.77 0.43
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02 0.05 0.04 0.08 0.09 0.16 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.11 0.09 0.68 0.22
C3' 0.03 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.23 0.04 0.19 0.35 0.08 0.09 0.26 0.35 0.18 0.00 0.00 0.03 0.11 0.17 0.41 0.06
C4 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.04 0.03 0.30 0.30 0.69 0.28
C4' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.15 0.02 0.12 0.27 0.05 0.08 0.17 0.26 0.12 0.13 0.03 0.00 0.04 0.07 0.53 0.13
C5 0.01 0.01 0.02 0.23 0.00 0.15 0.00 0.39 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.01 0.46 0.18 0.44 0.13
C5' 0.07 0.12 0.05 0.04 0.23 0.02 0.39 0.00 0.35 0.54 0.23 0.10 0.44 0.55 0.29 0.13 0.06 0.03 0.01 0.19 0.26 0.03
C6 0.01 0.00 0.04 0.19 0.01 0.12 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.17 0.02 0.42 0.26 0.42 0.16
C8 0.02 0.01 0.08 0.35 0.01 0.27 0.01 0.54 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.27 0.06 0.60 0.07 0.33 0.11
N1 0.03 0.00 0.09 0.08 0.02 0.05 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.09 0.04 0.30 0.42 0.59 0.30
N3 0.02 0.01 0.16 0.09 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.15 0.06 0.22 0.48 0.84 0.45
N6 0.00 0.01 0.03 0.26 0.00 0.17 0.00 0.44 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.25 0.02 0.51 0.18 0.22 0.10
N7 0.01 0.00 0.06 0.35 0.00 0.26 0.01 0.55 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.30 0.03 0.64 0.07 0.20 0.15
N9 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.12 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.01 0.35 0.17 0.66 0.21
O2' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.21 0.13 0.19 0.13 0.23 0.07 0.27 0.29 0.22 0.12 0.11 0.00 0.13 0.16 0.14 0.14 0.63 0.12
O3' 0.07 0.12 0.04 0.00 0.04 0.03 0.19 0.06 0.17 0.27 0.09 0.15 0.25 0.30 0.09 0.13 0.00 0.03 0.25 0.59 0.26 0.29
O4' 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.16 0.03 0.00 0.19 0.30 0.87 0.44
O5' 0.19 0.23 0.11 0.11 0.30 0.04 0.46 0.01 0.42 0.60 0.30 0.22 0.51 0.64 0.35 0.14 0.25 0.19 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.20 0.52 0.09 0.17 0.30 0.07 0.18 0.19 0.26 0.07 0.42 0.48 0.18 0.07 0.17 0.14 0.59 0.30 0.03 0.00 0.07 0.01
OP2 0.79 0.77 0.68 0.41 0.69 0.53 0.44 0.26 0.42 0.33 0.59 0.84 0.22 0.20 0.66 0.63 0.26 0.87 0.02 0.07 0.00 0.01
P 0.33 0.43 0.22 0.06 0.28 0.13 0.13 0.03 0.16 0.11 0.30 0.45 0.10 0.15 0.21 0.12 0.29 0.44 0.00 0.01 0.01 0.00