ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54757

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O4' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C4' A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
N6 B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
N1 B 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C5' A 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C6 B 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.000, 0.113, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C2 B 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
N3 B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C5 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O3' A 0, 0.000, 0.202, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C4 B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
N7 B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
N9 B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C8 B 0, 0.000, 0.371, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C1' B 0, 0.000, 0.414, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C2' B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
OP1 A 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O4' B 0, 0.000, 0.456, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.456 std_dev=0.456
P A 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
O5' A 0, 0.000, 0.472, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.472 std_dev=0.472
OP2 A 0, 0.000, 0.488, 0.976, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.488 std_dev=0.488
C3' B 0, 0.000, 0.490, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.490 std_dev=0.490
P B 0, 0.000, 0.498, 0.996, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.498 std_dev=0.498
O5' B 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
O2' B 0, 0.000, 0.513, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.513 std_dev=0.513
C4' B 0, 0.000, 0.516, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C5' B 0, 0.000, 0.543, 1.085, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.543 std_dev=0.543
OP1 B 0, 0.000, 0.547, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.547 std_dev=0.547
O3' B 0, 0.000, 0.556, 1.113, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.556 std_dev=0.556
OP2 B 0, 0.000, 0.658, 1.317, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.658 std_dev=0.658

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.07 0.13 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.20 0.13 0.00 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.07 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.15 0.03 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.28 0.15 0.08 0.16
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.29 0.14 0.05 0.15
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.25 0.11 0.04 0.09
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.19 0.11 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.25 0.15 0.05 0.13
N4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.30 0.17 0.13 0.19
O2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.16 0.13 0.01 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.01
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.18 0.01 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.19 0.06
O5' 0.09 0.20 0.08 0.07 0.28 0.01 0.29 0.00 0.25 0.19 0.25 0.30 0.16 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.13 0.12 0.15 0.15 0.08 0.14 0.10 0.11 0.11 0.15 0.17 0.13 0.10 0.18 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.00 0.07 0.03 0.08 0.14 0.05 0.13 0.04 0.06 0.05 0.13 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.03 0.06 0.16 0.03 0.15 0.00 0.09 0.06 0.13 0.19 0.07 0.01 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.12 0.20 0.07 0.12
C2 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.13 0.03 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.07
C3' 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.08 0.02 0.03 0.03 0.11 0.04 0.03
C4 0.13 0.02 0.14 0.13 0.09 0.11 0.06 0.08 0.01 0.11 0.01 0.07 0.02 0.08 0.11 0.14 0.14 0.11 0.05 0.07 0.07 0.02
C4' 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.11 0.17 0.05 0.10
C5 0.14 0.03 0.16 0.13 0.09 0.10 0.05 0.05 0.00 0.10 0.01 0.08 0.03 0.06 0.12 0.17 0.14 0.11 0.01 0.11 0.01 0.03
C5' 0.07 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.03 0.08 0.13 0.04 0.08
C6 0.09 0.00 0.11 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.14 0.07 0.05 0.06 0.16 0.04 0.09
N1 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.07 0.17 0.03 0.08
N3 0.09 0.01 0.09 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.00 0.07 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.10 0.10 0.07 0.02 0.09 0.07 0.01
N4 0.16 0.04 0.17 0.17 0.12 0.15 0.10 0.13 0.04 0.15 0.01 0.09 0.00 0.13 0.15 0.16 0.17 0.15 0.10 0.00 0.13 0.08
O2 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.14 0.03 0.03
O2' 0.05 0.11 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.20 0.03 0.10
O3' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00
O4' 0.02 0.03 0.02 0.09 0.04 0.08 0.04 0.12 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.09 0.05 0.15 0.22 0.11 0.15
O5' 0.14 0.13 0.14 0.07 0.16 0.05 0.17 0.02 0.16 0.17 0.14 0.13 0.17 0.18 0.16 0.12 0.00 0.10 0.04 0.01 0.10 0.07
OP1 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.10 0.12 0.06 0.09
OP2 0.03 0.10 0.02 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.00 0.08 0.10 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.08 0.07 0.01
P 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.17 0.05 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.15 0.05 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.04 0.04
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.15 0.04 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.11 0.02 0.00
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.16 0.05 0.07
N3 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.16 0.05 0.07
N6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.04 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.00
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02
O5' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.17 0.09 0.06 0.15 0.04 0.15 0.02 0.15 0.11 0.16 0.16 0.14 0.12 0.13 0.08 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00