ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54764

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 7, 5, 2, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.018, 0.046, 0.073, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.046 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.003, 0.041, 0.080, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.041 std_dev=0.039
O4' A 0, -0.027, 0.098, 0.223, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.098 std_dev=0.125
C2' A 0, -0.042, 0.137, 0.316, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.137 std_dev=0.179
C4' A 0, -0.042, 0.159, 0.360, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.159 std_dev=0.201
OP2 B 0, 0.100, 0.306, 0.512, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.306 std_dev=0.206
OP1 B 0, 0.083, 0.333, 0.582, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.333 std_dev=0.249
P B 0, 0.057, 0.314, 0.570, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.314 std_dev=0.257
C3' A 0, -0.095, 0.193, 0.481, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.193 std_dev=0.288
O2' A 0, -0.065, 0.225, 0.514, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.225 std_dev=0.290
C5' A 0, -0.068, 0.278, 0.624, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.278 std_dev=0.346
O3' A 0, -0.141, 0.298, 0.737, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.298 std_dev=0.439
O5' A 0, -0.148, 0.314, 0.777, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.314 std_dev=0.462
O5' B 0, -0.264, 0.493, 1.250, 3.100 max_d=3.100 avg_d=0.493 std_dev=0.757
P A 0, -0.428, 0.468, 1.364, 4.352 max_d=4.352 avg_d=0.468 std_dev=0.896
OP1 A 0, -0.408, 0.534, 1.476, 4.816 max_d=4.816 avg_d=0.534 std_dev=0.942
C5' B 0, -0.443, 0.606, 1.656, 4.201 max_d=4.201 avg_d=0.606 std_dev=1.050
OP2 A 0, -0.611, 0.575, 1.760, 5.471 max_d=5.471 avg_d=0.575 std_dev=1.186
C4' B 0, -0.785, 0.746, 2.278, 6.165 max_d=6.165 avg_d=0.746 std_dev=1.531
O4' B 0, -0.936, 0.812, 2.560, 8.097 max_d=8.097 avg_d=0.812 std_dev=1.748
C3' B 0, -1.046, 0.753, 2.552, 8.404 max_d=8.404 avg_d=0.753 std_dev=1.799
O3' B 0, -1.291, 0.775, 2.840, 10.607 max_d=10.607 avg_d=0.775 std_dev=2.065
C1' B 0, -1.251, 0.937, 3.126, 9.381 max_d=9.381 avg_d=0.937 std_dev=2.189
C8 B 0, -1.294, 0.916, 3.125, 9.739 max_d=9.739 avg_d=0.916 std_dev=2.209
C2' B 0, -1.309, 0.938, 3.185, 9.435 max_d=9.435 avg_d=0.938 std_dev=2.247
N9 B 0, -1.383, 0.953, 3.289, 10.321 max_d=10.321 avg_d=0.953 std_dev=2.336
N7 B 0, -1.594, 1.034, 3.662, 11.402 max_d=11.402 avg_d=1.034 std_dev=2.628
O2' B 0, -1.586, 1.100, 3.787, 11.713 max_d=11.713 avg_d=1.100 std_dev=2.687
C4 B 0, -1.667, 1.126, 3.919, 12.397 max_d=12.397 avg_d=1.126 std_dev=2.793
C5 B 0, -1.810, 1.161, 4.132, 12.971 max_d=12.971 avg_d=1.161 std_dev=2.971
N3 B 0, -1.812, 1.284, 4.379, 13.798 max_d=13.798 avg_d=1.284 std_dev=3.095
C6 B 0, -2.143, 1.377, 4.897, 15.154 max_d=15.154 avg_d=1.377 std_dev=3.520
C2 B 0, -2.079, 1.466, 5.010, 15.727 max_d=15.727 avg_d=1.466 std_dev=3.544
N1 B 0, -2.238, 1.509, 5.256, 16.345 max_d=16.345 avg_d=1.509 std_dev=3.747
O6 B 0, -2.361, 1.492, 5.345, 16.192 max_d=16.192 avg_d=1.492 std_dev=3.853
N2 B 0, -2.243, 1.664, 5.571, 17.389 max_d=17.389 avg_d=1.664 std_dev=3.907

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.24 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.22 0.16 0.46 0.26
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.12 0.00 0.03 0.01 0.14 0.07 0.39 0.13
