ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54763

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 7, 6, 3, 4, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.010, 0.015, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.021, 0.029, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.029 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.025, 0.036, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.036 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.027, 0.038, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.038 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.028, 0.039, 0.051, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.039 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.028, 0.041, 0.053, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.041 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.072, 0.100, 0.128, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.100 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.070, 0.108, 0.146, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.108 std_dev=0.038
OP2 B 0, 0.438, 0.639, 0.840, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.639 std_dev=0.201
P B 0, 0.376, 0.580, 0.784, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.580 std_dev=0.204
O3' A 0, 1.060, 1.370, 1.681, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.370 std_dev=0.311
OP1 B 0, 0.272, 0.595, 0.917, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.595 std_dev=0.322
O4' A 0, 0.712, 1.039, 1.366, 1.752 max_d=1.752 avg_d=1.039 std_dev=0.327
C3' A 0, 1.026, 1.374, 1.722, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.374 std_dev=0.348
C2' A 0, 0.752, 1.122, 1.493, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.122 std_dev=0.371
C4' A 0, 1.040, 1.456, 1.872, 2.167 max_d=2.167 avg_d=1.456 std_dev=0.416
O5' B 0, 0.309, 0.797, 1.284, 2.644 max_d=2.644 avg_d=0.797 std_dev=0.487
C5' B 0, 0.489, 1.055, 1.621, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.055 std_dev=0.566
O2' A 0, 1.138, 1.721, 2.303, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.721 std_dev=0.583
C5' A 0, 2.106, 2.931, 3.755, 3.908 max_d=3.908 avg_d=2.931 std_dev=0.824
C4' B 0, 0.163, 1.273, 2.383, 5.083 max_d=5.083 avg_d=1.273 std_dev=1.110
O3' B 0, 0.291, 1.647, 3.004, 6.727 max_d=6.727 avg_d=1.647 std_dev=1.356
C3' B 0, 0.013, 1.385, 2.757, 6.397 max_d=6.397 avg_d=1.385 std_dev=1.372
N7 B 0, 2.256, 3.659, 5.061, 7.761 max_d=7.761 avg_d=3.659 std_dev=1.402
C8 B 0, 2.261, 3.691, 5.120, 7.921 max_d=7.921 avg_d=3.691 std_dev=1.429
O4' B 0, -0.291, 1.250, 2.790, 6.534 max_d=6.534 avg_d=1.250 std_dev=1.540
O5' A 0, 3.181, 4.805, 6.429, 6.336 max_d=6.336 avg_d=4.805 std_dev=1.624
N3 B 0, 2.244, 3.946, 5.649, 9.846 max_d=9.846 avg_d=3.946 std_dev=1.702
C2 B 0, 3.272, 5.004, 6.735, 10.595 max_d=10.595 avg_d=5.004 std_dev=1.732
N1 B 0, 1.924, 3.759, 5.594, 9.960 max_d=9.960 avg_d=3.759 std_dev=1.835
N2 B 0, 5.634, 7.477, 9.320, 12.241 max_d=12.241 avg_d=7.477 std_dev=1.843
N9 B 0, -0.319, 1.595, 3.509, 8.204 max_d=8.204 avg_d=1.595 std_dev=1.914
C2' B 0, -0.406, 1.576, 3.558, 8.729 max_d=8.729 avg_d=1.576 std_dev=1.982
C1' B 0, -0.622, 1.368, 3.358, 8.367 max_d=8.367 avg_d=1.368 std_dev=1.990
C5 B 0, -0.619, 1.381, 3.381, 8.194 max_d=8.194 avg_d=1.381 std_dev=2.000
C4 B 0, -0.421, 1.593, 3.608, 8.693 max_d=8.693 avg_d=1.593 std_dev=2.015
O6 B 0, -0.708, 1.356, 3.420, 8.240 max_d=8.240 avg_d=1.356 std_dev=2.064
C6 B 0, -0.776, 1.354, 3.483, 8.640 max_d=8.640 avg_d=1.354 std_dev=2.129
O2' B 0, -0.194, 2.074, 4.341, 10.254 max_d=10.254 avg_d=2.074 std_dev=2.268
P A 0, 4.722, 7.037, 9.351, 8.601 max_d=8.601 avg_d=7.037 std_dev=2.315
OP2 A 0, 5.213, 7.660, 10.106, 9.305 max_d=9.305 avg_d=7.660 std_dev=2.446
OP1 A 0, 5.440, 8.039, 10.638, 9.813 max_d=9.813 avg_d=8.039 std_dev=2.599

