ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54750

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.005, 0.049, 0.093, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.049 std_dev=0.044
O2 A 0, 0.006, 0.052, 0.098, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.052 std_dev=0.046
OP2 B 0, 0.103, 0.372, 0.641, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.372 std_dev=0.269
O4' A 0, 0.153, 0.526, 0.899, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.526 std_dev=0.373
C2' A 0, 0.169, 0.580, 0.991, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.580 std_dev=0.411
P B 0, 0.167, 0.582, 0.998, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.582 std_dev=0.416
O2' A 0, 0.167, 0.597, 1.027, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.597 std_dev=0.430
OP1 B 0, 0.181, 0.673, 1.165, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.673 std_dev=0.492
N1 B 0, 0.217, 0.742, 1.266, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.742 std_dev=0.524
N6 B 0, 0.218, 0.743, 1.269, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.743 std_dev=0.525
C6 B 0, 0.217, 0.742, 1.268, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.742 std_dev=0.526
C5' B 0, 0.214, 0.780, 1.347, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.780 std_dev=0.566
O5' B 0, 0.232, 0.809, 1.387, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.809 std_dev=0.577
C5 B 0, 0.238, 0.823, 1.407, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.823 std_dev=0.584
C4' A 0, 0.239, 0.826, 1.413, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.826 std_dev=0.587
C2 B 0, 0.251, 0.857, 1.464, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.857 std_dev=0.607
N7 B 0, 0.241, 0.852, 1.463, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.852 std_dev=0.611
C3' A 0, 0.262, 0.895, 1.528, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.895 std_dev=0.633
OP2 A 0, 0.271, 0.932, 1.593, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.932 std_dev=0.661
C4 B 0, 0.279, 0.956, 1.632, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.956 std_dev=0.677
C8 B 0, 0.282, 0.983, 1.684, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.983 std_dev=0.701
N3 B 0, 0.291, 0.993, 1.695, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.993 std_dev=0.702
C3' B 0, 0.300, 1.037, 1.774, 1.646 max_d=1.646 avg_d=1.037 std_dev=0.737
N9 B 0, 0.311, 1.069, 1.827, 1.680 max_d=1.680 avg_d=1.069 std_dev=0.758
C4' B 0, 0.304, 1.076, 1.848, 1.775 max_d=1.775 avg_d=1.076 std_dev=0.772
O4' B 0, 0.336, 1.188, 2.039, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.188 std_dev=0.852
P A 0, 0.362, 1.239, 2.116, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.239 std_dev=0.877
O5' A 0, 0.365, 1.247, 2.128, 1.877 max_d=1.877 avg_d=1.247 std_dev=0.881
C1' B 0, 0.367, 1.264, 2.160, 1.983 max_d=1.983 avg_d=1.264 std_dev=0.897
O3' A 0, 0.371, 1.274, 2.177, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.274 std_dev=0.903
O3' B 0, 0.371, 1.274, 2.178, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.274 std_dev=0.904
C2' B 0, 0.377, 1.288, 2.200, 1.978 max_d=1.978 avg_d=1.288 std_dev=0.912
C5' A 0, 0.407, 1.389, 2.372, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.389 std_dev=0.983
O2' B 0, 0.475, 1.625, 2.775, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.625 std_dev=1.150
OP1 A 0, 0.507, 1.733, 2.959, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.733 std_dev=1.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.10 0.07 0.13 0.00
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.15 0.04 0.20 0.08 0.08 0.04
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.07 0.03 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.09
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.11 0.01 0.09 0.01 0.08 0.07 0.13 0.12 0.17 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.24 0.12
C4 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.01 0.26 0.10 0.08 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04 0.26 0.10 0.08 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.05 0.23 0.09 0.08 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.19 0.08 0.09 0.04
N3 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.03 0.23 0.09 0.08 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.01 0.26 0.11 0.10 0.11
O2 0.04 0.00 0.18 0.17 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.20 0.07 0.18 0.08 0.09 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.05 0.07 0.01 0.02 0.03 0.13 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.20 0.05
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.15 0.02 0.12 0.02 0.09 0.07 0.17 0.17 0.20 0.06 0.00 0.02 0.14 0.05 0.25 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05 0.02 0.00 0.12 0.11 0.07 0.04