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.16 0.07 0.06 0.13 0.10 0.02 0.01 0.01 0.19 0.09 0.44 0.19
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.12 0.02 0.35 0.39 0.68 0.48
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.04 0.09 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.12 0.24 0.08
C5 0.01 0.02 0.06 0.16 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.18 0.02 0.38 0.43 0.68 0.51
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.16 0.00 0.21 0.00 0.18 0.09 0.10 0.19 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.07 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.32 0.32 0.50 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.22 0.16 0.38 0.23
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.29 0.27 0.58 0.37
N4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.14 0.02 0.39 0.47 0.78 0.55
O2 0.02 0.01 0.12 0.10 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.14 0.03 0.16 0.07 0.42 0.19
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.10 0.06 0.16 0.00 0.05 0.05 0.09 0.11 0.35 0.10
O3' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.12 0.03 0.18 0.03 0.17 0.07 0.07 0.14 0.14 0.05 0.00 0.03 0.20 0.11 0.50 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.08 0.11 0.16 0.08
O5' 0.08 0.22 0.14 0.19 0.35 0.01 0.38 0.00 0.32 0.22 0.29 0.39 0.16 0.09 0.20 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.16 0.07 0.09 0.39 0.12 0.43 0.07 0.32 0.16 0.27 0.47 0.07 0.11 0.11 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.46 0.39 0.44 0.68 0.24 0.68 0.14 0.50 0.38 0.58 0.78 0.42 0.35 0.50 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.26 0.13 0.19 0.48 0.08 0.51 0.01 0.39 0.23 0.37 0.55 0.19 0.10 0.20 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.15 1.82 1.38 1.14 1.58 0.69 1.65 0.46 1.80 1.33 1.87 1.89 1.66 1.51 1.35 1.45 1.22 0.74 0.49 1.84 0.19 0.10 0.16
C2 0.88 1.73 0.97 0.73 1.48 0.50 1.71 0.47 1.94 1.33 1.92 1.76 1.49 1.63 1.21 0.98 0.73 0.56 0.36 2.08 0.15 0.06 0.12
C2' 1.17 1.65 1.38 1.20 1.43 0.83 1.48 0.56 1.61 1.24 1.68 1.75 1.53 1.37 1.27 1.51 1.34 0.85 0.57 1.64 0.29 0.10 0.23
C3' 1.34 1.55 1.58 1.46 1.41 1.06 1.36 0.72 1.41 1.24 1.50 1.64 1.52 1.27 1.33 1.76 1.68 1.05 0.74 1.37 0.42 0.18 0.35
C4 0.64 1.38 0.66 0.46 1.26 0.32 1.56 0.44 1.72 1.28 1.60 1.32 1.17 1.60 1.04 0.60 0.40 0.36 0.28 1.88 0.13 0.06 0.11
C4' 1.39 1.64 1.70 1.54 1.49 1.04 1.41 0.66 1.46 1.26 1.57 1.73 1.61 1.28 1.39 1.88 1.76 1.01 0.70 1.40 0.35 0.13 0.30
C5 0.83 1.35 0.91 0.74 1.31 0.39 1.50 0.36 1.57 1.33 1.49 1.29 1.23 1.52 1.16 0.85 0.70 0.48 0.40 1.64 0.15 0.09 0.14
C5' 1.52 1.52 1.86 1.76 1.45 1.25 1.29 0.84 1.27 1.25 1.39 1.60 1.57 1.17 1.42 2.06 2.06 1.18 0.84 1.15 0.46 0.20 0.40
C6 1.03 1.54 1.19 1.01 1.45 0.57 1.55 0.40 1.63 1.34 1.61 1.52 1.44 1.50 1.29 1.17 1.02 0.64 0.47 1.66 0.18 0.11 0.15
N1 1.02 1.72 1.19 0.96 1.52 0.58 1.66 0.44 1.81 1.35 1.82 1.74 1.55 1.56 1.29 1.20 1.00 0.64 0.44 1.88 0.17 0.09 0.14
N3 0.70 1.56 0.73 0.49 1.35 0.40 1.66 0.48 1.89 1.29 1.81 1.55 1.31 1.64 1.09 0.70 0.45 0.44 0.28 2.09 0.13 0.06 0.10
N4 0.41 1.15 0.37 0.17 1.06 0.30 1.42 0.49 1.60 1.17 1.43 1.07 0.93 1.53 0.85 0.28 0.10 0.21 0.16 1.82 0.12 0.09 0.09
O2 0.90 1.83 0.99 0.73 1.51 0.53 1.75 0.49 2.02 1.32 2.03 1.90 1.55 1.64 1.22 1.03 0.74 0.60 0.35 2.19 0.15 0.06 0.11
O2' 1.15 1.74 1.39 1.16 1.48 0.76 1.53 0.50 1.70 1.24 1.79 1.86 1.58 1.40 1.28 1.54 1.30 0.79 0.52 1.75 0.28 0.09 0.19