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.16 0.34 0.46 0.20
C2 0.02 0.00 0.17 0.22 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.24 0.12 0.24 0.43 0.72 0.27
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.13 0.17 0.03 0.13 0.04 0.31 0.00 0.03 0.01 0.28 0.31 0.52 0.32
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.18 0.00 0.12 0.03 0.09 0.12 0.23 0.20 0.26 0.01 0.01 0.03 0.23 0.25 0.29 0.22
C4 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.12 0.00 0.33 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.17 0.03 0.31 0.44 1.27 0.68
C4' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.16 0.06 0.07 0.13 0.12 0.15 0.03 0.01 0.02 0.27 0.16 0.07
C5 0.01 0.01 0.13 0.12 0.00 0.17 0.00 0.41 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.08 0.11 0.46 0.68 1.46 0.92
C5' 0.07 0.15 0.13 0.03 0.33 0.00 0.41 0.00 0.37 0.20 0.23 0.36 0.13 0.08 0.12 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.09 0.00 0.16 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.05 0.14 0.46 0.58 1.27 0.83
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02 0.24 0.30 0.83 0.42
N3 0.02 0.00 0.13 0.23 0.00 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.24 0.09 0.24 0.36 0.95 0.40
N4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.13 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.19 0.03 0.32 0.51 1.38 0.74
O2 0.04 0.01 0.31 0.26 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.32 0.22 0.38 0.74 0.41 0.28
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.18 0.15 0.26 0.08 0.25 0.11 0.16 0.20 0.29 0.00 0.09 0.10 0.21 0.39 0.40 0.22
O3' 0.15 0.24 0.03 0.01 0.17 0.03 0.08 0.12 0.05 0.13 0.24 0.19 0.32 0.09 0.00 0.11 0.13 0.25 0.16 0.10
O4' 0.01 0.12 0.01 0.03 0.03 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.09 0.03 0.22 0.10 0.11 0.00 0.16 0.35 0.33 0.20
O5' 0.16 0.24 0.28 0.23 0.31 0.02 0.46 0.01 0.46 0.24 0.24 0.32 0.38 0.21 0.13 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.34 0.43 0.31 0.25 0.44 0.27 0.68 0.10 0.58 0.30 0.36 0.51 0.74 0.39 0.25 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.72 0.52 0.29 1.27 0.16 1.46 0.17 1.27 0.83 0.95 1.38 0.41 0.40 0.16 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.27 0.32 0.22 0.68 0.07 0.92 0.01 0.83 0.42 0.40 0.74 0.28 0.22 0.10 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.38 0.71 0.50 0.49 0.43 0.28 0.33 0.34 0.39 0.21 0.54 0.89 0.69 0.29 0.29 0.41 0.72 0.69 0.32 0.38 0.20 0.21 0.15
C2 0.27 0.72 0.36 0.39 0.35 0.20 0.27 0.27 0.35 0.24 0.53 0.93 0.63 0.33 0.21 0.26 0.56 0.54 0.29 0.36 0.23 0.21 0.12
C2' 0.93 0.94 0.35 0.25 0.74 0.81 0.45 0.77 0.47 0.40 0.69 1.09 1.04 0.27 0.69 0.53 0.36 1.23 0.61 0.37 0.28 0.35 0.41
C3' 0.76 0.67 0.21 0.22 0.51 0.71 0.30 0.68 0.33 0.25 0.48 0.82 0.75 0.18 0.49 0.39 0.48 1.11 0.48 0.32 0.23 0.17 0.27
C4 0.23 0.64 0.24 0.28 0.35 0.17 0.21 0.22 0.31 0.23 0.54 0.76 0.56 0.26 0.20 0.17 0.39 0.41 0.26 0.21 0.27 0.23 0.14
C4' 0.21 0.36 0.69 0.76 0.20 0.17 0.27 0.26 0.28 0.33 0.28 0.53 0.33 0.38 0.20 0.53 1.09 0.54 0.24 0.35 0.42 0.30 0.22
C5 0.27 0.60 0.24 0.29 0.38 0.19 0.24 0.24 0.31 0.16 0.49 0.69 0.57 0.18 0.22 0.18 0.40 0.48 0.29 0.21 0.24 0.22 0.12
C5' 0.50 0.20 1.03 1.13 0.42 0.46 0.53 0.38 0.46 0.69 0.29 0.23 0.24 0.69 0.54 0.87 1.48 0.50 0.42 0.53 0.75 0.56 0.48
C6 0.34 0.63 0.36 0.39 0.41 0.24 0.27 0.30 0.31 0.17 0.48 0.73 0.63 0.22 0.27 0.26 0.54 0.63 0.31 0.24 0.21 0.21 0.13
N1 0.33 0.70 0.41 0.43 0.40 0.24 0.29 0.30 0.35 0.21 0.52 0.86 0.67 0.28 0.25 0.30 0.61 0.63 0.31 0.32 0.21 0.21 0.13
N3 0.24 0.69 0.30 0.33 0.33 0.17 0.23 0.24 0.30 0.26 0.54 0.86 0.59 0.33 0.19 0.21 0.47 0.45 0.27 0.28 0.26 0.22 0.13
N4 0.20 0.61 0.19 0.23 0.33 0.16 0.24 0.19 0.36 0.25 0.55 0.71 0.50 0.26 0.20 0.16 0.31 0.30 0.24 0.28 0.30 0.24 0.18
O2 0.27 0.71 0.40 0.42 0.34 0.20 0.30 0.29 0.39 0.26 0.54 0.98 0.61 0.36 0.20 0.29 0.61 0.55 0.29 0.45 0.23 0.21 0.12
