ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54752

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.038 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.025, 0.087, 0.149, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.087 std_dev=0.062
N4 A 0, 0.033, 0.113, 0.192, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.113 std_dev=0.080
P B 0, 0.095, 0.487, 0.879, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.487 std_dev=0.392
OP2 B 0, 0.163, 0.555, 0.947, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.555 std_dev=0.392
O5' B 0, 0.181, 0.628, 1.074, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.628 std_dev=0.447
C3' B 0, 0.223, 0.789, 1.356, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.789 std_dev=0.567
OP1 B 0, -0.029, 0.594, 1.218, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.594 std_dev=0.623
O4' A 0, -0.097, 0.555, 1.208, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.555 std_dev=0.652
C2' A 0, -0.006, 0.676, 1.359, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.676 std_dev=0.682
C4' B 0, 0.151, 0.876, 1.600, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.876 std_dev=0.725
C2' B 0, 0.212, 0.976, 1.740, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.976 std_dev=0.764
C3' A 0, 0.053, 0.821, 1.588, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.821 std_dev=0.767
O4' B 0, 0.055, 0.900, 1.745, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.900 std_dev=0.845
O3' A 0, 0.086, 0.942, 1.797, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.942 std_dev=0.856
C1' B 0, 0.326, 1.183, 2.041, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.183 std_dev=0.858
C4' A 0, -0.065, 0.806, 1.677, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.806 std_dev=0.871
C5' B 0, 0.357, 1.232, 2.107, 1.953 max_d=1.953 avg_d=1.232 std_dev=0.875
O2' A 0, -0.012, 1.108, 2.228, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.108 std_dev=1.120
N9 B 0, 0.396, 1.524, 2.653, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.524 std_dev=1.128
O3' B 0, 0.425, 1.578, 2.730, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.578 std_dev=1.153
P A 0, 0.456, 1.664, 2.871, 2.828 max_d=2.828 avg_d=1.664 std_dev=1.207
O5' A 0, 0.185, 1.525, 2.866, 3.262 max_d=3.262 avg_d=1.525 std_dev=1.340
C5' A 0, -0.042, 1.301, 2.644, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.301 std_dev=1.343
C8 B 0, 0.306, 1.668, 3.030, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.668 std_dev=1.362
O2' B 0, 0.280, 1.684, 3.089, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.684 std_dev=1.405
OP2 A 0, 0.611, 2.102, 3.593, 3.291 max_d=3.291 avg_d=2.102 std_dev=1.491
C4 B 0, 0.329, 1.986, 3.643, 4.057 max_d=4.057 avg_d=1.986 std_dev=1.657
OP1 A 0, 0.490, 2.195, 3.900, 4.157 max_d=4.157 avg_d=2.195 std_dev=1.705
N7 B 0, 0.180, 2.097, 4.014, 4.634 max_d=4.634 avg_d=2.097 std_dev=1.917
N3 B 0, 0.304, 2.290, 4.275, 4.842 max_d=4.842 avg_d=2.290 std_dev=1.985
C5 B 0, 0.191, 2.258, 4.324, 4.993 max_d=4.993 avg_d=2.258 std_dev=2.066
C2 B 0, 0.161, 2.786, 5.411, 6.303 max_d=6.303 avg_d=2.786 std_dev=2.625
C6 B 0, 0.045, 2.776, 5.507, 6.489 max_d=6.489 avg_d=2.776 std_dev=2.731
N1 B 0, 0.039, 3.007, 5.975, 7.047 max_d=7.047 avg_d=3.007 std_dev=2.968
N6 B 0, -0.135, 3.133, 6.401, 7.642 max_d=7.642 avg_d=3.133 std_dev=3.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.27 0.00 0.11 0.10 0.28 0.19
C2 0.04 0.00 0.28 0.29 0.00 0.02 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.08 0.17 0.28 0.09 0.45 0.18