O3' 1.42 1.54 1.65 1.54 1.41 1.15 1.32 0.79 1.34 1.24 1.45 1.65 1.53 1.22 1.36 1.89 1.80 1.14 0.79 1.28 0.51 0.23 0.41
O4' 1.31 1.82 1.59 1.35 1.61 0.83 1.59 0.49 1.69 1.33 1.79 1.89 1.73 1.42 1.43 1.70 1.47 0.86 0.56 1.66 0.20 0.13 0.17
O5' 1.49 1.29 1.83 1.84 1.33 1.33 1.19 0.98 1.11 1.27 1.17 1.31 1.37 1.15 1.38 1.99 2.13 1.21 1.00 1.00 0.59 0.38 0.59
OP1 1.75 1.21 2.11 2.18 1.36 1.75 1.15 1.42 0.96 1.39 1.02 1.22 1.39 1.16 1.52 2.38 2.61 1.54 1.33 0.78 1.00 0.66 0.94
OP2 1.56 0.96 1.85 2.02 1.15 1.64 0.97 1.43 0.77 1.27 0.79 0.94 1.14 1.05 1.34 2.06 2.32 1.41 1.43 0.62 1.23 0.93 1.15
P 1.69 1.15 2.04 2.15 1.32 1.69 1.13 1.37 0.95 1.38 0.98 1.14 1.33 1.16 1.48 2.24 2.53 1.48 1.33 0.79 0.97 0.69 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.08 0.01 0.15 0.16 0.09
C2 0.03 0.00 0.24 0.21 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.22 0.21 0.17 0.01 0.52 0.41 0.25
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.07 0.10 0.15 0.18 0.30 0.24 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.07 0.22 0.16 0.18
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.14 0.00 0.14 0.02 0.17 0.11 0.20 0.24 0.18 0.12 0.09 0.02 0.01 0.01 0.05 0.17 0.19 0.12 0.08
C4 0.02 0.01 0.12 0.14 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.11 0.14 0.01 0.39 0.40 0.18
C4' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.09 0.09 0.14 0.10 0.07 0.02 0.14 0.02 0.00 0.02 0.07 0.15 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.05 0.16 0.01 0.44 0.56 0.22
C5' 0.03 0.20 0.07 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.15 0.14 0.18 0.24 0.17 0.12 0.07 0.08 0.09 0.02 0.01 0.15 0.21 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.09 0.18 0.01 0.53 0.59 0.25
C8 0.02 0.02 0.15 0.11 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.09 0.12 0.19 0.02 0.26 0.58 0.25
N1 0.02 0.01 0.18 0.20 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.17 0.18 0.01 0.55 0.50 0.26
N2 0.03 0.01 0.30 0.24 0.02 0.14 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.28 0.25 0.19 0.02 0.55 0.40 0.28
N3 0.03 0.01 0.24 0.18 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.21 0.15 0.01 0.43 0.34 0.20
N7 0.01 0.02 0.09 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.09 0.07 0.19 0.02 0.37 0.68 0.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.12 0.01 0.26 0.36 0.15
O2' 0.03 0.19 0.00 0.02 0.05 0.14 0.06 0.08 0.04 0.21 0.11 0.27 0.19 0.18 0.06 0.00 0.05 0.11 0.11 0.06 0.19 0.13 0.14
O3' 0.10 0.22 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.09 0.15 0.09 0.19 0.28 0.19 0.09 0.04 0.05 0.00 0.09 0.12 0.15 0.35 0.17 0.17
O4' 0.00 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.02 0.09 0.12 0.17 0.25 0.21 0.07 0.01 0.11 0.09 0.00 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10
O5' 0.08 0.17 0.15 0.05 0.14 0.02 0.16 0.01 0.18 0.19 0.18 0.19 0.15 0.19 0.12 0.11 0.12 0.07 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.15 0.07 0.19 0.00 0.55 0.67 0.27
OP1 0.15 0.52 0.22 0.19 0.39 0.15 0.44 0.21 0.53 0.26 0.55 0.55 0.43 0.37 0.26 0.19 0.35 0.06 0.02 0.55 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.41 0.16 0.12 0.40 0.15 0.56 0.28 0.59 0.58 0.50 0.40 0.34 0.68 0.36 0.13 0.17 0.07 0.02 0.67 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.25 0.18 0.08 0.18 0.03 0.22 0.01 0.25 0.25 0.26 0.28 0.20 0.26 0.15 0.14 0.17 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00