O2' 1.09 1.18 0.63 0.48 0.93 0.86 0.64 0.77 0.62 0.60 0.88 1.39 1.25 0.47 0.88 0.79 0.52 1.26 0.66 0.44 0.43 0.46 0.50
O3' 0.93 0.73 0.41 0.31 0.61 0.82 0.35 0.72 0.30 0.39 0.48 0.89 0.86 0.25 0.64 0.67 0.47 1.20 0.51 0.23 0.27 0.16 0.28
O4' 0.28 0.41 0.91 0.89 0.34 0.18 0.40 0.21 0.38 0.47 0.35 0.54 0.38 0.50 0.35 0.77 1.14 0.39 0.28 0.42 0.40 0.29 0.24
O5' 0.83 0.27 1.51 1.65 0.59 0.88 0.66 0.69 0.51 0.96 0.32 0.30 0.37 0.87 0.80 1.45 2.10 0.53 0.68 0.54 1.08 0.77 0.73
OP1 1.23 0.22 1.93 2.24 0.73 1.60 0.78 1.50 0.51 1.30 0.26 0.41 0.40 1.11 1.10 1.93 2.84 1.03 1.46 0.52 2.04 1.44 1.56
OP2 1.60 0.88 2.09 2.32 1.40 1.67 1.54 1.61 1.35 1.91 1.03 0.58 1.05 1.83 1.65 1.91 2.55 1.33 1.79 1.42 2.25 1.94 1.88
P 1.45 0.53 2.09 2.35 1.08 1.64 1.14 1.46 0.91 1.57 0.62 0.27 0.75 1.43 1.38 2.01 2.83 1.17 1.47 0.93 1.90 1.47 1.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.22 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.34 0.24 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.33 0.26 0.29 0.01 0.28 0.24 0.25
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.17 0.01 0.09 0.02 0.15 0.17 0.26 0.41 0.33 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.13 0.36 0.12 0.14
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.03 0.13 0.16 0.19 0.29 0.22 0.12 0.05 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.39 0.12 0.18
C4 0.00 0.01 0.17 0.12 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.15 0.13 0.18 0.02 0.23 0.14 0.14
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.10 0.08 0.14 0.10 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.17 0.12 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.06 0.18 0.02 0.23 0.15 0.14
C5' 0.02 0.21 0.02 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.11 0.19 0.16 0.27 0.18 0.15 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.12 0.05 0.15 0.02
C6 0.02 0.00 0.15 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.15 0.18 0.11 0.23 0.00 0.24 0.19 0.18
C8 0.00 0.02 0.17 0.16 0.01 0.10 0.02 0.19 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.20 0.15 0.16 0.06 0.23 0.24 0.16
N1 0.01 0.00 0.26 0.19 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.27 0.26 0.20 0.28 0.01 0.26 0.23 0.23
N2 0.01 0.00 0.41 0.29 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.44 0.42 0.31 0.34 0.02 0.32 0.30 0.30
N3 0.01 0.00 0.33 0.22 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.29 0.25 0.25 0.01 0.27 0.20 0.21
N7 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.08 0.00 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.07 0.15 0.06 0.24 0.21 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.04 0.22 0.13 0.08
O2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.16 0.04 0.08 0.04 0.15 0.14 0.27 0.44 0.33 0.07 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.12 0.32 0.12 0.10
O3' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.15 0.02 0.12 0.03 0.18 0.20 0.26 0.42 0.29 0.16 0.05 0.03 0.00 0.01 0.10 0.18 0.45 0.14 0.22
O4' 0.00 0.26 0.01 0.01 0.13 0.00 0.06 0.01 0.11 0.15 0.20 0.31 0.25 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.09 0.12 0.15 0.07
O5' 0.04 0.29 0.09 0.12 0.18 0.01 0.18 0.01 0.23 0.16 0.28 0.34 0.25 0.15 0.10 0.03 0.10 0.04 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.13 0.14 0.02 0.08 0.02 0.12 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.12 0.18 0.09 0.24 0.00 0.26 0.22 0.21
OP1 0.22 0.28 0.36 0.39 0.23 0.17 0.23 0.05 0.24 0.23 0.26 0.32 0.27 0.24 0.22 0.32 0.45 0.12 0.01 0.26 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.24 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.15 0.19 0.24 0.23 0.30 0.20 0.21 0.13 0.12 0.14 0.15 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.25 0.14 0.18 0.14 0.04 0.14 0.02 0.18 0.16 0.23 0.30 0.21 0.16 0.08 0.10 0.22 0.07 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00