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.03 0.01 0.25 0.16 0.31 0.01 0.19 0.04 0.54 0.00 0.01 0.02 0.28 0.28 0.59 0.47
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.23 0.00 0.15 0.02 0.10 0.17 0.30 0.24 0.34 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.33 0.20
C4 0.01 0.00 0.03 0.23 0.00 0.03 0.01 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.04 0.03 0.39 0.14 0.58 0.23
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.10 0.04 0.01 0.04 0.06 0.28 0.00 0.00 0.02 0.07 0.18 0.09
C5 0.01 0.01 0.25 0.15 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.51 0.01 0.11 0.42 0.23 0.55 0.28
C5' 0.05 0.11 0.16 0.02 0.10 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.13 0.13 0.14 0.11 0.21 0.02 0.00 0.10 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.31 0.10 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.50 0.07 0.17 0.38 0.24 0.44 0.27
N1 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.09 0.01 0.28 0.15 0.38 0.21
N3 0.03 0.00 0.19 0.30 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.08 0.14 0.34 0.09 0.53 0.19
N4 0.01 0.01 0.04 0.24 0.00 0.04 0.03 0.13 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.34 0.06 0.04 0.41 0.11 0.62 0.22
O2 0.06 0.00 0.54 0.34 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.48 0.12 0.28 0.23 0.06 0.42 0.17
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.31 0.28 0.51 0.11 0.50 0.18 0.09 0.34 0.48 0.00 0.01 0.18 0.21 0.18 0.71 0.44
O3' 0.27 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.21 0.07 0.09 0.08 0.06 0.12 0.01 0.00 0.19 0.10 0.36 0.30 0.19
O4' 0.00 0.17 0.02 0.03 0.03 0.00 0.11 0.02 0.17 0.01 0.14 0.04 0.28 0.18 0.19 0.00 0.26 0.15 0.32 0.23
O5' 0.11 0.28 0.28 0.08 0.39 0.02 0.42 0.00 0.38 0.28 0.34 0.41 0.23 0.21 0.10 0.26 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.09 0.28 0.05 0.14 0.07 0.23 0.10 0.24 0.15 0.09 0.11 0.06 0.18 0.36 0.15 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.28 0.45 0.59 0.33 0.58 0.18 0.55 0.05 0.44 0.38 0.53 0.62 0.42 0.71 0.30 0.32 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.18 0.47 0.20 0.23 0.09 0.28 0.00 0.27 0.21 0.19 0.22 0.17 0.44 0.19 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 1.15 0.24 0.13 0.66 0.17 0.56 0.21 0.79 0.16 1.07 0.98 0.72 0.25 0.31 0.44 0.44 0.12 0.26 0.58 0.25 0.39
C2 0.18 0.47 0.19 0.16 0.06 0.12 0.12 0.12 0.13 0.52 0.36 0.35 0.12 0.44 0.21 0.43 0.42 0.14 0.20 0.64 0.26 0.34
C2' 0.30 0.74 0.24 0.57 0.21 0.75 0.16 0.87 0.36 0.52 0.65 0.54 0.30 0.36 0.23 0.10 0.76 0.56 0.78 1.01 0.76 0.88
C3' 0.09 0.91 0.15 0.17 0.45 0.34 0.36 0.43 0.57 0.19 0.82 0.75 0.51 0.15 0.16 0.39 0.41 0.19 0.24 0.44 0.11 0.27
C4 0.42 0.14 0.44 0.18 0.42 0.06 0.61 0.10 0.51 0.89 0.28 0.17 0.64 0.89 0.58 0.71 0.34 0.23 0.16 0.66 0.30 0.33
C4' 0.29 1.16 0.31 0.05 0.70 0.10 0.61 0.15 0.82 0.18 1.07 1.00 0.75 0.31 0.38 0.53 0.24 0.10 0.08 0.32 0.07 0.12
C5 0.25 0.08 0.28 0.12 0.23 0.06 0.41 0.09 0.32 0.70 0.13 0.03 0.43 0.67 0.39 0.47 0.32 0.16 0.18 0.62 0.29 0.35
C5' 0.14 0.78 0.20 0.04 0.43 0.13 0.35 0.16 0.50 0.12 0.69 0.68 0.44 0.16 0.20 0.38 0.11 0.02 0.05 0.24 0.18 0.05
C6 0.06 0.51 0.05 0.14 0.21 0.13 0.17 0.14 0.25 0.39 0.41 0.43 0.21 0.33 0.13 0.26 0.41 0.13 0.22 0.58 0.26 0.36
N1 0.03 0.71 0.05 0.14 0.31 0.14 0.22 0.15 0.38 0.32 0.62 0.59 0.31 0.24 0.09 0.28 0.43 0.11 0.22 0.60 0.25 0.36
N3 0.37 0.08 0.38 0.19 0.27 0.09 0.44 0.10 0.31 0.79 0.06 0.06 0.44 0.75 0.47 0.66 0.40 0.21 0.17 0.66 0.28 0.32
N4 0.61 0.53 0.63 0.22 0.75 0.09 0.98 0.12 0.92 1.18 0.71 0.52 1.08 1.24 0.85 0.91 0.32 0.34 0.15 0.68 0.35 0.31
