ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54754

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C3' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N9 B 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O2 A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.000, 0.050, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O3' A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O4' B 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O5' A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C4 B 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
P A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C1' B 0, 0.000, 0.077, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.077 std_dev=0.077
OP2 A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C5' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
N3 B 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C8 B 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C4' B 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O3' B 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C5 B 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
O5' B 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
OP1 A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C2 B 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C5' B 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C3' B 0, 0.000, 0.110, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.110 std_dev=0.110
N1 B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
N7 B 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C2' B 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C6 B 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
P B 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O2' B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
N6 B 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
OP2 B 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
OP1 B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00
N3 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00
N4 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00
O2 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.08 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01
C2 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02
C2' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.00 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00
C3' 0.07 0.05 0.08 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.10 0.05 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05
C4 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05
C4' 0.06 0.04 0.07 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.09 0.06 0.05 0.05 0.09 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C5' 0.07 0.03 0.09 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.11 0.08 0.06 0.07 0.12 0.07 0.08
C6 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02
N1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02
N3 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04
N4 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.04 0.07 0.04 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.10 0.08
O2 0.05 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01
O2' 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.09 0.02 0.10 0.03 0.11 0.05 0.01 0.07 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00
O3' 0.07 0.05 0.10 0.09 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.13 0.08 0.06 0.06 0.10 0.06 0.07
O4' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02
O5' 0.05 0.03 0.06 0.07 0.01 0.07 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06 0.05 0.07 0.11 0.06 0.07
OP1 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03
OP2 0.05 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.03 0.05
P 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.09 0.03 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C2 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
C5' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02
C8 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05
N1 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
N6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02
N7 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02
O3' 0.04 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00