ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54761

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 5, 19, 10, 8, 6, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.015, 0.034, 0.052, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.017, 0.043, 0.068, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.043 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.042, 0.088, 0.134, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.088 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.048, 0.097, 0.146, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.097 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.116, 0.181, 0.246, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.181 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.160, 0.231, 0.301, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.231 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.095, 0.170, 0.245, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.170 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.185, 0.267, 0.348, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.267 std_dev=0.081
O5' A 0, 0.246, 0.349, 0.453, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.349 std_dev=0.103
C5' A 0, 0.292, 0.399, 0.505, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.399 std_dev=0.107
O4' B 0, 0.287, 0.415, 0.542, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.415 std_dev=0.127
P A 0, 0.270, 0.401, 0.531, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.401 std_dev=0.130
C4' B 0, 0.297, 0.431, 0.566, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.431 std_dev=0.135
O3' B 0, 0.289, 0.437, 0.585, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.437 std_dev=0.148
OP2 A 0, 0.187, 0.350, 0.512, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.350 std_dev=0.163
C1' B 0, 0.308, 0.471, 0.635, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.471 std_dev=0.164
O5' B 0, 0.404, 0.571, 0.738, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.571 std_dev=0.167
C3' B 0, 0.321, 0.490, 0.660, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.490 std_dev=0.169
OP1 B 0, 0.513, 0.684, 0.854, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.684 std_dev=0.170
P B 0, 0.326, 0.510, 0.694, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.510 std_dev=0.184
C5' B 0, 0.384, 0.568, 0.752, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.568 std_dev=0.184
OP1 A 0, 0.316, 0.507, 0.698, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.507 std_dev=0.191
N9 B 0, 0.379, 0.572, 0.765, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.572 std_dev=0.193
C2' B 0, 0.353, 0.551, 0.748, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.551 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.478, 0.690, 0.901, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.690 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.388, 0.603, 0.819, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.603 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.345, 0.567, 0.788, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.567 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.346, 0.576, 0.806, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.576 std_dev=0.230
N7 B 0, 0.532, 0.767, 1.002, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.767 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.483, 0.720, 0.957, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.720 std_dev=0.237
OP2 B 0, 0.179, 0.417, 0.655, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.417 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.421, 0.672, 0.923, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.672 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.539, 0.802, 1.065, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.802 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.504, 0.773, 1.042, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.773 std_dev=0.269
N2 B 0, 0.448, 0.721, 0.994, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.721 std_dev=0.273
O6 B 0, 0.627, 0.912, 1.196, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.912 std_dev=0.285

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.15 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.07 0.17 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.08 0.17 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.15 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.07 0.08 0.12 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.08 0.11 0.11 0.08
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.11 0.12 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.14 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.06 0.07 0.15 0.08
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.07 0.09 0.20 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.09 0.19 0.10
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.03 0.08 0.15 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.11 0.04
O5' 0.04 0.06 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.11 0.05 0.11 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.17 0.17 0.15 0.12 0.10 0.11 0.04 0.12 0.14 0.15 0.11 0.20 0.19 0.15 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.03 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.10 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.09 0.10 0.07 0.12 0.09 0.08
C2 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.07 0.11 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07
C2' 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07 0.11 0.08 0.07
C3' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.07 0.11 0.10 0.08
C4 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07 0.06 0.10 0.11 0.07 0.11 0.08 0.07
C4' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.11 0.11 0.08
C5 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.11 0.06 0.11 0.07 0.07
C5' 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.04 0.01 0.07 0.08 0.06 0.11 0.11 0.10
C6 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.11 0.06 0.12 0.07 0.07
N1 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.10 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07
N3 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09 0.07 0.11 0.11 0.09 0.11 0.07 0.07
N4 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.07 0.12 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.11 0.10 0.09
O2 0.11 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.07 0.07
O2' 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.08
O3' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06 0.06 0.07 0.04 0.08 0.07 0.07 0.11 0.11 0.08
O4' 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.10 0.05 0.12 0.11 0.09
O5' 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.01 0.07 0.09 0.06 0.12 0.11 0.10
OP1 0.03 0.07 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.09 0.06 0.05 0.04 0.07 0.02 0.05 0.09 0.05 0.12 0.12 0.11
OP2 0.05 0.14 0.03 0.02 0.09 0.03 0.08 0.03 0.10 0.04 0.12 0.16 0.12 0.05 0.06 0.07 0.01 0.05 0.04 0.10 0.09 0.06 0.06
P 0.03 0.08 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.10 0.07 0.03 0.03 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.04 0.06 0.01 0.12 0.06 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.10 0.07 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.09 0.08 0.05
C5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.06 0.00 0.10 0.08 0.05
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.09 0.06
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.04 0.06 0.01 0.11 0.07 0.06
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.05 0.07 0.01 0.13 0.07 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.05 0.01 0.11 0.06 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.08 0.10 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.07 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.09 0.07 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.08 0.06 0.03
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.09 0.04 0.04
O5' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.06 0.00 0.10 0.10 0.06
OP1 0.09 0.12 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.03 0.10 0.08 0.11 0.13 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.03 0.08 0.04 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.04 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00