O2 0.14 0.62 0.15 0.17 0.15 0.14 0.07 0.13 0.25 0.46 0.52 0.47 0.18 0.36 0.15 0.39 0.44 0.13 0.20 0.64 0.24 0.34
O2' 0.16 1.17 0.11 0.53 0.47 0.79 0.35 1.05 0.68 0.42 1.06 0.91 0.59 0.24 0.12 0.36 0.70 0.53 1.05 1.39 1.14 1.27
O3' 0.20 1.14 0.21 0.08 0.60 0.23 0.48 0.38 0.72 0.16 1.03 0.95 0.64 0.19 0.26 0.46 0.33 0.09 0.19 0.47 0.02 0.24
O4' 0.47 1.31 0.49 0.26 0.87 0.22 0.77 0.21 0.97 0.31 1.22 1.17 0.90 0.46 0.55 0.65 0.29 0.35 0.10 0.25 0.15 0.04
O5' 0.12 0.50 0.19 0.16 0.29 0.13 0.23 0.15 0.32 0.01 0.44 0.44 0.28 0.08 0.14 0.39 0.00 0.08 0.24 0.19 0.42 0.30
OP1 0.38 0.20 0.46 0.20 0.30 0.39 0.33 0.38 0.29 0.41 0.23 0.22 0.31 0.39 0.37 0.66 0.05 0.40 0.34 0.35 0.68 0.45
OP2 0.24 0.45 0.04 0.15 0.34 0.29 0.33 0.22 0.37 0.22 0.43 0.42 0.37 0.25 0.26 0.20 0.01 0.36 0.47 0.54 0.77 0.64
P 0.08 0.14 0.15 0.01 0.06 0.19 0.08 0.19 0.07 0.17 0.10 0.13 0.08 0.14 0.09 0.34 0.01 0.18 0.25 0.23 0.55 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.21 0.00 0.41 0.46 0.45 0.45
C2 0.07 0.00 0.25 0.10 0.02 0.24 0.01 0.25 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.55 0.38 0.36 0.64 0.92 1.13 0.89
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.12 0.02 0.05 0.12 0.10 0.18 0.19 0.24 0.06 0.11 0.03 0.00 0.04 0.02 0.42 0.54 0.39 0.46
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.04 0.18 0.04 0.11 0.07 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.09 0.11
C4 0.04 0.02 0.12 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.28 0.24 0.20 0.66 0.90 1.05 0.88
C4' 0.00 0.24 0.02 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.16 0.05 0.21 0.22 0.15 0.04 0.03 0.12 0.00 0.00 0.04 0.19 0.13 0.08
C5 0.04 0.01 0.05 0.06 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.16 0.13 0.79 1.12 1.31 1.10
C5' 0.03 0.25 0.12 0.03 0.14 0.01 0.13 0.00 0.18 0.03 0.24 0.22 0.18 0.03 0.04 0.01 0.16 0.02 0.01 0.35 0.13 0.00
C6 0.05 0.01 0.10 0.04 0.01 0.16 0.01 0.18 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.30 0.20 0.21 0.81 1.19 1.43 1.16
C8 0.01 0.03 0.18 0.18 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.29 0.07 0.14 0.80 1.04 1.09 1.02
N1 0.07 0.00 0.19 0.04 0.02 0.21 0.02 0.24 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.45 0.31 0.31 0.74 1.08 1.34 1.06
N3 0.07 0.00 0.24 0.11 0.01 0.22 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.53 0.39 0.35 0.57 0.79 0.96 0.77
N6 0.06 0.01 0.06 0.07 0.02 0.15 0.02 0.18 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.26 0.16 0.17 0.89 1.34 1.60 1.30
N7 0.01 0.02 0.11 0.15 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.23 0.06 0.05 0.85 1.22 1.33 1.17
N9 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.11 0.15 0.02 0.64 0.79 0.87 0.79
O2' 0.01 0.55 0.00 0.01 0.28 0.12 0.21 0.01 0.30 0.29 0.45 0.53 0.26 0.23 0.11 0.00 0.02 0.08 0.40 0.68 0.37 0.49
O3' 0.21 0.38 0.04 0.00 0.24 0.00 0.16 0.16 0.20 0.07 0.31 0.39 0.16 0.06 0.15 0.02 0.00 0.15 0.18 0.20 0.34 0.21
O4' 0.00 0.36 0.02 0.01 0.20 0.00 0.13 0.02 0.21 0.14 0.31 0.35 0.17 0.05 0.02 0.08 0.15 0.00 0.27 0.18 0.32 0.27
O5' 0.41 0.64 0.42 0.11 0.66 0.04 0.79 0.01 0.81 0.80 0.74 0.57 0.89 0.85 0.64 0.40 0.18 0.27 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.46 0.92 0.54 0.17 0.90 0.19 1.12 0.35 1.19 1.04 1.08 0.79 1.34 1.22 0.79 0.68 0.20 0.18 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 1.13 0.39 0.09 1.05 0.13 1.31 0.13 1.43 1.09 1.34 0.96 1.60 1.33 0.87 0.37 0.34 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.45 0.89 0.46 0.11 0.88 0.08 1.10 0.00 1.16 1.02 1.06 0.77 1.30 1.17 0.79 0.49 0.21 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00