O5' 0.10 0.20 0.01 0.06 0.26 0.01 0.26 0.00 0.23 0.19 0.23 0.26 0.18 0.00 0.14 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.02 0.02 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.04 0.05 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.08 0.24 0.24 0.08 0.12 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.20 0.25 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.04 0.09 0.12 0.09 0.02 0.10 0.01 0.08 0.04 0.07 0.11 0.03 0.05 0.14 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.20 0.18 0.07 0.25 0.08 0.24 0.01 0.22 0.26 0.21 0.23 0.21 0.24 0.26 0.17 0.02 0.17 0.11 0.16 0.08 0.11
C2 0.12 0.04 0.08 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.12 0.14 0.11 0.03 0.17 0.12 0.11 0.07 0.04 0.14 0.02 0.14 0.04 0.04
C2' 0.20 0.28 0.15 0.03 0.26 0.04 0.26 0.11 0.28 0.23 0.30 0.27 0.27 0.24 0.23 0.16 0.06 0.12 0.02 0.11 0.06 0.03
C3' 0.13 0.16 0.10 0.06 0.17 0.07 0.19 0.14 0.21 0.20 0.20 0.15 0.22 0.21 0.17 0.09 0.10 0.08 0.04 0.06 0.14 0.03
C4 0.10 0.08 0.09 0.10 0.03 0.12 0.10 0.13 0.18 0.07 0.16 0.04 0.23 0.06 0.05 0.09 0.07 0.16 0.05 0.13 0.02 0.02
C4' 0.14 0.08 0.11 0.01 0.12 0.02 0.13 0.05 0.14 0.17 0.13 0.08 0.16 0.16 0.15 0.11 0.03 0.08 0.09 0.13 0.10 0.08
C5 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.06 0.17 0.07 0.20 0.16 0.17 0.07 0.24 0.19 0.11 0.11 0.09 0.11 0.06 0.16 0.06 0.06
C5' 0.03 0.10 0.02 0.04 0.04 0.04 0.07 0.07 0.10 0.10 0.11 0.08 0.13 0.10 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.12 0.14 0.08
C6 0.19 0.13 0.17 0.11 0.18 0.07 0.21 0.02 0.21 0.25 0.18 0.13 0.22 0.24 0.21 0.16 0.08 0.14 0.11 0.17 0.08 0.10
N1 0.17 0.11 0.13 0.07 0.16 0.07 0.17 0.05 0.17 0.21 0.15 0.12 0.19 0.20 0.18 0.12 0.03 0.14 0.07 0.15 0.06 0.08
N3 0.13 0.06 0.11 0.11 0.04 0.14 0.03 0.13 0.13 0.13 0.13 0.04 0.20 0.06 0.10 0.11 0.07 0.19 0.06 0.12 0.01 0.02
N4 0.13 0.11 0.10 0.11 0.08 0.16 0.12 0.17 0.19 0.07 0.18 0.08 0.25 0.07 0.08 0.10 0.08 0.20 0.11 0.11 0.04 0.07
O2 0.11 0.01 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.15 0.07 0.04 0.10 0.13 0.12 0.06 0.04 0.14 0.01 0.13 0.04 0.04
O2' 0.31 0.40 0.25 0.08 0.35 0.10 0.32 0.02 0.33 0.29 0.37 0.39 0.29 0.28 0.32 0.28 0.02 0.21 0.10 0.11 0.03 0.06
O3' 0.12 0.19 0.09 0.06 0.18 0.07 0.20 0.16 0.23 0.20 0.23 0.16 0.25 0.21 0.16 0.09 0.11 0.05 0.05 0.03 0.19 0.06
O4' 0.20 0.07 0.17 0.07 0.15 0.09 0.14 0.04 0.13 0.20 0.11 0.10 0.15 0.17 0.19 0.17 0.04 0.15 0.15 0.19 0.11 0.15
O5' 0.18 0.10 0.16 0.10 0.19 0.07 0.24 0.02 0.22 0.31 0.16 0.10 0.25 0.30 0.23 0.10 0.01 0.13 0.22 0.22 0.27 0.22
OP1 0.03 0.07 0.05 0.03 0.07 0.10 0.11 0.16 0.13 0.12 0.11 0.06 0.16 0.14 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.18 0.05
OP2 0.03 0.12 0.04 0.04 0.05 0.05 0.08 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.01 0.04 0.02 0.06 0.12 0.18 0.22 0.14
P 0.04 0.07 0.05 0.01 0.06 0.03 0.10 0.07 0.11 0.14 0.10 0.05 0.14 0.15 0.08 0.04 0.00 0.02 0.11 0.13 0.19 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.06 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02 0.13 0.18 0.20 0.17
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.08 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.11 0.12 0.10
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.13 0.18 0.19 0.17
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.16 0.24 0.26 0.21
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.09 0.06 0.09 0.12 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C6 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.16 0.26 0.29 0.22
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.16 0.22 0.22 0.20
N1 0.01 0.01 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.16 0.24 0.26 0.21
N3 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.12 0.15 0.17 0.15
N6 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.09 0.06 0.15 0.28 0.31 0.23
N7 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.18 0.27 0.29 0.24
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.16 0.15 0.15
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.03 0.09 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.08 0.09 0.07
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.12 0.15 0.17 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04
O5' 0.06 0.13 0.06 0.10 0.13 0.02 0.16 0.01 0.16 0.16 0.16 0.12 0.15 0.18 0.13 0.07 0.12 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.07 0.18 0.09 0.11 0.18 0.03 0.24 0.02 0.26 0.22 0.24 0.15 0.28 0.27 0.16 0.08 0.15 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.20 0.08 0.12 0.19 0.03 0.26 0.04 0.29 0.22 0.26 0.17 0.31 0.29 0.15 0.09 0.17 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.17 0.07 0.10 0.17 0.02 0.21 0.02 0.22 0.20 0.21 0.15 0.23 0.24 0.15 0.07 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00